|
|
Segmentation and density estimation in femur
Horáček, Jan ; Maršálek, Lukáš (vedoucí práce)
Název práce: Segmentace a odhad hustoty ve stehenním kloubu Autor: Jan Horáček Katedra (ústav): Kabinet software a výuky informatiky Vedoucí diplomové práce: Mgr. Lukáš Maršálek e-mail vedoucího: lukas.marsalek@mff.cuni.cz Abstrakt: Existují dvě hlavní metody pro léčbu zlomenin krčku stehenní kosti - totální endoprotéza a spojení speciálním kovovým šroubem. Při dostatečně kvalitní kosti je preferován šroub. Ovšem pokud je příliš řídká, šroub se může proříznout kloubní hlavicí, což vede k dalším operacím. Tato práce se zabývá novou metodou pro měření hustoty kostní trámčiny kloubní hlavice, které slouží lékaři jako další vodítko pro rozhodnutí, zda aplikovat šroub nebo totální endoprotézu. Náš přístup je založen na poloautomatické segmentaci kloubní hlavice z CT dat, založené na hledání optimální cesty v polárních souřadnicích na axiálních řezech, kde základ cenové funkce tvoří kom- binace vlastností okostice, zejména směrový charakter 3D gradientů a velikost gradientů ve 2D řezech, kde tvoří typické "kanálky" . Pomocí vyplňování a mor- fologických operací je pak vytvořen objem, jehož vlastnosti jsou dále měřeny. Výsledná implementace byla experimentálně ověřena na RTG klinice FN na...
|
|
|
Interaktivní segmentace 3D CT dat s využitím hlubokého učení
Trávníčková, Kateřina ; Hradiš, Michal (oponent) ; Kodym, Oldřich (vedoucí práce)
Tato práce se zaměřuje na možnosti využití neuronových sítí pro segmentaci CT dat s omezenými možnostmi použití anotovaných dat. Hlavním prostředkem pro zlepšení kvality segmentace kostí pomocí modelu trénovaného na malé datové sadě je zde přidání uživatelské interakce. Dále jsou zkoumány možnosti využití transfer learningu v podobě předtrénování na interaktivní segmentaci na jiné než cílové datové sadě a v podobě předtrénování na restauraci dat pomocí cílové datové sady. Všechny zkoumané metody přinášejí určité zlepšení oproti baseline metodě, kterou je použití datově specifického automatického segmentačního modelu. Při trénování s velmi malými trénovacími množinami dochází ke zvýšení hodnoty Dice skóre až o desítky procent. Praktické uplatnění těchto metod může být například v jejich použití coby nástroje pro urychlení tvorby nového segmentačního datasetu.
|
|
|
Zobrazení 3D scény ve webovém prohlížeči
Sychra, Tomáš ; Pečiva, Jan (oponent) ; Španěl, Michal (vedoucí práce)
Tato práce zkoumá možnosti zobrazení akcelerované 3D scény v okně webového prohlížeče. Podrobněji se zabývá standardem WebGL a jeho využitím v praxi. V rámci práce byla vytvořena reálná aplikace pro vizualizaci volumetrických medicínských dat, která demonstruje současné možnosti webových technologií. Aplikace je založena na kombinaci JavaScriptu, WebGL a knihovny Three.js. Zobrazovaná data se načítají z externího úložiště Google Drive. Významnou část aplikace tvoří implementace 3D zobrazení volumetrických dat (tzv. volume rendering) s využitím metody Ray-casting a standardu WebGL.
|
|
|
Hybrid renderer
Goliaš, Matúš ; Pelikán, Josef (vedoucí práce) ; Horáček, Jan (oponent)
Názov práce: Hybridný renderer Autor: Matúš Goliaš Katedra: Katedra softwaru a výuky informatiky Vedúci práce: RNDr. Josef Pelikán, KSVI Abstrakt: V medicínskych aplikáciách sa často používajú aj objemové dáta aj polopriehľadné objekty definované ich povrchom. Avšak, vykresľovanie obidvoch typov dát spolu je dosť zložité. Táto práca poskytuje popis algoritmu prechodu lúčov pre vykresle- nie objemových dát. V algoritme sa opierame o model lúča prechádzajúceho plynným prostredím, ktorý popisuje vyžarovanie a pohlcovanie svetla. Ďalej rozoberáme problémy spojené s pridaním povrchovo daných objektov k objemu vzhľadom k tomuto algoritmu. Potom podávame návrh na rozšírenie algoritmu prechodu lúčov, ktorý vezme v úvahu tieto objekty a vykreslí ich správne spolu s objemom. Pritom porovnávame prístupy k riešeniu jednotlivých krokov algo- ritmu. Nakoniec naše riešenie implementujeme v aplikácií pre prezeranie obje- mových dát. Túto aplikáciu vytvárame za pomoci OpenGL a diskutujeme o mož- ných prístupoch skutočnej implementácie algoritmu. Naviac, aplikáciu obohatíme o možnosti vchádzania kamerou do vnútra objemu, rezanie celej scény rovinami a interaktívnu úpravu prechodových funkcií, ktoré definujú farebnú reprezentáciu hodnôt v objeme. Pritom každú z týchto súčastí popíšeme a prediskutujeme jej implementačné...
|
|
|
Correspondence Problem in Geometrics Morphometric Tasks
Krajíček, Václav ; Pelikán, Josef (vedoucí práce) ; Kosinka, Jiří (oponent) ; Sochor, Jiří (oponent)
Název práce: Problém korespondence v úlohách geometrické morfometrie Autor: Václav Krajíček Katedra / Ústav: Katedra software a výuky informatiky Vedoucí doktorské práce: RNDr. Josef Pelikán e-mail vedoucího: pepca@cgg.mff.cuni.cz Abstrakt: Analýza tvaru ve fyzické antropologii, biomedicíně a přidružených oborech je často prováděna s použitím landmarků nebo pomocí měření vzdáleností. Nové technické možnosti dovolují digitalizovat věrný vzhled objektu ve formě trojúhelníkových sítí nebo objemových dat. Tyto digitální obrazy jsou obzvláště užitečné v případech, kdy nemohou být vhodným způsobem použity landmarky k popisu tvaru. Aby bylo možné statisticky analyzovat tvar na vzorku pozorování, které jsou reprezentovány zmíněnými zobrazovacími technikami, musí být identifikovány vzájemně si odpovídající body. Registrace je klíčovým nástrojem k mapování reprezentací tvaru do společné souřadné soustavy, kde se hledají vzájemně si odpovídající body, v případě trojúhelníkových sítí na principu nejbližšího souseda a v případě objemových dat podle překrývajících se bodů. Elastická registrace založená na B-spline interpolaci byla vybrána kvůli své mnohostrannosti, relativní rychlosti a schop- nosti...
|
|
| |
|
|
Multidimensional transfer functions for scalar volumetric data visualization
Mach, Pavel ; Kolomazník, Jan (vedoucí práce) ; Dupej, Ján (oponent)
Objemový rendering (direct volume rendering) je algoritmus k zobrazování třírozměrných skalárních dat, jako je například snímek z CT. Tento algoritmus využívá konceptu Přechodových funkcí k přiřazení optických vlastností datovým hodnotám. Zaměřili jsme se na dvourozměrné přechodové funkce, které kromě primárního datasetu mají jako vstup ještě doplňkový. Konkrétně jsme se zaměřili na počítání tohoto doplňkového datasetu z hlediska křivosti primární obrazové funkce. K tomu jsme využili analýzy vlastních čísel Hessovy matice pro každý bod snímku. Navrhli jsme jeden vzorec a implementovali několik dalších pro počítání pravděpodobnosti že daný obrazový bod je součástí cévy. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
| |
|
|
Segmentation and density estimation in femur
Horáček, Jan ; Maršálek, Lukáš (vedoucí práce)
Název práce: Segmentace a odhad hustoty ve stehenním kloubu Autor: Jan Horáček Katedra (ústav): Kabinet software a výuky informatiky Vedoucí diplomové práce: Mgr. Lukáš Maršálek e-mail vedoucího: lukas.marsalek@mff.cuni.cz Abstrakt: Existují dvě hlavní metody pro léčbu zlomenin krčku stehenní kosti - totální endoprotéza a spojení speciálním kovovým šroubem. Při dostatečně kvalitní kosti je preferován šroub. Ovšem pokud je příliš řídká, šroub se může proříznout kloubní hlavicí, což vede k dalším operacím. Tato práce se zabývá novou metodou pro měření hustoty kostní trámčiny kloubní hlavice, které slouží lékaři jako další vodítko pro rozhodnutí, zda aplikovat šroub nebo totální endoprotézu. Náš přístup je založen na poloautomatické segmentaci kloubní hlavice z CT dat, založené na hledání optimální cesty v polárních souřadnicích na axiálních řezech, kde základ cenové funkce tvoří kom- binace vlastností okostice, zejména směrový charakter 3D gradientů a velikost gradientů ve 2D řezech, kde tvoří typické "kanálky" . Pomocí vyplňování a mor- fologických operací je pak vytvořen objem, jehož vlastnosti jsou dále měřeny. Výsledná implementace byla experimentálně ověřena na RTG klinice FN na...
|
|
|
Editor objemových dat
Kavalík, Jiří ; Kolomazník, Jan (oponent) ; Krajíček, Václav (vedoucí práce)
Cílem této práe je vytvoření jednoduchého nástroj k záklí práci s objemovými daty, jako napříkl změna velikosti, otočení, prahování a retušování, jež by bylo možné dále podle potřeb rozširovat. V dnešní době existuje mnoho nástrojů pro vizualizaci objemových dat, lékařských i jiných a několk jednoduchých editorů, napřiklad pro úpravy počítačových her s voxelovou frafikou. Běžnému uživateli však není dostupný editor se základní sadou nástrojů pro úpravy objemu v rozšení na úrovni lékařských skenerů. Námi navržený a implementovaný editor funguje na běžně dostupném hardware, uživateli nabízí sadu jednocuchých štětů a filtrů a programátorům možnost implemtnace vlastních nástrojů v prostředí C# formou pluginů.
|
host ::
RSS.