|
|
Regulace transkripce mikroRNA klastru miR-17-92 v průběhu diferenciace makrofágů.
Rybářová, Jana ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Pospíšek, Martin (oponent)
miR-17-92 klastr (Oncomir1) kóduje sedm mikroRNA (miRNA, miR) regulujících řadu biologických procesů jako je proliferace, diferenciace nebo apoptóza. Zvýšená exprese mikroRNA kódovaných tímto klastrem byla zjištěna u řady nádorových onemocnění včetně akutní a chronické myeloidní leukémie (Dixon-McIver et al., 2008; Li et al., 2008; Venturini et al., 2007). Myeloidní progenitory významně exprimují miR-17-92 klastr, zatímco makrofágová diferenciace je doprovázena výrazným snížením jeho exprese. V naší laboratoři bylo prokázáno, že miR-17-92 klastr je během diferenciace primárních PUER myeloidních progenitorů indukovaných transkripčním faktorem PU.1 (SPI1) reprimován transkripčním faktorem Early growth response 2 (Egr2). Cílem této diplomové práce bylo vytvořit sérii reportérových vektorů nesoucích fragmenty miR-17-92 putativního promotoru, které by umožnily studium regulace transkripce miR-17-92 klastru. Výsledně se podařilo připravit 8 fragmentů obsahujících různé úseky regulační oblasti miR-17-92 klastru v rozsahu -3.3 až 0 kb vzhledem ke kódující oblasti miR-17-5p, a to i přes vysoký CG obsah (~80%), které byly následně vklonovány do pGL3 reporterového vektoru. Transfekce a následná funkční esej pGL3 reporterového vektoru nesoucího -3.3;-0kb fragment putativního promotoru miR-17-92 v buňkách...
|
|
|
Epigenetické regulace u autoimunitních onemocnění se zaměřením na revmatoidní artritidu
Horková, Veronika ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Hušáková, Markéta (oponent)
Přesná příčina revmatoidní artritidy, jako i dalších autoimunitních onemocnění ještě stále není identifikována. V posledních dvaceti letech epigenetika ukázala novou tvář immunitního systému. Dědičné změny mimo sekvence DNA poskytují další komponentu hrající roli v autoimunitě. Metylace DNA, modifikace histonů - proteinů, kolem kterých je DNA obmotána, či interference malých sekvencí RNA - microRNA, všechny tyto mechanismy ovlivňují genovou expresi a tím umožňují zvýšenou produkci prozánětlivých faktorů vedoucích k autoimunitním reakcím. Kromě toho, geny regulující apoptózu jsou často cílem epigenetickách modifikací. Tyto mechanismy nejenže poskytují další úroveň imunitní obrany, ale poskytují také vysvětlení pro vyšší náchylnost žen k autoimunitním nemocím i vliv prostředí na patogenezi těchto nemocí.
|
|
|
Diagnostický a prognostický význam miR-122 a miR-142 u kolorektálního karcinomu
Kalkušová, Kateřina ; Červená, Klára (vedoucí práce) ; Král, Jan (oponent)
Kolorektální karcinom neboli rakovina tlustého střeva a konečníku patří mezi nejčetnější nádorová onemocnění a je jednou z nejčastějších příčin úmrtí spojených s nádory. Často je diagnostikován až v pokročilém stádiu, které je spojeno s horší prognózou. Z tohoto důvodu se usiluje o nalezení nových biomarkerů, které by umožnily časnější diagnostiku nádoru. Tyto biomarkery by mohly pomoci také s předpovědí prognózy onemocnění a odpovědi pacientů na vybranou léčbu. Jako slibní kandidáti se jeví krátké nekódující RNA, tzv. mikroRNA, které se podílejí na mnoha buněčných procesech prostřednictvím procesu RNA interference. Cílem této práce je shrnutí poznatků o možnosti využití miR-122 a miR-142 jako diagnostických a prognostických biomarkerů kolorektálního karcinomu. Klíčová slova:mikroRNA, biomarkery, kolorektální karcinom, diagnostika, prognóza
|
|
|
Vývoj chemických regulátorů drah mikroRNA a RNAi
Bruštíková, Kateřina ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent) ; Pospíšek, Martin (oponent)
MikroRNA jsou nekódující RNA navozující sekvenčně specifickou inhibici genové exprese na posttranskripční úrovni. MikroRNA představují hlavní skupinu malých endogenních RNA v savčích buňkách. V současnosti je známo více než 2500 lidských mikroRNA, které potencionálně regulují více než 60% lidských genů kódujících proteiny. MikroRNA se účastní většiny buněčných procesů a změny v jejich expresi byly popsány u různých patologií, včetně rakoviny. V současnosti neexistuje žádná malá chemická sloučenina schopná efektivního ovlivnění aktivity dráhy mikroRNA. Nicméně, malé chemické sloučeniny představují skvělé nástroje pro výzkum procesů, ve kterých dráhy sekvenčně specifického umlčování RNA (RNA silencing) hrají roli. Navíc by mohly být využitelné i pro biotechnologické aplikace a mohly by mít i značný terapeutický potenciál. Tato práce je součástí širokého projektu, jehož konečným cílem je: (i) najít soubor malých molekul umožňujících stimulaci a inhibici drah sekvenčně specifického umlčování RNA a (ii) identifikovat případy, kdy se tyto dráhy vzájemně ovlivňují s jiných buněčnými drahami. Tato práce shrnuje výsledky prvních dvou fází projektu, vývoj vysoce výkonných metod testování s vysokou propustností a vysoce výkonné testování s vysokou propustností (high-throughput screening, HTS) dostupných...
|
|
|
Extracelularní mikroRNA v hematologických malignitách a jejich žítí pro diagnózu a sledování léčby
Šulcová, Dominika ; Pospíšil, Vít (vedoucí práce) ; Čermák, Vladimír (oponent)
MikroRNA jsou krátké nekódující RNA, které negativně regulují genovou expresi na post-transkripční úrovni tím, že v cytoplasmě buňky současně inhibují translaci a indukují degradaci cílových mRNA. V nedávné době byly překvapivě identifikované extracelulární mikroRNA, které jsou stabilní a detekovatelné v tělních tekutinách včetně krevní plazmy a séra, mozkomíšního moku, slin, mléka a moči. Extracelulární mikroRNA jsou rezistentní k RNAzám a stabilní za vysokých teplot a pH. Extrémní stabilita extracelulárních mikroRNA je způsobena asociací s proteinovými komplexy (především s proteiny Argonaute), jež je ochraňují. MikroRNA jsou často deregulované v nádorových onemocněních a v nedávné době bylo zjištěno, že i v tělních tekutinách lze detekovat nádorově specifické mikroRNA, které mohou sloužit jako markery nádorového onemocnění. Tato bakalářská práce shrnuje znalosti o funkci a biogenezi mikroRNA a zaměřuje se na extracelulární mikroRNA, jejich roli v mezibuněčné komunikaci, roli v hematologických malignitách a možné využití v diagnóze a terapii.
|
|
|
Extracelulární microRNA a jejich role v patologiích zejména v oblasti gynekologie a porodnictví.
Štěrbová, Monika ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Balušíková, Kamila (oponent)
mikroRNA (miRNA) jsou relativně nedávno objevené molekuly RNA, které slouží k regulaci genové exprese a přes procesy diferenciace, proliferace a apoptózy ovlivňují komplexní biologické systémy, jako jsou embryogeneze, onkogeneze a imunita. V poslední době se začínají experimentálně využívat v diagnostice a predikci těhotenských komplikací a nádorového bujení. V neinvazivní diagnostice se využívají extracelulární miRNA molekuly - přítomné v cirkulaci pacienta. Molekuly RNA se do extracelulárních tekutin dostávají nejčastěji procesem apoptózy. Pro mou práci jsem si vybrala čtyři choroby, pro které mají extracelulární miRNA diagnostický potenciál, preeklampsii, růstovou retardaci plodu, gestační diabetes mellitus a rakovinu prsu. U těchto chorob byla popsána aberantní exprese a rozdílné hladiny extracelulárních miRNA ve srovnání se zdravými kontrolami, ale klinické využití mikroRNA markerů v diagnostice a predikci onemocnění ještě vyžaduje další výzkum a optimalizaci. Klíčová slova: extracelulární nukleové kyseliny, gestační diabetes mellitus, mikroRNA, PCR, preeklampsie, rakovina prsu, růstová retardace plodu
|
|
|
Studium exprese placentárně specifických microRNA u pacientek se spontánním předčasným porodem a předčasným odtokem plodové vody (PPROM)
Vintrová, Iva ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
MicroRNA (miRNA) jsou krátké nekódující RNA o délce 18 až 25 nukleotidů hrající stěžejní roli v posttranskripční regulaci genové exprese. Existují miRNA, jejichž exprese je omezena pouze na určitý typ tkáně, a choroby, které jsou charakteristické unikátním expresním profilem miRNA. Předpokládala jsem, že by spontánní předčasný porod (PTB) a předčasný odtok plodové vody (PPROM) mohl být charakterizován unikátním expresním profilem miRNA. Sledovala jsem genovou expresi 15 placentárně specifických miRNA (miR-512-5p, miR-515- 5p, miR-516b-5p, miR-517-5p, miR-518b, miR-518f-5p, miR-519a-5p, miR-519d-3p, miR- 519e-5p, miR-520a-5p, miR-520h, miR-524-5p, miR-525-5p, miR-526a a miR-526b-5p) v placentární tkáni u pacientek s PTB, PPROM a u žen s fyziologickou graviditou a porodem v termínu (FG). PTB skupinu tvořilo 24 pacientek, PPROM skupinu 75 pacientek a FG skupinu 20 pacientek. Ke kvantifikaci genové exprese byla použita kvantitativní PCR v reálném čase. U PTB jsem v porovnání s kontrolami (FG) identifikovala 3 signifikantně upregulované miRNA (miR-516b-5p, miR-519d-3p a miR-524-5p) a 4 miRNA (miR-518b, miR-519a-5p, miR-520h a miR-526a) s trendem k upregulaci. U PPROM jsem identifikovala 3 miRNA (miR- 519d-3p, miR-520h a miR-526b-5p) s trendem k downregulaci v porovnání s kontrolami. Zároveň bylo...
|
|
|
Role mikroRNA v hypoxické plicní hypertenzi
Tichý, Václav ; Hampl, Václav (vedoucí práce) ; Kolář, David (oponent)
Plicní arteriální hypertenze (PAH) je devastující progresivní choroba, která výrazně zhoršuje kvalitu života a má průměrnou dobu dožití jen několik let. Jedním z důležitých iniciátorů PAH je chronická hypoxie. Po více než šesti desetiletích výzkumu, započatém v roce 1946 von Eulerem a Liljestrandem, byla pro tuto patologii identifikována nová skupina potenciálních regulátorů, která začala být během posledních pěti let intenzivně studována. Jedná se o vysoce konzervované molekuly patřící k nekódujícím RNA. Tyto cca 22 nukleotidů dlouhé mikroRNA (miRNA) fungují jako negativní regulátory exprese různých proteinů. Mnoho z nich reguluje tradiční signální dráhy hypoxické PAH (HIF-1, BMPR2) a miRNA jsou naopak regulovány dalšími signalizacemi. To dohromady vytváří spletitou síť přímých i nepřímých interakcí a zpětnovazebných smyček, kterou je třeba pro porozumění hypoxické PAH studovat. Tato práce shrnuje poznatky o důležitých miRNA molekulách z posledních let a osvětluje část těchto regulačních mechanismů na jednotlivých miRNA molekulách (miR-17-92, miR-21, miR-210, miR-204 a miR143/145).
|
|
|
Studium regulačních vlastností onkogenních mikroRNA za normálních a patologicky změněných podmínek s cílem využít znalosti k odhalení nových tumorů.
Dusílková, Nina Borisovna ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Rohoň, Peter (oponent)
Onkogenní mikroRNA (miRNA) jsou malé molekuly RNA, které inhibují posttranslační regulační mechanismy na epigenetické úrovni. miRNA jsou často deregulovány u malignit a díky své stabilitě jsou detekovatelné v nebuněčných frakcích periferní krve. V naší laboratoři jsme provedli několik studií, které zkoumaly a využívaly miRNA jako biomarkery pro různé hematologické nádory (např. chronická lymfocytární leukémie, Hodgkinův lymfom) a solidní nádory (např. karcinom prsu). Cílem těchto studií bylo zjistit souvislost miRNA s patofyziologickými a klinickými aspekty jednotlivých onemocnění. Zde jsme potvrdili význam konkrétních miRNA nebo jejích komplexů při sledování onemocnění. Kombinací klinických, molekulárně biologických a statistických analýz se nám podařilo najít soubory miRNA, které nad očekávání plnily nejen diagnostickou, ale i prognostickou roli. Tato práce se zaměřuje na výzkum mikroRNA v diagnostice hematologické malignity - primárního kožního T-buněčného lymfomu (CTCL). V tomto onemocnění byla prokázána nádorová specifita některých miRNA. Jejich aberantní exprese ve vzorcích tkání pacientů s CTCL získaných z kožních biopsií správně odlišila maligní onemocnění od kontrolních vzorků nezhoubných kožních lézí. Zde jsme si položili otázku, zda by tyto miRNA mohly být použity jako plazmatické...
|
|
|
Postpartální exprese kardiovaskulárních mikroRNA - srovnání expresních hladin mezi plazmou, plazmatickými exozómy a plnou periferní žilní krví
Ševčíková, Adéla ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent)
MikroRNA (miRNA) jsou krátké nekódující molekuly RNA, které post-transkripčně regulují genovou expresi. Celá řada miRNA se podílí na patogenezi kardiovaskulárních onemocnění, což je asociováno se změnou jejich genové exprese. Cílem této práce bylo zjistit, jak se liší genová exprese miRNA mezi jednotlivými biologickými zdroji - plnou periferní žilní krví (plná PK), plazmou a plazmatickými exozómy. U celého souboru žen byly expresní hladiny miRNA nejvyšší v plné PK v porovnání s plazmou či plazmatickými exozómy. U celého souboru žen byly expresní hladiny miRNA vyšší v plazmě v porovnání s plazmatickými exozómy, kromě miR-126-3p, kde byla detekována vyšší hladina v plazmatických exozómech ve srovnání s plazmou. V této práci byly také porovnány expresní hladiny kardiovaskulárních miRNA mezi ženami s anamnézou gestačního diabetu mellitu (GDM) a ženami s anamnézou fyziologické gravidity (FG) v období 3-11 let postpartum v plné PK, plazmě a plazmatických exozómech. V plné PK bylo 12 z 29 testovaných miRNA up-regulováno u žen s anamnézou GDM. V plazmatických exozómech byla up-regulována miR-181a-5p a v plazmě miR-499a-5p u žen s anamnézou GDM. Změny v plné PK zřejmě odrážejí komplexní systémovou reakci na změny, které nastaly v důsledku klinické manifestace GDM. U žen s aberantním epigenetickým profilem...
|
host ::
RSS.