|
|
Populační struktura, migrace a dynamika Afriky a Arábie
Čížková, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Frynta, Daniel (oponent) ; Zrzavý, Jan (oponent)
Populační historie afrického sahelu a Arábie byla kromě interakce evolučních sil ovlivněna i šířením kulturních inovací neolitu. Odrazem těchto procesů je dnes velmi složitě strukturovaná diverzita současných populací, která je v předkládané práci prezentována prostřednictvím analýz několika genetických markerů. Cílem je podat ucelený pohled na historii demografických procesů v sahelu i Arábii, a to kombinací genetických, jazykových, subsistenčních a geografických dat získaných od lokálních populací. Studie rozsáhlého souboru mtDNA sekvencí ukázala, že Arábie byla významnou křižovatkou genového toku, a ačkoliv byla kolonizována anatomicky moderními lidmi z východní Afriky, dnešní diferenciace mezi oběma regiony je vyšší než diferenciace mezi jejich lokálními populacemi. I sahel byl v minulosti významným biokoridorem. Setkáváme se zde s populacemi různých subsistenčních strategií (kočovní pastevci a usedlí zemědělci), mezi nimiž byl genový tok značně omezen. Porovnání uniparentálně děděných lokusů u obou skupin poukazuje na odlišnou migrační aktivitu východní a západní části sahelu. Ke komplexnějšímu obrazu populační historie této oblasti přispěly také analýzy Alu elementů, které naznačily inklinaci západoafrických pastevců (Fulbů) k populacím východní Afriky. Práce ukazuje, že subsistenční...
|
|
|
Genetická diverzita a struktura populací Campanula glomerata na regionální škále v Bílých Karpatech
Černá, Mariana ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; Kotilínek, Milan (oponent)
Fragmentace stanovišť může negativně ovlivnit populace druhů kvůli snížené genetické diverzitě a zvýšené diferenciaci populací v důsledku izolace stanovišť, snížené velikosti populací a narušení genového toku. Řada druhů trpí fragmentací stanovišť a izolovaností a Campanula glomerata je dobrým příkladem druhu, který je na mnoha místech znatelně na ústupu kvůli změnám v obhospodařování krajiny. Otázkou je, jak modelový druh C. glomerata reaguje na tyto změny a jestli se tyto změny projeví v genetické diverzitě a struktuře populací. Cílem této práce je tedy zjistit míru genetické diverzity a odkrýt genetickou strukturu populací modelového druhu C. glomerata na malé regionální škále v Bílých Karpatech. Tento systém nám umožní srovnat populace ze dvou odlišných regionů, které byly různou mírou zasaženy zemědělskou intenzifikací a fragmentací v minulém století. Jde o jihozápadní a severovýchodní část regionu, které se od sebe liší historií managementu v krajině, kontinuitou lučních porostů, druhovým složením a přírodními podmínkami. Pro tento účel jsem vyvinula a optimalizovala celkem 16 použitelných mikrosatelitových markerů, z nichž 4 pochází od příbuzných druhů rodu Campanula a 12 bylo pro druh C. glomerata vyvinuto nově. Výsledky naznačují, že nedávná fragmentace stanovišť nevedla k významné ztrátě...
|
|
|
Využití molekulárních markerů ve šlechtění mrkve
Sejbalová, Darina
Cílem této práce bylo studium diverzity mrkve obecné (Daucus carota), analýza homogenity rodičovského materiálu, vyhodnocení úspěšnosti křížení, a rozlišení sterilních a fertilních genotypů použitých křížení. Byly analyzovány 4 hybridní odrůdy mrkve a 12 linií, z nichž čtyři byly cytoplasmaticky sterilní (CMS), pomocí deseti SSR markerů a šesti markerů na CMS. Podle vypočítaných statistických hodnot DI, PI a PIC byly použité markery vysoce variabilní. Bylo pomocí nich detekováno celkem 45 alel, s průměrem 4,5 alel na lokus a 4 nulové alely. Velikost alel se pohybovala mezi 180 až 380 bp. Byla vyhodnocena úspěšnost křížení, kdy jako nejúspěšnější bylo vyhodnoceno křížení u odrůdy Koloseum. Čtyři SSR markery byly doporučeny jako vhodné pro další studium diverzity a úspěšnosti křížení u mrkve, a to GSSR-6, GSSR-16, GSSR-91 a GSSR-9. Pomocí markerů pro CMS proběhla úspěšně identifikace sterilních a fertilních linií u jednoho křížení (odrůda Koloseum) s markerem Atp8.
|
|
|
Krasová polje východní Hercegoviny z perspektivy ryby rodu Telestes
Doulíková, Tereza ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Oblast Dinárského krasu na Balkáně patří mezi centra diverzity s vysokým počtem sladkovodních endemických ryb. Hlavním důvodem vysokého stupně endemismu jsou četné paleoklimatické a geologické události, které měly vliv na formování celé oblasti. Toky krasových poljí Dinárské oblasti tvoří specifický ekosystém, kterému se některé druhy ryb přizpůsobily. Polje bývají pravidelně zaplavována, což vede k aktivaci různých podzemních cest a propojení poljí. Tyto ryby tráví část roku v povrchových a část v podzemních vodách a mohou využívat podzemní toky k migraci. Cílem této diplomové práce je zhodnotit genetickou variabilitu dvou endemických druhů ryb rodu Telestes žijících v krasových poljích v oblasti východní Hercegoviny a zjistit přítomnost genového toku mezi jednotlivými populacemi důsledkem spojení podzemních toků. Pro tento účel byla izolována DNA 102 jedinců z pěti různých lokalit. Pro analýzy byl použit mitochondriální marker cytochrom b a 16 mikrosatelitů. Výsledky poukazují na velmi nízkou genetickou variabilitu mezi druhy a populacemi. Analýza mitochondriálního markeru neprokázala propojení populací jednotlivých druhů, s výjimkou možného propojení populace Telestes metohiensis z řeky Mušnica s populací z řeky Zalomka, které sdílely jeden haplotyp. Jednotlivé populace jsou pravděpodobně velmi...
|
|
|
Diverzita fotobiontů ve stélkách lišejníku Psora decipiens
Jadrná, Iva ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Peksa, Ondřej (oponent)
Psora decipiens je charakteristickým druhem společenstva terikolních lišejníků Toninio-Psoretum decipientis rostoucím na vápenitých nebo bazických substrátech. Společenstvo sestává v různých modifikacích z lišejníků Placidium squamulosum, Toninia sedifolia, T. opuntioides, Fulgensia fulgens, F. bracteata a dalších. Fototobionti lišejníku Psora decipiens byli determinováni. Psora decipiens a Placidium sp. společně sdílí jeden druh fotobionta, běžnou terestrickou řasu Myrmecia israeliensis. Klonování ITS rDNA odhalilo velkou variabilitu M. israeliensis v rámci jedné lišejníkové stélky. Ve stélce bylo často nalezeno několik genotypů ve stélce, což odhaluje buď vysokou mutační rychlost řasy nebo neustálou relichenizaci. Saxikolní druhy Psora (P. testacea, P. himalayana, P. valesiaca a P. rubiformis) mají na rozdíl od terikolního druhu P. decipiens jako fotobionta M. biatorellae, což naznačuje možný vliv fotobiontů na substrátovou specifitu lišejníků rodu Psora . Práce se mimo jiné zamýšlí nad vhodnou metodikou používanou pro identifikaci fotobiontů. Není možné popsat pravého fotobionta bez morfologické determinace řasy přímo ve stélce nebo kultuře kombinované s jasnými molekulárními metodami. Postup identifikace fotobiontů byl dřív podceněn v případě lišejníku Psora decipiens. Klíčová slova: lišejník,...
|
|
|
Studium polymorfizmu DNA mrkve
Sejbalová, Darina
Obsahem této práce je teoretické a praktické studium genetické diverzity mrkve obecné. Cílem byla analýza polymorfismu DNA Daucus carota L. pomocí metod molekulární biologie na bázi izolace DNA, PCR a elektroforetická separace. Celkem bylo analyzováno 20 vzorků mrkve s využitím 10 mikrosatelitních markerů. Bylo detekováno celkem 50 alel s průměrem pěti alel na lokus a velikostí alel mezi 180 a 380 bp. Dále byly vypočítány statistické parametry DI, PI a PIC, které potvrdily vysokou míru polymorfismu použitých SSR markerů. Byl sestaven dendrogram, který poukázal na vztahy mezi jednotlivými odrůdami mrkve. Výsledky byly porovnány s odbornými publikacemi, zabývajícími se stejnou, nebo velmi podobnou problematikou.
|
|
|
Význam genetické diverzity rostlinných populací a faktory, které ji určují
Sýkorová, Mariana ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; Dostálek, Tomáš (oponent)
Tato práce je rešerší vědeckých článků a odborné literatury zabývající se genetickou diverzitou. V dnešní době dochází k rozsáhlým ztrátám genetické rozmanitosti, které jsou způsobené antropogenními vlivy. Projevují se zejména ztrátou adaptibility populací ke změnám vnějšího prostředí a tím i sníženou schopností populací přežívat ve svých přirozených habitatech, což může vést k vymírání těchto populací a nakonec i k riziku extinkce celého druhu. Cílem této bakalářské práce je shrnutí poznatků o problematice populační genetické diverzity rostlinných druhů, v neposlední řadě také v souvislosti se změnami hospodaření v krajině. Jsou zde vysvětleny základní ukazatele, které určují genetickou diverzitu a současně představeny faktory, které mohou potenciálně ovlivňovat genetickou diverzitu, zahrnující také faktory ovlivňující genetickou diverzitu ve vztahu k historickému stavu krajiny.
|
|
|
Variabilita mitochondriální DNA u populací střední Evropy.
Veselá, Monika ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Cílem této diplomové práce bylo zhodnotit genetickou diverzitu mtDNA populací střední Evropy a posoudit, zda a jak souvisí s geografickými vzdálenostmi či jazykovou příslušností jednotlivých populací. Pro tento účel byly sekvenovány HVS-1 úseky mtDNA 194 jedinců rozdělených do 6 slovenských populací. Získané sekvence byly vyhodnoceny prostřednictvím základních parametrů genetické diverzity a porovnány s obdobnými daty publikovanými jinými autory (jednalo se o 4 798 sekvencí HVS-1 segmentu mtDNA 42 populačních celků střední Evropy). Intra-populační analýzy ukázaly na vysokou míru genové a nukleotidové diverzity jednotlivých populací, s patrným poklesem hodnot od severu k jihu. Nejvyšší míry genetické diverzity vykazovaly slovenské populace, nejnižší hodnoty pak byly zaznamenány pro populace chorvatské. Z výsledků ΦST vzdáleností je patrná jistá podobnost populací slovanských (Slovensko, Česká republika, Polsko, Slovinsko, Srbsko, Bosna a Hercegovina), germánských (Německo, Rakousko, Švýcarsko) a také některých skupin z Maďarska a Rumunska. Nejvzdálenější se jevily především populace Chorvatska, které se lišily téměř od všech populací zahrnutých do studie. AMOVA ukázala, že geografické členění populací vysvětluje rozložení genetické variability poněkud lépe než jazykové třídění. Na variabilitu mezi...
|
|
|
Diverzita rodu Blastocystis (Stramenopiles) v plazech a členovcích
Lorencová, Markéta ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Jirků, Kateřina (oponent)
Rod Blastocystis si v současnosti získává pozornost mnoha vědců, zejména parazitologů. Zástupci tohoto rodu ztratili bičíky, ale, obdobně jako zástupci příbuzných skupin Opalinidae a Proteromonadidae, jsou anaerobní a žijí endobioticky ve střevním traktu mnoha živočichů. Vzhledem k snadnému přenosu se s tímto prvokem můžeme setkat i u lidí, u kterých bývá spojován se syndromem dráždivého tračníku. Předpokládá se, že tento organismus má u lidí vysoký patogenní potenciál. Ten je dnes stále předmětem diskuse. Rod Blastocystis je pozoruhodný svou extrémně bohatou genetickou diverzitou, která mnohdy komplikuje výzkum. Navíc pojetí této genetické bohatosti je dnes nejednotné a problematické. Genetická diverzita bývá studována zejména u zástupců parazitujících u homoiotermních obratlovců. Ty dnes můžeme rozdělit do celkem 17 odlišných genetických forem, tzv. subtypů. Zástupci tohoto rodu jsou schopni parazitovat i ve střevech studenokrevných obratlovců a bezobratlých živočichů. Tyto blastocysty stojí při studiu genetické diverzity rodu Blastocystis samostatně, některé z nich jako samostatné druhy. Celkově je jejich genetická diverzita velmi málo prozkoumaná. Tato práce si klade za cíl objasnit genetickou diverzitu rodu Blastocystis. Celkem bylo studováno 38 izolátů ze studenokrevných obratlovců a...
|
|
|
Genetické vazby v okolí Rudého moře hodnocené pomocí mtDNA
Čížková, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Rídl, Jakub (oponent)
Okolí Rudého moře je jedním z důležitých regionů, které nám umožňují poodkrýt stopy evoluce anatomicky moderního člověka. Kromě otázek souvisejících s jeho šířením z Afriky je tato oblast významná i z hlediska vzájemného vlivu afrických a arabských populací, které se po delším období vzájemné izolace a genetické diferenciace související s klimatickými změnami v pleistocénu a následným rozvojem námořních i pozemních tras v holocénu začaly dostávat do stále častějšího kontaktu. Ačkoliv byla v rámci této oblasti provedena již řada archeogenetických analýz, některé otázky týkající se pozdějšího vývoje zůstávají dosud nedostatečně zodpovězené, především z důvodu nedostatečného materiálového zastoupení. Tato práce je zaměřena na analýzu 200 sekvencí mtDNA čtyř súdánských populací - dvou populací kočovných pastevců Rašajda a Bedža žijící v těsném sousedství v okolí města Kassala a hovořící odlišnými jazyky a dvou populací z údolí Nilu žijící usedlým způsobem života. Prostřednictvím intrapopulační analýzy byla zjištěna mnohem vyšší diverzita u usedlých populací (v této práci jsou reprezentovány Núbijci a Araby). Při hodnocení interpopulační variability a genetických vzdáleností v rámci dalších 46 populací z oblasti Rudého moře bylo dále zjištěno, že ačkoliv žijí Rašajdové a Bedžové v současné době v těsném...
|
host ::
RSS.