|
| |
|
|
Využití konfokální mikroskopie ke studiu degradace organického barviva v buněčné biologii
Trnová, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zaměřuje na studium doby života fluorescenčního barviva. Dále zkoumá změny v jeho emisním spektru určované za pomoci vývoje intenzity fluorescence v průběhu dlouhodobého snímání u několika druhů buněk. Obecná část práce pojednává o problematice konfokální mikroskopie, fluorescenčního záření a značek. Dále je proveden rozbor metod měření doby života fluorescence. V práci je vypracován popis programu, který byl navržen pro analýzu získaných výstupů použitého konfokálního mikroskopu. Následně jsou vyhodnoceny dosažené výsledky.
|
|
|
Pokročilé metody detekce kontury srdečních buněk
Spíchalová, Barbora ; Čmiel, Vratislav (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá pokročilými metodami detekce kontur srdečních buněk a měření jejich kontrakce. V úvodní teoretické části práce jsou popsány druhy konfokálních mikroskopů, které se používají pro snímání biologických vzorků. Následuje kapitola věnovaná metodám segmentace srdečních buněk, kde jsme seznámeni s běžně užívanými přístupy. Nejpoužívanější metody segmentace jsou aktivní kontury a matematická morfologie, kterým se věnuje podstatná část práce a blíže nás s těmito přístupy seznamuje. Díky těmto metodám jsme schopni v obrazových datech přesně detekovat požadované prvky a měřit jejich změnu plochy v čase. Nabyté teoretické znalosti nám slouží pro praktickou realizaci metod v programovém prostředí MATLAB.
|
|
|
Zařízení pro měření koncentrace intracelulárního vápníku v LabVIEW
Pochlopeň, Timotej ; Ronzhina, Marina (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá osvojením metod pro měření koncentrace intracelulárního vápníku, a takže odpovídajícím zařízením v prostředí LabVIEW. V této práci je představena teorie k principu fluorescence, fluorescenčním metodám a indikátorům pro měření koncentrace intracelulárního vápníku. Jsou navrženy postupy měřeni pomoci fluorescenčního mikroskopu, kamery a barviva pro měření. Uvedena teorie ke konfokální mikroskopii a jsou porovnány tyto dvě metody. Představeno literární řešení problémy. V praktické části je popsán program s grafickým uživatelským rozhraním sloužící k akvizici a analýze dat pro měření dynamiky koncentrace intracelulárního vápníku. V experimentální části je popsaná příprava a měření s buňkami a vyhodnocení experimentů.
|
|
| |
|
|
3D vizualizace velkých biologických vzorků nasnímaných konfokálním mikroskopem
Čapek, Martin ; Janáček, Jiří ; Karen, Petr ; Kubínová, Lucie ; Smrčka, P. ; Hána, K.
Objemová rekonstrukce je metoda sloužící k vizualizaci trojrozměrné struktury biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je horizontální či axiální zorné pole snímacího systému (v našem případě laserového konfokálního mikroskopu).Velké vzorky je nutné nařezat na tenké fyzické řezy. Pak se snímají všechny sousedící a překrývající se objemové obrazy v rámci jednotlivých fyzických řezů (kompenzace omezeného horizontálního zorného pole). Takové sousedící obrazy se dále získají pro všechny sériové fyzické řezy (kompenzace omezeného axiálního zorného pole).První krok objemové rekonstrukce představuje složení překrývajících se sousedních zorných polí téhož fyzického řezu. Složené objemové obrazy fyzických řezů je pak nutno složit ve výsledný objemový obraz reprezentující celý biologický vzorek. Výsledný digitální objem jsem vizualizovali s využitím karty VolumePro nabízející 3D zobrazení rastrových dat v reálném čase
|
|
| |
host ::
RSS.