|
|
Temporální změny genetické a morfologické diverzity křemičitých zlativek (Stramenopiles, Chrysophyceae)
Tučková, Kateřina ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Nedbalová, Linda (oponent)
Temporální dynamika na malé časové škále je velmi zajímavou oblastí výzkumu. Většinou jsou temporální studie dělány na škále v řádu měsíců či let. Mikroorganismy mají však mnohem kratší generační dobu a jejich změny se tudíž mohou odehrávat i na mnohem menší časové škále. Zároveň téměř žádná z temporálních studií nejde na druhovou úroveň a většinou se drží na úrovni tříd. To, že se mění dynamika druhů v rámci dní víme z pozorování, ale nebylo to nikdy řádně ověřeno. Pro studium změn na této jemné úrovni byly vybrány rody Mallomonas a Synura ze třídy Chrysophyceae. Tyto dva rody se vyznačují tvorbou křemičitých šupin na povrchu svých buněk, podle kterých jsou dobře morfologicky určitelné na druhovou úroveň. Jelikož je však určování druhů pomocí mikroskopu starou ale však tradiční metodou, byla použita i nová molekulární metoda pro určování druhů na lokalitě, tj. metabarcoding. Ukázalo se, že tyto metody přináší pro popis společenstva zlativek podobné výsledky. Zároveň se potvrdilo, že temporální dynamika probíhá na úrovni druhů, ale i na úrovni sekcí u rodu Synura. Následně se podařilo přiřadit k temporálním změnám ve společenstvu enviromentální faktory, které je způsobují. Klíčová slova: temporální dynamika na malé časové škále, Chrysophyceae, Synura, Mallomonas, transmisní elektronová mikroskopie,...
|
|
|
Fylogeneze a taxonomie vybraných druhů sinic čeledi Merismopediaceae s využitím metody single cell sequencing
POKORNÝ, Jan
Díky novým molekulárním metodám, které byly použity pro revizi mnohých tradičních taxonů sinic, se vyjasňují jejich skutečné systematické pozice. Merismopediaceae je poměrně málo zkoumaná skupina sinic, a proto její mnohé podskupiny nebyly dostatečně molekulárně revidovány. V této práci byly použity standardní molekulární metody polyfázického přístupu jak na environmentální izoláty taxonů náležících čeledi Merismopeidaceae, tak na kmeny v kultuře. Následná fylogenetická analýza založená na genu 16S rRNA odhaluje polyfyletismus rodů Merismopedia a Eucapsis. Tato práce rovněž obsahuje vůbec první molekulární analýzu rodu Microcrocis.
|
|
|
Phase plates for transmission electron microscopy
Špičáková, Tereza ; Sháněl, Ondřej (oponent) ; Konečná, Andrea (vedoucí práce)
Samples consisting of light atoms, such as biological samples, provide low contrast in the transmission electron microscope images. However, introducing an additional phase shift between the electrons carrying the information of the sample and the background electrons can enhance the contrast significantly without impacting the quality of the image. This effect can be achieved by using a phase plate in the microscope. Phase plates based on a thin amorphous carbon film are used in conventional transmission electron microscopes. In recent years, extensive research in advanced phase plate design has been carried out. Yet, only a few studies on materials for the thin film-based phase plates have been published. For this reason, the main goal of this master’s project is to design measurements of the phase-shifting properties of various materials. In the first part of this thesis, the theory of electron wave imaging in a transmission electron microscope is described. Then, we review and compare phase plate designs. In the second part, four designs of the experimental setup are presented, out of which two have been tested experimentally. The measurements have been performed on a series of samples of different thicknesses and materials, and the results have been appropriately analysed. Furthermore, the qualitative behaviour of the tested designs has been compared to theoretical computations.
|
|
|
Transmission Electron Microscopy of Al-Mg Aluminium Alloys with Addition of Sc and Zr
Křivská, Barbora ; Šlapáková, Michaela (vedoucí práce) ; Málek, Přemysl (oponent)
Abstrakt. Mikrostruktura hliníkové slitiny Al-3.2Mg-0.19Sc-0.14Zr (hm.%) připravené metodou plynulého odlévání mezi válce byla studována pomocí světelné a elektronové mikroskopie. Materiál byl podroben isotermickému žíhání 300 řC / 8 h a/nebo deformován metodou protlačování pravoúhlým kanálem za účelem zlepšení mechanických vlastností. Žíhání vedlo k precipitaci jemné dis- perze metastabilní fáze Al3(Sc,Zr) a zvýšení mikrotvrdosti o 20 HV. Protlačování pravoúhlým kanálem výrazně snížilo velikost zrn a způsobilo nárůst mikrotvr- dosti o 30 HV. Kombinace obou metod - žíhání a deformace v různém pořadí - nepřineslo další zpevnění materiálu. Nicméně, při vystavení studované slitiny isochronnímu žíhání do 600 řC bylo prokázáno, že Al3(Sc,Zr) precipitáty, vzniklé při předchozím žíhání 300 řC / 8 h, značně stabilizují mikrostrukturu a omezují růst zrn po rekrystalizaci. 1
|
|
|
Komicelizace polystyren-b-polyakrylové kyseliny s nízkomolekulárními surfaktanty
Paloncýová, Markéta ; Štěpánek, Miroslav (vedoucí práce) ; Matějíček, Pavel (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá studiem vlivu nízkomolekulárních iontových surfaktantů dodecylsulfátu sodného (SDS) a hexadecyltrimethylammonium bromidu (HTAB) na asociační chování blokového kopolymeru polystyren-b-polyakrylové kyseliny (PS-b-PAA) v alkalických vodných roztocích. Připravené polymerní nanočástice byly charakterizovány pomocí statického a dynamického rozptylu světla, transmisní elektronové mikroskopie a 1 H NMR spektroskopie. Bylo zjištěno, že oba surfaktanty interagují pouze s polyakrylátovými bloky a jejich přítomnost v systému vede ke zhoršení rozpustnosti kopolymeru, která se projevuje tvorbou velkých micelárních agregátů a srážením komplexu polymer-surfaktant.
|
|
|
Electron cryo-microscopy techniques in biological research and nanotechnologies
Mistríková, Veronika ; Bednár, Jan (vedoucí práce) ; Nebesářová, Jana (oponent) ; Benada, Oldřich (oponent)
Příprava biologických vzorků pro transmisní elektronovou mikroskopii není triviální úkol. Vzorky musí odolat vakuu přítomném v mikroskopu, a proto je často nutné uplatnit nefyziologické postupy při jejich zpracování. Tyto postupy obvykle zahrnují fixaci na bázi aldehydů, nahrazení vody alkoholem (t.j. dehydrataci/substituci), a zalití do pryskyřice, která vytváří podporu pro následnou přípravu tenkých řezů, které pak mohou být vloženy do mikroskopu. V posledním desetiletí získala dominantní postavení v oblasti výzkumu buněčné biologie metoda kryo-fixace (vitrifikace) za pomoci ultrarychlého vysokotlakého zmrazování a následná kryo-substituce a zalití vzorků do pryskyřice při nízkých teplotách. Tímto způsobem byli úspěšně vitrifikovány různé biologické vzorky s tloušťkou až několik stovek mikrometrů do stavu, který byl srovnatelný s jejich in vivo strukturou. Kryo-fixace izolovaných biologických objektů (s omezenou tloušťkou do několika mikrometrů) je možná i v tenké vrstvě vitrifikované vody za pomoci imerzní kryo-fixace při normálním tlaku. V kombinaci s kryo-elektronovou mikroskopií se tato metoda stala nejefektivnejším a základním principem pro tvorbu elektron kryo-mikroskopických obrázků plně hydratovaných vzorků s velmi vysokým rozlišením na úrovni několika desetin nanometrů. Obě tyto metody...
|
|
|
Techniky využívající svazek nabitých částic k zobrazení a analýze materiálů
Lamborová, Leona ; Kičmerová, Dina (oponent) ; Čupera, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá technikami využívající svazek nabitých částic pro zobrazení a analýzu materiálu. Mezi nabité částice využívající se pro tyto účely patří elektrony a ionty. Tato rešeršní práce je tedy rozdělena na podstatu elektronové a podstatu iontové optiky. Dále je zde pojednáno o principu funkce, konstrukci a detektorech, které slouží k obrazové a chemické analýze skenovací elektronové mikroskopie, transmisní elektronové mikroskopie a metody fokusovaného iontového svazku.
|
|
|
Mikroskopie: nástroj pro materiálovou analýzu
Pleskalová, Kateřina ; Řehořek, Lukáš (oponent) ; Čupera, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá popisem mikroskopických technik, které se využívají k analýze materiálů. V úvodní části je krátce shrnuta historie mikroskopie. První polovina práce je zaměřena na světelnou mikroskopii a více rozvedena je zde technika konfokální mikroskopie. Druhá polovina práce se soustředí na základní techniky elektronové mikroskopie, tedy transmisní a skenovací elektronovou mikroskopii. V závěru každé kapitoly jsou shrnuty limity a omezení, ale i výhody jednotlivých technik. Pro uvedené mikroskopické techniky je krátce popsána také příprava metalografických vzorků.
|
|
|
Charakterizace PHA produkujících buněk pomocí pokročilých mikroskopických a cytometrických technik
Dlouhá, Karolína ; Nováčková, Ivana (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je zdokumentovat produkci polyhydroxyalkanoátů u vybraných bakteriálních kmenů, kterými byly Pseudomonas thermotolerans, Chelatococcus daeguensis, Tepidiphilus thermophilus a Chelatococcus thermostellatus. U mikroorganismů Tepidiphilus thermophilus a Pseudomonas thermotolerans zatím nebyla produkce PHA pospána a u bakterií rodu Chelatococcus, které byly v této práci analyzovány, nebyla produkce zdokumentována pomocí elektronové mikroskopie. V této práci byly vybraní producenti analyzováni nejdříve pomocí průtokové cytometrie s použitím fluorescenčních sond BODIPY a Nilská červeň. Vybraní producenti, u kterých se produkce potvrdila, byly analyzováni dalšími metodami, kterými byly fluorescenční mikroskopie, cryo-skenovací elektronové mikroskopie a na závěr transmisní elektronová mikroskopie. U bakteriální kultury Pseudomonas thermotolerans se produkce PHA nepotvrdila již při první analýze pomocí průtokového cytometru. U ostatních mikroorganismů byla produkce potvrzena. Bakterie rodu Chelatococcus se jasně prokázaly jako lepší producenti. Bakteriální buňky Tepidiphilus thermophilus produkovaly menší granule a v menším množství.
|
|
|
Detekce biologických struktur ve snímcích z TEM mikroskopu
Cikánek, Martin ; Chmelík, Jiří (oponent) ; Potočňák, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem první části této diplomové práce je vysvětlit teoretické základy transmisní elektronové mikroskopie and zmínit fundamentální části transmisních elektronových mikroskopů. Další část této práce je zaměřena na možné metody segmentace obrazu, využití neuronových sítí při detekci objektů v obraze a na následné shlukování výsledků. Teoretická část práce je zakončena vysvětlením některých již publikovaných metod automatické detekce biologických struktur v obrazech z mikroskopu a teoretickým návrhem algoritmu, který bude následně vypracován. Na začátku praktické části je vysvětlen postup trénování neuronových sítí za účelem automatické detekce biologických struktur v obraze. Poté následuje zhodnocení výsledků dosažených těmito sítěmi. Následně jsou na tyto výsledky aplikovány metody shlukové analýzy, jejichž výsledky jsou porovnávány mezi sebou a taktéž s výsledky dosaženými již publikovanými metodami.
|
host ::
RSS.