|
|
Experimental verification of in silico predicted protein binder to FOXO4 transcription factor and transcriptome analysis of bladder cancer
Tauš, Petr ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Tato diplomová práce je rozdělená na experimentální a bioinformatickou část, které jsou spolu provázány přes transkripční faktory z rodiny 'forkhead box O' (FOXO). FOXO mají klíčovou roli v mnoha buněčných procesech, jako například v regulaci buněčného cyklu, apoptózy a metabolismu. Dlouhou dobu byly považovány pouze za nádorové supresory, ale vzrůstající počet studií poukazuje i na jejich pronádorovou roli. Z tohoto důvodu jsou intenzivně studovány jako potenciální terapeutické cíle v nádorových onemocněních. In silico predikce protein-protein interakcí se v poslední dekádě těší vzrůstající oblibě jak v základním výzkumu, tak při vývoji nových léčiv. Nicméně výsledky v mnoha případech stále nejsou dostatečně přesné při srovnání s očekávanými vlastnostmi predikovaných biomolekul. V této práci jsem pomocí termoforézy v malém měřítku ověřil vazbu čtyř in silico predikovaných vazebných proteinů, založených na přirozeně se vyskytující PDZ doméně k transkripčnímu faktoru FOXO4. Neinvazivní nádory močového měchýře představují heterogenní onemocnění, u kterého se i přes veškeré snahy stále nedaří přesně predikovat agresivita daného nádoru. V bioinformatické části této práce jsem na základě transkriptomických dat z pacientských vzorků nádorů močového měchýře popsal složení nádorového mikroprostředí a určil...
|
|
|
Imunoskóre ve 3D tkáních
Novák, Jaromír ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Procházka, Jan (oponent)
Pevné nádory představují komplexní struktury, které zahrnují kromě transformovaných buněk cévy, složky extracelulární matrix (ECM), rozpustné molekuly a širokou paletu různých typů buněk. Tyto složky dohromady tvoří nádorové mikroprostředí. Z buněčných typů, které jsou součástí nádorového mikroprostředí, mají největší vliv na prognózu pacienta tumor infiltrující lymfocyty (TIL). Jejich přítomnost navíc nabývá na významu i s rozvojem biologických terapií immune checkpoint inhibitory (ICIs). Stěžejní roli TIL reflektují i nové přístupy v diagnostice nádorů, ilustrované zejména metodou Imunoskóre (dnes používanou v klinické praxi), založenou na kvantifikaci a lokalizaci CD3+ a CD8+ TIL v tenkém řezu nádorovou tkání. Otevřenou otázkou zůstává, nakolik informace získaná z 2D řezu reflektuje skutečnou situaci v inherentně trojrozměrném nádorovém mikroprostředí. Je to zejména rozvoj nových metodických přístupů, které usnadňují získání 3D histologické informace je klíčový k zodpovězení této otázky. V teoretické části této práce je nejdříve nastíněna heterogenita nádorového mikroprostředí a role buněk imunitního systému v něm. Na množství příkladů je poté ilustrována role prostorové heterogenity a její případný vliv na histopatologické hodnocení nádoru s důrazem na TIL. Detailně je popsán vývoj, provedení,...
|
|
|
Nádorové mikroprostředí a význam protinádorové imunity pro klinický průběh lidských nádorových onemocnění
Partlová, Simona ; Špíšek, Radek (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent) ; Kovář, Marek (oponent)
Vznik a progrese nádoru se velmi liší v závislosti na typu nádoru, jeho lokalizaci, invazivitě, imunogenicitě a z velké části také na schopnosti aktivace imunitního systému. Dochází k četným interakcím mezi nádorovými buňkami a buňkami imunitního systému, ať již lokálně v místě vzniku primárního nádoru, nebo cestou působení různých mediátorů a cytokinů. Hlavním předmětem této práce bylo studium klíčových složek a aspektů imunitní odpovědi u pacientů s nádorovým onemocněním. V rámci našeho výzkumu jsme analyzovali zastoupení buněk imunitního systému v jednotlivých stádiích onemocnění pacientek s karcinomem ovaria. V této práci jsme si kladli za cíl sledovat dynamiku imunitní odpovědi, a to převážně v kontextu zastoupení jednotlivých populací T lymfocytů v periferní krvi a T lymfocytů infiltrujících do nádoru v časných a pokročilých stádiích onemocnění. Zjistili jsme, že v průběhu progrese karcinomu ovaria dochází k postupnému snížení prozánětlivé Th17 a Th1 imunitní odpovědi a dochází ke specifické migraci regulačních T lymfocytů do nádorové tkáně, jejímž důsledkem je silná imunosuprese v nádorovém mikroprostředí. Dále jsme prokázali, že se povaha imunitní odpovědi u pacientů s HPV-asociovanými nádory hlavy a krku výrazně liší od pacientů, jejichž nádory nejsou indukovány virovou infekcí. U HPV-pozitivních...
|
|
|
Mezibuněčné interakce v maligním melanomu
Nedvědová, Tereza ; Dvořánková, Barbora (vedoucí práce) ; Brábek, Jan (oponent)
Melanom reprezentuje jeden z nejagresivnějších nádorů s velmi vysokou tendencí k metastazování do prakticky jakýchkoli lokalit, se stoupající incidencí a vysokou mortalitou. Účelem mé diplomové práce bylo zkoumat tento nádor jako komplexní strukturu, která vedle nádorových buněk obsahuje i nádorové stroma. Buňky stromatu jsou pro existenci nádorů zásadní, což je již dobře zdokumentováno např. u epitelových nádorů hlavy a krku. Podobné mechanismy lze očekávat i v melanomu. V první části své diplomové práci jsme simulovali metastazaci nádoru za in vitro podmínek. Zkoumali jsme vliv neadhezivního prostředí, ať samotného, či kombinovaného s vlivem stromálních fibroblastů, na fenotyp nádorových buněk. Získaná data dokládají, že nádorové melanocyty mohou v těchto podmínkách měnit svůj fenotyp, což ukazuje na jejich možnou plasticitu ale současně na zásadní vliv stromálních fibroblastů na nádorové buňky. Jednotlivé linie se mezi sebou liší, což odpovídá známé heterogenitě melanomů v klinické praxi. V naší laboratoři bylo dříve zjištěno, že stromální fibroblasty z různých typů tumorů mají univerzální účinky na nádorové buňky. V druhé části naší studie jsme naopak zkoumali, jak ovlivňují nádorové buňky stromální fibroblasty a zda je toto ovlivnění nádorově specifické. Sledovali jsme růst, metabolickou...
|
|
|
Myeloidní supresorové buňky v kontextu nádorového mikroprostředí.
Košťálová, Monika ; Šírová, Milada (vedoucí práce) ; Indrová, Marie (oponent)
Na nádory se dnes nepohlíží jen jako na útvar geneticky změněných buněk s patologickou schopností nadměrné proliferace, invazivity a zvýšené životnosti, ale stále větší váha se přičítá také mikroprostředí, které si nádor vytváří. Toto mikroprostředí generuje podmínky, které jsou odlišné od podmínek v normálních tkáních. Příkladem je lokální hypoxie, laktátová acidóza či nádorem indukovaná imunosuprese - všechny tyto abnormality vedou k vyšší životaschopnosti nádorové tkáně. Ukazuje se, že jedním z nejvýznamnějších mediátorů úniku imunitnímu dozoru v nádorech jsou myeloidní supresorové buňky (MDSCs). Jedná se o heterogenní populaci buněk myeloidního původu. V aktivovaném stavu MDSCs produkují zvýšené množství kyslíkových radikálů, sloučenin dusíku a arginázy, což představuje mechanismy, kterými MDSCs potlačují protinádorovou imunitní odpověď. MDSCs tedy představují slibný terapeutický cíl. Recentní studie však ukazují i jejich fyziologickou roli, což je třeba při každé terapii, cílené na MDSCs, zohlednit. Klíčová slova: Nádorové mikroprostředí, teorie imunitního dozoru, imunoeditace, myeloidní supresorové buňky, imunosuprese v nádorech, terapeutické ovlivnění MDSCs, fyziologická role MDSCs Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Mezibuněčné interakce v kožních nádorech.
Kučera, Jan ; Smetana, Karel (vedoucí práce) ; Masařík, Michal (oponent) ; Kovář, Marek (oponent)
Tato disertační práce je zaměřená na studium mezibuněčných interakcí u kožních nádorů. Je založena na 5 původních publikacích, které se věnují několika tematickým okruhům. Věnovali jsme se studiu původu nádorově asociovaných fibroblastů ve vztahu k primární nádorové populaci. Prokázali jsme pomocí myšího modelu, že nádorově asociované fibroblasty vzniklé v okolí implantovaného tumoru byly původem hostitelského organismu, a tedy že nevznikly transformací přímo z nádorových buněk. Dále jsme experimentálně sledovali vztah mezi nádorově asociovanými fibroblasty a keratinocyty. Prokázali jsme, že nádorově asociované fibroblasty z melanomu ovlivňují keratinocyty, které pod jejich vlivem získávají znaky typicky pozorované u migrujících buněk a u buněk podléhajících epitelově mezenchymálního přechodu. Studovali jsme interakce mezi zdravými fibroblasty a nádorovými buňkami. Prokázali jsme, že fibroblasty odebrané ze zdravé kůže u pacienta postiženého melanomem se signifikantně odlišují od kontrolních fibroblastů zdravých dárců v expresním profilu. Změny v distálních fibroblastech podporují pohled na melanom jako na systémové onemocnění. Dále jsme prokázali, že na rozdíl od BRAF pozitivních melanomových buněk, melanom asociované fibroblasty nenesou BRAF mutaci, a tedy nevznikly přechodem z melanomu....
|
|
|
Role of fibroblasts in wound healing and cancer
Mateu Sanz, Rosana ; Smetana, Karel (vedoucí práce) ; Masařík, Michal (oponent) ; Mokrý, Jaroslav (oponent)
SOUHRN Fibroblasty jsou stromální buňky, které jsou rozšířené v celém lidském těle. Často se vyskytují v neaktivním stavu a k jejich aktivaci dochází až při remodelaci tkáně. Aktivované fibroblasty produkují extracelulární matrix, mají prozánětlivé a kontraktilní vlastnosti, což jsou klíčové momenty v hojení tkání. Na druhou stranu je přítomnost aktivovaných fibroblastů jedním z typických znaků nádorového bujení. Cílem této práce je porovnání rozdílů mezi novorozeneckými a dospělými fibroblasty a keratinocyty ve vztahu k "bezjizevnatému" hojení, k původu nádorově asociovaných fibroblastů a vlivu fibroblastů na invazivitu melanomu. Klinické zkušenosti ukazují, že se u novorozenců hojí rány téměř bez jizvení. Abychom lépe porozuměli mechanizmům, které k tomuto hojení přispívají, zaměřili jsme se na rozdíly mezi novorozeneckými a dospělými fibroblasty a keratinocyty, kožními buňkami, které jsou zásadní pro hojivý proces. Srovnání expresního profilu novorozeneckých a dospělých fibroblastů ukázalo, že jsou rozdílně regulovány geny, které se vztahují k akutní fázi zánětlivé odpovědi a organizaci extracelulární matrix, což úzce souvisí s procesem hojení. Také jsme zjistili, že novorozenecké fibroblasty vykazují vyšší diferenciační potenciál, exprimují znaky nízké diferenciace a pluripotence a také častěji...
|
|
|
Patologická aktivace STAT3 signální dráhy u nádorových a virových onemocnění.
Podestátová, Barbora ; Reiniš, Milan (vedoucí práce) ; Škarková, Aneta (oponent)
STAT3 je jedním ze sedmi proteinů rodiny STAT, který je schopný přenášet signál do jádra, kde po navázání na specifické sekvence DNA působí jako transkripční faktor. Za fyziologických podmínek STAT3 reguluje geny spojené s řadou funkcí, jako jsou buněčná proliferace, diferenciace, apoptóza nebo imunitní odpověď. V případě patologických podmínek může být STAT3 deregulován nebo konstitutivně aktivován, což může ve výsledku vést ke kancerogenezi. Během tohoto procesu je STAT3 často aktivován přímo v nádorových buňkách, ve kterých působí tumorigenně. STAT3 je také spojován se zánětlivými reakcemi, kterých se účastní imunitní buňky, které se spolu s nádorovými a stromálními buňkami podílí na zformování nádorového mikroprostředí. Role STAT3 je potřebná i při boji s virovou infekcí, nicméně pokud dojde k jeho aberantní aktivaci, může vést k chronickým onemocněním, včetně rakoviny. Kvůli těmto závažným rolím během patogeneze je STAT3 předmětem výzkumu různých inhibitorů, které buď inhibují přímo molekulu STAT3 nebo nepřímo některou ze složek jeho signální dráhy.
|
|
|
Modulace nádorového mikroprostředí a její vliv na imunoterapii nádorů
Musil, Jan
Modulace nádorového mikroprostředí představuje možnost, jak inhibovat růst nádorů a posílit protinádorovou imunitní odpověď. V předložené práci jsme použili pro modulaci nádorového mikroprostředí dvě strategie. Zaprvé, jsme zkonstruovali rVACV ko-exprimující tumor supresorový gen pro vazebný protein typu 3 pro růstové faktory podobné inzulinu (IGFBP-3) a gen kódující fúzní imunogen SigE7LAMP. Exprese IGFBP-3 byla řízena buď časným vakciniovým promotorem H5 nebo syntetickým časně/pozdním (E/L) promotorem. Zjistili jsme, že exprese IGFBP-3 řízená H5 promotorem vede k produkci většího množství proteinu než exprese řízená E/L promotorem. Imunizace myší rVACV P13-SigE7LAMP-H5- IGFBP-3 inhibovala růst nádorů TC-1 efektivněji než imunizace kontrolním virem P13-SigE7LAMP-TK- . Zároveň indukovala také silnější odpověď T-lymfocytů proti VACV antigenům. Pozorovali jsme, že vysoká exprese IGFBP-3 vedla ke zvýšení míry replikace viru a to jak in vitro, tak in vivo, což mělo za následek déletrvající antigenní stimulaci. Vysoká míra produkce IGFBP-3 rovněž korelovala s lepší adsorpcí viru P13-SigE7LAMP-H5-IGFBP-3 na buňky CV-1 v porovnání s P13-SigE7LAMP-TK- . Identifikovali jsme dva rozdíly ve struktuře IMV mezi viry P13-SigE7LAMP-H5-IGFBP-3 a P13-SigE7LAMP-TK- . IMV P13-SigE7LAMP-H5-IGFBP-3 do své struktury...
|
|
|
Detekce a charakterizace makrofágů v nádorech virové a nevirové etiologie
Dalewská, Natálie ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Krulová, Magdaléna (oponent)
Nádory hlavy a krku jsou etiologicky spojené s kouřením a konzumací alkoholu. Část těchto nádorů je však iniciována HPV a jejich incidence v posledních letech významně roste. Pacienti s virově indukovanými nádory vykazují lepší prognózu, a to i přesto, že tyto nádory bývají diagnostikované v pokročilejším stádiu. Jedním z vysvětlení může být lepší stimulace imunitního systému virovými antigeny. Makrofágy jsou buňky vrozeného imunitního systému, které patří mezi profesionální fagocyty. Po infiltraci do nádoru jsou označovány jako TAM a představují heterogenní skupinu buněk, jejíž dva základní fenotypy jsou protinádorové M1 a pronádorové M2 makrofágy. U mnoha typů nádorů tvoří TAM hlavní složku nádorového mikroprostředí. Jedním z nich jsou i nádory hlavy a krku. Ve své práci jsem se zaměřila na imunohistochemickou detekci populací M1 a M2 makrofágů v nádorech hlavy a krku virové a nevirové etiologie a současně jsem metodou RT- qPCR analyzovala expresi makrofágových a/nebo imunosupresivních genů IDO1, ARG1, CD163, NOS2 a PTGS2. Ve studii jsem prokázala větší počet M2 makrofágů s typickými znaky CD163, ARG1 a PTGS2 u HPV negativních nádorů. Pacienti s těmito nádory mají horší prognózu onemocnění. Znaky pro odlišení jednotlivých populací TAM, které jsou charakteristické vysokou plasticitou, jsou stále...
|
host ::
RSS.