|
|
Lokalizace železitých nanočástic ve vnitřních organelách
Solař, Jan ; Janoušek, Oto (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce popisuje chování železitých nanočástic v lidských mezenchymálních kmenových buňkách. V první části se zabývá metodou fluorescenčního značení organel a nanočástic a nastavením konfokálního mikroskopu pro jejich detekci. Dále je zde uveden popis metabolismu nanočástic a jejich akumulace v buňkách. V neposlední řadě se práce zabývá tvorbou softwaru pro lokalizaci a kvantifikační analýzu fluoreskujících organel a nanočástic v buněčných strukturách živých buněk.
|
|
|
Studium viability kardiomyocytů s využitím konfokální mikroskopie
Chutný, Pavel ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato práce popisuje zkoumání viability kardiomyocytů pomocí konfokální mikroskopie. Teoretický úvod zahrnuje základní principy fluorescence a využití fluorescenčních barviv v buněčné biologii. Dále se věnuje struktuře kardiomyocytů, izolaci jednotlivých buněk ze srdce a metodám měření jejich viability. V neposlední řadě je zde popsán konfokální mikroskop jako hlavní nástroj při zobrazování kardiomyocytů. Další kapitoly se pak již věnují vlastním experimentům a jejich vyhodnocování.
|
|
|
Vyhodnocení viability u kultivovaných mezenchymálních buněk
Jehličková, Jana ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá možnostmi určení viability buněk a jejího vyhodnocení. Teoreticky popisuje kultivaci buněk, různé metody značení vhodnými barvivy a možnosti zobrazení. V praktické části je uvedena příprava pozorovaného vzorku a ukázány příklady obrazů buněk vytvořené konfokálním mikroskopem. Dále je vytvořen algoritmus pro analýzu dat v prostředí programu Matlab. Pro nastavení vhodných parametrů k analýze je vytvořeno uživatelské rozhraní.
|
|
|
Hodnocení doby života a změn konfokální mikroskopií
Rúbal, Radek ; Janoušek, Oto (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Práce se zabývá technikami pro zobrazení doby života fluorescence. Doba života fluorescence je počítána z dat získaných pomocí sekvenčního snímání konfokálním mikroskopem Leica TCS SP8X . V práci jsou uvedeny algoritmy výpočtu a software pro zobrazení a analýzu doby života fluorescence jak ve 2D tak ve 3D. Na konci jsou postupy použity pro zobrazení doby života fluorescence mezenchymálních buňek a fibroblastů obarvených komplexem SPIO-Rhodamine.
|
|
|
Fokusovací techniky optického měření 3D vlastností
Macháček, Jan ; Honec, Peter (oponent) ; Janáková, Ilona (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá optickým měřením vzdáleností, resp. měřením 3D vlastností scény pomocí fokusovacích technik se zaměřením na metody: konfokální mikroskopie, kontrolované fokusování a metodu rozfokusování. Teoretická část práce pojednává o různých přístupech k rekonstrukci hloubky obrazu a také o technice mikro-rozfokusování obrazu pro měření refrakčního indexu transparentních materiálů. Následně je zde popsána problematika kalibrace kamery pro fokusovací techniky. V praktické části práce je experimentálně ověřena metoda kontrolovaného fokusování a metoda rozfokusování. Pro první metodu jsou zde ukázány výsledky rekonstrukce hloubky scény. Pro druhou metodu je zde porovnání naměřených hodnot vzdáleností se skutečnými hodnotami. Na závěr této práce jsou zkoumané metody porovnány a zhodnoceny.
|
|
|
Hodnocení migrace značených buněk v tkáni
Solař, Jan ; Skopalík, Josef (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá rozborem moderních detekčních metod vizualizace, sledování a kvantifikace buněk v 3D prostoru. První část práce se zabývá optickými metodami detekce buněk. Je zde detailní rozbor problematiky fluorescenčního značení buněk a jejich detekce na konfokálním mikroskopu. Je zde popis vyvinutého algoritmu pro kvantifikaci celého buněčného objemu z mikroskopického obrazu. Díky tomu se porovnal signál fluorescence buněk v čase a podle jejich tvaru. Dále došlo k optimalizaci vizualizace vyvinutých tkáňových fantomů. Porovnaly se možnosti detekce buněk v těchto fantomech pomocí konfokální mikroskopie a OCT. Byl rovněž implementován algoritmus pro kvantifikaci buněk z OCT obrazů. Kromě konfokálního mikroskopu a OCT se buňky rovněž analyzovaly dalšími metodami. V poslední části je konkluze výsledků a srovnání jednotlivých použitých metod.
|
|
|
Metody pro obrazovou analýzu populace fotosyntetických buněčných kultur
Vlachynská, Alžběta ; Búzová,, Diana (oponent) ; Červený,, Jan (vedoucí práce)
Tato práce byla řešena ve spolupráci s Oddělením adaptivních biotechnologií, Centra globální změny AV ČR. Zabývá se kvantitativní analýzou fotosyntetických buněčných kultur. Využívá obrazů nasnímaných pomocí konfokálního fluorescenčního mikroskopu pro automatické stanovení počtu buněk ve vzorku. Práce sestává z teoretického rozboru, kde stručně popisuje fluorescenční a konfokální mikroskopii. Krátce představuje i mikroskop Leica TCS SP8 X, pomocí kterého byly snímány data. Jedna kapitola je věnována teorii číslicového zpracování obrazů. Druhá část popisuje návrh algoritmu pro zpracování 3D dat a zjednodušený algoritmus pro zpracování 2D dat a jeho programovou realizaci v programovacím prostředí MATLAB R2013b. Podrobně je posáno vytvořené uživatelské prostředí programu. Na závěr jsou prezentována provedená měření. Je popsán sestavený protokol přípravy vzorků. Výsledky programu jsou porovnány s ručním počítáním. Pomocí programu byl stanoven počet buněk na 1ml ve vzorcích buněčných kultur Chenopodium rubrum (Cr) a Solanum lycopersicum (To).
|
|
|
Softwarové řešení systému FLIM s využitím pulsního laditelného laseru v konfokální mikroskopii
Grund, Pavel ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Teoretická část této diplomové práce je zaměřena na rešerši konfokální mikroskopie a na metodu FLIM. Rozvádí principy a druhy konfokální mikroskopie a využití širokospektrálního laseru, jakožto základního zdroje světla u těchto mikroskopů. Přiblíží, co je to metoda FLIM a její využití nejen v buněčné biologii. Praktická část diplomové práce zahrnuje pořízení tří sad fluorescenčních intenzitních snímků s využitím aplikace pulsního laditelného laseru, funkce TimeGate a detekce hybridními detektory. Pro praktické zpracování této diplomové práce je v softwarovém prostředí Fiji vytvořen plugin, což je zdrojový kód v programovacím jazyku Java. Typy pluginů a jejich použití jsou popsány ve třetí kapitole práce. Tento plugin včetně grafického uživatelského prostředí ve formě dialogového okna zpracovává fluorescenční intenzitní snímky a vytváří z nich grafickou reprezentaci dat znázorňující dobu života fluorescence, tzv. pseudobarevnou mapu.
|
|
|
Studium viability kardiomyocytů s využitím konfokální mikroskopie
Chutný, Pavel ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato práce popisuje zkoumání viability kardiomyocytů pomocí konfokální mikroskopie. Teoretický úvod zahrnuje základní principy fluorescence a využití fluorescenčních barviv v buněčné biologii. Dále se věnuje struktuře kardiomyocytů, izolaci jednotlivých buněk ze srdce a metodám měření jejich viability. V neposlední řadě je zde popsán konfokální mikroskop jako hlavní nástroj při zobrazování kardiomyocytů. Další kapitoly se pak již věnují vlastním experimentům a jejich vyhodnocování.
|
|
|
Analýzy struktury kolagenních vláken ve stěně tepny pomocí moderních metod světelné mikroskopie
Turčanová, Michaela ; Kochová, Petra (oponent) ; Hampl, Aleš (oponent) ; Burša, Jiří (vedoucí práce)
Disertační práce se zabývá analýzou uspořádání kolagenních vláken v tepnách a jejich správným vyhodnocením a použitím ve strukturně motivovaných konstitutivních modelech materiálu. První část práce je zaměřená na rešerši mechanických vlastností tepen a na přehled dostupných metod pro detekci vlnitosti, orientace a rozptylu vláken. Většina prací identifikuje úhly vláken jako další parametr z mechanických zkoušek a tím degraduje strukturní podstatu modelu. Druhá část práce popisuje automatický algoritmus, který dokáže vyhodnotit lokální směry vláken a jejich rozptyl ze snímků z polarizačního mikroskopu a strukturní hyperelastické konstitutivní modely. Dále je zde kladen důraz na vybrání nejvhodnější zobrazovací metody založené na fluorescenční mikroskopii, která nám pomůže rozlišit vlnitost a rozptyl vláken. V další části práce jsou prezentovány dva experimenty na prasečích tepnách za účelem zjištění vlivu různé velikosti biaxiální deformace na orientaci a rozptyl vláken. Poslední část práce uvádí vyhodnocené strukturní parametry pro prasečí a lidské aorty, které byly analyzovány nejen pod polarizovaným světlem, ale i pod laserovým skenovacím konfokálním mikroskopem, díky kterému byla získána vlnitost vláken a jejich globální směr.
|
host ::
RSS.