|
|
Analýza horizontálního přenosu genetických komponent pomocí statické síťové analýzy
Labanava, Anastasiya ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se věnuje problematice horizontálního přenosu genetických elementů mezi bakteriemi různých kmenů a implementaci softwarové analýzy, která umožní identifikaci genů, přenesených horizontálně. Použité balíčky a nástroje byly testovány na datasetu genomů bakterií několika kmenů. Teoretická část práce je věnována detailnímu popisu přenosu genetických elementů mezi bakteriemi a také jsou v ní popsány některé moderní laboratorní techniky umožňující sekvenaci genomů různými způsoby. V praktické části se práce zabývá předzpracováním genomických souborů za účelem získání vhodného formátu dat pro následnou anotaci. Pro detekci horizontálního přenosu genetických komponent mezi jednotlivými bakteriemi je představen vlastní skript, který anotované baktérie seřazuje do tabulek a hledá v jejích genomech stejné geny, které dle teoretických předpokladů byli přeneseny horizontálním způsobem. Dále je detekovaný přenos genů vizualizován pomocí nástrojů, které graficky znázorňují fylogenetické vztahy mezi bakteriemi. V posledním kroku jsou mobilní genetické elementy vizualizovány pomocí sítí a na základě jejich statické analýzy je provedena diskuse k výsledkům přesnosti a úspěšnosti navrhnuté analýzy.
|
|
|
Editor anotací pro WYSIWYG textové editory napsané v jazyce JavaScript
Kleban, Martin ; Schmidt, Marek (oponent) ; Dytrych, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá analýzou možností tvorby rozšíření pro WYSIWYG textové editory napsané v jazyce JavaScript (TinyMCE, CKEditor, NicEdit, jWYSIWYG) a popisuje návrh editoru anotací jako rozšíření pro zvolené editory. Editor strukturovaných anotací byl implementován pro WYSIWYG editor TinyMCE a obsahuje vlastní řešení uživatelského rozhraní bez použití složitých univerzálních knihoven. V závěru jsou shrnuty získané poznatky z analýzy WYSIWYG editorů a implementace editoru anotací.
|
|
|
Komponent pro sémantické obohacení
Doležal, Jan ; Otrusina, Lubomír (oponent) ; Dytrych, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá komponentou pro sémantické obohacení textu (SEC), která ve vstupním textovém dokumentu nebo vertikálním textu vyhledá entity (např. osoby nebo místa) a informace o nich vrátí na výstup. Cíle této komponenty jsou vytvoření jednotného rozhraní pro nástroje rozpoznávající entity v textu, umožnění paralelního zpracování dokumentů, úspora operační paměti při využívání znalostní báze a zrychlení přístupu k jejímu obsahu. K tomu byl specifikován výstup pro nástroje rozpoznávající entity v textu, implementován nástroj pro uložení předzpracované znalostní báze do sdílené paměti a při tvorbě komponenty bylo využito schéma klient-server.
|
|
|
Anotační doplněk pro Internet Explorer
Pěnkava, Pavel ; Kouřil, Jan (oponent) ; Dytrych, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá tvorbou rozšíření prohlížeče Internet Explorer pro vytváření anotací. Je v ní popsán návrh rozšíření a následná implementace řešení. Dále obsahuje vyhodnocení ostatních použitelných technologií pro tvorbu rozšíření spolu s jejich výhodami a nevýhodami. Doplněk je určen pro spolupráci s anotačním serverem projektu 4A Framework (Annotations Anywhere, Annotations Anytime). Formát komunikace mezi nimi tedy vychází ze specifikací projektu.
|
|
|
Anotace ve WYSIWYG textových editorech
Loukota, Petr ; Kouřil, Jan (oponent) ; Dytrych, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá návrhem oprav a vylepšení dostupného editoru anotací a jejich implementací. Editor anotací pro WYSIWYG textové editory je napsán v jazyce JavaScript a vyvíjen v prostředí editoru TinyMCE. Je nezávislý na webovém prohlížeči a v budoucnu jej bude možné použít s dalšími WYSIWYG editory jako CKEditor či Aloha. Návrh je zaměřen na manipulaci s atributy typů, zabývá se však i novým konceptem nastavení editoru anotací. Součástí řešení je také zpracování nabídek anotací zasílaných serverem. Tato práce popisuje návrh a implementaci zmíněných vylepšení a ve svém závěru se věnuje možnostem dalšího vývoje.
|
|
| |
|
|
Webový nástroj pro přehrávání a anotaci BAGu
Omacht, Martin ; Bambušek, Daniel (oponent) ; Kapinus, Michal (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem a implementací webové aplikace pro přehrávání a anotaci multimediálních dat ze souborů ve formátu BAG. Vytvořené anotace jsou určeny pro trénování umělé inteligence do robotických systémů. Výsledná aplikace je implementována s pomocí knihovny React pro tvorbu uživatelského rozhraní a frameworku Django pro REST API na straně serveru. Celá aplikace je kontejnerizovaná pomocí nástroje Docker. V práci je popsán formát BAG, rozebrány moderní knihovny pro tvorbu webových aplikací a představeny existující řešení pro anotaci dat nebo přehrávání BAG souborů. Dále je představen návrh aplikace a popsána její implementace. V rámci práce také vznikla samostatná knihovna rosbag_pyreader, která slouží pro čtení BAG souborů s náhodným přístupem. Výsledná aplikace umožňuje zobrazovat a anotovat 2D a 3D data z více robotických senzorů zároveň a anotace následně exportovat ve formátu JSON.
|
|
|
Vytvoření počítačové hry pro získání anotací
Šujan, Tomáš ; Beran, Vítězslav (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
Úkolem této bakalářské práce je vytvoření herní aplikace pro mobilní operační systém Android, za účelem získávání obrazových anotací. Hlavním účelem aplikace je zjednodušení a vylepšení tohoto procesu, rozšíření anotací a poskytování zábavy uživatelům. Implementace aplikace proběhla s použitím programovacích jazyků Android pro klientskou část a PHP pro serverovou část.
|
|
|
Studie frameworku Lombok
Paštrnák, Ján ; Müller, Petr (oponent) ; Letko, Zdeněk (vedoucí práce)
Tato práce se věnuje frameworku Lombok a jeho využití pro vývoj Java programů. Framework Lombok umožňuje generování primitivního, často se opakujícího kódu, během překladu anotovaného kódu. Pomoci anotací programátor specifikuje, co a kde má framework při překladu generovat. Tato práce se zabývá vysvětlením základních principů frameworku a návrhem testů, které ukážu praktické aspekty jeho použití při tvorbě Java programů. Důraz je kladen zejména na odhad ušetřeného času vývoje prostřednictvím Lomboku, studium jeho vlivu na proces překladu a testování integrace frameworku se třemi vývojovými prostředími - NetBeans, Eclipse a InteliJ IDEA. Práce tak shrnuje pozitiva i negativa využití tohoto frameworku v praxi.
|
|
|
Verifikovaná knihovna datových struktur
Rychnovský, Jan ; Holík, Lukáš (oponent) ; Lengál, Ondřej (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá metodikou psaní verifikovaných programů pomocí nástroje VCC. Zmíněná metodika je založena na principu doplnění kódu programu o anotace, jež poskytují specifikaci požadované funkcionality. Nástroj VCC pak prostřednictvím formálních metod určí zda zdrojový kód splňuje danou specifikaci či ne. V první části práce je popsána formální verifikace a zmíněny tři základní přístupy k ní. Následně jsou popsány problémy splnitelnosti výrokových formulí (SAT) a splnitelnosti formulí v teoriích predikátové logiky (SMT). Práce se dále věnuje popisu verifikačního nástroje VCC, jeho funkčnosti, metodice, syntaxi a sémantice příkazů jeho anotačního jazyka BoogiePL. Druhá část textu je zaměřena na popis návrhu a implementace verifikované knihovny datových struktur obsahující jednosměrný, dvousměrný a kruhový seznam, binární vyhledávací strom a Treiberův zásobník. Závěr práce diskutuje získané poznatky o programovací metodice založené na psaní verifikovaného kódu.
|
host ::
RSS.