|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Molecular biology of soil fungi participating in litter decomposition in forest ecosystems
Voříšková, Jana
V lesních ekosystémech vstupuje významná část uhlíku do půdy ve formě rostlinného opadu. Dekompozice opadu a půdní organické hmoty je proto důležitým procesem ovlivňujícím bilanci živin a toky uhlíku v půdě. Houby jsou v terestrických ekosystémech pokládány za nejvýznamnější rozkladače a to díky své schopnosti produkovat řadu extracelulárních enzymů, které jim umožňují rozkládat biopolymery. I když houby zastávají klíčovou roli v procesu dekompozice, jen málo je známo o struktuře a diverzitě jejich společenstev a jejich přesná funkce v lesních půdách zůstává mnohdy nejasná. Tato disertační práce byla zaměřena na charakterizaci houbových společenstev v lesních půdách a jejich schopností týkajících se dekompozice rostlinného opadu. Součástí této práce bylo vypracovat metodiku pro podrobnou analýzu komplexních mikrobiálních společenstev a využít ji pro analýzu environmentálních vzorků. Dále se podařilo kvantifikovat diverzitu genu pro exocelulázu v půdním vzorku. Výsledky této práce ukázaly, že struktura mikrobiálního společenstva se liší mezi horizonty lesního půdního profilu. Významné rozdíly ve složení společenstva byly pozorovány mezi DNA a RNA komunitou navzdory jejich podobné diverzitě. Několik mikrobiálních taxonů vysoce abundantních v RNA vykazovalo jen velmi nízkou abundanci v DNA, což...
|
|
| |
|
|
Molecular biology of soil fungi participating in litter decomposition in forest ecosystems
Voříšková, Jana ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Gryndler, Milan (oponent) ; Koukol, Ondřej (oponent)
V lesních ekosystémech vstupuje významná část uhlíku do půdy ve formě rostlinného opadu. Dekompozice opadu a půdní organické hmoty je proto důležitým procesem ovlivňujícím bilanci živin a toky uhlíku v půdě. Houby jsou v terestrických ekosystémech pokládány za nejvýznamnější rozkladače a to díky své schopnosti produkovat řadu extracelulárních enzymů, které jim umožňují rozkládat biopolymery. I když houby zastávají klíčovou roli v procesu dekompozice, jen málo je známo o struktuře a diverzitě jejich společenstev a jejich přesná funkce v lesních půdách zůstává mnohdy nejasná. Tato disertační práce byla zaměřena na charakterizaci houbových společenstev v lesních půdách a jejich schopností týkajících se dekompozice rostlinného opadu. Součástí této práce bylo vypracovat metodiku pro podrobnou analýzu komplexních mikrobiálních společenstev a využít ji pro analýzu environmentálních vzorků. Dále se podařilo kvantifikovat diverzitu genu pro exocelulázu v půdním vzorku. Výsledky této práce ukázaly, že struktura mikrobiálního společenstva se liší mezi horizonty lesního půdního profilu. Významné rozdíly ve složení společenstva byly pozorovány mezi DNA a RNA komunitou navzdory jejich podobné diverzitě. Několik mikrobiálních taxonů vysoce abundantních v RNA vykazovalo jen velmi nízkou abundanci v DNA, což...
|
|
|
Molecular biology of soil fungi participating in litter decomposition in forest ecosystems
Voříšková, Jana
V lesních ekosystémech vstupuje významná část uhlíku do půdy ve formě rostlinného opadu. Dekompozice opadu a půdní organické hmoty je proto důležitým procesem ovlivňujícím bilanci živin a toky uhlíku v půdě. Houby jsou v terestrických ekosystémech pokládány za nejvýznamnější rozkladače a to díky své schopnosti produkovat řadu extracelulárních enzymů, které jim umožňují rozkládat biopolymery. I když houby zastávají klíčovou roli v procesu dekompozice, jen málo je známo o struktuře a diverzitě jejich společenstev a jejich přesná funkce v lesních půdách zůstává mnohdy nejasná. Tato disertační práce byla zaměřena na charakterizaci houbových společenstev v lesních půdách a jejich schopností týkajících se dekompozice rostlinného opadu. Součástí této práce bylo vypracovat metodiku pro podrobnou analýzu komplexních mikrobiálních společenstev a využít ji pro analýzu environmentálních vzorků. Dále se podařilo kvantifikovat diverzitu genu pro exocelulázu v půdním vzorku. Výsledky této práce ukázaly, že struktura mikrobiálního společenstva se liší mezi horizonty lesního půdního profilu. Významné rozdíly ve složení společenstva byly pozorovány mezi DNA a RNA komunitou navzdory jejich podobné diverzitě. Několik mikrobiálních taxonů vysoce abundantních v RNA vykazovalo jen velmi nízkou abundanci v DNA, což...
|
|
|
Využití kometového testu pro stanovení poškození DNA v průběhu protinádorové chemoterapie.
Voříšková, Jana ; Kovařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Pávek, Petr (oponent)
Ve své práci jsem se zabývala měřením poškození DNA v lymfocytech izolovaných z periferní lidské krve během chemoterapeutické léčby. Pacientům s diagnózou bronchogenního karcinomu byla podávána kombinace derivátů platiny (cis- platina nebo karboplatina) a dalších chemoterapeutických látek (gemcitabin, paclitaxel nebo vinorelbin). Celá chemoterapie probíhá ve 4 cyklech. My jsme měřili poškození DNA během 1. a 3. cyklu a 3 týdny po posledním absolvovaném cyklu chemoterapie. Detekci poškození DNA jsme prováděli metodou comet assay pro její spolehlivost a přesnost. Lymfocyty byly izolovány z plné krve pomocí média LSM Lymphocyte a poté byla provedena alkalická verze kometového testu. Hodnotili jsme vznik jednořetězcových zlomů (SSB) a tvorbu křížových vazeb (ICL). Pro detekci křížových vazeb byly lymfocyty inkubovány v přítomnosti 200 µM styrenoxidu (SO). Inkubace periferních lidských lymfocytů s 200 µM SO vede k tvorbě zlomů v DNA a ke vzniku komet. Pokud jsou v DNA přítomné křížové vazby, alkalické rozplétání je blokováno a dojde ke snížení hodnoty % DNA v ohonu (% tail DNA). Komety byly poté barveny ethidium bromidem a analyzovány softwarem LUCIA Comet Assay. Počet jednořetězcových zlomů v DNA byl před započetím chemoterapie poměrně nízký, ihned po zahájení léčby však byl patrný nárůst tohoto typu...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.