|
|
Diverzita a fylogeneze archaméb
Zadrobílková, Eliška ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent) ; Bardůnek Valigurová, Andrea (oponent)
Zástupci skupiny Archamoebae jsou volně žijící nebo endobiotičtí améboidní bičíkovci nebo měňavky. Protože se vyskytují v anoxickém nebo mikrooxickém prostředí, jejich mitochondrie jsou značně redukované. Zpočátku se dokonce předpokládalo, že mitochondrie postrádají úplně, a proto byly považovány za jedny z nejpůvodnějších eukaryotických organismů vůbec. Tato hypotéza byla později vyvrácena a dnes víme, že archaméby náleží do říše Amoebozoa a spolu s aerobními hlenkami (Macromycetozoa) a sběrným taxonem Variosea vytváří skupinu Conosa. Charakteristickým znakem bičíkatých archaméb je poměrně jednoduchý mikrotubulární cytoskelet, který se skládá z jednoho bazálního tělíska, ze kterého vychází bičík, postranního kořene a mikrotubulárního koše. U bezbičíkatých zástupců byl tento cytoskelet zcela redukován. V minulosti bylo vytvořeno asi 350 jmen archaméb na druhové úrovni. Popisy druhů jsou převážně založeny na morfologických znacích, které jsou ale často nedostačující, a proto je identita druhů nejistá a je pravděpodobné, že řada druhů bude v budoucnu synonymizována. Problémem je také nedostatek sekvenčních dat. V našem projektu se nám podařilo výrazně rozšířit dataset DNA sekvencí převážně volně žijících archaméb. Na základě kombinace molekulárních a morfologických dat jsme popsali 13 nových druhů...
|
|
|
Morfologická a molekulární diverzita endobiotických a volně žijících trichomonád
Céza, Vít ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Bardůnek Valigurová, Andrea (oponent) ; Fiala, Ivan (oponent)
Tato disertační práce představuje výsledky tří dílčích projektů zaměřených na výzkum dosud velmi málo studovaných skupin kmene Parabasalia. Většina výzkumu byla dosud věnována trichomonádám žijícím v termitech a také prokazatelně patogenním druhům. Překvapivě málo informací bylo dlouhodobě známo o diverzitě střevních trichomonád u primátů, stejně tak jako o vlivu a míře ovlivnění druhové skladby střevních trichomonád primátů člověkem. Podobně bylo podceňováno studium volně žijících trichomonád, přestože se u nich dal předpokládat velký přínos k pochopení evoluce celého kmene Parabasalia. Představu o reálné diverzitě parabasalidů dlouhodobě komplikovalo množství nekvalitních popisů a chybějících sekvenčních dat. Disertační projekt se proto zaměřil na výzkum v těchto dosud málo studovaných či nedostatečně uchopených oblastech. V rámci prvního dílčího projektu byla provedena kompletní revize rodu Hypotrichomonas, včetně popisu šesti nových druhů z různých obratlovčích hostitelů, ale také ze švábů. Opakovaná přehlédnutí hypotrichomonád předchozími autory naznačuje dosud netušenou diverzitu skupiny Parabasalia. Rod Hypotrichomonas byl navíc s ohledem na omezené hostitelské spektrum většiny nových druhů, jejich početnost i snadnou kultivovatelnost označen za adepta na nový modelový rod ke zkoumání...
|
|
|
Diverzita a fylogeneze archaméb
Zadrobílková, Eliška ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent) ; Valigurová, Andrea (oponent)
Zástupci skupiny Archamoebae jsou volně žijící nebo endobiotičtí améboidní bičíkovci nebo měňavky. Protože se vyskytují v anoxickém nebo mikrooxickém prostředí, jejich mitochondrie jsou značně redukované. Zpočátku se dokonce předpokládalo, že mitochondrie postrádají úplně, a proto byly považovány za jedny z nejpůvodnějších eukaryotických organismů vůbec. Tato hypotéza byla později vyvrácena a dnes víme, že archaméby náleží do říše Amoebozoa a spolu s aerobními hlenkami (Macromycetozoa) a sběrným taxonem Variosea vytváří skupinu Conosa. Charakteristickým znakem bičíkatých archaméb je poměrně jednoduchý mikrotubulární cytoskelet, který se skládá z jednoho bazálního tělíska, ze kterého vychází bičík, postranního kořene a mikrotubulárního koše. U bezbičíkatých zástupců byl tento cytoskelet zcela redukován. V minulosti bylo vytvořeno asi 350 jmen archaméb na druhové úrovni. Popisy druhů jsou převážně založeny na morfologických znacích, které jsou ale často nedostačující, a proto je identita druhů nejistá a je pravděpodobné, že řada druhů bude v budoucnu synonymizována. Problémem je také nedostatek sekvenčních dat. V našem projektu se nám podařilo výrazně rozšířit dataset DNA sekvencí převážně volně žijících archaméb. Na základě kombinace molekulárních a morfologických dat jsme popsali 13 nových druhů...
|
|
|
Freeze-fracture technique and artefacts caused by processing conditions
Vaškovicová, Naděžda ; Valigurová, A. ; Hodová, I. ; Melicherová, J. ; Krzyžánek, Vladislav
Freeze-fracture technique is a method used to visualise membrane surfaces of cell organelles. This method is based on cryo-fixation that stabilizes samples. The sample is rapidly frozen in nitrogen, and cut in the chamber under a vacuum and low temperature. Glycerol is used as a cryoprotectant preserving the fine structure of cells in their native stage. Although, cryoprotectants serve as a substitute for water and protect against ice crystal production, they could also affect the form of fracture through biological membranes. Figure 1 shows structures in a sample frozen in the presence of 25% glycerol. The temperature of the apparatus was not low enough during the process of fracturing and etching the sample. The structure of cells seems to be deformed due to melting glycerol. In contrast, figure 2 shows a replica with fine structure of frozen and proper good form of fracturing. The cells used for this study were human leukemic cells (HL-60). Another artefact is shown in figure 3A, compare with 3B. Each sample has to be fractured with a specific speed of cut. The force used for fracturing the membranes has to be set to optimal conditions, which depend on a hardness of sample and a coherence of drops. Low speed and unstable coherence of drops resulted in sample fragmentation. High speed of cut could cause cross-section of cellular structures, similar to ultrathin sections. Figure 3A shows fragmentation of nuclear membrane. This sample was not fractured, it was fragmented due to unstable coherence of drop. This overview shows how a combination of different conditions including the physical properties of the sample, cryoprotectants used and temperature could affect the form of fractures and hence significantly affect interpretation of morphological structures.
|
host ::
RSS.