|
|
Využití metod next-generation sekvenování pro rekonstrukci fylogeneze polyploidních rostlin
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Šrámková, Gabriela (oponent)
Tato bakalářská práce shrnuje dostupné informace o aktuálně používaných metodách next-generation sekvenování (NGS), které v posledních letech zažilo velký rozmach. Výhodou nových metod je zisk velkého množství dat za mnohonásobně nižší cenu za osekvenovanou bázi oproti Sangerově metodě, avšak analýza těchto dat skýtá různá úskalí. I když je v dnešní době již možné sekvenovat celé genomy jednotlivých organismů, pro fylogenetiku, která je postavena na studiu mnoha jedinců, zůstává tento přístup značně náročný. Proto v posledních letech vzniklo množství přístupů, jak účinně redukovat genom, např. sekvenování transkriptomu (RNA-Seq), cílené obohacení (target enrichment), restrikční metody (RAD-Seq, RLL, GBS), mělké sekvenování (genome skimming) a další. Každá z těchto metod má však několik výhod i nevýhod, které ovlivňují jejich využitelnost ve fylogenetických analýzách. Dále se práce zabývá polyploidní speciací a specifiky studia fylogeneze u polyploidních rostlin - výběrem vhodných markerů, následným zpracováním dat a fylogenetickými analýzami. Poslední část je pak věnovaná mé budoucí práci na polyploidním rodu Curcuma L.
|
|
|
Využití metody Hyb-Seq pro rekonstrukci retikulátní vnitrorodové fylogeneze: příklad z polyploidního rodu Curcuma L. (Zingiberaceae)
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Krak, Karol (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá výzkumem fylogeneze hybridn polyploidního rodu Curcuma z eledi Zingiberaceae s využitím next-generation sekvenování, které umož uje získat stovky až tisíce jaderných lokus pro tvorbu fylogenetických strom , což se jeví jako vhodn jší p ístup oproti dosud hojn využívané cpDNA a ITS lokusu, zvlášt u hybridních a polyploidních skupin. K získání dat pro fylogenetické analýzy byla využita metoda Hybridization-based sequencing (Hyb-Seq), která kombinuje cílené obohacení (target enrichment) a m lké sekvenování (genome skimming). K analýze dat byla využita p edevším pipeline HybPhyloMaker specificky vyvinutá pro práci s Hyb-Seq daty. Bylo osekvenováno celkem 27 druh rodu Curcuma a t i druhy tvo ící outgroup. Fylogenetické stromy získané ze všech 1 154 a 811 vybraných jaderných low-copy gen vykazují vysoké podpory jednotlivých uzl , oproti tomu fylogeneze získané z celého chloroplastového genomu a rDNA cistronu jsou v n kterých v tvích podpo ené mén a vykazují inkongruence v topologii oproti strom m z jaderných low-copy gen . Fylogenetické sít vytvo ené z jaderných gen , lineage movement analýza a testy monofylie jsou ve shod s d íve publikovanou teorií o hybridním meziliniovém p vodu 3 druh - C. vamana, C. myanmarensis a C. roscoeana. Tyto metody také ukázaly pravd podobn...
|
|
|
Využití metod next-generation sekvenování pro rekonstrukci fylogeneze polyploidních rostlin
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Šrámková, Gabriela (oponent)
Tato bakalářská práce shrnuje dostupné informace o aktuálně používaných metodách next-generation sekvenování (NGS), které v posledních letech zažilo velký rozmach. Výhodou nových metod je zisk velkého množství dat za mnohonásobně nižší cenu za osekvenovanou bázi oproti Sangerově metodě, avšak analýza těchto dat skýtá různá úskalí. I když je v dnešní době již možné sekvenovat celé genomy jednotlivých organismů, pro fylogenetiku, která je postavena na studiu mnoha jedinců, zůstává tento přístup značně náročný. Proto v posledních letech vzniklo množství přístupů, jak účinně redukovat genom, např. sekvenování transkriptomu (RNA-Seq), cílené obohacení (target enrichment), restrikční metody (RAD-Seq, RLL, GBS), mělké sekvenování (genome skimming) a další. Každá z těchto metod má však několik výhod i nevýhod, které ovlivňují jejich využitelnost ve fylogenetických analýzách. Dále se práce zabývá polyploidní speciací a specifiky studia fylogeneze u polyploidních rostlin - výběrem vhodných markerů, následným zpracováním dat a fylogenetickými analýzami. Poslední část je pak věnovaná mé budoucí práci na polyploidním rodu Curcuma L.
|
host ::
RSS.