|
|
Molecular dynamics study of admixture influence on structural properties and stability of fatty acid Langmuir monolayers
Kubániová, Denisa ; Roeselová, Martina (vedoucí práce) ; Barvík, Ivan (oponent)
Pomocí simulací molekulové dynamiky bylo studováno rozložení vybraných aromatických molekul, jmenovitě benzoové kyseliny a neutrální a zwitterionové formy L-fenylalaninu, ve třech systémech modelujících povrch kapaliny: a) vrstva vodného roztoku organických molekul, b) monovrstva palmitové kyseliny v kondenzovaném kapalném stavu na vodném roztoku organických molekul a c) monovrstva palmitové kyseliny ve stavu koexistence mezi kondenzovanou kapalnou fází a plynnou fází na vodném roztoku organických molekul. Pro všechny studované aromatické molekuly byla potvrzena povrchová aktivita a tendence k agregaci zejména na rozhraní voda-vzduch a voda-palmitová kyselina. Výsledky simulace provedené pro monovrstvu palmitové kyseliny na vodném roztoku benzoové kyseliny byly porovnány s publikovanými výsledky podobných simulací s jinou parametrizací. Srovnání ukázalo, že chování aromatických molekul na rozhraní voda-monovrstva mastné kyseliny silně závisí na použitém modelu. Strukturní vlastnosti Langmuirovy monovrstvy palmitové kyseliny byly vyhodnoceny na základě distibucí úhlu náklonu uhlovodíkových řetězců a analýzy dihedrálních uhlů v oblasti hlaviček palmitové kyseliny v závislosti na povrchové hustotě filmu a adsorbovaných aromatických molekulách. Simulace napodobující izotermální stlačování smíšené monovrstvy v...
|
|
|
Molecular dynamics study of admixture influence on structural properties and stability of fatty acid Langmuir monolayers
Kubániová, Denisa ; Roeselová, Martina (vedoucí práce)
Pomocí simulací molekulové dynamiky bylo studováno rozložení vybraných aromatických molekul, jmenovitě benzoové kyseliny a neutrální a zwitterionové formy L-fenylalaninu, ve třech systémech modelujících povrch kapaliny: a) vrstva vodného roztoku organických molekul, b) monovrstva palmitové kyseliny v kondenzovaném kapalném stavu na vodném roztoku organických molekul a c) monovrstva palmitové kyseliny ve stavu koexistence mezi kondenzovanou kapalnou fází a plynnou fází na vodném roztoku organických molekul. Pro všechny studované aromatické molekuly byla potvrzena povrchová aktivita a tendence k agregaci zejména na rozhraní voda-vzduch a voda-palmitová kyselina. Výsledky simulace provedené pro monovrstvu palmitové kyseliny na vodném roztoku benzoové kyseliny byly porovnány s publikovanými výsledky podobných simulací s jinou parametrizací. Srovnání ukázalo, že chování aromatických molekul na rozhraní voda-monovrstva mastné kyseliny silně závisí na použitém modelu. Strukturní vlastnosti Langmuirovy monovrstvy palmitové kyseliny byly vyhodnoceny na základě distibucí úhlu náklonu uhlovodíkových řetězců a analýzy dihedrálních uhlů v oblasti hlaviček palmitové kyseliny v závislosti na povrchové hustotě filmu a adsorbovaných aromatických molekulách. Simulace napodobující izotermální stlačování smíšené monovrstvy v...
|
|
|
Molecular dynamics study of admixture influence on structural properties and stability of fatty acid Langmuir monolayers
Kubániová, Denisa ; Roeselová, Martina (vedoucí práce)
Pomocí simulací molekulové dynamiky bylo studováno rozložení vybraných aromatických molekul, jmenovitě benzoové kyseliny a neutrální a zwitterionové formy L-fenylalaninu, ve třech systémech modelujících povrch kapaliny: a) vrstva vodného roztoku organických molekul, b) monovrstva palmitové kyseliny v kondenzovaném kapalném stavu na vodném roztoku organických molekul a c) monovrstva palmitové kyseliny ve stavu koexistence mezi kondenzovanou kapalnou fází a plynnou fází na vodném roztoku organických molekul. Pro všechny studované aromatické molekuly byla potvrzena povrchová aktivita a tendence k agregaci zejména na rozhraní voda-vzduch a voda-palmitová kyselina. Výsledky simulace provedené pro monovrstvu palmitové kyseliny na vodném roztoku benzoové kyseliny byly porovnány s publikovanými výsledky podobných simulací s jinou parametrizací. Srovnání ukázalo, že chování aromatických molekul na rozhraní voda-monovrstva mastné kyseliny silně závisí na použitém modelu. Strukturní vlastnosti Langmuirovy monovrstvy palmitové kyseliny byly vyhodnoceny na základě distibucí úhlu náklonu uhlovodíkových řetězců a analýzy dihedrálních uhlů v oblasti hlaviček palmitové kyseliny v závislosti na povrchové hustotě filmu a adsorbovaných aromatických molekulách. Simulace napodobující izotermální stlačování smíšené monovrstvy v...
|
|
|
Molecular dynamics study of admixture influence on structural properties and stability of fatty acid Langmuir monolayers
Kubániová, Denisa ; Roeselová, Martina (vedoucí práce) ; Barvík, Ivan (oponent)
Pomocí simulací molekulové dynamiky bylo studováno rozložení vybraných aromatických molekul, jmenovitě benzoové kyseliny a neutrální a zwitterionové formy L-fenylalaninu, ve třech systémech modelujících povrch kapaliny: a) vrstva vodného roztoku organických molekul, b) monovrstva palmitové kyseliny v kondenzovaném kapalném stavu na vodném roztoku organických molekul a c) monovrstva palmitové kyseliny ve stavu koexistence mezi kondenzovanou kapalnou fází a plynnou fází na vodném roztoku organických molekul. Pro všechny studované aromatické molekuly byla potvrzena povrchová aktivita a tendence k agregaci zejména na rozhraní voda-vzduch a voda-palmitová kyselina. Výsledky simulace provedené pro monovrstvu palmitové kyseliny na vodném roztoku benzoové kyseliny byly porovnány s publikovanými výsledky podobných simulací s jinou parametrizací. Srovnání ukázalo, že chování aromatických molekul na rozhraní voda-monovrstva mastné kyseliny silně závisí na použitém modelu. Strukturní vlastnosti Langmuirovy monovrstvy palmitové kyseliny byly vyhodnoceny na základě distibucí úhlu náklonu uhlovodíkových řetězců a analýzy dihedrálních uhlů v oblasti hlaviček palmitové kyseliny v závislosti na povrchové hustotě filmu a adsorbovaných aromatických molekulách. Simulace napodobující izotermální stlačování smíšené monovrstvy v...
|
|
|
Interakce aminokyselin s fosfolipidovými monovrstvami
Kukharchuk, Alexandra ; Roeselová, Martina (vedoucí práce) ; Pospíšil, Miroslav (oponent)
Tato práce se zabývá studiem interakcí mezi aminokyselinami s hydrofobním postranním řetězcem a fosfolipidovou monovrstvou na rozhraní voda-vzduch pomocí molekulové dynamiky. Byly provedeny tři simulace: a) simulace leucinu ve vodném roztoku, b) simulace povrchu vodného roztoku leucinu c) simulace roztoku leucinu s monovrstvou fosfolipidů DPPC na povrchu. Tyto simulace ukázaly, že leucin jeví povrchovou aktivitu a má tendenci tvořit klastry, a to přednostně na vodném povrchu. Rovněž bylo zjištěno, že leucin interkaluje mezi molekuly DPPC, což vede ke vzniku drobných pórů v DPPC monovrstvě. Výsledky simulace leucinu s DPPC monovrstvou byly porovnány s výsledky již dříve provedené obdobné simulace pro fenylalanin. Toto porovnání ukázalo, že molekuly fenylalaninu pronikají do DPPC monovrstvy více než molekuly leucinu, ačkoliv hloubka zanoření mezi molekuly DPPC je u obou aminokyselin prakticky stejná. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
| |
|
|
Does oxidation make the organic aerosol coatings more hydrophilic? Insight from molecular dynamics study of oxidized surfactant monolayers
Roeselová, Martina ; Khabiri, Morteza ; Cwiklik, Lukasz
Organic compounds are ubiquitous in atmospheric aerosols. The morphology and structure of the organic phase affect the optical properties of the aerosols, their heterogeneous reactivity as well as their ability to nucleate cloud droplets and ice particles. It is commonly assumed that atmospheric oxidative ageing of the organic material, leading to the formation of polar groups such as carbonyl (=O), hydroxyl (-OH) and carboxylic acid (-COOH), will render the aerosol particle surfaces increasingly more hydrophilic, hence, able to take up more water. Field measurements have shown that a large fraction of the organic material found in aerosols are surface active compounds, such as fatty acids and lipids(Tervahattu, 2002 and 2005). An inverted micelle structure, with an aqueous core surrounded by an organic surfactant layer, has thus been proposed for aqueous aerosols, both marine and continental (Donaldson, 2006). While recent experiments suggest the existence of more complex structures, such as organic inclusions and surfactant lenses (Dennis-Smither, 2012), a monolayer (ML) of surface active organics on an aqueous subphase (the so called Langmuir monolayers) represents the basic model system used in laboratory studies aimed at elucidating the effect of oxidative processes on structural properties of organic coatings on aerosol particles. In our previous work, we used molecular dynamics computer simulations to study the structure and stability of oxidized phospholipid MLs (Khabiri, 2012). In this contribution, we employed the molecular dynamics simulation technique to investigate – with atomistic resolution – structural changes occuring in a fatty acid ML upon moderate degree of oxidation.
|
|
|
Molecular simulations unravel preference of haloalkanes for the air/water interface
Habartová, Alena ; Minofar, Babak ; Obisesan, A. ; Roeselová, Martina
Halogenated organics are emitted into the atmosphere from a variety of sources of both natural and anthropogenic origin (Finlayson-Pitts et al., 2000). Their uptake at the surface of aerosols can affect their reactivity, for example in processes which take part in ozone destruction due to production of reactive chlorine, bromine and iodine radicals. This study presents results of molecular dynamic (MD) simulations carried out to investigate the interaction of short-chain haloalkanes with aqueous surfaces. We report on a free energy minimum that the haloalkanes exhibit at the air/water interface.
|
host ::
RSS.