|
|
Diverzita a druhový koncept u komplexu Vischeria/Eustigmatos (Eustigmatophyceae)
Procházková, Kateřina ; Eliáš, Marek (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent)
Vischeria a Eustigmatos jsou blízce příbuzné rody vyskytující se v terestrických habitatech. Tyto rody byly rozlišeny na základě rozdílů ve struktuře buněčného povrchu (výrůstky a hrany různého tvaru, resp. hladký povrch). Doposud byly popsány tři druhy rodu Eustigmatos. V rámci rodu Vischeria bylo popsáno dvanáct druhů, z nichž devět však bylo od doby svého popisu pozorováno vzácně nebo dokonce vůbec. Tato práce je zaměřena na zhodnocení molekulární variability, diverzity a taxonomie komplexu Vischeria/Eustigmatos. Za tímto účelem bylo studováno devadesát sedm kmenů zahrnujících jak kmeny pocházející z veřejných řasových sbírek, tak kmeny nově izolované z lokalit z celého světa. Sbírkové kmeny zahrnovaly typové kultury dvou druhů rodu Eustigmatos a tří druhů rodu Vischeria. Fylogenetické analýzy ITS2 rDNA a rbcL sekvencí ukázaly, že rody Vischeria a Eustigmatos nejsou fylogeneticky separované. Každý z pěti typových kmenů představuje samostatou vývojovou linii. Některé z dalších nalezených linií svou morfologií odpovídají popisu Eustigmatos magnus. Některé z nově izolovaných kmenů jsou na základě zkoumaných genetických markerů nerozlišitelné od sbírkových kmenů, některé z nich naopak představují nové linie. Jen jedna z fylogenetických linií, ztotožnitelná s druhem Vischeria stellata, vykazuje dobře...
|
|
|
Morphological, ultrastructural, and transcriptomic characterization of the newly discovered protist lineage SUM-K
Valt, Marek ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent)
V tejto diplomovej práci predstavujem novoobjavený, hlboko vetviaci organizmus, bičíkovca SUM-K. SUM-K je morfologicky nenápadný protist, ktorý sa vyskytuje v dvoch jedinečných formách, nepohyblivej "slniečkovej" forme a pohyblivej, bičíkatej forme. Bunky podobné slnku sú guľaté a približne 5 µm veľké, pričom produkujú množstvo tenkých radiálnych výbežkov pripomínajúc Slncovky. Na základe ultraštruktúrnej analýzy a pozorovania pod svetelným mikroskom sme tieto projekcie klasifikovali ako nový typ extruzómov s predpokladanou funkciou predácie koristi. Bičíkaté štádium sa pohybuje jedným predným, posterolaterálne smerujúcim bičíkom. Posteriálny koniec bunky nesie dlhú extrúziu, ktorá pripomína bičík, ale nie je pohyblivá. Na základe týchto morfologických charakteristík nemožno organizmus zaradiť do žiadnej z existujúcich eukaryotických superskupín. Podobne aj fylogenetická analýza založená na SSU rDNA nedokázala vyriešiť evolučnú pozíciu SUM- K, a priradilo ju do príbuzenstva k Ancoracyste twiste. Robustná analýza založená na 206 ortologických génoch priradila SUM-K do príbuzenstva so superskupinou Hemimastigophora. Napriek tomu, že morfológia v súčasnosti popísaných hemimastigophoreanov a organizmu SUM-K je úplne rozdielna, ich príbuzenstvo ponúka zaujímavý pohľad na vývoj skupiny Diaphoretickes....
|
|
|
Diverzita a evoluce anaerobních heteroloboseí
Pánek, Tomáš ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent) ; Vávra, Jiří (oponent)
8 ABSTRAKT Tato práce se zaměřuje na fylogenezi, diverzitu a buněčnou strukturu obligátně anaerobních zástupců kmene Heterolobosea (Excavata: Discoba). S použitím kultivačních přístupů odhaluje jejich skrytou druhovou diverzitu a prezentuje 11 nově popsaných druhů. Pomocí fylogenetických analýz ukazuje, že obligátně anaerobní linie heteroloboseí se vyvinuly nejméně dvakrát nezávisle na sobě (Creneidae and Psalteriomonadidae). Čeleď Psalteriomonadidae je možno označit za hlavní anaerobní linii skupiny Heterolobosea, neboť obsahuje drtivou většinu známých obligátně ananerobních zástupců (16 druhů a 5 rodů). Většina druhů skupiny Psalteriomonadidae má akristátní mitochondrie, ačkoliv Pseudoharpagon pertyi má zřejmě zachovány ještě zbytky mitochondriálních krist. Buněčná struktura a životní cyklus Creneis carolina, samostatné anaerobní linie blízce příbuzné linii Percolatea, je unikátní. Architektura jejího bičíkatého aparátu není jednoduše porovnatelná s jinými eukaryoty, neboť u C. carolina došlo k unikátním přeskupením cytoskeletárních elementů. Anaerobní Heterolobosea jsou jen vzácně detekována pomocí environmentálních, na kultivaci nezávislých metod. Z toho důvodu je velmi obtížné odhadovat jejich skutečnou druhovou diverzitu. Naše nejnovější data o anaerobních jakobidech, další linii patřící mezi Discoba...
|
|
|
Diverzita a evoluce anaerobních heteroloboseí
Pánek, Tomáš ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent) ; Vávra, Jiří (oponent)
8 ABSTRAKT Tato práce se zaměřuje na fylogenezi, diverzitu a buněčnou strukturu obligátně anaerobních zástupců kmene Heterolobosea (Excavata: Discoba). S použitím kultivačních přístupů odhaluje jejich skrytou druhovou diverzitu a prezentuje 11 nově popsaných druhů. Pomocí fylogenetických analýz ukazuje, že obligátně anaerobní linie heteroloboseí se vyvinuly nejméně dvakrát nezávisle na sobě (Creneidae and Psalteriomonadidae). Čeleď Psalteriomonadidae je možno označit za hlavní anaerobní linii skupiny Heterolobosea, neboť obsahuje drtivou většinu známých obligátně ananerobních zástupců (16 druhů a 5 rodů). Většina druhů skupiny Psalteriomonadidae má akristátní mitochondrie, ačkoliv Pseudoharpagon pertyi má zřejmě zachovány ještě zbytky mitochondriálních krist. Buněčná struktura a životní cyklus Creneis carolina, samostatné anaerobní linie blízce příbuzné linii Percolatea, je unikátní. Architektura jejího bičíkatého aparátu není jednoduše porovnatelná s jinými eukaryoty, neboť u C. carolina došlo k unikátním přeskupením cytoskeletárních elementů. Anaerobní Heterolobosea jsou jen vzácně detekována pomocí environmentálních, na kultivaci nezávislých metod. Z toho důvodu je velmi obtížné odhadovat jejich skutečnou druhovou diverzitu. Naše nejnovější data o anaerobních jakobidech, další linii patřící mezi Discoba...
|
|
|
Pátrání po pozůstatku plastidu v buňce Rhabdomonas sp.
Soukal, Petr ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent)
Kmen Euglenozoa je tvořen čtyřmi skupinami - Euglenoidea (krásnoočka), Kinetoplastea (bičivky), Symbiontida a Diplonemea. Fototrofní krásnoočka, která tvoří dobře podpořenou skupinu, se vyznačují přítomností zeleného plastidu vzniklého sekun- dární endosymbiózou se zelenou řasou příbuznou dnešnímu rodu Pyramimonas. Obecně přijímaná teorie pozdního nabytí plastidu (plastid-late hypothesis) tvrdí, že k této en- dosymbióze došlo po oddělení fototrofních krásnooček od zbytku skupiny Euglenozoa. Endosymbiotická událost je vždy spojena s tokem genů z endosymbionta do jádra hos- titele. I když dojde k úplné ztrátě endosymbionta lze předpokládat, že genom hostitele byl obohacen o geny endosymbiotického původu. Některé současné fylogenetické ana- lýzy odhalily v genomu trypanosom (Kinetoplastea: Trypanosomatida) geny potenciálně plastidového původu. Interpretují to tak, že plastid byl přítomen již u společného předka bičivek a krásnooček a následně došlo k jeho ztrátě u všech bičivek a některých krásno- oček, ke kterým patří i osmotrofní Rhabdomonas costata. Během analýzy transkriptomu R. costata bylo nalezeno 63 genů, u nichž je možné předpokládat, že pocházejí ze ze- lených (14 genů) nebo jiných (49 genů) řas. Při konstrukci fylogenetických stromů byl jeden gen s vysokou podporou sesterský zeleným a...
|
|
|
Diverzita a druhový koncept u komplexu Vischeria/Eustigmatos (Eustigmatophyceae)
Procházková, Kateřina ; Eliáš, Marek (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent)
Vischeria a Eustigmatos jsou blízce příbuzné rody vyskytující se v terestrických habitatech. Tyto rody byly rozlišeny na základě rozdílů ve struktuře buněčného povrchu (výrůstky a hrany různého tvaru, resp. hladký povrch). Doposud byly popsány tři druhy rodu Eustigmatos. V rámci rodu Vischeria bylo popsáno dvanáct druhů, z nichž devět však bylo od doby svého popisu pozorováno vzácně nebo dokonce vůbec. Tato práce je zaměřena na zhodnocení molekulární variability, diverzity a taxonomie komplexu Vischeria/Eustigmatos. Za tímto účelem bylo studováno devadesát sedm kmenů zahrnujících jak kmeny pocházející z veřejných řasových sbírek, tak kmeny nově izolované z lokalit z celého světa. Sbírkové kmeny zahrnovaly typové kultury dvou druhů rodu Eustigmatos a tří druhů rodu Vischeria. Fylogenetické analýzy ITS2 rDNA a rbcL sekvencí ukázaly, že rody Vischeria a Eustigmatos nejsou fylogeneticky separované. Každý z pěti typových kmenů představuje samostatou vývojovou linii. Některé z dalších nalezených linií svou morfologií odpovídají popisu Eustigmatos magnus. Některé z nově izolovaných kmenů jsou na základě zkoumaných genetických markerů nerozlišitelné od sbírkových kmenů, některé z nich naopak představují nové linie. Jen jedna z fylogenetických linií, ztotožnitelná s druhem Vischeria stellata, vykazuje dobře...
|
|
|
Evoluce anaerobních heteroloboseí
Pánek, Tomáš ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent)
Heterolobosea jsou skupinou zahrnující převážně volně žijící měňavky, bičíkovce a améboflageláty s blízkým příbuzenským vztahem k euglenozoím a jakobidům (superskupina Excavata). Přinejmenším dvě linie heteroloboseí (Psalteriomonadidae a extrémně halofilní Pleurostomum) redukovaly mitochondrie a přizpůsobily se životu v prostředí s nedostatkem kyslíku. Navíc bylo v rámci aerobních rodů heteroloboseí popsáno několik druhů, o kterých se předpokládá, že jsou anaerobní. Doposud z nich nebyla získána sekvenční data, a proto jejich fylogenetická pozice zůstává neobjasněna. Cílem této práce je prozkoumat diverzitu a fylogenetickou pozici těchto a popřípadě i jiných, dosud neobjevených anaerobních heteroloboseí. Z mořského, sladkovodního a brakického prostředí bylo izolováno a kultivováno celkem 34 kmenů anaerobních bičíkovců, měňavek a améboflagelátů patřících mezi Heterolobosea. 33 z těchto izolátů patří mezi Psalteriomonadidae. Na základě fylogenetické analýzy jejich SSU rDNA a porovnáním jejich morfologie byly uvnitř skupiny Psalteriomonadidae identifikovány 2 nové rody a 3 nové druhy. Ukázalo se, že rod Percolomonas je polyfyletický. Morfologická podobnost několika nepříbuzných druhů, které do něj doposud byly řazeny, má zřejmě plesiomorfní charakter. Mořský izolát PC4AM je morfologicky unikátní a...
|
|
|
Molecular Phylogeny of Selected Protists
Kostka, Martin ; Flegr, Jaroslav (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent) ; Simpson, Alastair (oponent)
Výsledky 1. Získalijsme sekvenciSsU rDNA z prvokaProtoopalino intestinalis,reprezentujícíhoopalinlqy,a Karotomorpha,coŽje proteromonadidz něhožzatímnebyla žÁdnámolekulrímídata k dispozici. Ana|ýrytěchtodatpotvrdily blízkoupříbuznostobou skupinI parafylii proteromonadidů_ vyslednátopologiebyla (Proteromonas * (Karotomorpha* Protoopalina)).Slopalinidi sev našichana|ýzáchz.ařadilido skupinyStamenopila. 2. Blastocystis,genetickypoměrněvariabilnírod, sev nďich analýzÁchvyslgrtovaljako sesterskáskupinak řádu Slopalinida v rámci sfuamenopil. 3. Získalijsme sekvenciSSU rDNA ze dvouizolátůrodu Chilomastix.obě sekvenceseod sebevzájemnědostilišily délkouI složením,alepřestove fylogenetickychstromech tvořily dobřepodpořenoumonosletickou skupinu.Překvapivě všakRetortamonasnebylasesterskouskupinoutohotorodu,byla bližšídiplomonádám_ čeleďRetortamonadidaezahňujícíoba t5rtorodyje tedyďejmě paraffletická.Takovyvýsledekby mamenď, Žeprapředekdiplomonád(včetněenteromonád)byl retortamonadidníhoýpu. 4. Získa|ijsmesekvenceSSU rDNA dvoumorfologicky dobře charakterizovanýchaméb'Mayorella gemmifera a Saccamoeba limax.Llkrázalijsme, žesekvencepřipisovanáS, limax a používanáv některych fylogenetických ana|ýzách,patříň ejmě špatněurčenémuorganismu. 5. lv}tvořili jsme program SlowFaster.Jde o unikátníjednoduše ovladate|nýnrásffoj,který...
|
host ::
RSS.