|
|
Prediction of the effect of mutations on protein stability
Rosinská, Monika ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Musil, Miloš (vedoucí práce)
The aim of this thesis is to develop a classification model for protein mutations, distinguishing between stabilizing and destabilizing variants. The model was implemented using a convolutional neural network architecture, utilising the ResNet50V2 pre-trained neural network and a dataset sourced from FireProtDB. With an accuracy of 0.7, the model effectively predicts the impact of mutations on protein stability. Furthemore, it can provide a confidence measure for its predictions.
|
|
|
Benchmark of the Computational Tools for the Prediction of the Effect of Mutations on Protein Stability
Berezný, Matej ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Musil, Miloš (vedoucí práce)
Protein design necessitates understanding how mutations influence their stability. Numerous online predictors exist for this aim, but it is challenging to compare them or to use them collectively. For that purpose I developed BenchStab, a console application/Python package designed for the swift and straightforward operation of 18 predictors, gathering results from a series of mutants. Benchstab is freely available on GitHub and can be expanded to include more predictors. To avoid potential dataset bias towards some predictors, I have constructed a new unique dataset, sourced from FireProtDB. I utilized this dataset to assess 24 distinct prediction methods from the three different perspectives.
|
|
|
Výpočetní simulace třetího bloku jaderné elektrárny Dukovany
Musil, Michal ; Mičian, Peter (oponent) ; Katovský, Karel (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá analýzou možností navýšení výkonu 3. bloku Jaderné elektrárny Dukovany. Nejdříve je stručně popsán primární okruh Jaderné elektrárny Dukovany a vývoj jednotlivých typů jaderného paliva. Teoretická část také obsahuje základní popis deterministických a stochastických metod výpočtu a popis výpočetního programu MOBY-DICK. Praktická část obsahuje porovnání několika případů, u kterých by bylo možné navýšení výkonu 3. bloku EDU. Všechny případy jsou porovnány z hlediska spotřeby jaderného paliva i možnosti dosaženého výkonu.
|
|
|
Machine Learning-based Prediction of Mutational Effects on Protein Immunogenicity
Lacko, Dávid ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Musil, Miloš (vedoucí práce)
The immune system is a vital part in human survival since it is responsible for protecting the body against pathogens.This ability stems from molecular mechanisms for the recognition of non-human proteins and molecules. While this system is critical for survival, it hampers the use of non-human proteins as biotherapeutics, many of which have already demonstrated significant potential in healthcare. To exploit this potential, it is vital that the immune system does not attack and inactivate the proteins. Therefore, it is often necessary to engineer these proteins to reduce the immunogenicity and avoid early detection by the immune system. To this end, scientists introduce mutations to a protein of interest to lower the response. Large-scale experimental validation of such mutations is typically unfeasible due to the enormous size of combinatorial space to explore. With the help of machine learning tools, this process can be accelerated and total development cost significantly reduced by scoring the mutations in silico first and experimentally validating only a subset of short-listed viable designs. However, the field of machine-learning-based tools for predicting such mutational effects is yet to be explored. To address this challenge, we present a novel dataset focused on the effect of mutations on epitopes - protein regions that trigger the immune system response. The newly collected dataset contains epitopes, their single and double-point mutations, and the effect of these mutations on imunogenicity as labels. By leveraging this novel dataset and recent advances in large language models for protein engineering, we train a set of machine-learning-based models that are able to classify mutations based on their effect on immunogenicity, showing a significant improvement in performance over the baselines. Additionally, we investigate and present a way to separate the dataset into different train-test splits to minimize data leakage between these splits. This leads to a more robust real-world performance evaluation of the models trained on this data.
|
|
|
Vývoj energetiky v České republice během následujících let
Musil, Miloš ; Kracík, Petr (oponent) ; Toman, Filip (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá analýzou současné české energetiky. Popisuje její aktuální stav a nastiňuje možné scénáře jejího vývoje v budoucích letech v kontextu transformace energetiky. Práce se snaží analyzovat současný stav energetického sektoru v zemi, zhodnotit jeho silné a slabé stránky a identifikovat příležitosti a hrozby pro budoucí vývoj. Práce popisuje jednotlivé části české energetiky, jako je elektroenergetika, plynárenství, teplárenství a ropný průmysl, včetně výrobních zdrojů, spotřeby a emisí. Největší důraz je kladen na elektroenergetiku. Současně s nastíněnými možnými scénáři vývoje v budoucnu jsou zanalyzovány kapacity a potenciál jednotlivých sektorů. Část práce se také věnuje popisu a vysvětlení složení a konstrukci ceny elektřiny a plynu v ČR. Důraz je kladen i na zasazení české energetiky do širšího kontextu energetik států Evropy a zahrnuje různé scénáře vývoje elektroenergetiky v Evropě. V kontextu aktuální geopolitické situace v Evropě, modernizaci a transformaci tohoto sektoru je nutné budovat nové zdroje energie.
|
|
|
Možnosti měření geometrické přesnosti obrobku
Tvardek, Michal ; Musil, Martin (oponent) ; Blecha, Petr (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je provést rešerši v oblasti měření geometrické přesnosti obrobku. V úvodní části se věnuji popisu a grafické interpretaci geometrických tolerancí a parametrů struktury povrchu, včetně jejich znázorňování ve výkresové dokumentaci. Dále jsem stručně shrnul základní metodiky měření vybraných geometrických veličin a ozubených kol. Rovněž jsem popsal současná zařízení a přístroje na měření geometrické přesnosti a struktury povrchu jak pro inprocesní, tak pro postprocesní využití, přičemž jsem se snažil vyzdvihnout jejich hlavní vlastnosti a výhody.
|
|
|
Zařízení s modelářskými RC servy
Kutěj, Jaromír ; Nosko, Svetozár (oponent) ; Musil, Martin (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá návrhem zařízení (jezdícího modelu) s využitím modelářských servomotorů. Zabývá se zvolením vhodného hardwaru a popisuje jeho realizaci. Zaměřuje se na možnosti ovládání zařízení mikropočítačem a technologie použitelné pro komunikaci se zařízením. Dále rozebírá možnosti ovládání ze strany uživatele. Na základě zjištěných skutečností navrhuje a implementuje systém, který umožňuje ovládat jezdící model připojený k mikropočítači prostřednictvím bezdrátové komunikace, za pomocí mobilní aplikace. Dále toto zařízení rozšiřuje o senzory vzdálenosti, které umožňují zastavení modelu, čímž je zabráněno případné kolizi.
|
|
|
Testování experimentálního modelu distribuční soustavy 22 kV
Musil, Milan ; Topolánek, David (oponent) ; Novotný, Jan (vedoucí práce)
Práce se zabývá praktickým ověřením a zjištěním klíčových parametrů prvků modelu (vedení, transformátor, zhášecí tlumivka). Toto ověření je potřebné pro případné testování modelu při poruchách, které by mohly nastat v nakonfigurované síti. Vlastní měření probíhalo pomocí ekvivalentního modelu a následně pomocí výpočtů netočivé složky impedance, případně admitance a jejich složek. Mimo jiné bylo potřeba zjistit také parametry transformátorů, které spočívaly v měření silovém. Další částí se práce zabývá návrhem nových prvků modelu. Nejpodstatnější z nich je model vypínače, který je potřebný pro ochranu modelu a zároveň okolí při nestandartních stavech sítě, tedy poruchách.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.