|
|
Sledování chemorezistence dětských nádorů molekulárně cytogenetickými metodami
Procházka, Pavel ; Eckschlager, Tomáš (vedoucí práce) ; Kočárek, Eduard (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Souhrn Disertacni prace se zabyva chemorezistenci detskych nadorovych onemocneni adetekci cytogenetickych zmen, ktere s ni souvisi. Ovlivneni rizikovych forem detskych nadoru vyzaduje pouziti vysokych davek chemoterapie, ktera muze vest ke vzniku chemorezistence. Prukaz chromozomalnich aberaci muze prispet k urceni prognozy apredikce efektu lecbychemorezistentnichnadoru. Vetsinu vysledku jsme ziskalistudiem neuroblastomu (NBL). Ostatni prezentovane vysledky pak predstavuji geneticke zmeny u Ewingova sarkomu a u detskych feochromocytomu. Ke studiu chromozomalnichaberaci bylypouzitymetodykomparativni genomova hybridizace (CGH)a array CGH doplnene o vysetreni mnohobarevnou nebo int fzni fuor c brdi nst. Zmenyv expr naur mRNA byl s rera l escen ni hy i zaci i iu esi ovni yvyeteny expresni cipovou analyzou doplnenou o kvantitativni polymerazovou retezovou reakci, zmeny v expresiproteinu bylyvysetrenypomoci westernblottingu nebo prutokovou cytometrii. Predkladana disertace je komentovany soubor sesti publikaci. Studium chromozomalnich aberaci Ewingovych sarkomu predstavuje literarni resersi doplnenou o vlastni vysledky. Prace tykajici se feochromocytomu je jednim z nejvetsich souboru podrobnegeneticky vysetrenych detskych feochromocytomu. Nejobsahlejsi castse zabyva cytogenetickymizmenamiu NBL. Dlouhodobou...
|
|
|
Molekulárně genetická analýza vybraných kryptických přestaveb lidských chromozómů
Šolc, Roman ; Hirschfeldová, Kateřina (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Předkládaná práce shrnuje výsledky výzkumu zaměřeného na studium kryptických přestaveb lidských chromosomů. Konkrétně se zaměřuje na tři základní oblasti výzkumu. První oblast představuje výzkum kryptických přestaveb identifikovaných jako kauzální příčiny onemocnění u mentálně retardovaných pacientů s původně neznámou etiologií. Nejčastěji se jedná o tzv. mikrodeleční sydromy. Velká variabilita fenotypu a často překrývající se symptomy mikrodelečních syndromů vyžadují celogenomový přístup. V rámci výzkumu bylo vyšetřeno 64 probandů a u 10 (16 %) z nich byly nalezeny kryptické přestavby, jež byly dále analyzovány. Druhou oblast představuje výzkum kryptických přestaveb asociovaných s pseudoautosomálním regionem 1 (konkrétně s oblastí genu SHOX), jež mohou být přirozenou součástí variability genomu i příčinami vzniku onemocnění. V rámci výzkumu bylo vyšetřeno 98 pacientů s Léri-Weillovou dyschondrosteózou nebo idiopatickým malým vzrůstem, přičemž kauzální mutace byla nalezena u 68,8 %, resp. 7,8 % probandů. Současně byla drobná delece, tzv. delece L05101 nalézající se v blízkosti regulačních oblastí genu SHOX, vyhodnocena jako populační polymorfismus bez zjevného fenotypového dopadu. Komparativní analýza duplikací detekovaných v souboru 250 zdravých jedinců v porovnání s rozsahem a umístěním duplikací...
|
|
|
Význam chromozomálních aberací pro hodnocení genetického rizika expozice karcinogenům.
Rössnerová, Andrea ; Šrám, Radim (vedoucí práce) ; Rubeš, Jiří (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Znečištěné ovzduší představuje celosvětově vážný problém spojený s riziky zejména nádorových onemocnění. Hodnocení negativních vlivů polycyklických aromatických uhlovodíků (k-PAU), reprezentovaných především benzo[a]pyrenem (B[a]P), na zdravotní stav obyvatelstva je analyzováno s využitím specifických biomarkerů, mezi něž patří i cytogenetické biomarkery časného účinku. Tato práce shrnuje výsledky cytogenetických analýz, prováděných s využitím fluorescenční in situ hybridizace (FISH) (celochromozomové barvení chromozomů #1 a #4) a automatické obrazové analýzy mikrojader (MN). V průběhu studií bylo provedeno celkem 1304 analýz metodou FISH a 885 automatických obrazových analýz MN. Modelové skupiny, kterými byli městští strážníci, řidiči autobusů, pracovníci garáží, administrativní pracovníci, matky, novorozenci, zdravé děti a děti s astma bronchiale a pracovníci laboratoří, pocházely především z Prahy, ale i z Ostravy a Českých Budějovic. Studované lokality se významně lišily v koncentracích studovaných polutantů a celkovým typem znečištění. Expozice účastníků studií byla hodnocena s využitím personálního a stacionárního monitoringu. Ve studiích byl rovněž hodnocen vliv dalších faktorů, jako je věk, kouření či příjem vitaminů. Výsledky získané metodou FISH ukázaly v Praze na vliv sezonních výkyvů...
|
|
|
Nebalancované změny v genomu nádorových buněk a jejich úloha v patogenezi onemocnění
Lhotská, Halka ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Jarošová, Marie (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Genomová nestabilita projevující se mimo jiné přítomností nebalancovaných změn je charakteristickým rysem maligní transformace buňky. Metodami I-FISH, mFISH, mBAND, CGH array, SNP array, MLPA, MS-MLPA a MS-PCR jsme analyzovali genomové aberace, metylační a mutační stav některých klinicky významných genů. Zaměřili jsme se na dvě skupiny nemocných, u kterých se často setkáváme s nebalancovanými změnami - pacienty s maligními mozkovými nádory (gliomy) a nemocné s myelodysplastickými syndromy (MDS). U pacientů s nízkostupňovými gliomy (WHO grade I-II) patřila k nejčastějším nálezům kodelece 1p/19q (82,6 % nemocných s oligodendrogliomy a oligoastrocytomy), mutace IDH1/IDH2 genů (87 % s WHO grade I-II gliomy), získaná UPD 17p (72,2 % pacientů s astrocytomy) a obecně vyšší výskyt nebalancovaných změn u nemocných s astrocytomy. Popsali jsme dosud nepublikovanou metylaci promotoru genu MLH3 u 60,9 % nemocných s oligodendrogliomy a 27,3 % pacientů s astrocytomy. Rovněž jsme sledovali zisk chromosomových aberací u nemocných s recidivujícími nádory. V souboru nemocných s MDS a komplexním karyotypem jsme studovali přestavby deletovaného chromosomu 5 a popsali jsme jeho nejčastější translokační partnery. U 49 % pacientů z tohoto souboru jsme pozorovali znaky chromotripsis spojené s vysokým počtem delecí/...
|
|
|
Záchyt submikroskopických aberací u fenotypově abnormálních nosičů zjevně balancovaných chromozomových přestaveb metodou array CGH
Slámová, Zuzana ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Michalová, Kyra (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Nosiči balancovaných chromozomových aberací (BCA) jsou obvykle fenotypově normální. Avšak až 27 % de novo vzniklých BCA může být spojeno s patologií fenotypu způsobenou nejčastěji submikroskopickou imbalancí nebo genovou disrupcí v oblastech zlomových míst, případně vlivem pozičního efektu. Molekulárně cytogenetické techniky oproti karyotypování umožňují detailnější popsání aberace a tím usnadňují korelaci genotypu s fenotypem pacienta. Cílem práce bylo zhodnocení výskytu variant v počtu kopií (CNV) v místech zlomů aberace i v jiných oblastech genomu u pacientů s abnormálním fenotypem, kteří byli nosiči de novo i familiárních BCA. Metodou array CGH bylo vyšetřeno 54 případů BCA (20 de novo, 27 familiárních, 7 bez objasnění původu), z toho 32 reciprokých translokací, šest robertsonských translokací, 12 inverzí a čtyři komplexní přestavby. U klinicky významných nálezů, bylo-li to možné, byli vyšetřeni i rodiče pacienta pro objasnění původu CNV. Za účelem upřesnění nálezů či vyloučení genové disrupce byla u vybraných případů použita metoda FISH. U 31,5 % pacientů (17/54) byla zachycena alespoň jedna (z toho u osmi osob více než jedna) klinicky významná CNV. U čtyř případů byly zjištěny imbalance pouze v oblastech zlomových míst, u deseti pouze CNV jinde v genomu a u tří jedinců v oblastech zlomů i...
|
|
|
Molekulárně genetická analýza vybraných kryptických přestaveb lidských chromozómů
Šolc, Roman ; Hirschfeldová, Kateřina (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Předkládaná práce shrnuje výsledky výzkumu zaměřeného na studium kryptických přestaveb lidských chromosomů. Konkrétně se zaměřuje na tři základní oblasti výzkumu. První oblast představuje výzkum kryptických přestaveb identifikovaných jako kauzální příčiny onemocnění u mentálně retardovaných pacientů s původně neznámou etiologií. Nejčastěji se jedná o tzv. mikrodeleční sydromy. Velká variabilita fenotypu a často překrývající se symptomy mikrodelečních syndromů vyžadují celogenomový přístup. V rámci výzkumu bylo vyšetřeno 64 probandů a u 10 (16 %) z nich byly nalezeny kryptické přestavby, jež byly dále analyzovány. Druhou oblast představuje výzkum kryptických přestaveb asociovaných s pseudoautosomálním regionem 1 (konkrétně s oblastí genu SHOX), jež mohou být přirozenou součástí variability genomu i příčinami vzniku onemocnění. V rámci výzkumu bylo vyšetřeno 98 pacientů s Léri-Weillovou dyschondrosteózou nebo idiopatickým malým vzrůstem, přičemž kauzální mutace byla nalezena u 68,8 %, resp. 7,8 % probandů. Současně byla drobná delece, tzv. delece L05101 nalézající se v blízkosti regulačních oblastí genu SHOX, vyhodnocena jako populační polymorfismus bez zjevného fenotypového dopadu. Komparativní analýza duplikací detekovaných v souboru 250 zdravých jedinců v porovnání s rozsahem a umístěním duplikací...
|
|
|
Nebalancované změny v genomu nádorových buněk a jejich úloha v patogenezi onemocnění
Lhotská, Halka ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Jarošová, Marie (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Genomová nestabilita projevující se mimo jiné přítomností nebalancovaných změn je charakteristickým rysem maligní transformace buňky. Metodami I-FISH, mFISH, mBAND, CGH array, SNP array, MLPA, MS-MLPA a MS-PCR jsme analyzovali genomové aberace, metylační a mutační stav některých klinicky významných genů. Zaměřili jsme se na dvě skupiny nemocných, u kterých se často setkáváme s nebalancovanými změnami - pacienty s maligními mozkovými nádory (gliomy) a nemocné s myelodysplastickými syndromy (MDS). U pacientů s nízkostupňovými gliomy (WHO grade I-II) patřila k nejčastějším nálezům kodelece 1p/19q (82,6 % nemocných s oligodendrogliomy a oligoastrocytomy), mutace IDH1/IDH2 genů (87 % s WHO grade I-II gliomy), získaná UPD 17p (72,2 % pacientů s astrocytomy) a obecně vyšší výskyt nebalancovaných změn u nemocných s astrocytomy. Popsali jsme dosud nepublikovanou metylaci promotoru genu MLH3 u 60,9 % nemocných s oligodendrogliomy a 27,3 % pacientů s astrocytomy. Rovněž jsme sledovali zisk chromosomových aberací u nemocných s recidivujícími nádory. V souboru nemocných s MDS a komplexním karyotypem jsme studovali přestavby deletovaného chromosomu 5 a popsali jsme jeho nejčastější translokační partnery. U 49 % pacientů z tohoto souboru jsme pozorovali znaky chromotripsis spojené s vysokým počtem delecí/...
|
|
| |
|
|
Sledování chemorezistence dětských nádorů molekulárně cytogenetickými metodami
Procházka, Pavel ; Eckschlager, Tomáš (vedoucí práce) ; Kočárek, Eduard (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Souhrn Disertacni prace se zabyva chemorezistenci detskych nadorovych onemocneni adetekci cytogenetickych zmen, ktere s ni souvisi. Ovlivneni rizikovych forem detskych nadoru vyzaduje pouziti vysokych davek chemoterapie, ktera muze vest ke vzniku chemorezistence. Prukaz chromozomalnich aberaci muze prispet k urceni prognozy apredikce efektu lecbychemorezistentnichnadoru. Vetsinu vysledku jsme ziskalistudiem neuroblastomu (NBL). Ostatni prezentovane vysledky pak predstavuji geneticke zmeny u Ewingova sarkomu a u detskych feochromocytomu. Ke studiu chromozomalnichaberaci bylypouzitymetodykomparativni genomova hybridizace (CGH)a array CGH doplnene o vysetreni mnohobarevnou nebo int fzni fuor c brdi nst. Zmenyv expr naur mRNA byl s rera l escen ni hy i zaci i iu esi ovni yvyeteny expresni cipovou analyzou doplnenou o kvantitativni polymerazovou retezovou reakci, zmeny v expresiproteinu bylyvysetrenypomoci westernblottingu nebo prutokovou cytometrii. Predkladana disertace je komentovany soubor sesti publikaci. Studium chromozomalnich aberaci Ewingovych sarkomu predstavuje literarni resersi doplnenou o vlastni vysledky. Prace tykajici se feochromocytomu je jednim z nejvetsich souboru podrobnegeneticky vysetrenych detskych feochromocytomu. Nejobsahlejsi castse zabyva cytogenetickymizmenamiu NBL. Dlouhodobou...
|
|
|
Význam chromozomálních aberací pro hodnocení genetického rizika expozice karcinogenům.
Rössnerová, Andrea ; Šrám, Radim (vedoucí práce) ; Rubeš, Jiří (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Znečištěné ovzduší představuje celosvětově vážný problém spojený s riziky zejména nádorových onemocnění. Hodnocení negativních vlivů polycyklických aromatických uhlovodíků (k-PAU), reprezentovaných především benzo[a]pyrenem (B[a]P), na zdravotní stav obyvatelstva je analyzováno s využitím specifických biomarkerů, mezi něž patří i cytogenetické biomarkery časného účinku. Tato práce shrnuje výsledky cytogenetických analýz, prováděných s využitím fluorescenční in situ hybridizace (FISH) (celochromozomové barvení chromozomů #1 a #4) a automatické obrazové analýzy mikrojader (MN). V průběhu studií bylo provedeno celkem 1304 analýz metodou FISH a 885 automatických obrazových analýz MN. Modelové skupiny, kterými byli městští strážníci, řidiči autobusů, pracovníci garáží, administrativní pracovníci, matky, novorozenci, zdravé děti a děti s astma bronchiale a pracovníci laboratoří, pocházely především z Prahy, ale i z Ostravy a Českých Budějovic. Studované lokality se významně lišily v koncentracích studovaných polutantů a celkovým typem znečištění. Expozice účastníků studií byla hodnocena s využitím personálního a stacionárního monitoringu. Ve studiích byl rovněž hodnocen vliv dalších faktorů, jako je věk, kouření či příjem vitaminů. Výsledky získané metodou FISH ukázaly v Praze na vliv sezonních výkyvů...
|
host ::
RSS.