|
|
Charakterizace sekundární struktury polyproline I pomocí metod vibrační a chiroptické spektroskopie a kvantově mechanických simulací
Vančura, Martin ; Profant, Václav (vedoucí práce) ; Hudecová, Jana (oponent)
Předmětem našeho studia byla sekundární struktura proteinů nazývaná polyprolin I. Tato helikální struktura je sice již dlouho známá, ale její výskyt a význam v přírodě dosud nejsou úplně známy. V této práci využíváme Ramanovu spektroskopii a chirální Ramanovu optickou aktivitu. Tyto metody jsou citlivé k sekundární struktuře proteinů, ale narozdíl od běžně užívaných ECD a UV absorpce vypovídají spíše o lokálním uspořádání. Podařilo se nám získat Ramanova a ROA spektra polyprolinu I, která dosud nebyla publikována. Popsali jsme důležité rozdíly mezi spektry polyprolinu I a II a pozorovali proces mutarotace. Experimentální část práce je doplněna výpočty spekter s využitím přenosu tenzoru molekulových vlastností. Shoda takto vypočtených spekter se spektry experimentálními byla velice dobrá.
|
|
|
Poruchy dýchání ve spánku u rizikových gravidit
Hudecová, Jana ; Slouka, David (vedoucí práce) ; Slípka, Jaroslav (oponent) ; Měchurová, Alena (oponent)
Souhrn Cílem této dizertační práce je poukázat na závažnost poruch dýchání ve spánku u rizikových gravidit, neboť tyto poruchy zvyšují incidence komplikací během těhotenství a při porodu a mají vysoký podíl na vzniku kardiovaskulárních potíží v pozdějším věku, ve skupině rizikových gravidních pacientek vedou poruchy dýchání ve spánku k vyšší morbiditě jak pacientek tak i novorozenců. V současné době přibývá rizikových faktorů v populaci gravidních žen. Rizikové faktory pro vznik OSAS, které jsou podrobně zkoumány v této dizertační práci u těhotných, jsou BMI, věk, pregestační a gestační hypertenze a diabetes mellitus. Teoretická část dizertační práce obsahuje poznatky o rizikových graviditách, z nichž nejzávažnější nosologickou jednotkou je preeklampsie. Z toho důvodu je největší pozornost v rámci rizikových gravidit zaměřena na incidenci, etiopatogenezi, diagnostiku a léčbu preeklampsie. Teoretická část dále obsahuje poznatky o poruchách dýchání ve spánku, ze kterých se práce podrobně věnuje OSAS a jeho zdravotním komplikacím. Ve speciální části dizertační práce je provedeno vyhodnocení výsledků souboru rizikových těhotných s přítomností OSAS a bez přítomného OSAS. Klíčová slova Preeklampsie, hypertenze, OSAS, gravidita, rizikové faktory
|
|
|
Ramanova optická aktivita a konformační flexibilita peptidů v roztoku
Hudecová, Jana ; Baumruk, Vladimír (vedoucí práce)
Název práce: Ramanova optická aktivita a konformační flexibilita peptidů v roztoku Autor: Jana Hrudíková Katedra (ústav) : Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí diplomové práce: Doc. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc. E-mail vedoucího: baumruk@karlov.mff.cuni.cz Abstrakt: Molekulární flexibilita výrazně ovlivňuje intenzitu a polohu pásů v Ramanových spektrech a v případě ROA spekter i znaménka pásů. Proto je nezbytné ve výpočtech spekter zohlednit dynamické aspekty chování studovaných molekul v roztoku prostřednictvím konformačního středování. První ze studovaných systémů, histidin, hraje díky svému imidazolovému kruhu důležitou roli v metaloenzymech a při sbalování proteinů. Na ROA aparatuře vybudované na Fyzikálním ústavu UK v Praze byla změřena ROA spektra histidinu při několika hodnotách pH, komplexu histidinu s mědí a dipeptidů His-Gly a Gly-His jako předstupeň k dalšímu studiu. Druhý systém, cyklický hexapeptid c-(Phe-D-Pro-Gly-Arg-Gly-Asp), představuje model pro studium β- otoček a antiparalelního skládaného β-listu a byl již studován pomocí VCD a IČ spektroskopie. Z molekulárně dynamických simulací bylo vybráno 10 konformací, pro které byla ab initio spočítána Ramanova a ROA spektra. Pro modelový fragment Phe-D- Pro, jehož příspěvek je v Ramanově spektru dominantní, bylo provedeno Boltzmannovo...
|
|
|
Charakterizace sekundární struktury polyproline I pomocí metod vibrační a chiroptické spektroskopie a kvantově mechanických simulací
Vančura, Martin ; Profant, Václav (vedoucí práce) ; Hudecová, Jana (oponent)
Předmětem našeho studia byla sekundární struktura proteinů nazývaná polyprolin I. Tato helikální struktura je sice již dlouho známá, ale její výskyt a význam v přírodě dosud nejsou úplně známy. V této práci využíváme Ramanovu spektroskopii a chirální Ramanovu optickou aktivitu. Tyto metody jsou citlivé k sekundární struktuře proteinů, ale narozdíl od běžně užívaných ECD a UV absorpce vypovídají spíše o lokálním uspořádání. Podařilo se nám získat Ramanova a ROA spektra polyprolinu I, která dosud nebyla publikována. Popsali jsme důležité rozdíly mezi spektry polyprolinu I a II a pozorovali proces mutarotace. Experimentální část práce je doplněna výpočty spekter s využitím přenosu tenzoru molekulových vlastností. Shoda takto vypočtených spekter se spektry experimentálními byla velice dobrá.
|
|
|
Theory and application of optical spectroscopic methods for structural molecular studies
Hudecová, Jana ; Bouř, Petr (vedoucí práce) ; Setnička, Vladimír (oponent) ; Valenta, Jan (oponent)
Název práce: Teorie a aplikace optických spektroskopických metod pro strukturní studie molekul Autor: RNDr. Jana Hudecová Katedra / Ústav: Ústav organické chemie biochemie AVČR, v.v.i. Vedoucí doktorské práce: Prof. RNDr. Petr Bouř, DSc. Abstrakt: V dizertační práci byly použity metody chiroptické spektroskopie (Ramanova optická aktivita, elektronový a vibrační cirkulární dichroismus a cirkulárně polarizovaná luminiscence) k získání informací o struktuře chirálních molekul. Ve čtyřech hlavních projektech jsme se zaměřili na vylepšování přesnosti kvantově-chemických výpočtů potřebných pro interpretaci změřených spekter, zahrnutím anharmonických korekcí, rozpouštědla, flexibility molekul a dynamických efektů. V prvním projektu jsme se věnovali metodě optimalizace geometrie v normálních módech a nalezli optimální frekvenční limit zajišťující realistické rozšíření vibračních pásů. Dále jsme zkoumali schopnost harmonických a anharmonických výpočetních přístupů popsat C-H valenční vibrace pro tři molekuly terpenů a čtyři spektroskopické metody. Třetí projekt byl zaměřen na roli disperzních sil u různých organických rozpouštědel pro konformační rovnováhu a dynamiku cyklických dipeptidů obsahujících tryptofan. V posledním projektu pomohla volná energie získaná z molekulárně-dynamických simulací vysvětlit spektrální...
|
|
|
Ramanova optická aktivita a konformační flexibilita peptidů v roztoku
Hudecová, Jana ; Baumruk, Vladimír (vedoucí práce)
Název práce: Ramanova optická aktivita a konformační flexibilita peptidů v roztoku Autor: Jana Hrudíková Katedra (ústav) : Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí diplomové práce: Doc. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc. E-mail vedoucího: baumruk@karlov.mff.cuni.cz Abstrakt: Molekulární flexibilita výrazně ovlivňuje intenzitu a polohu pásů v Ramanových spektrech a v případě ROA spekter i znaménka pásů. Proto je nezbytné ve výpočtech spekter zohlednit dynamické aspekty chování studovaných molekul v roztoku prostřednictvím konformačního středování. První ze studovaných systémů, histidin, hraje díky svému imidazolovému kruhu důležitou roli v metaloenzymech a při sbalování proteinů. Na ROA aparatuře vybudované na Fyzikálním ústavu UK v Praze byla změřena ROA spektra histidinu při několika hodnotách pH, komplexu histidinu s mědí a dipeptidů His-Gly a Gly-His jako předstupeň k dalšímu studiu. Druhý systém, cyklický hexapeptid c-(Phe-D-Pro-Gly-Arg-Gly-Asp), představuje model pro studium β- otoček a antiparalelního skládaného β-listu a byl již studován pomocí VCD a IČ spektroskopie. Z molekulárně dynamických simulací bylo vybráno 10 konformací, pro které byla ab initio spočítána Ramanova a ROA spektra. Pro modelový fragment Phe-D- Pro, jehož příspěvek je v Ramanově spektru dominantní, bylo provedeno Boltzmannovo...
|
host ::
RSS.