|
Chemically modified Murine Polyomavirus-like particles and their interaction with Prostate-Specific Membrane Antigen (PSMA)
Blažková, Kristýna ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Rakovina prostaty patří mezi nejčastější nádorová onemocnění u mužů a je tedy velká poptávka po cílené léčbě. V této diplomové práci popisuji využití Glutamát karboxypeptidázy II (GCPII) jako vhodného cíle pro možné cílení. GCPII je transmembránový protein, který internalizuje po navázání ligandu, a jeho exprese v nádorech prostaty je významně zvýšená. Virům-podobné částice z myšího polyomaviru (VLPs) jsou vhodným nosičem pro vizual- izaci a léčbu. Zde popisuji modifikace VLPs inhibitory GCPII a charakterizaci jejich vazby na GCPII pomocí povrchové plasmonové rezonance a vazby na buňky exprimující GCPII pomocí konfokální mikroskopie. VLPs s inhibitory GCPII vykazují specifickou vazbu GCPII na povrchové plasmonové re- zonanci, bohužel se tato specificita ztrácí při vazbě na buňky. Jedním přístupem, jak tuto ne- specifitu odstranit, byla substituce v BC smyčce kapsidového proteinu VP1 na vnějším povrchu VLPs, která by měla být spoluodpovědná za vazbu kyseliny sialové. Tato substituce však neomezila nespecifitu částic. Dalším testovaným přístupem bylo obalení VLPs velkými poly- mery nesoucími fluorescenční značku i inhibitor GCPII. Po obalení VLPs vykazovaly tyto čás- tice v předběžných experimentech specifickou vazbu a internalizaci v buňkách exprimujících GCPII. Tyto výsledky...
|
|
Torque teno virus - marker funkce imunitního systému
Řídel, Martin ; Saláková, Martina (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Anelloviry jsou virovou čeledí malých neobalených virů s jednořetězcovým DNA genomem, do nichž se řadí i Torque teno virus. Torque teno virus se hojně vyskytuje v lidské populaci a předpokládá se, že jeho prevalence je téměř 100%. Doposud nebyla prokázána jeho patogenita a navíc bylo zjištěno, že virová nálož Torque teno viru reflektuje stav imunitního systému. Vzhledem k velkému rozšíření bez patogenity je možné jeho využití v klinické praxi při sledování stavu imunokompetence u pacientů po transplantaci orgánů, ale i u pacientů s chronickými virovými infekcemi (např. HIV nebo HCV) či autoimunitními onemocněními. Torque teno virus by tak mohl poskytnout jednoduchou a alternativní variantu pro hodnocení stavu imunitního systému a pomoci tak monitorovat stav pacientů. Klíčová slova: Torque teno virus, imunitní systém, biomarker, virová nálož
|
|
Regulace funkce proteinu STING během infekce myším polyomavirem
Šnejdarová, Aneta ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Pimková Polidarová, Markéta (oponent)
Stimulator of interferon genes (STING) je adaptorovým proteinem signalisační dráhy vrozené imunity, účastnící se detekce dvouvláknové DNA (dsDNA) v cytoplasmě buňky, která ústí v expresi prozánětlivých genů včetně produkce interferonu I. typu. Během infekce dsDNA virem, myším polyomavirem (MPyV), sice dochází k aktivaci proteinu STING, ale výsledná produkce interferonu je pouze mírná. Lze tedy předpokládat, že v buňkách infikovaných MPyV je funkce proteinu STING regulována. Cílem této diplomové práce bylo prozkoumat tři mechanismy, kterými může k regulaci docházet, a to prostřednictvím proteinových interakčních partnerů, posttranslačních modifikací, nebo změny vnitrobuněčné lokalisace proteinu STING. Pro usnadnění výzkumu byla ustanovena linie myších fibroblastů stabilně exprimující proteinu STING fúzovanou s HA-kotvou. Dále byly připraveny dva plasmidy kódující protein STING fúzovaný se zeleným fluorescenčním proteinem, usnadňující sledování lokalisace proteinu v buňce, či s kompositní kotvou obsahující in vivo biotinylovanou značku BioEaseTM tag umožňující efektivní isolaci proteinu STING. Výsledky pozorování kolokalisace v buňce a koimunoprecipitace naznačují, že by protein STING mohl interagovat s virovým středním T antigenem. Byla nalezena i neočekávaná interakce s virovým velkým T antigenem....
|
|
Význam detekce volné cirkulující HPV DNA
Milt, Petr ; Saláková, Martina (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Lidské papilomaviry (HPV) jsou malé, neobalené DNA viry hojně se vyskytující v populaci. Přenáší se sexuálním nebo jiným blízkým kontaktem sliznic a kůže. Papilomaviry mohou vyvolávat vznik bradavic a lézí na kůži a sliznicích. Vysoce-rizikové typy HPV, především HPV 16 a 18, jsou navíc asociované s karcinomy dlaždicových buněk jako je karcinom děložního hrdla, orofaryngeální karcinom a karcinomy vulvy, anu, penisu a vaginy. Včasná detekce a správný odhad rizika rekurencí onemocnění jsou klíčové pro účinnou léčbu. Potenciál v nádorové diagnostice má volná cirkulující DNA, která se z buněk uvolňuje do tělních tekutin. Právě volná cirkulující HPV DNA v krvi pacientů s nádory asociovanými s HPV se v současnosti ukazuje jako slibný a velmi citlivý biomarker, vhodný především pro sledování účinnosti léčby a včasné odhalení rizika rekurence. Klíčová slova: HPV, karcinogeneze, cfDNA, cfHPV DNA, význam detekce, karcinom děložního hrdla, orofaryngeální karcinom
|
|
Mikrobiom dutiny ústní a karcinogeneze
Šimáčková, Šárka ; Šmahelová, Jana (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Mikroorganismy, které osidlují lidské tělo, přispívají ke správnému fungování lidského organismu a mají důležitou roli ve zdraví jedince. Složení těchto společenstev, mikrobiomů, je pro každého jedince specifické a změny v tomto složení mohou přispívat ke vzniku a vývoji onemocnění. Mezi taková patří například také indukce karcinogeneze a vznik nádorů. Tato práce se zabývá konkrétně nádory v oblasti hlavy a krku, jejichž známými rizikovými faktory jsou kouření, konzumace alkoholu a infekce lidskými papilomaviry. V závislosti na těchto faktorech je ovlivňováno i složení mikrobiomu dutiny ústní. Četné studie ukazují rozdíly mezi orálními mikrobiomy pacientů s nádory hlavy a krku a zdravými kontrolami. Klíčová slova: mikrobiom, dutina ústní, nádory hlavy a krku, papilomavirus
|
|
Analysis of serological cross-reactivity between antibodies against BK polyomavirus variants
Caisová, Helena ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Roubalová, Kateřina (oponent)
BK polyomavirus (BKPyV), který asymptomaticky infikuje zhruba 80 % lidské populace, se může reaktivovat u imunosuprimovaných pacientů po transplantaci ledviny a způsobit nefropatii. V evropské populaci kolují nejčastěji dva subtypy BKPyV, BKPyV-I a BKPyV- IV, které se chovají jako odlišné sérotypy. Ukazuje se, že recipienti, kteří přijímají ledvinu od dárce pozitivního na jiný BKPyV subtyp, mají větší riziko odmítnutí štěpu. Jen pomocí sérologického testu ELISA ale nelze rozhodnout, zda je pacient infikován subtypem BKPyV-I či BKPyV-IV, jelikož protilátková odpověď proti těmto dvěma subtypům je zkřížená. Tato práce si kladla za cíl identifikovat epitopy na hlavním antigenním proteinu VP1, které jsou zodpovědné za vazbu křížově reagujících a/nebo subtypově specifických protilátek. Identifi- kace takových epitopů by mohla dále vést ke zlepšení pretransplantační diagnostiky a lepšímu managementu pacientů po transplantaci. Proto byly připraveny dva typy antigenů složené z VP1 proteinu subtypu BKPyV-IV se zavedenými mutacemi charakteristickými pro BKPyV-I v DE a EF smyčce VP1, které byly otestovány pomocí kompetiční eseje na panelu lidských sér. Výsledky ukázaly, že oblast DE smyčky je imunogenní epitop, který váže specifické proti- látky pro subtyp I. Naopak mutace v EF smyčce porušily epitop, který je obecně...
|
|
Role "tunneling nanotubes" v životních cyklech virů
Lišková, Jitka ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Tunneling nanotubes jsou jedním z typů mezibuněčných spojů. Jedná se o tenké membránové výběžky tvořené především F-aktinem, které vytváří síťovitou strukturu mezi buňkami. S jejich pomocí dochází k transportu buněčných organel, iontů a proteinů mezi buňkami. Také se díky nim mohou rozšiřovat i vnitrobuněčné patogeny jako bakterie a především viry. Transport celých virionů anebo virových proteinů zprostředkovaný strukturami tunneling nanotubes byl popsán u obalených virů například z čeledí Retroviridae, Herpesviridae nebo Ortomyxoviridae. Viry z těchto čeledí využívají nanotrubice k šíření vlastního virového potomstva do neinfikovaných buněk zcela skrytě imunitnímu systému hostitele.
|
| |
|
Minoritní proteiny viru hepatitidy typu C
Zeman, Jakub ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Virus žloutenky typu C (HCV) je hlavním původcem chronických onemocnění jater. Po celém světě je v současnosti více než 170 milionů chronicky infikovaných osob, u více jak 100 tisíc z nich se ročně rozvine hepatocelulární karcinom. HCV náležící do čeledi Flaviviridae je obalený jednořetězcový RNA virus s pozitivním vláknem (+ssRNA virus), jehož genom kóduje polyproteinový prekursor, z kterého vzniká pro štěpení buněčnými a virovými proteasami 10 virových proteinů. Mimo to je však virem kódován ještě minoritní protein v alternativním čtecím rámci. Tento protein vzniká v několika možných variantách posunem čtecího rámce či iniciací translace na vnitřních startovacích kodonech. Přes deset let výzkumu není jeho role in vivo v současné době známa. Ukazuje se, že pro robustní virovou translaci a replikaci jsou spíše než přítomnost minoritních proteinů důležité sekundární struktury v core oblasti genomu HCV. Mutace narušující tyto struktury můžou mít za následek zpomalení kinetiky virového cyklu, ale i, jak naznačuje nejnovější studie, zcela neobvyklý sérologický profil u pacientů a zvýšenou míru exprese minoritního proteinu.
|
|
Úloha kaspázy 2 v indukci apoptózy nádorových buněk.
Schmiedlová, Martina ; Kovář, Jan (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Kaspáza 2 v prámci buňky pravděpodobně plní několik funkcí. Kaspáza 2 má schopnost podílet se na indukci apoptózy, dále pak schopnost podílet se na reparaci poškozené DNA či regulaci buněčného cyklu. Kaspáza 2 má znaky iniciačních i exekučních kaspáz. Podnětem pro aktivaci kaspázy 2 bývá mimo jiné oxidační stres a poškození DNA buňky. Kaspáza 2 je aktivována štěpením při interakci s proteinovými komplexy. Jeden z proteinových komplexů tvoří prokaspáza 2 s proteiny RAIDD a PIDD, čímž vznikne PIDDozóm, v jehož rámci se prokaspáza 2 aktivuje. Aktivní kaspáza 2 existuje ve dvou formách a to v krátké S formě a dlouhé L formě. Dlouhá L forma působí proapoptoticky na rozdíl od S formy, která má antiapoptotické účinky. S forma kaspázy 2 byla zatím prokázána pouze na úrovni mRNA, nikoli na úrovni proteinu. Hlavní úloha L formy kaspázy 2 spočívá v indukci apoptózy u normálních i nádorových buněk. Kaspáza 2 se v nádorových buňkách aktivuje vnější i vnitřní drahou indukce apoptózy. Indukce apoptózy kaspázou 2 se např. studuje v souvislosti s terapií nádorů prsu taxany. Schopnost kaspázy 2 indukovat apoptózu u nádorových buněk i v nepřítomnosti proteinu p53 se využívá v terapii nádorů včetně překonání rezistence k indukci apoptózy, která je podmíněná ztrátou aktivity proteinu p53. Kaspáza 2 se účastní indukce apoptózy...
|