|
|
Structural characterization of biotechnologically and medicinally important proteins.
Filandr, František ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Šebela, Marek (oponent) ; Škultéty, Ľudovít (oponent)
Velké množství biologických procesů je závislé na strukturní dynamice proteinů a specifických protein-proteinových, nebo protein-ligandových interakcích závislých na specifických podmínkách uvnitř, či vně buněk. Analýza struktury proteinů klasickými metodami jako je rentgenová krystalografie, NMR, nebo nově cryo-EM poskytuje důležité struktury s atomárním rozlišením, avšak většinou ukazuje pouze statický obrázek bez detailů o dynamice, nebo transientních interakcích, a navíc často v nenativních podmínkách. Tyto detaily může doplnit strukturní hmotnostní spektrometrie, která umí poskytnout informace o proteinové dynamice, interakcích proteinů s jinými molekulami a také o specifických meziatomových vzdálenostech v samotných proteinech, nebo mez interakčními partnery, to vše při relativně nativních podmínkách. V této práci byla použita vodík/deuteriová výměna spojená s hmotnostní spektrometrií (HDX-MS), klasická proteomická analýza a turbidimetrie ke studiu biotechnologicky užitečných proteinů houbového celulolytického systému lytické polysacharidové monooxygenasy (LPMO) a celobiosadehydrogenasy (CDH) a rovněž fotosensitivní domény LOV2 pocházející z rostlinného fototropinu využitelné při fotodynamické terapii. Pomocí těchto metod byla sledována celulolytická reakce katalyzovaná redukovaným enzymem...
|
|
|
Regulace C-MYC onkoproteinu přírodními látkami.
Filandr, František ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Flieger, Miroslav (oponent)
Seskviterpenové laktony, mezi něž patří látka cnicin obsažená v rostlině Cnicus benedictus, jsou látky s protinádorovými účinky, které vyvolávají v buňkách oxidativní stres a aktivují signalizační dráhy způsobující v konečném důsledku apoptosu rakovinných buněk. Několik těchto látek je ve fázi klinického testování a jeví se jako slibná protinádorová léčiva. V této práci je zkoumán vliv cnicinu na onkoprotein C-MYC, který je nadměrně exprimován u většiny lidských nádorových tkání, na helikasu z rodiny DEAD-box proteinů DDX3 podezřelou z reakce na cnicin a na vybrané metabolické geny a proteiny. Tato práce pomocí imunodetekce a kvantitativního PCR popisuje regulaci C-MYC onkoproteinu cnicinem, která probíhá jak na úrovni transkripce aktivací Hippo signalizační dráhy, tak na úrovni stability hotového proteinu vlivem cnicinu na PIM-2 kinasu. Dále je popsán vliv cnicinu na expresi a stabilitu DDX3 proteinu, jehož absolutní množství však cnicin významně neovlivňuje. Vliv cnicinu na expresi proteinu DDX3 na úrovni transkripce zůstává nejasný. Pomocí LC-MS kvantitativní analýzy a kvantitativní PCR bylo také zjištěno, že cnicin neovlivňuje metabolismus sacharidů, avšak zasahuje do metabolismu proteinů a nukleotidů regulací množství glutaminového transportéru SLC1A5.
|
|
|
Mechanismus protinádorového účinku seskviterpenických laktonů.
Filandr, František ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Grobárová, Valéria (oponent)
Jedním ze způsobů, jak zamezit nádorovému bujení je způsobit diferenciaci, apoptosu, nebo nekrózu nádorových buněk. Bylo zjištěno, že skupina chemických látek, které indukují apoptosu a inhibují proliferaci u leukemických buněk, jsou laktony seskviterpenů, mezi které patří látka cnicin, nacházející se v rostlině Cnicus benedictus, užívaná (užívá se) mimo jiné jako hořký tonik v alkoholických nápojích. Mechanismus, jakým se tak děje není zatím znám, ale nedávno popsaná Hippo signalizační dráha se zdá být jedním z cílů těchto látek. Centrální kinasa této dráhy je protein MST1/2 a v této práci je popsána jeho aktivace cnicinem za odštěpení aktivní N-terminální domény. Dále je sledován vliv cnicinu na onkoprotein C-MYC, jeden z hlavních deregulovaných pro-proliferačních proteinů u leukemických buněk, jehož množství v buňce se vlivem cnicinu snižuje. Navíc pomocí kvantitativní PCR bylo zjištěno, že vlivem cnicinu dochází k významnému snížení exprese anti-apoptotických proteinů BCL2, MCL1 a onkogenu cMYC.
|
host ::
RSS.