|
|
Fluorescenční třípásmový reader
Škrabalová, Denisa ; Čolláková, Jana (oponent) ; Dostál, Zbyněk (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce pojednává o problematice testování a návrhu laboratorního optického přístroje nazývaného třípásmový fluorescenční reader, jenž je určený pro fluorofory Alexa Fluor 488, Alexa Fluor 555 a Alexa Fluor 647. Obsahuje teoretickou část s klíčovými vědomostmi nejenom z oblasti přírodních věd, jakými jsou fyzika, chemie, biologie, ale také současné technické možnosti, které jsou nezbytné pro zpracování praktické části. V praktické části se nachází vypracování cílů bakalářské práce, kterými jsou měření a vyhodnocení zkoumaných vzorků pomocí monochromátoru, pořízení a vyhodnocení snímků pomocí stávající soustavy, sestavení spektrální analýzy propustnosti, tvorba a simulace vlastního řešení soustavy a vytvoření konstrukčního návrhu. Po proměření vzorků a přístroje i vytvoření simulace, byl zhotoven mechanický model sestavy readeru.
|
|
|
Fluorescenční zobrazovací techniky v multimodálním holografickém mikroskopu
Vašíček, David ; Procházková, Jana (oponent) ; Čolláková, Jana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá registrací obrazů snímků pořízených multimodálním holografickým mikroskopem (MHM). Rešerše je věnována fluorescenční a holografické mikroskopii a multimodálnímu holografickému mikroskopu, který oba tyto typy mikroskopie kombinuje. Aby bylo možné získat novou informaci kombinací obou typů snímků, je nutné každou dvojici snímků sesadit. Je popsán algoritmus pro registraci obrazů metodou fázové korelace a procedura vytvořená v prostředí MATLAB na základě tohoto algoritmu. Je popsán vliv nejdůležitějších parametrů procedury na úspěšnost registrace a jsou komentovány výsledky.
|
|
|
Měření rozložení ekvivalentu suché hmoty buňky kvantitativním fázovým kontrastem koherencí řízeného holografického mikroskopu
Kovářová, Klára ; Čolláková, Jana (oponent) ; Křížová, Aneta (vedoucí práce)
Předmětem bakalářské práce je vypracování rešerše k přepočtům fáze na hodnoty suché hmoty a provedení experimentů ověřující význam suché hmoty. Teoretická část pojednává nejdříve o historii holografické mikroskopie a vývoji holografie na ÚFI FSI VUT v Brně. Dále se zabývá transmisním holografickým mikroskopem. Je zde uveden stručně jeho konstrukční popis a základní instrukce pro práci s tímto mikroskopem. Poté je v teoretické části pojednáno o významu obrazové fáze. Jsou zde uvedeny dva přístupy k interpretaci fázového zpoždění a také je zde vypracována rešerše k přepočtům fáze na suchou hmotu buňky (podle H. G. Davies a M. H .F. Wilkinse, G. Popescua, G. Dunna a D. Zichy). V experimentální části je nejdříve popsána kultivace buněk, poté příprava vzorku pro pozorování a následně zpracování dat. Druhá polovina experimentální části je zaměřena přímo na provedené experimenty. Ve všech experimentech byly pozorovány buňky K2 (plné označení LW13K2). Nejdříve byla pozorována nutriční deprivace buněk a poté buněčný růst.
|
|
|
Průtokové komůrky pro mikroskopii živých buněk
Čolláková, Jana ; Ježek, Jan (oponent) ; Antoš, Martin (vedoucí práce)
Byla navržena a zkonstruována průtoková komůrka pro dlouhodobé pozorování živých buněk v transmisním, koherencí řízeném holografickém mikroskopu (CCHM), který byl vyvinut v Laboratoři experimentální biofotoniky na Ústavu fyzikálního inženýrství VUT v Brně. CCHM umožňuje vyhodnocovat dynamické změny uvnitř živé buňky díky kvantitativní informaci o fázovém posuvu pro každý obrazový bod. Aby se experimentálně prokázaly výhody CCHM, je důležité dlouhodobě udržovat optimální kultivační podmínky přidáváním čerstvého kultivačního média pro pozorované buňky přímo v mikroskopu. Průtoková komůrka umožňuje jak výměnu kultivačního média, tak aplikaci biologických činidel bez nutnosti vyjmutí komůrky z mikroskopu, jak je tomu u stacionárních komůrek. Můžeme tak sledovat životní projevy před aplikací činidel a reakci buněk po aplikaci. Na základě publikací s řešenými návrhy průtokových komůrek, uvedených v předložené diplomové práci, byl realizován originální průtokový systém s příslušenstvím, vyhovující konstrukčnímu řešení CCHM. Byly rovněž diskutovány vlastnosti proudění a proces výměny kapalin v průtokové komůrce a na základě provedených simulací byl modifikován tvar vnitřního prostoru komůrky. Funkčnost a použitelnost průtokové komůrky byla experimentálně prokázána v CCHM i v jiných mikroskopech. V navržených průtokových komůrkách byly úspěšně pozorovány reakce nádorových a epiteliálních buněk na změnu prostředí z kultivačního média na fyziologický roztok.
|
|
|
Fluorescenční třípásmový reader
Škrabalová, Denisa ; Čolláková, Jana (oponent) ; Dostál, Zbyněk (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce pojednává o problematice testování a návrhu laboratorního optického přístroje nazývaného třípásmový fluorescenční reader, jenž je určený pro fluorofory Alexa Fluor 488, Alexa Fluor 555 a Alexa Fluor 647. Obsahuje teoretickou část s klíčovými vědomostmi nejenom z oblasti přírodních věd, jakými jsou fyzika, chemie, biologie, ale také současné technické možnosti, které jsou nezbytné pro zpracování praktické části. V praktické části se nachází vypracování cílů bakalářské práce, kterými jsou měření a vyhodnocení zkoumaných vzorků pomocí monochromátoru, pořízení a vyhodnocení snímků pomocí stávající soustavy, sestavení spektrální analýzy propustnosti, tvorba a simulace vlastního řešení soustavy a vytvoření konstrukčního návrhu. Po proměření vzorků a přístroje i vytvoření simulace, byl zhotoven mechanický model sestavy readeru.
|
|
|
Fluorescenční zobrazovací techniky v multimodálním holografickém mikroskopu
Vašíček, David ; Procházková, Jana (oponent) ; Čolláková, Jana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá registrací obrazů snímků pořízených multimodálním holografickým mikroskopem (MHM). Rešerše je věnována fluorescenční a holografické mikroskopii a multimodálnímu holografickému mikroskopu, který oba tyto typy mikroskopie kombinuje. Aby bylo možné získat novou informaci kombinací obou typů snímků, je nutné každou dvojici snímků sesadit. Je popsán algoritmus pro registraci obrazů metodou fázové korelace a procedura vytvořená v prostředí MATLAB na základě tohoto algoritmu. Je popsán vliv nejdůležitějších parametrů procedury na úspěšnost registrace a jsou komentovány výsledky.
|
|
|
Průtokové komůrky pro mikroskopii živých buněk
Čolláková, Jana ; Ježek, Jan (oponent) ; Antoš, Martin (vedoucí práce)
Byla navržena a zkonstruována průtoková komůrka pro dlouhodobé pozorování živých buněk v transmisním, koherencí řízeném holografickém mikroskopu (CCHM), který byl vyvinut v Laboratoři experimentální biofotoniky na Ústavu fyzikálního inženýrství VUT v Brně. CCHM umožňuje vyhodnocovat dynamické změny uvnitř živé buňky díky kvantitativní informaci o fázovém posuvu pro každý obrazový bod. Aby se experimentálně prokázaly výhody CCHM, je důležité dlouhodobě udržovat optimální kultivační podmínky přidáváním čerstvého kultivačního média pro pozorované buňky přímo v mikroskopu. Průtoková komůrka umožňuje jak výměnu kultivačního média, tak aplikaci biologických činidel bez nutnosti vyjmutí komůrky z mikroskopu, jak je tomu u stacionárních komůrek. Můžeme tak sledovat životní projevy před aplikací činidel a reakci buněk po aplikaci. Na základě publikací s řešenými návrhy průtokových komůrek, uvedených v předložené diplomové práci, byl realizován originální průtokový systém s příslušenstvím, vyhovující konstrukčnímu řešení CCHM. Byly rovněž diskutovány vlastnosti proudění a proces výměny kapalin v průtokové komůrce a na základě provedených simulací byl modifikován tvar vnitřního prostoru komůrky. Funkčnost a použitelnost průtokové komůrky byla experimentálně prokázána v CCHM i v jiných mikroskopech. V navržených průtokových komůrkách byly úspěšně pozorovány reakce nádorových a epiteliálních buněk na změnu prostředí z kultivačního média na fyziologický roztok.
|
|
|
Měření rozložení ekvivalentu suché hmoty buňky kvantitativním fázovým kontrastem koherencí řízeného holografického mikroskopu
Kovářová, Klára ; Čolláková, Jana (oponent) ; Křížová, Aneta (vedoucí práce)
Předmětem bakalářské práce je vypracování rešerše k přepočtům fáze na hodnoty suché hmoty a provedení experimentů ověřující význam suché hmoty. Teoretická část pojednává nejdříve o historii holografické mikroskopie a vývoji holografie na ÚFI FSI VUT v Brně. Dále se zabývá transmisním holografickým mikroskopem. Je zde uveden stručně jeho konstrukční popis a základní instrukce pro práci s tímto mikroskopem. Poté je v teoretické části pojednáno o významu obrazové fáze. Jsou zde uvedeny dva přístupy k interpretaci fázového zpoždění a také je zde vypracována rešerše k přepočtům fáze na suchou hmotu buňky (podle H. G. Davies a M. H .F. Wilkinse, G. Popescua, G. Dunna a D. Zichy). V experimentální části je nejdříve popsána kultivace buněk, poté příprava vzorku pro pozorování a následně zpracování dat. Druhá polovina experimentální části je zaměřena přímo na provedené experimenty. Ve všech experimentech byly pozorovány buňky K2 (plné označení LW13K2). Nejdříve byla pozorována nutriční deprivace buněk a poté buněčný růst.
|
host ::
RSS.