|
|
Rekombinantní exprese, purifikace a charakterisace povrchového imunoreceptoru CD47 (integrin associated protein)
Kuchyňová, Sarah ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Lidský imunoreceptor CD47, taktéž označovaný "Intergrin Associated Protein" je nových terapeutických cílů v léčbě rakoviny. Při interakci s proteinem nacházející se na buňkách imunitního systému (SIRP pohlcení buňky exprimující CD47. Tento mechanismus využívají nádorové buňky pro únik imunitnímu systému a činí tak CD47 nadějným cílem imunoterapií. literárním přehledu této práce je charakterizován protein CD47 z struktury, lokalizace a funkce. Zároveň je detailně rozebraná interakce této bílkoviny se zmíněným SIRP Následující experimentální část se věnuje přípravy plazmidu pTT28_hCD47. Je popsáno, jak do linearizovaného vektoru pTT28 byl začleněn gen pro extracelulární část lidského proteinu CD47, který byl transfekován do savčího buněčného systému pro jeho NTA agarose a gelovou permeační chromatografií, kdy byly izolovány proteiny CD47 lišící se v glykosylacích. Jejich funkčnost byla úspěšně ověřena na přístroji ční protilátky. Experimentální část se dále zaměřuje na metody průtokové cytometrie využité pro evaluaci exprese proteinu CD47 na buněčných linií U937, THP které jej všechny vykazovaly. Klíčová slova:
|
|
|
Příprava anti-CD20 vazebné domény a její konjugace na polymerní nosič
Cibiková, Tereza ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Čermáková, Michaela (oponent)
Pro rakovinná onemocnění způsobená maligní transformací B-lymfocytů je typická zvýšená exprese povrchového znaku 20 (CD20, z angl. cluster of differentiation 20).Tradičně tak léčba tohoto onemocnění cílí právě na CD20, nejčastěji pomocí monoklonálních protilátek (např. rituximab). Kvůli vedlejším účinkům těchto terapeutik jsou však zkoumány alternativní přístupyk terapeutickémuzásahuskrz CD20. Jako perspektivní se pak jeví vývoj proteinových léčiv, konjugovaných s polymerním nosičem, která by neměla nežádoucí účinky monoklonálních protilátek, a zároveň by měla dostatečnou dobu působení v organismu. Cílem této práce byla příprava a charakterizace makromolekulárního konjugátu protein- polymer, jehož interakce s CD20 by vyvolávala apoptózu maligně transformovaných B-lymfocytů.
|
|
|
Structural biochemistry of protein NKp80, an activation receptor of human lymphocytes
Pazderová, Kristýna ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Konvalinka, Jan (oponent)
NK buňky (z angl. natural killer cells, přirozeně zabíječské buňky) buňky hrají důležitou roli při rozpoznání a eliminaci infikovaných, poškozených či nádorových buněk bez nutnosti předchozího kontaktu s nimi. Jejich cytotoxicita je zprostředkována aktivačními receptory na jejich povrchu, jako je receptor NKp80 (z angl. Natural Killer protein 80 kDa). NKp80 se váže na ligand AICL, který je konstitutivně exprimován na myeloidních buňkách. Zvýšená exprese AICL, např. na nádorových buňkách, vede k aktivaci NK buněk exprimujících receptor NKp80. Interakce NKp80:AICL je proto slibným imunoterapeutickým cílem pro léčbu myeloidní leukémie. Struktura obou proteinů dosud nebyla známá, a proto jsme se v práci zaměřili na úspěšnou produkci extracelulární domény těchto proteinů za tímto účelem. Při produkci receptoru NKp80, jsme zavedli do "stalk" oblasti sérii mutací, kde byly jednotlivé cysteiny nahrazeny seriny. Pomocí zavedených mutací jsme studovali jejich vliv na produkci, stabilitu a tvorbu homodimeru. Zavedené mutace významně zvýšily výtěžek produkce, a proto byl protein připraven ve větším množství za účelem krystalizace proteinu. Krystalizace vedla k objasnění dosud neznámé struktury homodimeru NKp80 s rozlišením 2,9 Å. Při přípravě proteinů ke krystalizaci bylo ovšem zjištěno, že dochází k částečné...
|
|
|
Specificita interakcí protein-protein a jejich modulace
Pham, Phuong Ngoc ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Damborský, Jiří (oponent) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
(CZ) Protein-proteinové interakce (PPI) mají zásadní roli v životních procesech a jejich abnormality jsou často spojené s vznikem nemocí. Vzhledem ke své důležitosti dostávají PPI čím dál tím více pozornosti a staly se cíli zásahu různých léčiv. Návrh konkrétních PPI a jejich modulace je však náročný. Interakce cytokinů s jejich receptory jsou zvláště důležité při regulaci imunitního systému. Nadměrná produkce interleukinu-10 (IL-10) má za následek nadměrné imunosupresivní účinky, růst nádoru a infekci. Interakce mezi receptorem interferonu gama 2 (IFN-γR2) a interferonem gama (IFN-γ) vede k aktivaci signálních drah, ale mechanismus takové interakce je stále nepopsaný. Interleukin-24 (IL-24) je další cytokin, který signalizuje prostřednictvím receptorů sdílejících receptorovou podjednotku 2 interleukinu-20 (IL-20R2) a má důležitou roli v autoimunitě a rakovině. Cílem této Ph.D. práce je studium PPI z několika hledisek s důrazem na jejich specifičnost. Prvním cílem je vyvinout nové proteinové lešení, které bude následně použito pro vývoj vysokoafinitního pojiva specifického pro lidský IL-10. Druhým cílem je pochopení strukturního základu receptorové specifity lidského IFN-γ. Třetím cílem je modulace vazebné afinity mezi lidským IL-24 a jeho receptorem IL-20R2 za použití foto-responzivních...
|
|
|
Optický snímač rychlosti povrchu
Vaněk, Ondřej ; Hadaš, Zdeněk (oponent) ; Sedlák, Petr (vedoucí práce)
Cílem této práce je vytvoření optického snímače pro měření rychlosti povrchu za použití senzorů používaných v počítačových myších. Takovýto optický rychloměr by měl najít uplatnění ve výrobním průmyslu pro levné bezkontaktní měření rychlosti pásových dopravníků či posunu polotovarů, aby bylo možné dalšími přístroji kontrolovat kvalitu produktů. Teoretická část práce zahrnuje prostudování tématiky, seznámení s optickými senzory a jejich použitím. Do praktické části patří vytvoření programu pro komunikaci a stanovení rychlosti pohybu povrchu v MATLABu a pro platformu Arduino©, vytvoření jednoduchého zařízení na platformě Arduino©, sestavení experimentálního měření a provedení testovacích měření.
|
|
|
Zdravotně technické a plynovodní instalace v multifunkční budově
Vaněk, Ondřej ; Bárta,, Ladislav (oponent) ; Vrána, Jakub (vedoucí práce)
Bakalářská práce ,,Zdravotně technické a plynovodní instalace v multifunkční budově‘‘ je zpracován ve formě projektové dokumentace zdravotně technických a plynovodních instalací pro provedení stavby dle platných předpisů. Řešený objekt je dvoupodlažní, nepodklesaný. Objekt je využíván v prvním patře obecním úřadem a v druhém patře zasedacími a společenskými místnostmi. Projektová část je zaměřena na návrh a řešení zdravotně technických a plynovodních instalací. Součást bakalářské práce jsou bilanční posudky objektu a literární rešerše zaměřená na problematiku teplé vody.
|
|
|
Zdravotně technické a plynovodní instalace v obytné budově
Vaněk, Ondřej ; Vaščáková, Alena (oponent) ; Vrána, Jakub (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá zdravotně technickými a plynovodními instalacemi v bytovém domě se zdravotnickým zařízením . Teoretická část je zaměřena na téma předstěnové instalační systémy, ve které se řeší vhodnost využití těchto systému v řešeném projektu a výhody a nevýhody těchto systémů. Výpočtová a projektová část řeší rozvody kanalizace, vodovodu a plynu v zadaném objektu. Řešený objekt je nepodsklepený a osmipodlažní. V prvním patře je umístěno technické zázemí celého objektu a tři bytové jednotky. Ve všech dalších podlažích jsou na každém patře umístěny čtyři bytové jednotky. Diplomová práce je provedena na základě současných českých a evropských předpisů.
|
|
|
Komparativní studie měření teploty těla různými technologiemi
Vaněk, Ondřej ; Sekora, Jiří (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Cílem této práce je srovnání kvality měření teploty těla různými kontaktními teploměry z pohledu přesnosti a praktičnosti. Teoretická část práce zahrnuje prostudování tématiky, seznámení se situací ve Fakultní nemocnici Brno v Bohunicích a navržení vhodného způsobu srovnání různých druhů teploměrů. Do praktické části patří proměření teploměrů v laboratorních podmínkách pro ověření jejich přesnosti, klinická měření na pacientech v různých místech těla a za různých podmínek a statistické vyhodnocení výsledků.
|
|
|
Aktivace protinádorové imunitní odpovědi s pomocí bispecifických fúzních proteinů
Chytrá, Gabriela ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Černá, Věra (oponent)
Přirozené zabíječské buňky (NK buňky) jsou lymfocyty vrozeného imunitního systému, které rozeznávají a eliminují transformované, potenciálně škodlivé, buňky v mechanismu zvaném imunitní dohled. Maligně transformované buňky se snaží imunitnímu dohledu uniknout a v případě že uspějí, dojde k rozvoji rakovinného onemocnění. Pro obnovení imunitního rozpoznávání maligních buněk lze použít imunoterapii na bázi NK buněk využívající terapeutické bispecifické fúzní proteiny. Terapeutické fúzní proteiny cílí tumorové markery exprimované na povrchu maligních buněk a zároveň stimulují imunitní odpověď prostřednictvím vazby na aktivační receptor NK buněk, např. receptor NKG2D nebo NKp30. Relevantním příkladem tumorového markeru je HER2 receptor, který je často nadměrně exprimován u několika typů nádorových onemocnění a zejména u karcinomu prsu. Tato práce popisuje přípravu několika bispecifických fúzních proteinů s potenciálním využitím v imunoterapii. Bispecifické fúzní proteiny sestávají z aktivačního ligandu NK buněk (ligand MICA nebo B7-H6) a nanoprotilátky cílící vybraný tumorový marker (HER2 receptor), které jsou spojeny flexibilní glycin-serinovou spojkou. Konstrukty těchto fúzních proteinů byly připraveny ve dvou prostorových uspořádáních - s nanoprotilátkou situovanou na N-konci a ligandem na C-konci a...
|
|
|
Vliv vybraných sloučenin na NMPylaci nsp9 SARS-CoV-2 katalyzované NiRAN doménou nsp12 SARS-CoV-2
Fedák, Michal ; Šilhán, Jan (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Pandemie SARS-CoV-2 (z angl. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), která propukla koncem roku 2019 má na svědomí přes 770 milionů potvrzených infekcí a téměř 7 milionů úmrtí po celém světě. I když byla pandemie do značné míry díky vakcínám a omezujícím opatřením potlačena, výzkum a vývoj nových léčiv cílený proti tomuto viru stále přetrvává. Jedním z možných cílů SARS-Cov-2 je nestrukturní protein 9 (nsp9), který je nepostradatelný pro virovou replikaci. Jen nedávno bylo zjištěno, že tento protein může kovalentně vázat nukleosid monofosfát (NMPylace), nebo různě dlouhý řetězec RNA (RNAylace). Tyto reakce katalyzuje nidovirová s RNA-dependentní RNA polymerasou (RdRp) asociovaná nukleotidyltransferasová (NiRAN) doména nestrukturního proteinu 12 (nsp12). RNAylace nsp9 se ukázala být důležitým krokem při syntéze RNA čepičky. Funkce NMPylace zatím nebyla popsána, ale předpokládá se, že by tato modifikace nsp9 mohla hrát roli v primingu RNA syntézy. Několik studií se již zaobíralo otázkou inhibice NMPylace. V této diplomové práci byl připraven rekombinantní nsp9, který byl použitý v NMPylačních reakcích. Byl popsán negativní vliv DMSO na NMPylaci nsp9. Tři sloučeniny (saquinavir, darunavir a conivaptan) vybrané na základě výsledků in silico studií, neprojevili schopnost inhibovat NMPylaci...
|
host ::
RSS.