Název: Vliv vybraných sloučenin na NMPylaci nsp9 SARS-CoV-2 katalyzované NiRAN doménou nsp12 SARS-CoV-2
Překlad názvu: Effect of selected compounds on NMPylation of nsp9 SARS-CoV-2 catalyzed by NiRAN domain of nsp12 SARS-CoV-2
Autoři: Fedák, Michal ; Šilhán, Jan (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2024
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
Pandemie SARS-CoV-2 (z angl. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), která propukla koncem roku 2019 má na svědomí přes 770 milionů potvrzených infekcí a téměř 7 milionů úmrtí po celém světě. I když byla pandemie do značné míry díky vakcínám a omezujícím opatřením potlačena, výzkum a vývoj nových léčiv cílený proti tomuto viru stále přetrvává. Jedním z možných cílů SARS-Cov-2 je nestrukturní protein 9 (nsp9), který je nepostradatelný pro virovou replikaci. Jen nedávno bylo zjištěno, že tento protein může kovalentně vázat nukleosid monofosfát (NMPylace), nebo různě dlouhý řetězec RNA (RNAylace). Tyto reakce katalyzuje nidovirová s RNA-dependentní RNA polymerasou (RdRp) asociovaná nukleotidyltransferasová (NiRAN) doména nestrukturního proteinu 12 (nsp12). RNAylace nsp9 se ukázala být důležitým krokem při syntéze RNA čepičky. Funkce NMPylace zatím nebyla popsána, ale předpokládá se, že by tato modifikace nsp9 mohla hrát roli v primingu RNA syntézy. Několik studií se již zaobíralo otázkou inhibice NMPylace. V této diplomové práci byl připraven rekombinantní nsp9, který byl použitý v NMPylačních reakcích. Byl popsán negativní vliv DMSO na NMPylaci nsp9. Tři sloučeniny (saquinavir, darunavir a conivaptan) vybrané na základě výsledků in silico studií, neprojevili schopnost inhibovat NMPylaci... SARS-CoV-2 pandemic that begun in the end of 2019 caused over 770 milion confirmed cases of infection and almost 7 milion deaths worliwide. Despite pandemic being suppressed thanks to vaccines and restriction measures, the research of new medication targeting this virus continues. One of the possible targets of SARS-CoV-2 is nonstructural protein 9 (nsp9), which is essential for virus repliation. Just recently it was revealed that this protein can covalently bind nukleoside monophosphate (NMPylation) or RNA chain of various length (RNAylation). These reactions are catalyzed by nidovirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) asociated nucleotidyltransferase (NiRAN) domain of nonstuctural protein 12 (nsp12). RNAylation of nsp9 showed to be crucial step in synthesis of RNA cap. The function of NMPylation was not jet revealed, but it is believed that this modification of nsp9 could play a role in priming of RNA synthesis. Some studies have already investigated inhibition of NMPylation. In this diploma thesis recombinant nsp9 was prepared and used in NMPylation reactions. Negative effect of DMSO on nsp9 NMPylation was observed. Three compounds (saquinavir, darunavir and conivaptan) selected based on the results of in silico studies did not show ability to inhibit NMPylation of nsp9. Next, it was confirmed...
Klíčová slova: inhibitory; NiRAN; NMPylace; nsp9; SARS-CoV-2; inhibitors; NiRAN; NMPylation; nsp9; SARS-CoV-2

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/188261

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-541399


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce