|
|
Překryvy regulonů stresových sigma faktorů RNA polymerázy korynebakterií a rhodokoků
Blumenstein, Jan ; Pátek, Miroslav (vedoucí práce) ; Hnilicová, Jarmila (oponent) ; Ulrych, Aleš (oponent)
Bakterie rodu Rhodococcus a Corynebacterium jsou biotechnologicky významné mikroorganismy. Práce se zabývá analýzou funkcí sigma (σ) faktorů RNA polymerázy při regulaci exprese genů u těchto bakterií. V genomu C. glutamicum se nachází 7 genů kódujících faktory: σA , σB , σC , σD , σE , σH a σM . S výjimkou faktoru σM byly tyto faktory a jejich funkce dobře popsány. Genom R. erythropolis kóduje 21 předpokládaných genů pro σ faktory, ale žádný nebyl doposud hlouběji studován. To platí i pro příbuznou, také biotechnologicky významnou, bakterii R. opacus. Skupina genů, jejíž exprese je zprostředkována jedním σ faktorem, se nazývá σ regulon. Překryvy σ regulonů jsou dány hlavně překryvem rekogniční specifity σ faktorů, kdy dva nebo více σ faktorů rozpoznává stejný promotor. Tato práce byla zaměřena na σ faktory skupiny 4 (též ECF) a jejich regulony: σD , σE , σH (C. glutamicum, R. erythropolis, R. opacus) a σM (C. glutamicum). K dosažení cílů byly využity metody sekvenování RNA, in vivo (dvouplazmidové systémy v C. glutamicum), in vitro (transkripce in vitro) a in silico (homologní modelování a simulace molekulární dynamiky). Překryv σD a σH -regulonů C. glutamicum byl demonstrován na přirozeném hybridním promotoru Pcg0441. Kombinací in vivo a in silico metod se podařilo nalézt interakce zodpovědné za...
|
|
|
Hybridní faktory sigma RNA polymerasy u Corynebacterium glutamicum
Blumenstein, Jan ; Štěpánek, Václav (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent)
půdní bakterie využívaná průmyslu jako producent aminokyselin, nukleotidů, biopaliv a alkoholů. Cílem této práce bylo vytvořit hybridní faktor σ rozpoznávat pouze příslušný hybridní promotor, takže neovlivní e genů. Na základě aminokyselinových sekvencí faktorů σ a σ genů navrženy 2 typy hybridních faktorů σ σ σ σ byly dále na základě přirozeného faktoru σ σ promotoru. Hybridní promotory byly vytvořeny kombinací 10, které pocházely ze σ a σ ů promotorů s použitím prokázalo, že exprese genu σ σ kmeny, které nesly přirozený faktor σ a příslušný promotor. Při použití jednoho z ů σ σ ) se záměnami 35 σ promotorů došlo k a tedy dosažení cíle. Klíčová slova:
|
|
|
The role of methylation of histone 3 on lysine 4 (H3K4) during mouse spermatogenesis
Blumenstein, Jan ; Trachtulec, Zdeněk (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Epige eti ké odifika e hro ati u hrají z ač ou roli v regula i přístup osti DNA. odifika í je etyla e histo ů. V H a lysi u ěhe sper atoge eze yši do á í a to zej é a ve Běhe eioti ké profáze I do hází k hro ozo ů, a k eioti ké reko i a i. Tyto pro esy jsou kriti ký ode tvor y pohlav í h u ěk a jeji h selhá í vede k eioti ké zástavě a tí páde k poruše tvor y haploid í h u ěk. Histo ová etyltra sferáza PRDM9 hraje klíčovou roli v eioti ké reko i a e, e oť je zodpověd á za urče í progra ova ý h dvouřetěz ový h zlo ů v íste h zva ý h hotspoty. Ni é ě ge je důležitý i ve spe ia i, a to řed i tví fe o é u hy rid í sterility. Další i protei y, které se podílí a etyla i histo u H a lysi u ěhe sper atoge eze, jsou MLL KMT D , MLL KMT E a yší h varlate h ovše az ačují, že regula i této odifika e hro ati u podílí ví e ge ů. Avšak ejsou z á é ko krét í fu k e, které ají tyto z ývají í ge y ěhe vývoje sa čí h pohlav í h u ěk. Další zkou á í tě hto ge ů ohou ýt užiteč á pro o jas ě í částeč é e o úpl é eplod os Klíčová slova: eioti ká reko i a e, dvouřetěz ové zlo y, hy rid í sterilita, sper atoge eze, etyla e histo ů
|
host ::
RSS.