Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 13 záznamů.  1 - 10další  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.02 vteřin. 
Hypotetický protein Spr1962 jako nový substrát signalizační dráhy Ser/Thr proteinkinázy StkP a fosfatázy PhpP.
Mašková, Kateřina ; Ulrych, Aleš (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Hypotetický protein Spr1962 jako nový substrát signalizační dráhy Ser/Thr proteinkinázy StkP a fosfatázy PhpP Extracelulární lidský patogen Streptococcus pneumoniae kóduje ve svém genomu pouze jednu serin/threoninovou proteinkinázu eukaryotního typu (StkP) a příslušnou PP2C fosfatázu (PhpP), proto je unikátním modelovým organismem pro studium signalizačních drah u bakterií. Dosud bylo identifikováno a charakterizováno několik substrátů těchto signalizačních proteinů, mezi které patří například proteiny DivIVA, KhpB, FtsA, FtsZ, MacP, GlmM, GpsB, ComE a další. Jedná se o proteiny, které se účasní různých buněčných procesů, včetně buněčného dělení a syntézy peptidoglykanu. Pomocí globální fosfoproteomové studie založené na LC-MS analýze bylo zjištěno, že jedním z identifikovaných proteinů je hypotetický protein Spr1962, jehož fosforylace byla detekována pouze v hyperfosforylovaném kmeni s odstraněnou fosfatázou PhpP. Cílem této práce byla charakterizace nového substrátu Spr1962 a objasnění jeho možné funkce. Vzhledem k významné strukturní podobnosti s flotilinovým proteinem bakterie Bacillus subtilis FloT bylo navrženo, že by se mohlo jednat o protein s analogickou funkcí u pneumokoka. Bylo zjištěno, že odstranění tohoto genu způsobuje fenotyp zvětšených buněk na různých genetických pozadích. Sledováním...
6S RNA jako nástroj ke zvýšení produkce klinicky významných antibiotik u relevantních kmenů
Kostílek, Štěpán ; Bobek, Jan (vedoucí práce) ; Ulrych, Aleš (oponent)
Streptomycety patří do skupiny půdních mikroorganismů a jsou významnými producenty biologicky aktivních látek využívaných v celé řadě odvětví, ať už se jedná o medicínu, zemědělství či biotechnologie. Právě z tohoto důvodu je výzkum těchto mikroorganismů zajímavý pro řadu výzkumných institucí a skupin. Jednou z nejdůležitějších skupin těchto látek jsou antibiotika. Značná část v přírodě produkovaných antibiotik je produkována právě streptomycetami, a proto je v našem zájmu porozumět mechanismům, které tuto produkci ovlivňují. U streptomycet byla doposud nalezena široká škála různých regulačních mechanismů řídících produkci antibiotik. Jedním z těchto regulačních mechanismů je využití scr3559 RNA. scr3559 RNA je malá, nekódující molekula RNA regulující produkci antibiotik na úrovni transkripce DNA. Tyto malé molekuly RNA napodobují svou strukturou promotorové sekvence, a jsou tak schopny interagovat s RNA polymerázou. Přítomnost scr3559 RNA nebyla u streptomycet jednoznačně potvrzena, a stále se hledají nové molekuly scr3559 RNA. K nalezení těchto nových molekul je využíváno in silico metod, kdy se sleduje podobnost sekvence scr3559 RNA S. coelicolor se sekvencemi v genomech různých streptomycet. Vzhledem k tomu, že zvýšená produkce scr3559 RNA má vliv na syntézu antibiotik, rozhodli jsme se v této...
Study of persistence mechanisms to antibiotics in Staphylococcus aureus
Balgová, Tamara ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Ulrych, Aleš (oponent)
V klinické praxi se infekce způsobené perzistentními bakteriemi stali celosvětovým problémem. Mluvíme o subpopulaci buněk, které jsou schopné odolávat letálním dávkám antibiotik a po jejich eliminaci jsou schopny resuscitovat a opět navodit ochoření. Mezi tyto bakterie patří i oportunistický patogen Staphylococcus aureus, který způsobuje různé závažné chronické infekce. Během dluhodobého přetrvávaní v pacientovi získávají perzistentní bakterie adaptační mutace. Cílem této diplomové práce bylo sledovat míru schopnosti perzistovat u vybraných klinických izolátů, a prokázat vliv adaptačních mutací na míru schopnosti perzistovat jako i blíže molekulárně charakterizovat perzistentní stav pomocí genové exprese. K dispozici jsem měla chronologické izoláty S. aureus od pacientů trpících cystickou fibrózou (CF), kdy počáteční byl tzv. primoizolát (izolát odebraný při odhalení CF a před zahájením antibiotické léčby). Další byl odebraný s ročním odstupem a poslední s půlročním odstupem od předchozího. Po následné celogenomové sekvenaci byly zjištěny geny, ve kterých vznikly adaptační mutace. Metodou stanovení CFU (Colony Forming Units) jsem určila míru schopnosti perzistovat po působení antibiotik. Zjistila jsem, že tato schopnost závisí jak na adaptaci izolátu tak i na adaptačních mutacích. Stanovila jsem,...
Studium unikátní signální dráhy Ser/Thr proteinkinázy StkP a fosfatázy PhpP u Streptococcus pneumoniae
Keil, Jan ; Ulrych, Aleš (vedoucí práce) ; Bobková, Šárka (oponent)
Významný lidský patogen Streptococcus pneumoniae je jedinečným modelem pro studium serin/threoninových proteinkináz eukaryotního typu a jejich příslušných fosfatáz u bakterií, jelikož kóduje pouze jediný signalizační pár složený z proteinkinázy StkP a fosfatázy PhpP. Tento signalizační pár hraje úlohu v řadě buněčných procesů zejména pak v syntéze buněčné stěny a buněčného dělení. Signalizační pár StkP/PhpP nejspíše reguluje složitou síť signalizačních kaskád reverzní fosforylací několika substrátů, z nichž je charakterizována pouze část. Nedávno bylo pomocí MS analýzy identifikováno kolem 90 fosfopeptidů, které jsou potenciálními substráty kinázy StkP a fosfatázy PhpP. Cílem této diplomové práce byla charakterizace předpokládaného nového substrátu Spr0929 a jeho vlivu na fyziologii pneumokoka. Zkoumána byla morfologie buněk kmenů s odstraněným genem spr0929 na různých genetických pozadích pneumokoka. Bylo zjištěno, že vliv odstranění tohoto genu na morfologii buněk je kmenově specifický. Porovnáván byl též růst buněk postrádajících gen spr0929 s divokým typem, a to za různých fyziologických podmínek. Jelikož protein Spr0929 obsahuje nukleoid-asociovanou doménu NdpA, určení jeho lokalizace v buňce byla též jedním z důležitých cílů práce. Translační fúzí s fluorescenční značkou GFP byla odhalena...
Pleiotropní efekt proteinů s WD-40 doménami na buněčnou diferenciaci a produkci sekundárních metabolitů u Streptomyces coelicolor
Ulrych, Aleš
Pleiotropní efekt proteinů s WD-40 doménami na buněčnou diferenciaci a produkci sekundárních metabolitů u Streptomyces coelicolor WD-40 domény, také známé jako beta-transducinové repetice, jsou vysoce konzervované aminokyselinové repetice, které se nacházejí v mnoha odlišných eukaryotních proteinech, kde plní širokou škálu funkcí. Koncem 90. let minulého století byly identifikovány první proteiny s WD-40 doménami u prokaryot, ale o jejich funkci není známo téměř nic. Streptomyces coelicolor je grampozitivní bakterie s komplikovanou buněčnou morfologií a fyziologickou diferenciací během životního cyklu. Genom Streptomyces coelicolor kóduje 6 pravděpodobných genů kódujících proteiny s WD-repetitivními motivy. Pro bližší porozumění funkce dvou z těchto WD-40 genů (wdpB a wdpC) byly připraveny jejich disrupční mutanty, u kterých byl stanoven fenotypový projev a provedena transkripční analýza. Oba mutantní kmeny vykazovaly aberantní fenotyp závislý na použitém kultivačním médiu s nejvýraznějším fenotypovým projevem mutantů na modifikovaném R3 agaru. Fenotypové studie odhalily, že delece genu wdpB způsobuje značnou redukci tvorby vzdušného mycélia a sníženou produkci undecylprodigiosinu. Kromě toho dochází u mutantaΔ wdpB k neobvyklému větvení vzdušného mycélia a k defektní sporulaci projevující se...
Působení antibiotik na střevní mikrobiom a vliv probiotik na jeho obnovu
Hloucalová, Nikola ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Ulrych, Aleš (oponent)
Antibiotika se využívají k léčbě bakteriálních onemocnění. Negativně působí nejen na cílené patogeny, ale i na další mikroorganismy ve střevech, včetně těch zdraví prospěšných. Antibiotická léčba vyvolává změnu poměru v zastoupení střevních bakterií. Způsobuje snížení počtu přirozeně se vyskytujících bakterií, může být příčinou následného pomnožení oportunně patogenních bakterií a dochází k dysbióze. Zdravá střevní mikrobiota přispívá ke správné funkci imunity a celkového psychického i fyzického zdraví člověka, z toho důvodu je důležité po užívání antibiotik rovnováhu bakterií ve střevech obnovit např. pomocí probiotik. Tato práce shrnuje poznatky o narušení homeostáze střevní mikrobioty antibiotickou léčbou a o vlivu probiotik na její obnovu.
Biosyntéza buněčné stěny u grampozitivních bakterií a inhibiční účinek antibiotik.
Mašková, Kateřina ; Ulrych, Aleš (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
Buněčná stěna grampozitivních bakterií obsahuje kromě stěžejní molekuly peptidoglykanu také unikátní polysacharidy, jako jsou teichoové kyseliny, kapsulární polysacharidy a exopolysacharidy, a kovalentně vázané povrchové proteiny. Dohromady vytváří silnou a odolnou vrstvu, která zajišťuje ochranu, ale také komunikaci s vnějším prostředím. Biosyntézu peptidoglykanu u grampozitivních bakterií lze rozdělit do tří fází: cytoplasmatická fáze, membránová fáze a extracytoplasmatická fáze. Jednotlivé fáze se skládají ze specifických reakcí, které jsou katalyzovány často konzervovanými bakteriálními enzymy, jenž tvoří potenciální cíle pro antibiotické molekuly. Většina známých antibiotik účinných proti grampozitivním bakteriím je cílená právě k inhibici procesu syntézy buněčné stěny. Mechanismy účinků jednotlivých antibiotik jsou popsány s různou mírou podrobností. Některá jsou známá a široce využívána v medicíně či veterinární praxi a některá vykazují zatím pouze potenciál stát se léčivy. Další využití antibiotik je v samotném základním výzkumu, především při studiu biosyntézy buněčné stěny a bakteriálního dělení. V této práci jsem shrnula poznatky o biosyntéze buněčné stěny grampozitivních bakterií a výčet antibiotik a popis mechanismů jejich účinku na biosyntézu především peptidoglykanu. Klíčová slova:...
Identifikace nových substrátů Ser/Thr proteinkinázy StkP
Kleinová, Simona ; Ulrych, Aleš (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent)
Streptococcus pneumoniae kóduje ve svém genomu jedinou unikátní serin/threoninovou proteinkinázu StkP a k ní příslušnou proteinfosfatázu PhpP. Tento signalizační pár fosforyluje/defosforyluje mnoho cílových proteinů zúčastněných v celé řadě buněčných procesů. Dosud však bylo charakterizováno pouze několik z nich. Analýzou globálního fosfoproteomu mutantního kmene na pozadí ∆stkP kmene byl identifikován fosfoprotein Spr0175 a určen fosforylovaný zbytek Thr7. Cílem této diplomové práce byla charakterizace tohoto nového substrátu. Byly připraveny ∆spr0175 mutantní kmeny na genetickém pozadí Rx a R6 divokých kmenů, u kterých byl monitorován růst a buněčná morfologie. Testované mutantní kmeny měly morfologické defekty znamenající pravděpodobnou účast Spr0175 v procesu buněčného dělení. V divokém kmeni D39 byla delece genu spr0175 neúspěšná, což znamená možnou esencialitu Spr0175 u kmene D39. Získané výsledky dále potvrzují, že je protein Spr0175 v in vitro i in vivo podmínkách modifikován na threoninu v pozici 7. V in vitro podmínkách byla také prokázána minoritní fosforylace na zbytku T4. V in vivo experimentu bylo pomocí koimunoprecipitace zároveň prokázáno, že protein Spr0175 vytváří oligomerní struktury. Dalším cílem diplomové práce byla buněčná lokalizace Spr0175. Fluorescenční mikroskopií bylo...
Studium funkce fosfoglukozaminmutázy GlmM u Streptococcus pneumoniae
Mühldorfová, Tereza ; Ulrych, Aleš (vedoucí práce) ; Lišková, Petra (oponent)
Fosfoglukozaminmutáza (GlmM), je enzym biosyntézy buněčné stěny, u kterého byla nedávno prokázána jeho esencialita u Streptococcus pneumoniae. Hlavním cílem této diplomové práce bylo definitivně dokázat esencialitu fosforylace serinových zbytků S99 a S101 enzymu GlmM v podmínkách in vivo, jejíž nezbytnost byla již dříve prokázána nepřímo na základě transformační účinnosti. Pro tento účel jsme vytvořili kmen, který obsahuje dvě kopie genu glmM - jednu s aminokyselinovými záměnami na sledovaných serinových zbytcích umístěnou v nativním lokusu a druhou ektopickou kopii divoké formy genu glmM pod kontrolou inducibilního zinkového promotoru. U tohoto kmene jsme sledovali morfologii, růst i expresi GlmM v prostředí s induktorem i bez něho. Ve všech sledovaných parametrech bylo zřejmé, že bez přidání induktoru ektopické exprese genu glmM nejsou buňky životaschopné, a tedy že esenciální protein GlmM je funkční pouze ve fosforylované formě na S99 a S101. Dále jsme se pokusili lokalizovat tento enzym v buňce S. pneumoniae. GlmM jsme fúzovali s fluorescenční značkou GFP a pomocí fluorescenční mikroskopie jsme prokázali, že se jedná o cytoplazmatický protein. Dalším cílem této práce bylo stanovit třetí neznámé místo fosforylace proteinu GlmM in vitro závislé na proteinkináze StkP. Z kinázové reakce in vitro a následné...
Mechanismus působení bakteriocinů odvozených z fágů na cílové buňky a na umělé membránové systémy.
Hryzáková, Klára ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Ulrych, Aleš (oponent)
Fonticiny jsou bakteriociny produkované gram-negativní bakterií Pragia fontium z čeledi Enterobacteriaceae. Patří mezi bakteriociny odvozené z fágů, které můžeme rozdělit do dvou skupin na: flexibilní (typ F) a kontraktilní částice (typ R). Pragia fontium produkuje částice typu R, které se váží na povrch citlivých buněk a tvoří póry v membráně pravděpodobně během kontrakce, mechanismem podobným sekrečnímu systému typu VI. Pórotvornou aktivitu jsme testovali na živých bakteriálních buňkách i in vitro na umělých membránových systémech. Na černých lipidových membránách tvoří fonticiny v membránách velké póry, jejichž vodivost (G) je přibližně dvakrát větší než vodivost známějšího α-hemolysinu, produkovaného bakterií Staphylococcus aureus. Dále jsme testovali napěťově závislé blokace fonticinového nanopóru způsobené proteiny v nativním i rozvolněném stavu, různými typy DNA, polyethylenglykolem a diamantovými nanočásticemi. Rigidní struktura fonticinové nanotrubičky, v kombinaci s konstantní vodivostí, činí z fonticinů slibné nanozařízení vhodné pro analýzu tvaru a velikosti nanočástic a velkých makromolekul. Klíčová slova: fonticin, bakteriocin, nanopór, Pragia fontium, blokace, pórotvorná aktivita, černé lipidové membrány.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 13 záznamů.   1 - 10další  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.