|
|
Porovnání bakteriálních genomů získaných z druhé a třetí generace sekvenátorů.
Rumlerová, Tereza ; Škutková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá sekvenačními technologiemi se zaměřením především na druhou a třetí generaci sekvenátorů a platformy Illumina Miseq a Oxford Nanopore Technologies MinION. Je zde uveden popis sestavování genomů s praktickou ukázkou sestavení 6 genomů bakterie Klebsiella pneumoniae poskytnuté FN Brno a testování kvality těchto genomů. Závěrečná část obsahuje teoretický popis a praktickou implementaci vybraných metod pro porovnání sestavených genomů pocházejících z dvou odlišných sekvenačních platforem.
|
|
|
Mobilní aplikace pro monitorování depresivních stavů
Kamenská, Veronika ; Bartoň, Vojtěch (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Bakalářská práce Mobilní aplikace pro monitorování depresivních stavů má za cíl vytvořit funkční mobilní aplikaci v prostředí MIT app inventor. Tato aplikace nabízí několik testů pro zhodnocení psychického stavu a možností tato data odeslat. Součástí práce je následně vytvoření počítačového softwaru v prostředí Python, který slouží pro psychology, kteří mají možnost data z mobilní aplikace zobrazit a vyhodnotit psychický stav pacienta. V návaznosti na aplikaci také zhotovit PC software pro vyhodnocování stavu psychology, pro zefektivnění práce mezi jednotlivými konzultacemi. A v závěru práce statisticky vyhodnotit výsledky testovaní získané během zimního semestru roku 2020.
|
|
|
Genotypizace bakterií na základě teploty tání oligonukleotidů
Šandová, Hana ; Škutková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá genotypizačními metodami, které využívají teplotu tání oligonukleotidů. V teoretické části je popsána DNA, je vysvětlen pojem typizace a jsou zde popsány laboratorní i výpočetní metody genotypizace. V praktické části byly v programovacím prostředí MATLAB navrženy funkce pro výpočet teploty tání ze sekvence a pro jejich spuštění bylo vytvořeno grafické uživatelské prostředí. Dále byla zpracovávána reálná data změřená pro 52 izolátů bakterie Klebsiella pneumoniae poskytnutá FN Brno. Byly porovnávány laboratorně určené teploty tání s teoretickými výpočty. Nakonec bylo zjišťováno, zda je možná klasifikace bakterií shlukovacími metodami na základě teoreticky vypočtených teplot tání oligonukleotidů.
|
|
|
Detekce CNV v sekvenačních datech
Pleskačová, Barbora ; Škutková, Helena (oponent) ; Jugas, Robin (vedoucí práce)
Detekci variability počtu kopií v prokaryotických organismech je v současné době věnováno čím dál více pozornosti, a to zejména díky souvislosti CNV s patogenitou a antibiotickou rezistencí bakterií. Algoritmus navržený v této práci využívá k odhalování CNV segmentů detekci extrémů v signálu s hloubkou pokrytí. Pokrytí čtení je běžně získáno mapováním osekvenovaných čtení jednoho jedince, k již známé referenční sekvenci jiného jedince stejného druhu. Dva jedinci se však vždy budou v určitém množství genů lišit, vznikají tak nenamapovaná čtení, která jsou zbytečně zahozena. Tato práce proto předpokládá, že biologická přesnost detekce CNV se dá zvýšit použitím nové reference, která je vytvořena ze stejného setu čtení jako čtení k této referenci mapovaná. Pro ověření tohoto tvrzení je využito sekvenačních čtení jedinců bakterie Klebsiella pneumoniae.
|
|
|
Detekce CNV v bakteriálních genomech
Lacinová, Michaela ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá rozborem strukturní variability genomu a metodami jeho sekvenování napříč všemi generacemi. Součástí rozboru je popis variability počtu kopií a možnosti její detekce. Praktická část práce je zaměřena na návrh algoritmu pro detekci CNV na základě analýzy a testování simulovaných genomických dat podle nerovnoměrného pokrytí v genomovém sestavení, proměnlivého zastoupení GC obsahu a vzdálenosti sekvenčních čtení. Tento algoritmus je následně otestován na genomických datech bakterie Klebsiella pneumoniae.
|
|
|
Signaling Pathway for Butanol Production in Solventogenic Clostridium Bacteria
Musilová, Jana ; Škutková, Helena (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The diploma thesis is dedicated to studying signaling pathway for butanol production in Clostridium bacteria. The first part addresses the signaling pathways modeling by means of systems biology. The thesis follows the description of the data acquisition for signaling pathways modeling and modifying with the main focus on techniques for the detection of gene expression, products and phenotype. The third section is to obtain a basic model of a signaling pathway involved in butanol production in solventogenic clostridia. The final point and main goal is to create a dynamic model of butanol production signaling pathway in the Clostridium beijerinckii NRRL B-598 strain, its evaluation by static and dynamic analysis and comparison with biological data.
|
|
|
Analýza citlivosti lidského sluchu
Tinka, Dominik ; Sekora, Jiří (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je vyhodnocení změny citlivosti lidského sluchu pomocí navržené mobilní aplikace. Na základě získaných teoretických poznatků je realizována mobilní aplikace schopná provádět audiometrické měření. V souvislosti s tím je popsáno nastavení zvukového výstupu telefonu, který je nastaven pomocí realizované kalibrační jednotky. V další části je popsána metodika měření a zpracování naměřených dat. Dále je provedeno statistické vyhodnocení naměřených výsledků pro měření na skupině probandů a pro měření na jednom vyšetřovaném v průběhu několika dní. Poslední část práce se zabývá diskuzí získaných výsledků, které vyvrací hypotézu o změně v citlivosti sluchu.
|
|
|
Vývoj testu pro rozpoznání prostorových schopností
Malý, Tomáš ; Škutková, Helena (oponent) ; Sekora, Jiří (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá problematikou měření v psychologii, konkrétně online diagnostikou prostorových schopností. Poskytuje stručný pohled na psychologický konstrukt inteligence a způsoby jeho měření, zejména pak v kontextu aktuálně nejrozšířenější teorie inteligence C-H-C (Cattell-Horn-Carroll). V rámci ní se zaměřuje na schopnost „Visualization“, která je pojímána jako schopnost zpracovávat vizuální vjemy a manipulovat s nimi ve své představivosti. Práce obsahuje realizaci funkčního softwaru, sloužícího k online počítačovému testování prostorových schopností u dětí předškolního i školního věku.
|
|
|
Mobilní aplikace pro psychodiagnostiku předškolních dětí
Guryča, Ondřej ; Smíšek, Radovan (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce je zaměřena na možnost psychodiagnostiky předškolních dětí pomocí aplikace v chytrém telefonu. V práci je pojednáno o principu psychodiagnostiky a jejím rozdílném přístupu u dětské psychodiagnostiky, dále jsou zde uvedeny používané psychodiagnostické testy. V další části je představena realizace aplikace pro operační systém Android s vybranými testy. Nakonec je vysvětlen způsob vyhodnocení dat a doporučení používání aplikace.
|
|
|
Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu
Svoboda, Matěj ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá detekcí pozitivní a negativní selekce v mitochondriálním genomu bezobratlých a obratlovců. Součástí práce je zpracovaná teorie evoluce a evolučních modelů. Hlavním bodem práce je vytvoření souboru algoritmů pro detekci pozitivní a negativní selekce v programovém prostředí RStudio. Následně jsou výsledky porovnány s hodnotami získanými nástrojem PAML.
|
host ::
RSS.