|
|
Minoritní proteiny viru hepatitidy typu C
Zeman, Jakub ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Virus žloutenky typu C (HCV) je hlavním původcem chronických onemocnění jater. Po celém světě je v současnosti více než 170 milionů chronicky infikovaných osob, u více jak 100 tisíc z nich se ročně rozvine hepatocelulární karcinom. HCV náležící do čeledi Flaviviridae je obalený jednořetězcový RNA virus s pozitivním vláknem (+ssRNA virus), jehož genom kóduje polyproteinový prekursor, z kterého vzniká pro štěpení buněčnými a virovými proteasami 10 virových proteinů. Mimo to je však virem kódován ještě minoritní protein v alternativním čtecím rámci. Tento protein vzniká v několika možných variantách posunem čtecího rámce či iniciací translace na vnitřních startovacích kodonech. Přes deset let výzkumu není jeho role in vivo v současné době známa. Ukazuje se, že pro robustní virovou translaci a replikaci jsou spíše než přítomnost minoritních proteinů důležité sekundární struktury v core oblasti genomu HCV. Mutace narušující tyto struktury můžou mít za následek zpomalení kinetiky virového cyklu, ale i, jak naznačuje nejnovější studie, zcela neobvyklý sérologický profil u pacientů a zvýšenou míru exprese minoritního proteinu.
|
|
|
Katalytická funkce DNA dependentních RNA polymeráz
Sýkora, Michal ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
DNA dependentní RNA polymeráza je vysoce organizovaný proteinový komplex, který je zodpovědný za genovou expresi a její regulaci. Vícepodjednotková RNA polymeráza se svými několika katalytickými aktivitami je zodpovědná za transkripci genů do RNA kopií u všech buněčných organismů. Při transkripci podstupuje RNA polymeráza značné konformační změny v závislosti na podmínkách v konkrétní buňce. RNA polymeráza ve stavu označovaném jako elongační komplex prochází opakovanými cykly přidání nukleotidu k rostoucímu řetězci RNA. Aktivní centrum RNA polymerázy obsahuje dva hořečnaté ionty, které koordinují reaktivní skupiny substrátů. Dále aktivní centrum obsahuje strukturní prvky, jež se účastní vazby substrátu, správné orientace substrátu vůči templátovému vláknu a translokace RNA polymerázy. Nejdůležitější z těchto pohyblivých strukturních prvků jsou mostový helix a spouštěcí smyčka, jejichž konformační změny cyklus přidání nukleotidu doprovázejí. Pokroky v strukturní a biochemické charakterizaci RNA polymerázy otevírají nové možnosti v porozumění transkripčního mechanismu, jeho přesnosti a kontroly.
|
|
|
Podjednotka delta bakteriální RNA polymerázy a její role v regulaci genové exprese u Bacillus subtilis
Dvořáček, Lukáš ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Podjednotka delta bakteriální RNA polymerázy a její role v regulaci genové exprese u Bacillus subtilis. V této práci se zabývám regulací genové exprese u eubakterií. V první cásti shrnuji soucasné poznatky o klícové fázi genové exprese - transkripci, blíže se pak zameruji na regulaci iniciace transkripce pomocí malých efektorových molekul (guanosin tetrafosfát, iniciacní nukleosid trifosfát) u genu pro ribozomální RNA. Ve druhé, experimentální cásti této práce se zabývám rolí relativne málo studované podjednotky RNA polymerázy z gram pozitivních bakterií - proteinu _ - pri iniciaci transkripce a jejího vlivu na regulaci RNA polymerázy pomocí koncentrace iniciacního nukleosid trifosfátu.
|
|
|
Fotoperiodická synchronizace cirkadiánnich hodin v suprachiasmatických jádrech
Parkanová, Daniela ; Vopálenský, Václav (oponent) ; Sumová, Alena (vedoucí práce)
Most of physiological processes run in the organisms persistently, they begin in a definite rhythm again and again. The greatest attention is paid to the rhythms, whose period is equal to one day - they are called circadian rhythms. In case of mammals, these circadian rhythms are under control of the central circadian clock that resides in the suprachiasmatic nucleus, a part of the anterior hypothalamus. The mechanism of rhythm generation is based on interacting transcriptional-translational feedback loops that control expression of the clock genes in every single cell. Clock-controlled genes transmit these rhythms into the whole organism where they drive many physiological processes. Clock genes are expressed also in the peripheral oscillators (for example in liver, lungs, heart) and are under direct control of the central oscillator. Circadian clock needs to be entrained everyday to the external time to function precisely. The main entraining cue is the light part of the day. The length of the light part of the day, i.e. photoperiod, changes during the year rapidly in our latitudes and the central oscillator has to adapt to the changes all the time. The length of the photoperiod is encoded directly in the central oscillator by the transcriptional-translational relations among the clock genes and...
|
|
|
Regulace exprese MHC molekul I. třídy a dalších imunoaktivních molekul na nádorových buňkách
Moravcová, Simona ; Vopálenský, Václav (oponent) ; Reiniš, Milan (vedoucí práce)
4 Abstract Regulation of the expression of MHC class I molecules and other immunoactive molecules on tumor cells The aim of this master thesis project was to characterize the effects of IFNγ, TNFα and of the epigenetic agents 5-azacytidine (5AC) and 5-aza-2'-deoxycytidine (5AZAD) on the expression of molecules important for antigen presentation and modulation of the immune responses against tumors (MHC class I molecules and other immunoactive molecules CD54, CD80, B7-H1, B7-H2 and CD1d) on tumor cells. The experimental model used for this purpose were the HPV16-associated murine tumor cell lines, either MHC class I positive or negative. The goal was to determine the changes in surface expression of these molecules after treatment by FACS studies and also the expression at the mRNA level using qPCR. Expression of these proteins was also compared in the experiments in vitro on tumor cell lines and ex vivo on tumor cells explanted from animals. The most interesting result is the observation that 5AZAD increases the expression of B7-H1 which inhibits T cell mediated immune response and that 5AZAD and IFNγ act synergistically in the induction of the expression of MHC class I, CD54 and B7-H1 molecules. Klíčová slova: imunoeditace, protinádorová imunita, HVP16, MHC glykoproteiny I. třídy, B7-H1, IFNγ, TNFα,...
|
|
| |
|
|
Příprava a charakterizace rekombinantního adenylát cyklázového toxoidu bakterie Bordetella pertussis nesoucího mykobakteriální antigen TB7.7
Mikulecký, Pavel ; Vopálenský, Václav (oponent) ; Staněk, Ondřej (vedoucí práce)
Bakterie Mycobacterium tuberculosis je původcem smrtelné nemoci nazývané tuberkulóza představující celosvětový problém. Předpokládá se, že na světě žijí až dvě miliardy infikovaných lidí, u kterých bakterie přetrvává ve své latentní fázi. Specifická, citlivá, rychlá a ekonomicky dostupná metoda pro identifikaci nakažených jedinců je stále žádaná. V současné době se jako nejlepší varianta diagnostického přístupu jeví in vitro krevní testy, ve kterých se pro restimulaci specifických T lymfocytů používají mykobakteriální antigeny odvozené od virulentního kmene. Pro zvýšení efektivity dopravy antigenů do antigen prezentujících buněk se testuje mnoho přístupů, přičemž jedním z nich je geneticky detoxifikovaný adenylát cyklázový toxin (CyaA) bakterie Bordetella pertussis. Předkládaná práce se zabývá přípravou a následnou charakterizací biologických vlastností CyaA proteinu, který ve své translokační doméně nese mykobakteriální antigen TB7.7. Experimentální výsledky ukazují, že fúzní protein CyaA-TB7.7 má zachovanou kanálotvornou aktivitu a je schopen dopravit antigeny na povrch APC s molekulami MHC II. Detoxifikovaný CyaA protein s vloženým mykobakteriálním antigenem TB7.7 bude použit pro doplnění současně testovaných přístupů, kterým je i in vitro restimulace krevních vzorků, a sloužit tak jako další...
|
|
| |
|
|
Příprava tří myších kongenních kmenů a jejich fenotypizace.
Flachs, Petr ; Trachtulec, Zdeněk (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
ÚVOD 1 ÚVOD Tato diplomová práce vznikala v rámci širšího projektu hybridní sterility, kterým se dlouhodobě zabývá naše laboratoř myší molekulární genetiky. Hybridní sterilita je stav, který způsobuje neplodnost potomků křížení dvou plně plodných rodičovských forem a může tak hrát důležitou speciační roli jako jedna z postzygotických reprodukčních bariér. U myší postihuje především samčí potomky křížení některých standardních laboratorních kmenů (C57BL/6J) Mus musculus domesticus (Mmm) původu s kmeny odvozenými od poddruhu Mus musculus domesticus (Mmd) (PWD/Ph). Pro identifikaci prvního savčí genu hybridní sterility Prdm9 v naší laboratoři (Mihola et al, 2009) byly použity tři transgenní linie s překrývajícími se BACy (bacterial artificial chromosomes), které obsahovaly kandidátní geny včetně Prdm9. Prvním cílem této diplomové práce bylo tedy pokračování v práci s transgenními liniemi, především stabilizace jejich vlastností vytvořením kongenních kmenů na genetickém pozadí standardního inbredního kmene C57BL/6J (B6). Kongenní kmen je speciální inbrední kmen, na jehož definované genetické pozadí je deseti- generačním protokolem zpětných křížení přenesen tzv. diferenciální chromozomální segment. Během šlechtění kongenů se v rámci orientačního měření váhy objevovaly výraznější rozdíly ve váze těla myší...
|
|
| |
host ::
RSS.