|
|
Typing of bacterial populations based on methylation site detection
Hlavatá, Kristína ; Sedlář, Karel (referee) ; Škutková, Helena (advisor)
Táto bakalárska práca sa zameriava na detekciu metylácií DNA a vývoj metodiky typizácie bakteriálnych kmeňov. DNA metylácie hrajú kľúčovú úlohu ako regulačný mechanizmus v genóme, ktorý ovplyvňuje konečné vlastnosti organizmov. Použili sme DeepSignal2 na detekciu metylačných vzorov v 10 kmeňoch Klebsielly pneumoniae. Okrem toho sme navrhli metódu typizácie na základe identifikovaných metylácií pre kategorizáciu bakteriálnych kmeňov. Táto práca prispieva k zlepšeniu našeho chápania regulačných mechanizmov v bakteriálnych genómoch a predstavuje nový prístup k typizácii kmeňov pomocou vzorov metylácie DNA. Poskytuje cenné poznatky o charakterizácii a klasifikácii bakteriálnych kmeňov na základe ich metylómov.
|
|
|
Antibiotic resistance profile determination in hybrid assembled bacterial genomes
Dzurčaninová, Natália ; Škutková, Helena (referee) ; Nykrýnová, Markéta (advisor)
Antibiotická rezistencia je vážny problém vo väčšine spôsobený zmenami v bakteriálnom genóme. Získavanie a uchovávanie spoľahlivých bakteriálnych genomických dát je preto nevyhnutné pre štúdium mechanizmov a prenosu antibiotickej rezistencie. Táto práca popisuje bakteriálny genóm, antibiotickú rezistenciu a nástroje pre jej identifikáciu spolu s procesmi nevyhnutnými pre zisk genómov, sekvenáciu a skladanie. Sústreďuje sa na hybridné skladanie genómov spravidla vysoko rezistentných baktérií Klebsiella pneumoniae a ich nasledujúcich analýz. Cieľom týchto analýz je skonštruovať profily antibiotických rezistencií a určiť fylogenetickú príbuznosť genómov.
|
|
|
Typing of bacterial populations based on methylation site detection
Hlavatá, Kristína ; Sedlář, Karel (referee) ; Škutková, Helena (advisor)
Táto bakalárska práca sa zameriava na detekciu metylácií DNA a vývoj metodiky typizácie bakteriálnych kmeňov. DNA metylácie hrajú kľúčovú úlohu ako regulačný mechanizmus v genóme, ktorý ovplyvňuje konečné vlastnosti organizmov. Použili sme DeepSignal2 na detekciu metylačných vzorov v 10 kmeňoch Klebsielly pneumoniae. Okrem toho sme navrhli metódu typizácie na základe identifikovaných metylácií pre kategorizáciu bakteriálnych kmeňov. Táto práca prispieva k zlepšeniu našeho chápania regulačných mechanizmov v bakteriálnych genómoch a predstavuje nový prístup k typizácii kmeňov pomocou vzorov metylácie DNA. Poskytuje cenné poznatky o charakterizácii a klasifikácii bakteriálnych kmeňov na základe ich metylómov.
|
|
|
Antibiotic resistance profile determination in hybrid assembled bacterial genomes
Dzurčaninová, Natália ; Škutková, Helena (referee) ; Nykrýnová, Markéta (advisor)
Antibiotická rezistencia je vážny problém vo väčšine spôsobený zmenami v bakteriálnom genóme. Získavanie a uchovávanie spoľahlivých bakteriálnych genomických dát je preto nevyhnutné pre štúdium mechanizmov a prenosu antibiotickej rezistencie. Táto práca popisuje bakteriálny genóm, antibiotickú rezistenciu a nástroje pre jej identifikáciu spolu s procesmi nevyhnutnými pre zisk genómov, sekvenáciu a skladanie. Sústreďuje sa na hybridné skladanie genómov spravidla vysoko rezistentných baktérií Klebsiella pneumoniae a ich nasledujúcich analýz. Cieľom týchto analýz je skonštruovať profily antibiotických rezistencií a určiť fylogenetickú príbuznosť genómov.
|
|
|
Advanced Computational Methods for Increasing the Discriminatory Power of Genotyping Methods
Nykrýnová, Markéta ; Budinská, Eva (referee) ; Hrabák,, Jaroslav (referee) ; Škutková, Helena (advisor)
Tato disertační práce je zaměřena na vytvoření nových výpočetních metod, které zvýší diskriminačních schopnost genotypizačních metod. Hlavní důraz je kladen na odlišení blízce příbuzných bakterií, které pocházejí například z jedné nemocnice či jednoho oddělení. V první části práce jsou popsány současné typizační metody a jsou představeny nové postupy pro identifikaci genetických markerů s vysokou mírou sekvenční variability, pomocí kterých lze lépe rozlišit bakteriální populaci. Navržené metody jsou založeny na výpočtu signálů entropie a analýze nenamapovaných čtení. Druhá část práce se zabývá návrhem nových metod zpracování surových dat z nanopórového sekvenování, které lze použít pro rychlou vysoce citlivou typizaci bakterií bez nutnosti převádět proudové signály na nukleotidové sekvence. Předložená práce přispívá ke zlepšení a zpřesnění rutinně používaných typizačních metod pomocí navržených bioinformatických postupů a představuje unikátní přístup využití doposud experimentální techniky nanopórového sekvenování pro rychlou genotypizaci a analýzu bakterií.
|
|
|
Metagenomic analysis of child gut microbioma
Zourková, Tereza ; Škutková, Helena (referee) ; Bartoň, Vojtěch (advisor)
The thesis is focused on the influence of the metagenome on child growth and the reasons for the usefulness of investigating the consequences of changes in the human intestinal microbiome. It also describes the general problematics of the microbiome and the history of its studies. The composition of the human intestinal microbiome and the connection with the immune system or, for example, hormone production, are also described here. The thesis also contains information on some methods of metagenome analysis, namely microscopic methods using previous cultivation, mass spectrometry and sequencing methods. The data analysis procedure using various bioinformatics software, with which the data were appropriately pre-processed, is also described here. Filtered data in this way are ready for the following metagenome profiling, which is also described here. At the end of the thesis, the profiling results are evaluated, based on which the course of changes in the microbiome during the aging of the child are estimated, which is the main goal of this bachelor's thesis.
|
|
|
Mobile application for electrophoretic gel image processing
Mojžišová, Anna ; Čejková, Darina (referee) ; Škutková, Helena (advisor)
Analýza obrazů 1D gelové elektroforézy je klíčovým krokem ve výzkumu molekulární biologie a umožňuje identifikaci a kvantifikaci proteinů, fragmentů DNA a dalších molekul. Tradiční proces analýzy však může být časově náročný a vyžaduje specializovaný software a vybavení. Tato bakalářská práce představuje nové řešení tohoto problému zavedením mobilní aplikace, která pomáhá při analýze obrazů 1D gelové elektroforézy. Aplikace poskytuje uživatelsky přívětivé rozhraní a sadu výkonných nástrojů pro zpracování obrazu, , segmentaci drah, detekci proužků a aproximaci molekulové hmotnosti. Navrhované metody byly podrobně testovány na sadě různých gelových snímků a výsledky ukazují, že aplikace dokáže přesně a efektivně analyzovat elektroforetické snímky. Přenosnost aplikace umožňuje výzkumným pracovníkům provádět analýzy na cestách, čímž se snižuje čas a náklady spojené s tradičními metodami analýzy. Tato mobilní aplikace představuje pohodlný a praktický nástroj pro výzkumné pracovníky i lékaře, díky němuž je analýza elektroforetických obrazů dostupnější a efektivnější.
|
|
| |
|
| |
|
|
Bacterial Pan-Genome Analysis
Lorková, Ema Marta ; Škutková, Helena (referee) ; Nykrýnová, Markéta (advisor)
This bachelor thesis deals with pan-genome analysis for bacterial populations. The first part specifies genome, pseudogenes, bacteria and its genome, and pan-genome including its components. Following part introduces four tools for pan-genome analysis. Testing of these tools against specific bacterial genome and their comparison is mentioned in practical part. Lastly, an algorithm is implemented for creating new pipeline, and a code and obtained results are described.
|
guest ::
