|
|
Příprava a využití kyselých proteáz pro štěpení proteinů v experimentech H/D výměny.
Kukla, Jan ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent)
- 4 - Abstrakt Vodík/deuteriová výměna ve spojení s hmotnostní spektrometrií (HX-MS) využívá spontánní výměny amidických vodíků proteinové páteře za atomy deuteria z roztoku k získání informace o změnách v proteinové struktuře. Pro lokalizaci těchto změn na konkrétní oblasti proteinu je nejčastěji využívána enzymatická digesce zkoumaných proteinů aspartátovými proteasami. Schopnost proteas produkovat malé překrývající se peptidy, které dostatečně pokrývají celou proteinovou sekvenci, je zásadní pro lokalizaci konkrétních oblastí, které nás v proteinu zajímají. V této práci byly připraveny rekombinantní proteasy nepenthesin I (z Nepenthes gracilis) a rhizopuspepsin (z Rrizopus chinensis) a byly srovnány s komerčně dostupnými proteasami prasečím pepsinem A a aspergillopepsinem (z Aspergillus saitoi). Porovnání bylo provedeno aktivitními testy, kdy byl zkoumán vliv pH, teploty a denaturačních a redukčních činidel na stabilitu a ktivitu proteas v roztoku. Všechny čtyři proteasy byly imobilizovány na polymerní nosič POROS a jejich aktivita v online HX-MS uspořádání byla testována štěpením myoglobinu jako modelového substrátu.
|
|
| |
|
|
Biotické a abiotické faktory ovlivňující půdní respiraci na výsypkách po těžbě uhlí
Kopecký, Tomáš ; Frouz, Jan (vedoucí práce) ; Kukla, Jaroslav (oponent)
Cílem práce je objasnění hlavních zdrojů CO2 unikajícího z půdy výsypek rekultivovaných a nerekultivovaných ploch v Sokolovském okrese (Česká republika) a popis jejich časoprostorové dynamiky v průběhu celého roku. Data byla získána pomocí terénního experimentu probíhajícího od února 2018 do února 2021, při kterém byla měřena půdní respirace na rekultivovaných a nerekultivovaných plochách. Na rekultivovaných plochách souvisela respirace s teplotou, přítomností kořenů a vegetační sezónou. Na sukcesních plochách byl významný vliv teploty nikoli však kořenů a vegetační sezóny. Na sukesních plochách byli pozorovány náhlé ojedinělé výskyty vysokých hodnot toku CO2 z půdy, časté zejména mimo vegetační sezónu v chladnějších částech roku. To vedlo k domněnce, že mohou mít abiotický původ. Pro získání dat o původu půdního toku CO2 v zimním období byl zaveden laboratorní experiment zkoumající vliv zamrzání půdy na respiraci. Ukázalo se, že i sterilní hlušina uvolňuje CO2, a toto uvolňování je posíleno zmražením, což podporuje teorii o abiotickém původu zimních epizod s vysokou produkcí CO2. Dále byla vypracována rešerše popisující vlivy působící na půdní respiraci a její zapojení do globálního toku uhlíku.
|
|
|
Biochemické markery funkce půdního mikrobiálního společenstva a vliv antropogenního stresu
Kukla, Jaroslav ; Frouz, Jan (vedoucí práce) ; Hruška, Jakub (oponent) ; Novotný, Čeněk (oponent)
Půdní mikrobiální společenstvo zásadním způsobem ovlivňuje ekosystémové procesy v globálním měřítku. Antropogenní stres má na složení, biomasu i aktivitu mikrobiálního společenstva podstatný vliv. Tento vliv je navíc závislý nejen na povaze antropogenního působení, ale i na environmentálních podmínkách. Při sledování změn v mikrobiálním společenstvu lze s výhodou použít moderních analytických a molekulárních metod, mezi něž patří použití biochemických markerů. Tyto metody nesledují společenstvo přímo, ale pomocí detekce látek, které jsou jimi vylučované, přeměňované a v neposlední řadě i těch, jenž jsou jejich součástí. Množství těchto biochemických markerů odráží biomasu, kondici a taxonomické složení konkrétního mikrobiálního společenstva. V předkládané práci byly tyto markery použity pro sledování reakce mikroorganismů v různých ekosystémech ovlivněných přímo či nepřímo činností člověka. Výsledky disertační práce jsou prezentovány ve čtyřech článcích, z nichž tři byly publikovány v mezinárodních časopisech s IF a jeden je připraven ve formě rukopisu k publikování. První publikace prezentuje výsledky výzkumu vlivu tradičního zemědělství na Papui-Nové Guinei na mikrobiální společenstvo půdy, půdní organickou hmotu a půdní živiny. S výjimkou dostupného P nebyly nalezeny signifikantní rozdíly mezi...
|
|
|
Autotrofní a heterotrofní respirace půd
Kopecký, Tomáš ; Frouz, Jan (vedoucí práce) ; Kukla, Jaroslav (oponent)
Cílem této studie je popsat autotrofní a heterotrofní respiraci půd na rekult ivo vaných a nerekult ivo vaných plochách poblíž Soko lova (Česká republika) po mocí jeden rok dlouhého výzku mu na výsypkách a záro ve ň přinést lit erární rešerši na toto téma. Bylo zjištěno, že teplota i rozdíly mezi plochami mají stat ist ick y významný vliv na resp iraci, a le při teplotě ko lem 0o C na nereku lt ivo vaných plochách dochází k velkému nárůstu respirace. Tento jev je potřeba podrobit dalšímu výzkumu který ná m umožní popsat dyna miku přirozeného vývo je ekosyst émů na důlních výsypkách. Teplota neměla stat ist icky významný vliv na resp irac i na nerekult ivo vaných výsypkách, což poukazu je na limitaci jiným faktorem.
|
|
|
Závěrečná zpráva 2017 o výzkumu výsypek v okolí Sokolova na základě dohody mezi ENKI ops a Ústavem půdní biologie BC AV ČR.
Frouz, Jan ; Mudrák, Ondřej ; Kučera, J. ; Tejedor, Javier ; Kaneda, S. ; Reinshmitová, E. ; Šimáčková, H. ; Albrechtová, J. ; Lhotáková, Z. ; Kukla, J. ; Kopecký, T. ; Vindušková, O. ; Moradi, J. ; Vicentini, Fabio ; Benetková, P. ; Pižl, Václav ; Tajovský, Karel ; Starý, Josef
Zpráva přináší souhrn výsledků výzkumu obnovy půd a ekosystémů na území postiženém těžbou nerostů na Sokolovsku na základě dohody mezi ENKI ops a Ústavem půdní biologie BC AV ČR za rok 2017.
|
|
|
Konstrukční řešení tenzometrické měřicí hlavy
Kukla, Jan
Hlavním cílem mé diplomové práce je navržení konstrukce tenzometrické měřící hlavy. Tato konstrukce umožňuje testování plováku v bazénu a ulehčí práci lidské obsluhy. Měřením se zjistí fyzikální vlastnosti plováku. Konstrukce je namontovaná na robotu KUKA. Zvolil jsem vhodný snímač single-point, pro měření vztlakové a tahové síly plováku na hladině. Tenzometrický snímač disponuje krytím IP67. Materiál nosné konstrukce je ze slitiny hliníku od firmy MayTec. Snímače jsou umístěny v ose těžiště plováku, který jsem experimentálně vypočítal. Z mých zkušeností, chování plováku na hladině v provozu a pod zatížením, lze očekávat změnu polohy těžiště. Konstrukce je pro tento případ přizpůsobena. Výsledným produktem je lehká a odolná konstrukce s přesnými snímači a nízkou cennou.
|
|
|
Příprava a využití kyselých proteáz pro štěpení proteinů v experimentech H/D výměny.
Kukla, Jan ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent)
- 4 - Abstrakt Vodík/deuteriová výměna ve spojení s hmotnostní spektrometrií (HX-MS) využívá spontánní výměny amidických vodíků proteinové páteře za atomy deuteria z roztoku k získání informace o změnách v proteinové struktuře. Pro lokalizaci těchto změn na konkrétní oblasti proteinu je nejčastěji využívána enzymatická digesce zkoumaných proteinů aspartátovými proteasami. Schopnost proteas produkovat malé překrývající se peptidy, které dostatečně pokrývají celou proteinovou sekvenci, je zásadní pro lokalizaci konkrétních oblastí, které nás v proteinu zajímají. V této práci byly připraveny rekombinantní proteasy nepenthesin I (z Nepenthes gracilis) a rhizopuspepsin (z Rrizopus chinensis) a byly srovnány s komerčně dostupnými proteasami prasečím pepsinem A a aspergillopepsinem (z Aspergillus saitoi). Porovnání bylo provedeno aktivitními testy, kdy byl zkoumán vliv pH, teploty a denaturačních a redukčních činidel na stabilitu a ktivitu proteas v roztoku. Všechny čtyři proteasy byly imobilizovány na polymerní nosič POROS a jejich aktivita v online HX-MS uspořádání byla testována štěpením myoglobinu jako modelového substrátu.
|
|
|
Hodnocení vlivu návštěvnosti na vybrané jeskyně s využitím GIS
Kukla, Jaroslav ; Matějíček, Luboš (vedoucí práce) ; Frouz, Jan (oponent)
Jeskyně představují cenné lokality z geologického, paleontologického i biologického hlediska. Jsou významnými biotopy vzácných a ohrožených druhů. Jejich ekosystém bývá zcela specifický a často velice nezávislý na okolním prostředí. Proto jsou jeskyně již od počátků přírodních věd předmětem výzkumů a postupně také předmětem ochrany. Jeskyně mohou být rovněž velice atraktivními cíli cestovního ruchu. V České republice existuje 14 veřejnosti zpřístupněných krasových jeskyní, které mají regulovanou návštěvnost, a jejich provoz je podřízen zájmům ochrany přírody. Na druhou stranu existuje také celá řada jeskyní, které nejsou nikterak zabezpečeny a mohou se stát cílem neregulovaného turismu. Tato diplomová práce pojednává o hodnocení a vlivu návštěvnosti na nekrasové jeskyně v Národní přírodní rezervaci Kaňon Labe, které jsou volně přístupné. Práci jsem rozdělil do tří dílčích částí. V první části jsem se zabýval kvantifikací návštěvnosti všech jeskyní v zájmovém území. Na základě získaných dat jsem provedl užší výběr jeskyní, kterým jsem se později věnoval podrobněji. V druhé části práce jsem se zaměřil na získání informací o návštěvnících a jejich motivacích pomocí anketního šetření provedeného ve vybraných jeskyních. Ve třetí části jsem se pokusil analyzovat dopady návštěvnosti na prostředí jeskyně a...
|
|
|
Funkční analýza podjednotek rostlinného Arp2/3 komplexu
Kukla, Jakub ; Schwarzerová, Kateřina (vedoucí práce) ; Honys, David (oponent)
1. Abstrakt ARP2/3 komplex je velmi dobře prostudovaný v případě živočichů, hraje klíčové úlohy v motilitě buněk a nitrobuněčných organel. Jeho defekty jsou spojeny s těžkými růstovými poruchami a letalitou u postižených buněk. Naproti tomu u rostlin nebyl zjištěn tak dramatický fenotyp mutací v ARP2/3 komplexu jako u živočichů. Je možné, že právě rozdílný způsob života rostlin a živočichů, přispívá k odlišným strategiím využití buněčného cytoskeletu, jehož je ARP2/3 komplex součástí. Tento vysoce konzervovaný komplex 7 proteinů je od kvasinek až po člověka využíván především k tvorbě aktinových vláken de novo, jeho pomocí vznikají složité aktinové sítě a někteří parazité jsou schopny jeho nukleační schopnosti, spojené s aktinem, zneužívat k aktivnímu pohybu uvnitř hostitelské buňky. Jelikož rostliny obklopuje buněčná stěna,bránící tak jejich aktivnímu pohybu, zároveň poskytující buňkám oporu a udělující tvar, bylo by nasnadě přemýšlet o tom, zda by ARP2/3 komplex v rostlinách mohl zastupovat i jiné funkce, které u živočichů neznáme. Pokud uvažujeme o odlišné životní strategii rostlin a živočichů, nemůžeme přehlédnout i to co obě říše spojuje. Tedy potřeba udržování integrity vezikulárního transportu a endomembránových procesů. Bez aktinové a tubulinové sítě by tyto procesy nemohly probíhat. Ovšem vzhledem...
|
host ::
RSS.