|
|
Molecular modelling in drug development
Kolář, Michal ; Hobza, Pavel (vedoucí práce) ; Vondrášek, Jiří (oponent) ; Clark, Tim (oponent)
Molekulové modelování představuje etablovaný nástroj vědeckého výzkumu a nachází stále větší uplatnění i při návrhu léčiv. Disertační práce shrnuje výzkum počítačových metod pro popis flexibility molekul a mezimolekulových interakcí. Práce obsahuje sedm původních publikací a doprovodný text, jež si klade za cíl uvést čtenáře do problematiky molekulových simulací a vysvětlit souvislosti s počítačovým návrhem léčiv. Část o molekulové flexibilitě zahrnuje studii interakcí malé molekuly s DNA, a dále dvě studie o významu konformačních změn pro solvatační energie malých molekul. Přístup, jež flexibilitu molekul zcela zanedbává a molekuly považuje za rigidní ob- jekty, je detailně zkoumán a srovnávám s experimentálními daty s ambicí navrhnout možnosti, jak konformační volnost molekul do výpočtů zahrnout v případech, kdy je to nevyhnutelné. V druhé části jsou představeny mezimolekulové interakce halogen- ovaných molekul a je zdůrazněna jejich role v medicinální chemii. Následně je zave- den nový počítačový model, jež umožňuje zjednodušený popis těchto interakcí; jeho kvalita a limity jsou testovány porovnáním výpočtů s referenčními ab initio a experi- mentálními údaji. 1
|
|
|
Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico experiment
Kolář, Michal
Author: Michal Kolář The Role of London Dispersion Forces in DNA structure stability: in silico experiment By means of computer simulations the role of the dispersion forces was elucidated. The free energy calculations obtained from the biased molecular dynamics and the simulations of the Dickerson's dodecamer of DNA suggested that the dispersion forces are important for the structure determination. While the overall aggregation of the DNA strands is attributed to the hydrophobic effect of the surrounding water, the particular conformation of the DNA, i.e. double helix, is claimed to be stabilised by London dispersion forces. These conclusions are with agreement with the previous theories. Keywords: dispersion force, DNA, molecular dynamics, hydrophobic effect, free energy Author: Michal Kolář Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico exper- iment Pomocí metod výpočetní chemie byla vyšetřována úloha disperzních sil ve stabilitě struk- tury DNA. Za účelem určení volné energie asociace bazí nukleových kyselin ve vodném prostředí byly provedeny molekulově dynamické simulace na pozměněné potenciálové hy- perploše a tyto výsledky byly porovnány se simulacemi Dickersonova dodecameru. Dis- perzní energie byla shledána jako důležitá komponenta...
|
|
| |
|
|
Využití konceptu safe harbour pro stanovení převodních cen
Kolář, Michal ; Heřman, Jan (vedoucí práce) ; Dvořáček, Jiří (oponent) ; Kapoun, Vítězslav (oponent)
Daňové správy po celém světě vycházejí poplatníkům vstříc a nabízejí jim možnost nastavit systém převodních cen podle předem dohodnutých kritérií. Když poplatník kritéria splní, správce daně cenové nastavení transakce nebude rozporovat. Jakékoli předem definované uspořádání vedoucí k uznání systému převodních cen ze strany správce daně lze označit jako tzv. safe harbour. Během zkoumání současných zdrojů bylo zjištěno, že není k dispozici žádný relevantní výzkum zaměřený na posouzení vhodnosti zavedení konceptu safe harbour pro podniky a vlády. Zároveň také OECD nepracuje s daty, která by přesvědčivě dokazovala dopad regulace v oblasti převodních cen na chování společností. Z tohoto důvodu byl proveden výzkum v této oblasti se zaměřením na zjištění potenciálu konceptu safe harbour ovlivnit daňové odvody podniků ve skupině. Finanční údaje byly získány z databáze Amadeus. Dopad zavedení konceptu safe harbour byl posuzován na vývoji časových řad zdanění srovnatelných společností. Jako nejvhodnější metoda pro seskupení společností byla vybrána shluková analýza.
|
|
|
Secí stroje: příprava výukového materiálu
KOLÁŘ, Michal
Tato bakalářská práce je zaměřena na secí stroje a jejich problematiku. Cílem bakalářské práce je příprava učebního textu pro studenty zemědělské techniky. V první části je uveden historický vývoj secích strojů, agrotechnické požadavky na ně a také popis základních částí, ze kterých se secí stroje skládají. Další část bakalářské práce je věnována nejvýznamnějším výrobcům secích strojů, které jsou dostupné na českém trhu. V závěru práce jsou tyto stroje porovnány. Kritérium pro porovnávání je pracovní záběr 6 metrů.
|
|
| |
|
| |
|
|
Bezpečnostní aplikace na platformě Apple iOS
Kolář, Michal ; Martinásek, Zdeněk (oponent) ; Hajný, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá zabezpečením operačního systému iOS. Popisuje mechanismy, které ručí za bezpečnost celého systému souborů i soukromých souborů uživatele. Dále popisuje mechanismy pro autentizaci uživatele a pro ověřování důvěryhodnosti third-party aplikací. V praktické části popisuje instalaci vývojového prostředí Xcode a~seznamuje čtenáře s~jeho pracovním prostředí. Praktická část je zaměřena na tvorbu programu, který bude implementovat krytografický protokol. Zahrnuje také práci s dalšími přídavnými knihovnami, které budou potřebné pro vytvoření aplikace. Výstupem programu bude generování QR kód, který bude přenášet všechny požadované hodnoty kryptografického protokolu
|
|
| |
|
|
Entropický generátor náhodných čísel
Kolář, Michal ; Číž, Radim (oponent) ; Burda, Karel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá problematikou generování náhodných čísel pomocí entropických generátorů. V rámci studie jsou popsány a vysvětleny zdroje entropie dostupné na počítači a popsány metody zjišťování jejich entropie. V práci jsou také rozebrány základní operace využívané při jejich konstrukci, návrh celého konceptu řešení daného generátoru pro osobní počítač podle doporučení NIST a následné způsoby jeho testování.
|
host ::
RSS.