|
| |
|
|
Molecular mechanisms of Diamond-Blackfan anemia
Handrková, Helena ; Petrák, Jiří (vedoucí práce) ; Šebela, Marek (oponent) ; Trka, Jan (oponent)
Diamondova-Blackfanova anémie (DBA) je vzácný vrozený syndrom, jehož hlavními příznaky jsou normochromní makrocytická anémie a retikulocytopenie (selektivní de- ficience erythroidních prekurzorů). Přibližně polovina pacientů vykazuje další somat- ické anomálie a zpomalený růst. Terapie je symptomatická, ve většině případů jsou podávány kortikosteroidy. Na počátku této práce byly známy jen dva geny kauzální pro DBA, a sice geny kódující ribosomální proteiny (RP) S19 a S24, a jejich mutace byly nalezeny u čtvrtiny pacient s DBA. Cíli mého výzkumu bylo popsat důsledky těchto kauzálních mutací na úrovni buňky a najít další kauzální geny. Doposud byla u více než poloviny pacientů nalezena mutace v jednom z devíti genů kódujících ribosomální proteiny, včetně RPS17, RPL11 a RPL5, které jsou předmětem této disertační práce. Dále jsme studovali význam jedné vzácné sekvenční varianty ner- ibosomálního proteinu, který se účastní biogeneze ribosomů, protein arginin methyl- transferasy 3 (PRMT3). Varianta PRMT3 nalezená u jednoho z našich DBA pacientů nebyla plně funkční, ale její kauzální roli pro DBA jsme nepotvrdili. Naše poznatky přispěly k rozšíření spektra známých genů kauzálních pro DBA a podpořily hypotézu, že mechanismus patogeneze tohoto onemocnění spočívá v ribosomálním defektu. Klíčová slova...
|
|
|
Proteomika biologických tekutin
Jarkovská, Karla ; Kovářová, Hana (vedoucí práce) ; Petrák, Jiří (oponent) ; Ulčová-Gallová, Zdeňka (oponent)
Civilizační choroby se každým rokem stávají pro lidstvo větší hrozbou. Nejen, že ohrožují životy jedinců, neplodnost také ovlivní šance každého jedince na svou reprodukci. Srdeční choroby, rakovina a degenerativní choroby v současnosti celosvětově zapříčiňují většinu úmrtí, přičemž tato civilizační onemocnění obvykle potřebují delší období, aby se staly příčinou smrti. Sekretované proteiny mohou nést důležité informace o buňce, stejně jako o stavu tkání tvořených buňkami původu daného proteinu. Zároveň mohou být po těle šířeny prostřednictvím tělních tekutin, které lze v případě potřeby snadno získat pro podrobné studie. Tyto sekretované proteiny jsou stejně jako proteiny buněčné často předmětem zájmu proteomických studií a odhalení změn v hladinách jednotlivých proteinů nás může vést nejen k novým poznatkům ohledně molekulárních mechanismů chorob, proteinům použitelným jako terapeutické cíle, ale také k molekulám použitelným pro diagnostické a prognostické účely - biomarkerům. Na základě výše uvedených faktů bylo cílem tohoto výzkumu nalézt diferenčně exprimované proteiny, které by mohly: (a) charakterizovat lidskou folikulární tekutinu jakožto mikroprostředí dozrávajícího oocytu za účelem rozšíření znalostí o molekulární podstatě tohoto procesu a vylepšení technik asistované reprodukce; (b) být...
|
|
|
Proteomická analýza jaterního přetížení železem
Myslivcová, Denisa ; Petrák, Jiří (vedoucí práce) ; Kovářová, Hana (oponent) ; Hrkal, Zbyněk (oponent)
V našich experimentech jsme prokázali, že lidské jaterní buňky mění expresi proteinů v důsledku akutního toxického přetížení železem a následně v důsledku oxidativního stresu a že v játrech přetížených železem dochází ke změnám v močovinovém cyklu, metylačním cyklu, oxidaci mastných kyselin a metabolizmu cukrů. Dále jsme zjistili, že pro dědičnou hemochromatózu je typická odlišná jaterní exprese sarkozin dehydrogenázy, selenium binding proteinu 2, glutathion S-transferázy P1, karboxylesterázy 1 a thioredoxin-like proteinu 2. Identifikované proteiny v první a druhé studii přímo nebo nepřímo souvisejí s přetížením modelového organizmu železem. Jiné jsou spíše obecnou odpovědí buňky na stresové podmínky. Jsou to především PDI, enoláza, keratiny, HSP70, GST, GRP78/Bip a podjednotky proteazómu. Tyto proteiny patří mezi nejčastěji identifikované diferenciálně exprimované proteiny v proteomických studiích využívajících 2-DE (Petrak et al., 2008) a jejich expresní změny tedy nelze považovat za změny specifické pro metabolizmus železa či hemochromatózu. Výsledky naší studie nám poskytly nové informace nezbytné pro detailní molekulárních pochopení mechanizmů uplatňujících se v metabolizmu železa, které je podmínkou rozvoje nových postupů v prevenci i terapii onemocnění souvisejících s metabolizmem železa, především...
|
|
|
Proteomická analýza vybraných onkohematologických onemocnění
Pimková, Kristýna ; Petrák, Jiří (oponent)
Oxidative stress is an important factor in carcinogenesis of oncohematological diseases. However its role in the pathogenesis of myelodysplastic syndromes (MDS) remains unclear. In this study, we have determined the oxidative status and evaluated proteomic changes in plasma of MDS patients as a consequence of oxidative dysbalance (oxidative modifications, protein-protein interaction and complex forming). We measured the levels of total cysteine, homocysteine, cysteinyglycine, glutathione, nitrites and nitrates in the plasma from 61 MDS patients and 23 healthy donors using high performance liquid chromatography. Glutathione and nitrites levels reduced significantly while other aminothiols levels increased significantly in plasma of MDS patients. This association with oxidative stress did not correlate with iron overload. We also found enhanced levels of asymmetric dimethylarginine in serums of middle aged patients with MDS that correlate to posttranslational modifications of proteins arginyl residues. Furthermore, carbonylated proteins level was significantly elevated in MDS patients compared to healthy donors. Using mass spectrometry, 5 S-nitrosylated blood platelets proteins were identified in plasma and blood platelets of MDS patients and set of 16 plasma proteins with high probability of...
|
|
| |
|
|
Analýza logistických procesů v dané firmě
Petrák, Jakub ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Zelená, Veronika (oponent)
Tato práce řeší problém rozdělení nákladů mezi přepravované zásilky ve spediční firmě u pronajímaných automobilů. Zaměřuje se na problematiku v oblasti mezinárodních dokládkových přeprav. Cílem práce je vytvoření nového algoritmu, které se bude moci využít v praxi. Vyřešení daného problému vychází z algoritmu, který se používá ve firmě. Vytvořený algoritmus bere v potaz více aspektů, které jsou nutné pro správný výpočet. Data jsou zpracovávána pomocí programu Microsoft Excel. Řešení umožňuje firmě pohled na to, jak jsou přepravované zásilky ziskové či ztrátové. Pomocí analýzy a srovnání výsledků na případové studii se zjistilo, že v současné praxi se dělají, vinou chybných výpočtů, špatná rozhodnutí. Na základě analýzy je možné porovnat výsledky rozpočítaných nákladů. Algoritmus a jeho výsledky umožní firmě dělat správná rozhodnutí, především v oblasti obchodu. Přínosem této práce je aplikování nové metody výpočtu do praxe.
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.