|
|
Úloha transportérů ABC a MFS v lékové rezistenci patogenních kvasinek rodu Candida
Chaun, Martin ; Sychrová, Hana (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent)
Patogeny a jejich hostitelé vedou mezi sebou odvěkou bitvu o své přežití. Neustále dochází k vývoji nových strategií, jak porazit svého protivníka, a protistrategií, jak se svému soku ubránit. Poslední dobou se v důsledku zvýšeného užívání léků patogeny přizpůsobují výskytu těchto látek v prostředí a čím dál častěji na léčbu přestávají odpovídat, vzniká stav lékové rezistence. Postupně se zvyšující léková rezistence se týká i nejčastějších původců mykotických infekcí rodu Candida. Jedním z mechanismů, kterým jsou organismy schopny odolat účinkům toxických látek, je jejich transport ven z buňky pomocí membránových transportních proteinů. Tyto transportéry jsou v případě rodu Candida členy proteinových nadrodin ABC a MFS. Tato práce představuje proteiny ABC a MFS, jež se podílí na vylučování léčiv u čtyř druhů kandid, konkrétně u druhů Candida albicans, Candida glabrata, Candida parapsilosis a Candida auris.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Proteomická analýza organel parazitických protist
Jedelský, Petr ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Kolářová, Libuše (oponent) ; Půta, František (oponent)
Rozvoj technologií pro sekvencování DNA přinesl technologický zlom, díky němuž bylo možné provést analýzu kompletních genomů, včetně parazitických protist Trichomonas vaginalis a Giardia intestinalis , které jsou tradičně studovány nejen z důvodu jejich klinického významu, ale rovněž z evolučního úhlu pohledu pro jejich adaptaci na anaerobní způsob metabolismu. Samotné dokončení sekvencování genomu a anotace predikovaných proteinových sekvencí nepřineslo detailní vhled do fungování organel odvozených od mitochondrie, jimiž jsou v případě G. intestinalis mitosomy, které se nepodílejí na energetickém metabolismu, a v případě T. vaginalis hydrogenosomy, které produkují molekulární vodík a produkují ATP substrátovou fosforylací. Tradiční metody výzkumu těchto organel založené na frakcionaci pomocí ultracentrifugace v hustotním gradientu a následné biochemické a enzymologické analýzy byly doplněny o metody jedno a dvoudimenzionální elektroforézy s následnou identifikací proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie. V této práci byly použity metody...
|
|
|
CSL proteins of Schizosaccharomyces pombe
Převorovský, Martin ; Půta, František (vedoucí práce) ; Dvořák, Michal (oponent) ; Kořínek, Vladimír (oponent)
Souhrn Transkripčnífaktory rodiny cSL jsou esenciální pro ontogenetickývyvoj mnohobuněěnýchživočichů,zejména díkysvéúlozev signálnídrázeNotch' Nalezli jsme dvě nové třídy genůCSL u několika druhůhub (Fungi), což jsou organizny, kterédráúruNotch nemají.Abychom objasnili funkci rodiny CSL u houbovýchorganizmů,experimenúí|ně jsme charakterizovalicbfll* a cbfl2*, geny CSL zkvasinky Schizosaccharomycespombe. Naše rnýsledkyukazuji, že se jedná o skutečnéčleny rodiny CsL. oba geny jsou neesenciální;nají odlišnéexpresníprofily a kódujíjademé proteinyseschopnostíaktivovattranskripci.Prokazalijsme,že cbfl l specifickyrozeznáváin vitro kanonickýcíloý element zněmý pro metazoá|níhomology (GTGryGGAA)' Delece cbfll- rnáza následekrůstovédefektya změnyv morfologii kvasinkoých kolonií.Dále jsme zjistili, žeCbfl | a Cbf12 hrajíopaěnérole v buněčnéadhezia v jadernéma buněčném dělení a jejich vzájemnékoordinaci. Narušenírovnováhy těchto dvou proteinůvede k defektůmv separacibuněk po dělení,k fenoýpu ,,c|It,,a abnormálnídiploidizaci.Našedata dokládají,Že proteiny CSL fungujív organimru, kteý je evolučněstaršínež dráha Notch, coŽ by mělo přispět k pochopenífunkcerodinyCSL v metazoích. 4
|
|
|
Prp45 v regulaci exprese paralogních genů TUB1 a TUB3 v S. cerevisiae
Cihlářová, Zuzana ; Půta, František (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Prp45 je esenciální sestřihový faktor kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Lidský ortholog Prp45 - protein SNW1/SKIP - je zapojen do regulace sestřihu pre-mRNA a pravděpodobně ovlivňuje proces transkripce a modifikace histonů. Naše laboratoř odhalila genetické interakce sestřihového faktoru Prp45 nejen s proteiny zahrnutými v sestřihu pre-mRNA, ale rovněž také s faktory důležitými pro elongaci transkripce a s efektory chromatinových modifikací. Naše předběžné výsledky tak naznačují, že by protein Prp45 mohl sloužit jako faktor propojující sestřih, transkripci a stav chromatinu u S. cerevisiae. Prvním cílem této diplomové práce bylo prozkoumat roli intronů v regulaci genové exprese paralogních genů TUB1 a TUB3, a zda je tato regulace závislá na sestřihu. Pomocí kvantitativní PCR jsem zjistila, že exprese paralogních genů TUB1 a TUB3 není závislá na přítomnosti jejich intronů a ani na funkčním sestřihu. Druhým cílem této diplomové práce bylo zjistit potenciální úlohu proteinu Prp45 v regulaci chromatinového stavu. Pro tento účel jsem zavedla systém β-estradiolem indukované exprese značeného histonu H3 a následně jsem metodou chromatinové imunoprecipitace měřila inkorporaci tohoto histonu do nukleozomů. I přes nedostatečnou průkaznost výsledky naznačují, že by mutace prp45(1-169) mohla zvyšovat dynamiku...
|
|
|
Je sestřih pre-mRNA v kvasince S. cerevisiae procesem ko- nebo posttranskripčním?
Cihlářová, Zuzana ; Půta, František (vedoucí práce) ; Kozáková, Eva (oponent)
Donedávna se pohlíželo na sestřih a transkripci jako na téměř nezávislé procesy. Dnes však řada studií přináší mnoho důkazů o jejich propojení, a to i u kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Propojení těchto procesů je zprostředkováno zejména C-terminální doménou RNA polymerázy II, kterou tvoří tandemově se opakující heptapeptidové sekvence - YSPTSPS. Aminokyselinové zbytky heptapeptidové sekvence jsou v průběhu transkripce specificky fosforylovány, což reguluje samotný průběh transkripce a vazbu faktorů, mj. nezbytných pro úpravu vznikajícího transkriptu. Úpravy primárního transkriptu tak probíhají u vyšších eukaryot zejména kotranskripčně, tzn. před ukončením transkripce a uvolněním funkční mRNA. Názor na problematiku kotranskripčního sestřihu se u S. cerevisiae v posledních letech značně měnil. Nicméně dnes se pohlíží na sestřih pre-mRNA většiny genů S. cerevisiae jako na kotranskripční proces. RNA polymeráza II zpomaluje v oblasti terminálního exonu, což poskytuje jednotlivým komponentám spliceosomu dostatek času pro jejich sestavení na pre-mRNA a pro katalýzu sestřihu ještě před dokončením transkripce. Klíčová slova: kotranskripční sestřih, RNA polymeráza II, Saccharomyces cerevisiae, U snRNP, spliceosom, pre-mRNA
|
host ::
RSS.