|
|
Analysis and mapping of binding sites of gene expression regulators in the genus of Streptomyces.
Šmídová, Klára ; Bobek, Jan (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent) ; Kopecký, Jan (oponent)
Streptomycety jsou lékařsky důležité bakterie žijící v půdě, které podléhají morfologickým změnám od spór po vzdušné hyfy a jsou důležitými producenti bioaktivních látek včetně antibiotik. Jejich genová exprese je přísně regulována v časných úrovních transkripce a translace. Během řízení transkripce hrají sigma faktory ústřední roli; modelový organismus Streptomyces coelicolor má ohromujících 65 sigma faktorů. Exprese sigma faktorů samotných je řízena na post-transkripční úrovni působením malých RNA molekul, které modifikují hladinu jejich messengerových RNA. Avšak pouze několik sigma faktorů ve streptomycetách má známé regulony a také jejich regulace prostřednictvím malých RNA molekul nebyla dosud studována. V závislosti na předtím naměřených datech o genové expresi jsme vybrali několik vysoce exprimovaných sigma faktorů. Pomocí mutantních kmenů nesoucích sigma faktory značené HA tagem byly analyzovány regulony dvou důležitých sigma faktorů, SigQ a HrdB, pomocí techniky ChIP-seq. Další sigma faktory byly dále studovány pomocí metody 5 ' a 3' RACE a Northern blottingu, aby se zjistilo, zda mají asRNA. Naše data potvrzují nezbytnost sigma faktoru HrdB během vegetativní fáze růstu. Ukázalo se, že druhý sigma faktor, SigQ, je důležitým regulátorem metabolismu dusíku a regulátorem reakce na osmotický...
|
|
|
Parazitem indukovaná apoptóza u myší infikovaných neuropatogenní schistosomou Trichobilharzia regenti
Parohová, Irena ; Macháček, Tomáš (vedoucí práce) ; Kopecký, Jan (oponent)
Helminti dokáží indukovat apoptózu u imunitních buněk hostitele, a tak potlačit či zmírnit imunitní odpověď. K indukci apoptózy však může docházet nejen u imunitních buněk hostitele, ale i u jiných buněk přítomných v infikovaných tkáních, což přispívá k patologii infekce. Schistosomy jsou známy jako efektivní imunomodulátoři schopní skrze indukci apoptózy zmírnit imunitní odpověď hostitele, což jim zajišťuje přežití v savčím hostiteli. V případě infekce myší ptačí neuropatogenní schistosomou T. regenti dochází k jejímu úhynu vlivem imunitní odpovědi hostitele. Tudíž se zdá, že nedokáže efektivně modulovat imunitní odpověď. Naopak parazitem indukovaná apoptóza u hostitelských buněk přítomných v tkáních infikovaných T. regenti může přispívat k patologii. Proto jsme se rozhodli ověřit, zda je T. regenti schopná u infikovaných myší indukovat apoptózu. Nejprve jsme pomocí TUNEL testu detekovali DNA fragmentaci v zasažených tkáních. To ukázalo, že v infikované kůži 8, 24 a 48 hodin po infekci a míše 14 dní po infekci dochází k DNA fragmentaci. Navíc jsme v míše díky analýze transkriptomických dat pozorovali zvýšenou míru exprese proapoptických genů. Tato pozorování naznačují možnou apoptózu hostitelských buněk vlivem T. regenti v infikovaných tkáních. Poté jsme s využitím průtokové cytometrie detekovali...
|
|
| |
|
|
Struktura, vývoj a funkce mikrobiálních společenstev v odumřelém dřevě
Bernardová, Natálie ; Brabcová, Vendula (vedoucí práce) ; Kopecký, Jan (oponent)
Mrtvé dřevo představuje jeden z nejvýznamnějších rezervoárů uhlíku v lesních ekosystémech. V přirozených lesích je jeho objem vyšší, počítaný na řádově stovky m3 ha-1 , zatímco v hospodářských lesích je jeho objem stanovován pouze v desítkách m3 ha-1 . Na rozdíl od rostlinného opadu nebo půdy, je mrtvé dřevo v prostoru nerovnoměrně rozloženo a má specifické fyzikálně-chemické vlastnosti: vysoký obsah těžce rozložitelných polymerů, nízké množství dusíku a je nepropustné. Tyto vlastnosti negativně ovlivňují rychlost rozkladu, zvláště v jeho počátečních fázích. Díky těmto vlastnostem dochází k jeho velmi pomalému rozkladu mikroorganismy, kumuluje se, a proto představuje hlavní rezervoár živin. Tato diplomová práce je zaměřena na popis struktury, vývoje a funkce houbového společenstva v mrtvém dřevě rozkládajícího se v přirozeném bezzásahovém lese a analýzu některých funkčních vlastností hub podílejících se na rozkladu dřeva. Současně byly popsány změny ve fyzikálně-chemických vlastnostech dřeva jako je pH, obsah uhlíku a dusíku v jednotlivých druzích studovaných stromů, ve 4 věkových třídách - stádiích rozkladu. Pro charakterizaci houbového společenstva na základě ITS2 byla použita metoda sekvenace nové generace (NGS) na platformě Illumina MiSeq. Pro analýzu funkčních vlastností byly houby z tlejících...
|
|
|
Ergothionein a mykothiol v biosyntéze linkosamidů
Seidlová, Bára ; Kameník, Zdeněk (vedoucí práce) ; Kopecký, Jan (oponent)
Specializované mikrobiální metabolity jsou popisovány jako nízkomolekulární bioaktivní látky, které svému producentovi neslouží pro růst, vývoj, ani reprodukci. Do této skupiny látek se řadí také linkosamidy, produkované převážně některými druhy bakterií z rodu Streptomyces. Součástí biosyntézy těchto antibiotik jsou mimo jiné dva nízkomolekulární thioly, ergothionein (ESH) a mykothiol (MSH). Mykothiol v této biosyntetické dráze figuruje jako zdroj síry, zatímco ergothionein tvoří s aminooktosovou jednotkou konjugát, který je jakožto substrát neobvyklého kondenzačního enzymu následně schopný vazby s enzymaticky aktivovanou aminokyselinou. Cílem této práce je izolace substrátu enzymu LmbD - linkomycinového biosyntetického konjugátu ESH a aminooktosy. Dalším cílem je pak studovat propojení metabolismu MSH a ESH s biosyntézou linkosamidů, konkrétně linkomycinu, celesticetinu a intervencinu, které jsou produkovány třemi různými kmeny. Bakteriální kmeny byly kultivovány v laboratorních podmínkách a k jednotlivým analýzám byly použity metody kapalinové chromatografie s UV a MS detekcí, jejichž konkrétní parametry byly vyvinuty a optimalizovány v rámci této diplomové práce. Výsledkem této diplomové práce je purifikovaný konjugát ESH s aminooktosovou jednotkou o hmotnosti 1,39 mg a čistotě 71,4 %. Dále se...
|
|
|
Soil microbial communities in agroecosystems and natural habitats contributing to resistance and resilience of the soil environment
Sarikhani, Ensyeh ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Demnerová, Kateřina (oponent) ; Větrovský, Tomáš (oponent)
Ensyeh Sarikhani Půdní mikrobiální společenstva přispívající k rezistenci a resilienci půdního prostředí v agroekosystémech a na přírodních stanovištích. Souhrn Regulace obecné strupovitosti brambor (CS) zahrnuje rezistentní odrůdy (kultivary), hnojení, zvyšování vlhkosti půdy a chemická ošetření. Přesto tyto postupy nedosahují na různých lokalitách obdobných nebo reprodukovatelných výsledků. Na 32 lokalitách byla provedena monitorovací studie za účelem vyhodnocení vztahu mezi CS a biologickými / chemickými parametry půdy. Byly pozorovány korelace mezi závažností onemocnění a obsahem živin Fe, N a Ca v půdě a peridermu, a mezi závažností onemocnění a množstvím aktinobakterií a celkových bakterií, spolu s determinantem patogenity, genem txtB (biosyntetický gen thaxtominu), rovněž v půdě i v peridermu brambor. Tato zjištění vedla k novým závěrům, které mohou pomoci porozumět vztahům využitelným při kontrole strupovitosti. Přídavky rašeliny a železa chelatovaného DTPA do půdy s vysokým výskytem CS (konduktivní) byly použity v nádobovém pokusu pro zjištění účinků půdní organické hmoty, železa a pH na rozvoj CS. Výsledky byly porovnány s údaji získanými pro půdu z blízkého pole s přirozeně nízkým výskytem CS (supresivní). Přídavky rašeliny i železa snižovaly CS, a kombinace těchto dvou ošetření snižovala...
|
|
|
Řídicí obvody kolejového výtahu
Kopecký, Jan ; Lažek, Tomáš (oponent) ; Huták, Petr (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá mechanickým a elektrickým návrhem pohonu šikmého kolejového stavebního výtahu. Je provedena teoretická rešerše ohledně bezdrátových modulů a řídících jednotek. V návrhu jsou vybrány jednotlivé komponenty a je navrženo celkové zapojení systému vysílače, přijímače a výtahu. Dále je naprogramována logika výtahu v programu Arduino IDE, která umožňuje dálkové ovládání motoru pomocí frekvenčního měniče.
|
|
|
Development of a new sand fly exposure test to evaluate vector control tools
Willen, Laura Adrienne André ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Kopecký, Jan (oponent) ; Valenzuela, Jesus G. (oponent)
V oblasti Středozemního moře je ročně zaznamenáno 1200-2000 nových případů lidské viscerální leishmaniózy. Toto onemocnění je zoonózou působenou parazitem Leishmania infantum a přenášenou flebotomy. Hlavním rezervoárem jsou psi, kteří mohou též onemocnět závažným a chronickým onemocněním, psí leishmaniózou; jedním z hlavních přenašečů je Phlebotomus perniciosus. Sliny krevsajících přenašečů byly opakovaně využity při studiu pobodání hostitelů a sledování účinnosti insekticidních zásahů. Tato disertační práce byla proto zaměřena na identifikaci slinných antigenů, které mohou sloužit jako markery pobodání psů druhem P. perniciosus a mohou být použity k vývoji nových diagnostických metod. Prvá část práce byla věnována využití rekombinantního slinného proteinu P. perniciosus - rSP03B - v různých endemických oblastech psí leishmaniózy. Během průřezové studie byla zjištěna podobná protilátková odpověď u psů pocházejích z různých oblastí okolo Středozemního moře a bylo potvrzeno, že rekombinantní protein je antigenně shodný s nativním proteinem ze slin. V následující longitudineální studii byla sledována sezónní dynamika protilátkové odpovědi proti P. perniciosus. Bylo prokázáno, že odpověď proti slinám i rSP03B koreluje se sezónní aktivitou P. perniciosus a je signifikantně nižší během zimních měsíců....
|
|
|
Geny sekundárního metabolismu v půdních bakteriálních společenstvech
Patrmanová, Tereza ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Potřeba nových antibiotik a dalších sloučenin s biologickou aktivitou je důvodem zvýšeného zájmu o sekundární metabolity půdních bakterií. V půdním prostředí má dominantní postavení kmen Actinobacteria, jehož potenciál spočívá ve schopnosti produkce širokého spektra antibiotik a také přítomnosti řady mechanismů, kterými se působení antibiotik brání. Cílem této diplomové práce bylo pomocí navržených primerů a primerů převzatých z publikací stanovit počty kopií vybraných genů sekundárního metabolismu v půdách dvou lokalit. Nepodařilo se navrhnout dostatečně účinné nové primery k detekci vybraných genů v půdním prostředí, a proto byly použity pouze již publikované primery, jejichž specifita byla ověřena. Ve vzorcích odebraných z půdních profilů dvou stanovišť byla prostřednictvím digitálního PCR stanovena množství bakterií, aktinobakterií, genů pro polyketid-syntázu typu II a Erm metyltransferázu zprostředkovávající rezistenci k antibiotikům skupiny MLSB (makrolidy, linkosamidy a streptograminy B). Porovnání stanovených počtů genových kopií přineslo informaci o struktuře bakteriálního společenstva a o zastoupení bakterií nesoucích vybrané geny sekundárního metabolismu v závislosti na změně podmínek vlivem stromového patra a narůstající hloubky půdního profilu. Množství bakterií a aktinobakterií byla...
|
|
| |
host ::
RSS.