|
|
Determination of structure and dynamics of biomolecules by theoretical calculations of NMR spectroscopic parameters
Benda, Ladislav ; Sychrovský, Vladimír (vedoucí práce) ; Munzarová, Markéta (oponent) ; Hrabal, Richard (oponent)
iii Abstrakt Název: Určování strukturních a dynamických vlastností biomolekul pomocí teoretických výpočtů parametrů spekter NMR Autor: Ladislav Benda, ladislav.benda@gmail.com Katedra/Ústav: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Vedoucí doktorské práce: Dr. Vladimír Sychrovský, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i., vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz Abstrakt: Předkládaná doktorská práce se zaměřuje na teoretické modelování parametrů spekter nukleární magnetické rezonance (NMR) v peptidech a nukleových kyselinách. Mo- delovány byly především závislosti NMR parametrů na molekulární struktuře a solvataci. Velký důraz byl kladen na porovnání vypočtených dat s experimentem. Studovanými modely byly především di-peptid l-alanyl-l-alanin (AA) a fosfátová skupina páteře nuk- leových kyselin. Na základě výpočtů se podařilo určit konformace všech tří nabitých forem AA v roztoku a vysvětlit experimentálně pozorované změny NMR parametrů při změnách pH. Byly kalibrovány závislosti NMR kros-korelovaných relaxačních rychlostí na geometrii molekuly AA. 31 P NMR parametry ve fosfátu nukleových kyselin byly systema- ticky modelovány v závislosti na konformaci a solvataci fosfátu. Navrhli jsme pravidla pro...
|
|
|
Structure and function of C-type lectin NK cell receptors studied by recombinant expression and protein crystallography
Vaněk, Ondřej ; Bezouška, Karel (vedoucí práce) ; Hrabal, Richard (oponent) ; Bařinka, Cyril (oponent)
Katedra biochemie, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze 2010 Struktura a funkce C-lektinových receptorů NK buněk studovaná pomocí rekombinantní exprese a proteinové krystalografie Abstrakt dizertační práce Ondřej Vaněk Školitel: Prof. RNDr. Karel Bezouška, DSc. NK buňky (přirození zabíječi) byly popsány pro jejich schopnost spontánně zabíjet určité allogenní nádorové linie, a to bez jakékoliv předchozí senzitizace. NK buňky jsou součástí neadaptivní imunitní odpovědi s velmi krátkou reakční dobou vůči patogenům, jakými jsou například viry, intracelulární bakterie a parazité. Jsou také zodpovědné za eliminaci některých rakovinných buněk a mohou tak bránit rozvoji nádorové transformace a bojovat proti rozšiřování metastáz. Aktivita NK buněk je regulována pomocí rovnováhy mezi aktivačními a inhibičními signály zprostředkovanými povrchovými receptory NK buněk. Ze strukturního hlediska může být většina NK buněčných povrchových receptorů klasifikována jako C- lektinové nebo imunoglobulinové receptory. Jednou z mnoha podskupin C-lektinů jsou i lymfocytární receptory II. typu, které jsou exprimovány na NK buňkách. Předkládaná práce měla dva hlavní cíle. Prvním bylo nalezení vhodných expresních a purifikačních systémů pro vybrané C-lektinové receptory NK buněk a druhým pak provést jejich biochemickou a...
|
|
|
Měření C-13 NMR relaxací karbonylových skupin v proteinech
Grocký, Marián ; Hrabal, Richard (oponent)
Název práce: Měření 13 C NMR relaxací karbonylových skupin v proteinech Autor: Marián Grocký Katedra (ústav): Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí diplomové práce: RNDr. Jan Lang, PhD. Email vedoucího: Jan.Lang@mff.cuni.cz Abstrakt: V práci je zkoumána metodika měření karbonylových 13 C NMR relaxačních dob T1 a T2 v peptidovém řetězci dvojitě (13 C 15 N) značeného proteinu. Výsledky jsou použity ke stanovení dynamických vlastností matrixového proteinu (MA) Mason- Pfizerova opičího viru pomocí Lipari-Szabóova modelu (L.-S.). Mason-Pfizerův opičí virus je ve své přirozené formě retrovirus typu D. Záměna argininu za fenylanin na 55. pozici v matrixovém proteinu vede ke změně životního cyklu, retrovirus je potom typu C, stejně jako například virus HIV. V práci je porovnána dynamika MA přirozené (WT) i mutované formy (R55F) získaná L.-S. přistupem z relaxací karbonylů a z provedených relaxačních experimentů T1, T2, NOE amidických dusíků 15 N. Byla pozorovnána dobrá shoda dynamických parametrů dusíku 15 N a karbonylů 13 C, které doposud nebyly známy. Práce významně rozšířila dostavadní znalost dynamiky dusíků u WT i R55F forem matrixového proteinu. U MA proteinu R55F byla potvrzena zvýšená pohyblivost oblasti proteinu pravděpodobně zodpovědné za změnu živontího cyklu. Klíčová slova: Nukleární magnetická...
|
|
|
Strukturní studie mutantu S6A matrixového proteinu Mason-Pfizerova opičího viru
Kamal, Rašíd ; Hrabal, Richard (vedoucí práce) ; Ulbrich, Pavel (oponent)
Mason-Pfizerův opičí virus (M-PMV) patří k retrovirům morfogenetického typu D, které sestavují virové částice v cytoplazmě. Tím je tento proces časově a prostorově oddělen od pučení na cytoplazmatické membráně, a proto M-PMV představuje vhodný modelový organismus pro studium životního cyklu retrovirů. Matrixový protein, který je N-terminální částí polyproteinového retrovirového prekurzoru Gag, hraje v tomto životním cyklu ústřední úlohu. Jednou z oblastí, která je pro jeho funkce klíčová, je jeho myristoylovaný N-konec, důležitý zejména pro vazbu na cytoplazmatickou membránu při pučení z hostitelské buňky. Mezi serinem 6 a glutamátem 9 divokého typu tohoto proteinu je vodíková vazba, jejíž vliv na strukturu a molekulární mechaniku této oblasti jsme studovali narušením zmíněné interakce výměnou serinu 6 za alanin. Tato práce popisuje přípravu rekombinantního, mutantního matrixového proteinu M-PMV, přiřazení rezonancí atomů jeho páteře nukleární magnetickou rezonanční spektroskopií a zjištěnou sekundární strukturu porovnává s dalšími mutanty a divokým typem.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.