|
|
Role of genetic factors responsible for development of pancreatic cancer
Borecká, Marianna ; Janatová, Markéta (vedoucí práce) ; Václavíková, Radka (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Nádorová onemocnění jsou jakožto druhá nejčastější příčina úmrtí globálním zdravotním problémem (www.uzis.cz). Vzniká tak urgentní potřeba výzkumu, aby díky efektivnější a výkonnější predikci rizika a více personalizovaným přístupem k pacientům, byla redukována incidence a asociované léčebné finanční náklady. Nosiči klinicky významných germinálních mutací v genech predisponujících k hereditárním nádorovým syndromům mají vysoké riziko nádorového onemocnění. Identifikace takovéto mutace může ovlivnit prognózu i léčbu probanda, ale také pomoci s prevencí rodinných příslušníků a jejich zařazení do vysoce rizikové skupiny. Tato studie je zaměřena na dosud málo popsané genetické faktory predisponující k duktálnímu adenokarcinomu pankreatu (PDAC) v české populaci. V roce 2017 byla incidence PDAC v ČR 21 případů na 100 tisíc obyvatel a PDAC byl čtvrtý nejčastější důvod smrti mezi onkologickými pacienty (www.svod.cz). Za použití široké škály metod včetně HRM analýzy (High Resolution Melting), Sanger sekvenování celého genu a sekvenování nové generace (NGS, Next Generation Sequencing) s pomocí CZECANCA panelu vyrobeného v naší laboratoři jsme analyzovali několik skupin neselektovaných PDAC pacientů a nenádorových kontrol. Byla potvrzena role PALB2 jako PDAC predispozičního genu v české populaci s frekvencí...
|
|
|
Patofyziologie idiopatických střevních zánětů.Vztah k primární sklerózující cholangitidě, transplantaci jater a karcinogenezi.
Bajer, Lukáš ; Drastich, Pavel (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Procházka, Vlastimil (oponent)
Idiopatické střevní záněty multifaktoriálně podmíněných celosvětově narůstající incidencí. Dvěma nejlépe definovanými fenotypy jsou Crohnova střevní zánět doprovázející primární progresivní onemocnění žlučovodů vedoucí k klinická a patofyziologická specifika považován za samostatný fenotyp - Cílem experimentální čá - klíčových oblastech podílejících se na patogenezi IBD, kterými jsou: složení střevní mikrobioty, porucha střevní bariéry, genetická predispozice a aberantní imunologická odpověď. Dalším cílem prác neoplazií na základě analýzy klinických dat pacientů sledovaných v transplantačního centra. Za použití metod paralelní sekvenace jsme odhalili specifickou kompozici bakteriální - IBD, která se odlišovala od kompozice u UC a kontrol rekrutovaných ze zdravé české populace. V práci jsme odhalili četné sérové biomarkery, jednotlivými fenotypy IBD či specifickými klinickými kofaktory. Některé těchto nálezů prokazují klíčovou úlohu střevní bariéry v Zároveň jsme charakterizovali protilátkovou a buněčnou odpověď, která u různých podtypů IBD vykazovala signifikantní rozdíly. Na největším českém souboru pacientů rámci retrospektivní studie prokázali klíčovou úlohu střevního zánětu na míru rekurence PSC, a tím i na prognózu jaterního štěpu. V kohortě pacientů jsme pomocí HLA typizace taktéž prokázali význam...
|
|
|
The role of Kit ligands in hematopoiesis of Danio rerio
Oltová, Jana ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Divoký, Vladimír (oponent)
Hematopoetická regulace závisí z velké části na aktivitě hematopoetických cytokinů a jejich receptorů. Díky celogenomové duplikaci je u kostnatých ryb včetně Dánia pruhovaného (Danio rerio) mnoho duplikovaných paralogů, mimo jiné i pro některé hematopoetické cytokinové geny. V tomto projektu jsme se zabývali rolí duplikovaného Kit ligandu v hematopoeze D. rerio. Kit ligand (Kitlg) je cytokin s pleiotropním efektem, který je zcela zásadní pro erytropoezu u obratlovců, ale u D. rerio tato role zatím nebyla prokázána. Za účelem ověření této funkce jsme použili in vivo a ex vivo nástroje a gain-of-function i loss-of-function přístupy. Jako první jsme prokázali synergistickou kooperaci rybího Kitlga s erythropoetinem (Epo) a dexamethasonem (Dex), která umožňuje kultivovat buňky ledvinné dřeně v suspenzi a vytváří optimální podmínky pro expanzi dospělých erytroidních progenitorů. Předpokládáme, že námi navržené podmínky bude dále možné optimalizovat za pomocí dalších cytokinových kombinací tak, aby umožňovaly růst a expanzi jiných typů hematopoetických buněk. Proto bude tento přístup velmi užitečný pro studium normální a aberantní hematopoezy, například za využití rybích hematopoeitckých mutantních linií a modelů onemocnění. Dále jsme...
|
|
|
Role Rnf207b v hematopoéze Danio rerio
Vondráková, Zuzana ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent)
Hematopoéza (krvetvorba) je proces proliferace, diferenciace a sebeobnovy hematopoetických kmenových buněk. Regulace hematopoézy je komplexní děj, který probíhá na mnoha úrovních a je řízen mnoha signály. RNF207 je jedním z perspektivních genů vybraných na základě experimentu v kuřecím modelu, ve kterém získaná data ukazují na jeho roli v krvetvorbě. Cílem této práce je určit úlohu rnf207b jako nového regulátoru krvetvorby Dánia pruhovaného (Danio rerio) a případně tedy zjistit, na jaké úrovni hematopoézy funguje. Dánio pruhované je výborným modelem pro studium funkce genů in vivo, a to díky snadné manipulaci genové exprese a širokým možnostem analýzy fenotypů během vývoje. Pro studium vlivu rnf207b na hematopoézu Dánia pruhovaného jsme snížili expresi tohoto genu mikroinjikací morfolino oligonukleotidů do jednobuněčných embryí. U takto injikovaných embryí jsme viděli efekt jak v trombocytární, tak v erytroidní linii, z čehož vyplývá, že by rnf207b mohl být regulátor na hierarchické úrovni progenitorů, případně by mohl být v hierarchii ještě výše. Výsledky analýzy vývojově a tkáňově specifické exprese pak ukazují, že exprese rnf207b začíná již v 18 hpf, tedy ještě v době primitivní hematopoézy. Přestože je rnf207b v dospělosti exprimován v ledvinách (anatomické místo definitivní hematopoézy ryb),...
|
|
|
Analýza kvantitativních a kvalitativních genetických znaků v patogenezi hereditárních forem solidních nádorů.
Zemánková, Petra ; Kleibl, Zdeněk (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Tichý, Boris (oponent)
Nádorová onemocnění patří mezi druhou nejčastější příčinu úmrtí v ČR. Nosiči mutací v genech predisponujících k dědičné formě onemocnění tvoří malou, ale klinicky velmi významnou skupinu vysoce rizikových osob. V současné době jsou známy desítky predispozičních genů pro vznik hereditárních nádorových syndromů, pro jejichž analýzu se cílené sekvenování nové generace (NGS) stalo metodou první volby. NGS umožňuje rapidní zrychlení určení příčinné mutace v oblasti diagnostiky hereditárních nádorových syndromů. K identifikaci mutací v genech predisponujících ke vzniku dědičných nádorových onemocnění jsme navrhli analýzu pomocí panelového NGS včetně bioinformatického zpracování, které umožňuje spolehlivou identifikaci jednonukleotidových záměn, krátkých inzercí/delecí i rozsáhlých intragenových přestaveb. Bioinformatické postupy, popsané v této dizertační práci, jsme následně využili k validaci panelového NGS, ale i pro identifikaci alterací v konkrétních genech, která umožnila nalézt jejich doposud nepopsané asociace s dědičnými nádorovými onemocněními. Bioinformatické analýzy se staly základem pro jednotné zpracování rozsáhlých souborů dat z CZECANCA konsorcia a umožňují konstrukci frekvenční databáze variant, která slouží pro zlepšení klinické diagnostiky nádorové predispozice u pacientů v ČR....
|
|
|
Pathobiochemistry of lysosomal storage disorders: Study of Fabry disease and generation of cellular models of X-linked disorders.
Rybová, Jitka ; Ledvinová, Jana (vedoucí práce) ; Entlicher, Gustav (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
Lidské autoptické či bioptické vzorky tkání, myší modely a buněčné kultury různých typů představují nejčastější materiál při zkoumání buněčné patogeneze dědičných chorob. Tato dizertační práce je věnována všem uvedeným přístupům při studiu dvou X-vázaných lysosomálních onemocnění a to Fabryho choroby (FD, deficit α-galaktosidasy A, AGAL) a mukopolysacharidosy typu II (MPSII, deficit iduronát-2-sulfatasy, IDS). Prvotním cílem práce byla analýza krevních lipidních B-antigenů s terminální α-galaktózou (B-GSL) v pankreatu pacientů s FD a krevní skupinou B (FD-B). B-GSLs představují vedle hlavního glykosfingolipidu (GSL), globotriaosylceramidu (Gb3Cer) další minoritní substrát AGAL. Deposita nedegradovaných B-GSL byla prokázána v autoptických vzorcích pankreatu FD-B pacientů a byla zde výrazně vyšší než u ostatních orgánů jako ledviny a plíce, kde se primárně ukládá Gb3Cer. Vysoká koncentrace lipidních i nelipidních B-antigenů byla u FD-B potvrzena především v exokrinních acinárních epiteliálních buňkách, doprovázená masivní akumulací ceroidu (sekundární znak lysosomálního střádání). Endokrinní část pankreatu zůstala na rozdíl od acinů zcela nepostižena ukládáním substrátů AGAL. Tento zajímavý fenomén buněčné biologie ukazuje, jak může specifická krevní skupina ovlivnit projevy nemoci v orgánech...
|
|
|
Characterization of hematopoietic cells in patients with mature B-cell malignancies
Maswabi, Bokang Calvin ; Živný, Jan (vedoucí práce) ; Otáhal, Pavel (oponent) ; Alberich Jorda, Meritxell (oponent)
(Czech) U pacientů s nádorem ze zralých B buněk a u zdravých kontrol byly analyzovány absolutní a relativní podíly populací hematopoetických kmenových buněk a progenitorů (HSPC), včetně hematopoetických kmenových buněk (HSC), multipotentních progenitorů (MPP), multilymphoidních progenitorů (MLP) a pro B buněk. Identifikovali jsme nižší absolutní a relativní zastoupení MLP a vyšší relativní zastoupení HSC u pacientů, bez ohledu na postižení kostní dřeně (BM), ve srovnání s kontrolami. U pacientů s infiltrací kostní dřeně maligními buňkami jsme navíc pozorovali významně snížené absolutní počty MPP. U zdravých subjektů jsme potvrdili dříve publikované výsledky ukazující zvýšení absolutního a relativního zastoupení MLP s věkem, klesající relativní zastoupení HSC s věkem a klesající absolutní a relativní koncentraci pro B buněk s věkem. Snížené absolutní a relativní koncentrace pro B buněk byly zjištěny také u studovaných pacientů (PT) v korelaci s věkem. Nižší absolutní a relativní koncentrace MLP a vyšší relativní koncentrace HSC byly pozorovány u pacientů ve srovnání s věkově odpovídajícími kontrolami bez ohledu na infiltraci kostní dřeně (KD). Absolutní koncentrace MPP byla významně snížená pouze u pacientů, kteří měli maligními buňkami infiltrovanou kostní dřeň. Porovnání změn v zastoupení HSPC ve...
|
|
| |
|
|
Haematopoiesis in Sea lamprey
Kovář, Martin ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent)
Abychom zjistili, zda je systém krvetvorby skutečně společným znakem obratlovců, rozhodli jsme se prozkoumat krvetvorbu u fylogenticky nejstarších žijících zástupců obratlovců, tedy kruhoústých, jmenovitě u mihule mořské (Petromyzon marinus). U vyšších obratlovců pochází všechny krevní buňky z HSC. Předpokládáme, že je tomu tak i u kruhoústých, nikdo se ale o krvetvorbu u těchto organismů od sedmdesátých let zvlášť nezajímal. Vydali jsme se po cestě reverzní genetiky a hledali homology genů důležitých pro krvetvorbu vyšších obratlovců v transkriptomu mihule mořské s důrazem především na významné receptory a transkripční faktory, jelikož se dají využít jako markery různých krevních buněk a jejich progenitorů. Pomocí bioinformatických metod jsme v datech z NGS nové generace nalezli homology klíčových genů krvetvorby, které jsme dále využili pro klonování těchto sekvencí, měření jejich exprese a další práci s nimi. V naší laboratoři jsme si tedy vybrali mihuli mořskou jako modelový organismus, nejen kvůli unikátnímu fylogenetickému postavení, obzvlášť pro evo-devo studie, ale také kvůli absenci základních poznatků z oblasti krvetvorby. Klíčová slova: Petromyzom marinus, krvetvorba, HSC, evo-devo, hematopoéza
|
|
|
Funkční analýza populačně specifických sekvenčních variant genu pro kinázu kontrolního bodu buněčného cyklu CHEK2
Stolařová, Lenka ; Kleibl, Zdeněk (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent)
Gen CHEK2 kóduje serin/threoninovou kinázu Chk2 (Checkpoint kinase 2) aktivovanou v reakci na poškození genomové DNA. Aktivovaná Chk2 kináza dále fosforyluje své substráty (proteiny Cdc25C, BRCA1 nebo p53), a jejich aktivace pak vede k pozastavení buněčného cyklu, reparaci DNA, nebo indukci apoptózy. Vrozené mutace genu CHEK2 zvyšují riziko nádorových onemocnění (především karcinomu prsu a kolorekta). Analýza vysoce rizikových pacientek s karcinomem prsu v ČR prokázala přítomnost vzácných (především missense) mutací CHEK2 s nejasným klinickým významem. Tato práce se zabývá studiem funkčního vlivu těchto variant in vitro a stanovením kinázové funkce variantních izoforem kinázy Chk2. Za tímto účelem byly zkonstruovány plazmidy exprimující studované varianty v bakteriálních buňkách E. coli. Enzymová aktivita izoforem Chk2 kinázy byla v bakteriálním lyzátu stanovena spektrofotometricky na základě fosforylace arteficiálního substrátu Chk2. Kinázová aktivita bylo korelována s výsledky predikčních programů hodnotících funkční význam studovaných variant in silico. Z výsledků vyplývá, že z 15 missense mutací (a jedné delece neporušující čtecí rámec) vedou ke ztrátě kinázové aktivity všechny varianty v kinázové doméně Chk2, které jsou rovněž většinou predikčních algoritmů identifikované jako patogenní mutace. Takto...
|
host ::
RSS.