|
|
Mapping of regulatory elements within 5' region of the Disp3 locus
Oltová, Jana ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent)
Dispatched 3 (Disp3), gen regulovaný thyroidálním hormonem, je v naší laboratoři intenzivně studován. Podle fenotypu buněk s nadexprimovaným Disp3 a expresního profilu tohoto genu by Disp3 mohl být propojujícím článkem mezi thyroidálním hormonem a homeostázou cholesterolu v mozku. Domníváme se, že by také mohl hrát roli v patogenezi některých neurodegenerativních onemocnění a mozkových nádorů. Tato práce je zaměřena na proces regulace tohoto genu prostřednictvím receptoru pro thyroidální hormon (TR). Konkrétně si dává za cíl identifikovat responsivní elementy, které jsou důležité pro tuto regulaci. Navíc byly hledány také elementy rozpoznávané jaterním receptorem X (LXR), který nasedá na stejně uspořádané repetice jako TR a existuje mnoho genů, které jsou regulovány oběma těmito receptory. Zkombinovali jsme in silico analýzu Disp3 lokusu s luciferázovými reporterovými esejemi. Zaujal nás cluster šesti responsivních elementů predikovaných v blízkosti prvního exonu, z nichž dva se ukázaly být konzervované mezi myší a člověkem. Na základě toho byly připraveny reportéry různě zkrácených variant této 3 kb dlouhé oblasti, které umožnily tuto sekvenci analyzovat detailně. Reportérové eseje nepotvrdily přítomnost žádného klíčového responsivního elementu aktivovaného TR nebo LXR, ale na 3' konci byla objevena oblast...
|
|
|
Regulation of gene expression by thyroid hormone receptors
Oltová, Jana ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Fafílek, Bohumil (oponent)
Hormony řídí v živých organismech nejrůznější procesy a jejich činnost je zajišťována buď membránovými, nebo jadernými receptory. Tyroidální hormony (THs) významně ovlivňují růst, vývoj a mnoho aspektů metabolismu, embryogeneze a raných fází života. Jejich receptory paří mezi jaderné, tzn. fungují jako ligandem aktivované transkripční faktory a podle kontextu mohou působit jako aktivátory nebo inhibitory transkripce. Receptory tyroidálního hormonu (TRs) jsou kódovány dvěma geny, TRα and TRβ, a pomocí alternativního sestřihu vzniká několik isoforem. Nejzastoupenější forma tyroidálního receptoru se váže na T3-responsivní elementy (TREs) jako heterodimer s retinoidním receptorem X (RXR). Tyroidální receptory jsou schopné vazby na TREs nezávisle na přítomnosti ligandu. TREs se skládají ze dvou nebo více následných sekvencí AGGTCA, které jsou obvykle uspořádány jako dvě přímé repetice oddělené čtyřmi nukleotidy (DR4). TH-responsivní cílové geny jsou součástí mnoha různých buněčných drah. Příkladem takového genu je Disp3, který by mohl v určitých buněčných typech propojovat thyroidální hormony a metabolismus cholesterolu.
|
|
|
The role of Kit ligands in hematopoiesis of Danio rerio
Oltová, Jana
Hematopoetická regulace závisí z velké části na aktivitě hematopoetických cytokinů a jejich receptorů. Díky celogenomové duplikaci je u kostnatých ryb včetně Dánia pruhovaného (Danio rerio) mnoho duplikovaných paralogů, mimo jiné i pro některé hematopoetické cytokinové geny. V tomto projektu jsme se zabývali rolí duplikovaného Kit ligandu v hematopoeze D. rerio. Kit ligand (Kitlg) je cytokin s pleiotropním efektem, který je zcela zásadní pro erytropoezu u obratlovců, ale u D. rerio tato role zatím nebyla prokázána. Za účelem ověření této funkce jsme použili in vivo a ex vivo nástroje a gain-of-function i loss-of-function přístupy. Jako první jsme prokázali synergistickou kooperaci rybího Kitlga s erythropoetinem (Epo) a dexamethasonem (Dex), která umožňuje kultivovat buňky ledvinné dřeně v suspenzi a vytváří optimální podmínky pro expanzi dospělých erytroidních progenitorů. Předpokládáme, že námi navržené podmínky bude dále možné optimalizovat za pomocí dalších cytokinových kombinací tak, aby umožňovaly růst a expanzi jiných typů hematopoetických buněk. Proto bude tento přístup velmi užitečný pro studium normální a aberantní hematopoezy, například za využití rybích hematopoeitckých mutantních linií a modelů onemocnění. Dále jsme...
|
|
|
The role of Kit ligands in hematopoiesis of Danio rerio
Oltová, Jana ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Divoký, Vladimír (oponent)
Hematopoetická regulace závisí z velké části na aktivitě hematopoetických cytokinů a jejich receptorů. Díky celogenomové duplikaci je u kostnatých ryb včetně Dánia pruhovaného (Danio rerio) mnoho duplikovaných paralogů, mimo jiné i pro některé hematopoetické cytokinové geny. V tomto projektu jsme se zabývali rolí duplikovaného Kit ligandu v hematopoeze D. rerio. Kit ligand (Kitlg) je cytokin s pleiotropním efektem, který je zcela zásadní pro erytropoezu u obratlovců, ale u D. rerio tato role zatím nebyla prokázána. Za účelem ověření této funkce jsme použili in vivo a ex vivo nástroje a gain-of-function i loss-of-function přístupy. Jako první jsme prokázali synergistickou kooperaci rybího Kitlga s erythropoetinem (Epo) a dexamethasonem (Dex), která umožňuje kultivovat buňky ledvinné dřeně v suspenzi a vytváří optimální podmínky pro expanzi dospělých erytroidních progenitorů. Předpokládáme, že námi navržené podmínky bude dále možné optimalizovat za pomocí dalších cytokinových kombinací tak, aby umožňovaly růst a expanzi jiných typů hematopoetických buněk. Proto bude tento přístup velmi užitečný pro studium normální a aberantní hematopoezy, například za využití rybích hematopoeitckých mutantních linií a modelů onemocnění. Dále jsme...
|
|
|
Mapping of regulatory elements within 5' region of the Disp3 locus
Oltová, Jana ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent)
Dispatched 3 (Disp3), gen regulovaný thyroidálním hormonem, je v naší laboratoři intenzivně studován. Podle fenotypu buněk s nadexprimovaným Disp3 a expresního profilu tohoto genu by Disp3 mohl být propojujícím článkem mezi thyroidálním hormonem a homeostázou cholesterolu v mozku. Domníváme se, že by také mohl hrát roli v patogenezi některých neurodegenerativních onemocnění a mozkových nádorů. Tato práce je zaměřena na proces regulace tohoto genu prostřednictvím receptoru pro thyroidální hormon (TR). Konkrétně si dává za cíl identifikovat responsivní elementy, které jsou důležité pro tuto regulaci. Navíc byly hledány také elementy rozpoznávané jaterním receptorem X (LXR), který nasedá na stejně uspořádané repetice jako TR a existuje mnoho genů, které jsou regulovány oběma těmito receptory. Zkombinovali jsme in silico analýzu Disp3 lokusu s luciferázovými reporterovými esejemi. Zaujal nás cluster šesti responsivních elementů predikovaných v blízkosti prvního exonu, z nichž dva se ukázaly být konzervované mezi myší a člověkem. Na základě toho byly připraveny reportéry různě zkrácených variant této 3 kb dlouhé oblasti, které umožnily tuto sekvenci analyzovat detailně. Reportérové eseje nepotvrdily přítomnost žádného klíčového responsivního elementu aktivovaného TR nebo LXR, ale na 3' konci byla objevena oblast...
|
|
|
Regulation of gene expression by thyroid hormone receptors
Oltová, Jana ; Fafílek, Bohumil (oponent) ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce)
Hormony řídí v živých organismech nejrůznější procesy a jejich činnost je zajišťována buď membránovými, nebo jadernými receptory. Tyroidální hormony (THs) významně ovlivňují růst, vývoj a mnoho aspektů metabolismu, embryogeneze a raných fází života. Jejich receptory paří mezi jaderné, tzn. fungují jako ligandem aktivované transkripční faktory a podle kontextu mohou působit jako aktivátory nebo inhibitory transkripce. Receptory tyroidálního hormonu (TRs) jsou kódovány dvěma geny, TRα and TRβ, a pomocí alternativního sestřihu vzniká několik isoforem. Nejzastoupenější forma tyroidálního receptoru se váže na T3-responsivní elementy (TREs) jako heterodimer s retinoidním receptorem X (RXR). Tyroidální receptory jsou schopné vazby na TREs nezávisle na přítomnosti ligandu. TREs se skládají ze dvou nebo více následných sekvencí AGGTCA, které jsou obvykle uspořádány jako dvě přímé repetice oddělené čtyřmi nukleotidy (DR4). TH-responsivní cílové geny jsou součástí mnoha různých buněčných drah. Příkladem takového genu je Disp3, který by mohl v určitých buněčných typech propojovat thyroidální hormony a metabolismus cholesterolu.
|
host ::
RSS.