|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Proteomika pro začátečníky
Hubálek, Martin ; Vrbacký, M. ; Křenková, Alena
Náplní kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. Ve dvou na sebe navazujících částech kurzu budeme\nklást důraz na interpretaci proteomických spekter, pochopení principů identifikace peptidů a proteinů a kvantifikační postupy. Na praktických příkladech vysvětlíme De-novo sekvenaci peptidů a použití volně dostupných programů MaxQuant a Perseus na identifikaci, kvantifikaci a vizualizaci dat.
|
|
|
Strukturní charakterizace interakce dvouvláknových DNA s transkripčním faktorem
Kadavá, Tereza ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Hubálek, Martin (oponent)
Transkripční faktory z rodiny proteinů TEAD jsou důležitou součástí mnohých eukaryotických regulačních procesů. Jsou součástí Hippo signální dráhy a podílí se na kontrole diferenciace buněk a apoptózy. Zájem o tyto proteiny též souvisí s jejich spojením s onkologickými onemocněními. DNA-vazebná doména TEAD transkripčních faktorů interaguje s M-CAT elementy dvouvláknové DNA, kterými jsou i sekvence dsDNA z exonu a enhanceru genu C-MYC, jejichž interakce s DNA-vazebnou doménou proteinů TEAD byla v této práci studována především iontovou mobilitou ve spojení s hmotnostní spektrometrií za použití nativní ionizace nanoelektrosprejem. Studiu proteinu TEAD1-DBD a jeho dsDNA komplexů předcházela produkce DNA-vazebné domény TEAD1 dle již optimalizovaného protokolu. TEAD1-DBD a jeho komplexy byly dále studovány pomocí kolizně indukované aktivace a zahřívání sprejovaného roztoku při použití nativní hmotnostní spektrometrie ve spojení s iontovou mobilitou. Při kolizní aktivaci bylo pozorováno kolizně indukované rozbalování proteinu i obou jeho komplexů s DNA. Při zahřívání sprejovaného roztoku bylo sledováno tavení dsDNA i komplexů a z naměřených hodnot byly určeny teploty tavení jednotlivých vzorků. Pomocí kalibrace iontové mobility s putující vlnou byly určeny kolizní průřezy jednotlivých molekul.
|
|
| |
host ::
RSS.