|
|
Molekulárně biologická vyšetření somatostatinových receptorů v diagnostice hypofyzárních nádorů
Drastíková, Monika ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Fryšák, Zdeněk (oponent) ; Patočka, Jiří (oponent)
Souhrn Molekulárně biologická vyšetření somatostatinových receptorů v diagnostice hypofyzárních nádorů Převážná většina hypofyzárních nádorů jsou benigní adenomy, z nichž 25-30 % tvoří klinicky afunkční adenomy (KAA). Léčbou první volby je u KAA transsfenoidální neurochirurgická operace, která však jen málokdy vede k úplnému odstranění adenomu a často zůstává přítomno reziduum nádoru. Tento fakt vedl k rozvoji nových farmakologických přístupů na bázi somatostatinových analog (SA) a modulátorů estrogenových receptorů (ER). SA jsou účinné u akromegalie, neuroendokrinních tumorů a Cushingovy choroby. Na druhou stranu, farmakologická léčba KAA většinou úspěšná nebývá. Nízká účinnost SA zde může souviset s variabilní expresí cílových receptorů. Cílem práce je určit expresní profily somatostatinových (SSTR typy 1-5) a estrogenových receptorů 1 (ER1). Pro kompletní přehled byly též u adenomů sledovány exprese dopaminového receptoru 2 (D2R). Experimentální část Skupina pacientů se skládala ze 105 mužů a 101 žen (20-87 roků, medián 61 roků). 144 vzorků představovalo KAA, 44 vzorků pocházelo od osob s akromegalií, 9 vzorků od osob s Cushingovou nemocí, 6 prolaktinomů a 3 TSH adenomy. Exprese receptorů byla stanovena pomocí kvantitativní real time PCR a získané výsledky byly normalizovány vůči expresi...
|
|
|
Molekulární mechanizmy patogeneze mikroba Francisella tularensis
Fabriková, Daniela ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Krejsek, Jan (oponent)
Francisella tularensis je vysoce infekční intracelulární patogen a původce onemocnění nazývaného tularémie. Předpokládá se, že důležitým aspektem virulence je schopnost rozvrátit imunitní odpověď hostitele utlumením nebo narušením funkcí buněk vrozené imunity. Počáteční stádium infekce je charakterizováno masivní bakteriální replikací bez stimulace signifikantní prozánětlivé odpovědi, která hraje klíčovou roli v rozvoji efektivní hostitelské obrany namířené proti patogenu. Cílem předložené disertační práce bylo popsat průběh buněčné signalizace zprostředkované tzv. pattern recognition receptors (PRR) během časné fáze infekce primárních kostně-dřeňových makrofágů bakterií Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (F. tularensis LVS). Získaná data prokázala schopnost F. tularensis LVS aktivovat, ale také současně blokovat signalizační dráhy řízené tzv. Toll-like receptors, RIG-I-like receptors a tzv. cytosolic DNA sensors. F. tularensis LVS ovlivňuje tyto kaskády inhibicí K63-polyubikvitinačních procesů a tvorby signalizačních komplexů obsahujících TRAF6 a TRAF3. Závislost supresivního efektu F. tularensis LVS na sekrečním systému typu 6 a/nebo na viabilitě bakterie v cytoplazmě hostitelské buňky byla prokázaná pomocí mutantních kmenů ΔiglC/LVS a ΔdsbA/LVS s narušenou schopností fagozomálního...
|
|
|
Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku
Votýpka, Pavel ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Macháček, Miloslav (oponent)
4 ABSTRAKT Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Pavel Votýpka Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Konzultant: Mgr. Nikola Ptáková Název diplomové práce: Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku Snaha o přečtení lidského genomu ve svém důsledku vedla nejen k získání poznatků o lidské genetické informaci, ale také k vývoji nových sekvenačních metod a technologií. Pro udržení kroku s rozvojem v oblasti genetiky se na řadě klinických i výzkumných pracovišť do běžného provozu zavádějí přístroje druhé generace na principu masivního paralelního sekvenování. Na trhu dnes dominují čtyři platformy - Illumina, Solid, Ion Torrent a 454 Life Technologies. Proces celé sekvenační analýzy lze shrnout do tří hlavních kroků - příprava sekvenační knihovny, sekvenování a detekce nukleotidů a analýza dat. Každá část analýzy přináší v závislosti na použité platformě svá specifika, se kterými je nutné počítat a také úskalí, kterým je vhodné se vyhnout či minimalizovat jejich vliv na finální výsledek analýzy. V posledních několika letech jsou vyvíjeny i nové metody označované jako třetí generace sekvenování, které umožňují čtení jediné molekuly nukleové kyseliny bez její amplifikace. NGS technologie dnes umožňují, aby si každé...
|
|
|
Thiopurinmethyltransferéza - klinický význam genotypizace a fenotypizace
Černá, Blanka ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Blanka Černá Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, PhD. Název diplomové práce: Thiopurin S-methyltransferasa - klinický význam genotypizace a fenotypizace Thiopurin S-methyltransferasa (TPMT) katalyzuje S-methylaci thiopurinových léčiv jako jsou 6-merkaptopurin a thioguanin. Polymorfismy v genu pro TPMT představují důležitý fakt v oblasti klinické farmakogenetiky. Velké rozdíly ve stupni aktivity TPMT v lidské tkáni jsou důsledkem přítomnosti mutace v genu pro tento enzym. Tyto polymorfismy jsou tak důležitým faktorem v účinnosti léčby thiopuriny. Nízká hodnota aktivity enzymu se objevuje v přítomnosti mutace v genu pro tento enzym, vyšší hodnota aktivity enzymu naopak bez přítomnosti mutace. Genotypizovali jsme TPMT gen pomocí metody real-time PCR u vybrané skupiny pacientů (n=55) s autoimunitními onemocněními. Pacienti byli v průměrném věku 16,7 roku. Z nesrážlivé krve sbírané do EDTA (n=55) byla izolována DNA pomocí QIAmp Mini Kitu (Qiagen, Německo) a použita pro genotypizaci enzymu TPMT. Genotypizace byla provedena metodou real time PCR metody v Light Cycleru (Roche, Německo). TPMT byla fenotypizována na Lékařské fakultě v Hradci Králové na Ústavu farmakologie. Pro fenotypizaci byl použit...
|
|
|
Prokalcitonin jako časný marker bakteriální infekce
Mikulová, Lenka ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Drastíková, Monika (oponent)
Úvod: Prokalcitonin (PCT) je protein s řetězcem o 116 aminokyselinách s molekulovou hmotností 13 kD. Je tvořen parafolikulárními buňkami štítné žlázy. Zánětový prokalcitonin je tvořen jen 114 aminokyselinami. Prokalcitonin, který detekujeme v plazmě při probíhajícím zánětu, není tvořen C-buňkami štítné žlázy, ale v játrech, v menší míře pak v plicích, ledvinách, varlatech, prostatě a tenkém střevě. Cíle: 1. Porovnat hladiny a dynamiku C-reaktivního proteinu (CRP) a prokalcitoninu (PCT) při zánětlivém procesu u tří vybraných pacientů s rozdílnými diagnózami. 2. Porovnat počty vyšetřených PCT dle indikujících oddělení VFN v letech 2009, 2012, 2015. 3. Sledovat dynamiku počtu vyšetřených PCT v letech 2001-2016. Metody: Hladiny CRP a PCT byly stanoveny v laboratoři ÚLBLD VFN Praha v období 20. 5. -17. 6. 2016. CRP bylo měřeno imunoturbidimetrickou metodou na analyzátoru Unicel DxC 880i. PCT bylo měřeno elektrochemiluminiscenční metodou na analyzátoru Cobas e411. Pro vyhodnocení byly zpracovány grafy s hladinami obou analytů u 3 pacientů v kritickém stavu. Dále byla zpracována data potřebná pro vyhodnocení cílů č. 2 a 3. uvedených výše. Výsledky: Byla prokázána větší senzitivita i specificita PCT na rozdíl od CRP při odlišení infekčního a neinfekčního systémového zánětu. 1)U pacienta D. P. klesala...
|
|
|
Genetické markery pro sledování posttransplantačního chimerismu
Řehounková, Michaela ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Matoušková, Petra (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Michaela Řehounková Školitel: doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Genetické markery pro sledování posttransplatačního chimerismu Cíle práce: Zpracování dat pacientů, kteří prodělali alogenní transplantaci krvetvorných buněk v letech 2010 až 2014 ve Fakultní nemocnici Hradec Králové a jejich chimerismus byl sledován na Úseku molekulární biologie v Ústavu klinické biochemie a diagnostiky. Po zpracování dat se studoval možný vztah mezi vybranými klinickými parametry a použitými genetickými markery k vyšetření chimerismu. Na závěr se zhodnotily vlivy vybraných parametrů na úspěšnost léčby a úmrtnost v potransplantačním období. Metody: Pro vyšetření potransplantačního chimerismu byla použita metoda vyšetření lokusů krátkých tandemových repetic (STR), která využívá genetické variability mezi dárcem a příjemcem transplantovaného štěpu. DNA dárce a příjemce je izolována pomocí kolonkové soupravy QIAmp DNA Blood Mini Kit (QIAGEN, SRN), k amplifikaci se využívá souprava AmpFlSTR Identifier Kit (Applied Biosystems, USA) a k separaci kapilární elektroforéza (analyzátor ABI 3130-4, Applied Biosystems, USA) Závěr: Mezi nejinformativnější patřily markery D21S11, D2S1338, THO1, FGA a...
|
|
|
Genetický polymorfismus v HFE genu v české populaci
Červinková, Barbora ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Barbora Červinková Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Genetický polymorfismus v HFE genu v české populaci. Cíl práce: Cílem diplomové práce bylo zmapovat výskyt třech mutací v HFE genu (C282Y, H63D, S65C) u české populace. A následně porovnat získané výsledky s hodnotami hlášenými ze světa. Metody: Práce zahrnovala izolaci DNA ze stěrů bukální sliznice od 167 dárců (65 mužů, 102 žen; věkový průměr mužů byl 31 a žen 28). Získaná DNA byla následně zmnožena prostřednictvím metody PCR za použití primerů 5'-CAG ATC CTC ATC TCA CTG- 3' a 5'-CTG GAT AAC CTT GGC TGT ACC CCC - 3' pro C282Y mutaci, 5'-GCC ACA TCT GGC TTG AAA TT-3' a 5'-ACA TGG TTA AGG CCT GTT GC GCC ACA-3' primerů pro H63D a S65C mutace. Pomocí restrikčního enzymu Rsa I pro C282Y, Bcl I pro H63D, Hinf I pro S65C byl řetězec DNA rozštěpen a získané fragmenty byly odseparovány na 2 % agarózovém gelu metodou gelové elektroforézy. Výsledky: Mutace C282Y byla detekována u 0 (0 %) vzorků jako homozygot, u 3 (1,80 %) vzorků jako složený heterozygot s H63D, u 0 (0 %) vzorků jako složený heterozygot s S65C a u 19 (11,38 %) vzorků, jako samostatná mutace v kombinaci se zdravou alelou. Mutace H63D byla detekována u...
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.