|
|
Metatranscriptomic evaluation dashboard using BiBakery.
Hýl, Jan ; Jurečková, Kateřina (referee) ; Bartoň, Vojtěch (advisor)
Metatranscriptomic analysis provides information about the currently expressed genes of an organism at the time the sample is collected. The boom in the study of genes came with the development of sequencing technologies and other technological advances. This thesis discusses nucleic acids and their importance in genetics. It explores the concepts of metatranscriptome, metagenome and microbiome. It describes the Illumina sequencing method and introduces software suitable for metatranscriptomic analysis. Subsequently, the work includes the creation of a test dataset, the creation of a dashboard for data visualization, and the testing of this dashboard using the test dataset.
|
|
|
Detection of biochemical substance using graphene sensor
Supalová, Linda ; Šimšíková, Michaela (referee) ; Bartošík, Miroslav (advisor)
Tato bakalářská práce studuje interakci biochemických látek s grafénem pomocí senzorů v uspořádání polem řízeného tranzistoru. Adsorbované atomy nebo molekuly mohou vyvolat dopování grafénové vrstvy, což může být experimentálně určeno pozorováním změny pozice Diracova bodu. Je studována závislost polohy Diracova bodu na přidané látce a stejně tak i časová odezva na přidání kapalného vzorku. Je pozorována citlivost na odlišné molekuly a jsou dikutovány důsledky výsledků pro adsorpci různých molekul.
|
|
|
Microarray Data Interpretation
Ludwig, Petr ; Šilhavá, Jana (referee) ; Smrž, Pavel (advisor)
This Bachelor thesis explains the basics of biochip or microarray data interpretation, starting with short introduction to genetics, especially genetic information significance evaluating. The focus was set mainly on the set of scripts transforming and analyzing the sample data. The data used in this thesis are a result of biochip analysis of the Colon Tumor tissues. The secondary result represents disclosing the main marker for this particular type of cancer, the primary result is evaluation of marker significance in the context of signaling pathways. The resulting pathways are sorted by relevance.
|
|
|
Detection of DNA/RNA fragments using graphene sensor and influence of upper electrolytic gate
Herzánová, Kristína ; Konečný, Martin (referee) ; Bartošík, Miroslav (advisor)
Jedinečné vlastnosti grafenu, jako je biokompatibilita, vysoká mobilita nosičů náboje a povrchová citlivost, z něj činí vhodný materiál pro biosenzory. Cílem této práce je popsat a představit takové senzory a měření provedená za účelem detekce fragmentů DNA, konkrétně látek na bázi cytosinu. Grafen je v polem řízených tranzistorech zapojen jako vodivý snímající kanál. Dopování grafenu vyvolané adsorpcí molekul na vodivém kanálu způsobuje změny transportních vlastností grafenu. Tyto změny se odrážejí v měření elektronických odezev: měření odporu grafenové vrstvy reagujícího v reálném čase na přidávání různých roztoků a závislost odporu na průběžné změně hradlového napětí. Druhou metodu měření lze provádět FET senzorem zapojeným v konfiguraci se spodním nebo elektrolytickým horním hradlem. Je sledován rozdíl mezi oběma konfiguracemi a také vliv vzdálenosti mezi grafenem a horní hradlovou elektrodou na odezvu senzoru. Výsledkem těchto měření jsou transferové křivky vykazující typické píky označující bod neutrality (Diracův bod) grafenu. Různé koncentrace roztoku analytu vedou k různým hodnotám napětí Diracova bodu, což slouží ke kvantifikaci úrovně dopování grafenu.
|
|
|
Electrochemical study of the DNA desorption from the surface of carbon electrodes
Průcha, Jakub ; Dejmková, Hana (advisor) ; Schwarzová, Karolina (referee)
This bachelor's thesis deals with the possibility of DNA desorption from the surface of carbon electrodes. Measurements were performed using linear scan voltammetry in a three- electrode configuration, with single-stranded DNA (ssDNA) of 31 nucleotides as the sample. The working electrodes were a boron-doped diamond electrode and an electrode made of highly oriented pyrolytic graphite. The efficiency of desorption was assessed by comparing the heights of oxidation signals of adsorbed nucleic bases, which were measured before and after the application of the desorption procedure. The first approach involved desorption through mixing or rinsing in solutions with different properties, specifically in organic solvents: methanol, acetone, toluene, and DMSO; in acids and bases: HCl, HNO3, NaOH; and subsequently in surfactants and detergents: Triton X-100, TWEEN 80, CTAB, and Tergazyme. Among the tested substances, a 0.1 mol·l-1 solution of NaOH and a 1 % solution of Tergazyme proved to be effective. Subsequently, the time and temperature dependence of the rinsing strength of these two solutions on ssDNA desorption were examined. From the conducted experiments, it was determined that time and temperature of the solution do not increase the efficiency of the desorption by NaOH solution. For rinsing with a...
|
|
|
Detection of DNA/RNA fragments using graphene sensor and influence of upper electrolytic gate
Herzánová, Kristína ; Konečný, Martin (referee) ; Bartošík, Miroslav (advisor)
Jedinečné vlastnosti grafenu, jako je biokompatibilita, vysoká mobilita nosičů náboje a povrchová citlivost, z něj činí vhodný materiál pro biosenzory. Cílem této práce je popsat a představit takové senzory a měření provedená za účelem detekce fragmentů DNA, konkrétně látek na bázi cytosinu. Grafen je v polem řízených tranzistorech zapojen jako vodivý snímající kanál. Dopování grafenu vyvolané adsorpcí molekul na vodivém kanálu způsobuje změny transportních vlastností grafenu. Tyto změny se odrážejí v měření elektronických odezev: měření odporu grafenové vrstvy reagujícího v reálném čase na přidávání různých roztoků a závislost odporu na průběžné změně hradlového napětí. Druhou metodu měření lze provádět FET senzorem zapojeným v konfiguraci se spodním nebo elektrolytickým horním hradlem. Je sledován rozdíl mezi oběma konfiguracemi a také vliv vzdálenosti mezi grafenem a horní hradlovou elektrodou na odezvu senzoru. Výsledkem těchto měření jsou transferové křivky vykazující typické píky označující bod neutrality (Diracův bod) grafenu. Různé koncentrace roztoku analytu vedou k různým hodnotám napětí Diracova bodu, což slouží ke kvantifikaci úrovně dopování grafenu.
|
|
|
Determination of structure and dynamics of biomolecules by theoretical calculations of NMR spectroscopic parameters
Benda, Ladislav ; Sychrovský, Vladimír (advisor) ; Munzarová, Markéta (referee) ; Hrabal, Richard (referee)
iv Abstract Subject: Determination of structure and dynamics of biomolecules by theoretical calcu- lations of NMR spectroscopic parameters Author: Ladislav Benda, ladislav.benda@gmail.com Department/Institute: Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, AS CR Supervisor: Dr. Vladim'ır Sychrovsk'y, Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, AS CR, vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz Abstract: This doctoral work was focused on theoretical modeling of nuclear magnetic resonance (NMR) parameters in peptides and nucleic acids. Dependences of NMR para- meters on molecular structure and solvation were primarily modeled. Great emphasis was put on the comparison of the calculated data with the NMR experiment. The molecular models studied included the l-alanyl-l-alanine di-peptide (AA) and the phosphate group of nucleic acid backbone. Conformations of all three charged forms of AA in solution were determined and the respective pH-induced changes of experimental NMR chemical shifts and nuclear spin-spin coupling constants were explained. Dependences of NMR cross-correlated relaxation rates on the AA backbone geometry were calibrated. The 31 P NMR parameters in nucleic acid phosphate were systematically calculated in dependence on the backbone conformation and the phosphate solvation pattern. Qualitative rules...
|
|
|
Study of Biomolecular Interactions with Surface Plasmon Resonance Biosensors
Šípová, Hana ; Homola, Jiří (advisor) ; Houska, Milan (referee) ; Skládal, Petr (referee)
Surface plasmon resonance (SPR) biosensors represent one of the most advanced sensing technologies for real-time studies of biomolecular interactions. In this thesis, methods for functionalization of SPR substrates were optimized and studied via spectroscopic methods. Effects related to the SPR sensor microfluidic interface on the measured biomolecular interactions were analyzed, and furthermore, means to decrease mass-transport limitations were proposed. Several SPR-based assays regarding the detection of nucleic acids were developed, which allow for the detection of physiologically relevant concentrations of nucleic acids as well as point mutations in a nucleic acid sequence. Assays for the determination of the enzymatic activity of HIV integrase and ribonuclease H were developed. These assays can be employed for the design and synthesis of molecules that function either as antiviral drugs or as gene-regulating agents.
|
|
| |
|
|
Detection of biochemical substance using graphene sensor
Supalová, Linda ; Šimšíková, Michaela (referee) ; Bartošík, Miroslav (advisor)
Tato bakalářská práce studuje interakci biochemických látek s grafénem pomocí senzorů v uspořádání polem řízeného tranzistoru. Adsorbované atomy nebo molekuly mohou vyvolat dopování grafénové vrstvy, což může být experimentálně určeno pozorováním změny pozice Diracova bodu. Je studována závislost polohy Diracova bodu na přidané látce a stejně tak i časová odezva na přidání kapalného vzorku. Je pozorována citlivost na odlišné molekuly a jsou dikutovány důsledky výsledků pro adsorpci různých molekul.
|
guest ::
