|
|
Role SMN komplexu v biogenezi snRNP částic
Hanušková, Klára ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Šubrtová, Adriána (oponent)
Malé jaderné ribonukleoproteinové částice (snRNP) jsou esenciální složkou spliceosomu, dynamického proteinového komlexu zajišťujícího RNA sestřih. Tyto částice jsou složeny z jedné malé jaderné RNA, podle níž nesou svůj název, kruhu sedmi Sm nebo LSm proteinů a dalších přidatných proteinů. Všechny snRNP podstupují složitou cestou zrání, probíhající v jádře a cytoplasmě buňky. Jedním z důležitých faktorů biogeneze snRNP je SMN komplex, který je složen z proteinů SMN, Gemin2-8 a Unrip. Jeho nejdůležitější funkcí je zprostředkování sestavení Sm core domény v cytoplasmě buňky, za pomoci proteinového komplexu PRMT5. Dále se také SMN komplex zapojuje do modifikace snRNA, importu snRNP do jádra, nebo samotného sestavení sestřihového komplexu. I přes více jak dvě dekády výzkumů nejsou některé funkce SMN komplexu a jeho částic zcela odhaleny a není tedy zcela jasné v jak velké míře tento komplex ovlivňuje nejen biogenezi snRNP, ale i celého spliceosomu. Cílem této práce je, dle dostupných výzkumů, hlubší popis SMN komplexu a pochopení jeho funkcí v biogenezi snRNP částic. Klíčová slova: SMN komplex, snRNP, snRNA, Sm protein, sestřihový komplex
|
|
|
Molecular mechanism of quality control during snRNP biogenesis
Klimešová, Klára ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent) ; Vomastek, Tomáš (oponent)
Sestřihový komplex patří mezi největší a nejdynamičtější molekulární mašinérie v buňce. Hlavní část komplexu je tvořena pěti malými jadernými ribonukleoproteinovými částicemi (zkráceně snRNP). Ty vznikají složitým procesem, který je rozdělen do několika kroků. SnRNP částice jsou navíc během sestřihu výrazně přestavěny a po každé sestřihové reakci proto musí dojít k jejich regeneraci. Jak skládání nových snRNP, tak recyklaci post-sestřihových částic řídí a usnadňují specializované chaperony. V této práci jsem se zaměřila na dva chaperony snRNP částic, SART3 a TSSC4, a odhalila molekulární detaily jejich funkce. Zatímco TSSC4 nebyl dříve charakterizován, SART3 byl popsán jako faktor specifický pro U6 snRNP, který napomáhá sloučení U6 a U4 částic do di-snRNP komplexu a je důležitý pro recyklaci použitých U4/U6 snRNP. Mechanismus, kterým funguje, byl však nejasný. V této práci přináším důkaz, že SART3 interaguje s post-sestřihovým komplexem a navrhuji, že by se SART3 mohl podílet na jeho rozpadu. Naše data dále naznačují, že se SART3 váže na U6 snRNP už v rámci post-sestřihového komplexu a koordinuje tak celou recyklační fázi U6 částice. Dále zde ukazuji, že TSSC4 je nový chaperon specifický pro U5 snRNP a že napomáhá U5 a U4/U6 částicím, aby se složily do finálního tri-snRNP komplexu. Identifikovali...
|
|
|
Quality control in snRNP biogenesis
Roithová, Adriana ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Malínský, Jan (oponent) ; Vomastek, Tomáš (oponent)
v češtině snRNP patří k nejdůležitějším částem sestřihového komplexu. Jejich životní cyklus se odehrává v cytoplasmě, kde probíhají první fáze jejich biogeneze, a také v jádře, kde plní svoji hlavní funkci. Všechny snRNP jsou složeny z krátké nekódující RNA, z Sm či LSm proteinů tvořící 7-členný kruh a z proteinů specifických pro každý snRNP. Jejich životní cyklus začíná v jádře, kde jsou transkribovány RNA polymerázou II nebo III. Poté jsou transportovány do cytoplasmy. Během své cytoplasmatické fáze se formuje Sm kruh kolem specifické sekvence na RNA pomocí SMN komplexu a následně se trimetyluje čepička na 5'konci snRNA. Tyto 2 úpravy jsou signálem, že je snRNP připravena na transport do jádra, kde je hromaděna v jaderných strukturách nazývající se Cajalova tělíska. V Cajalových tělískách probíhá finální část jejich zrání. Průběh snRNP biogeneze je průběžně kontrolován. První kontrola probíhá v jádře ihned po jejich transkripci a následuje vytvoření exportního komplexu. Druhý kontrolní bod je v cytoplasmě a zahrnuje tvorbu Sm kruhu. Víme, že Sm kruh je tvořen SMN komplexem ale detailní mechanismus je stále neznámý. Pokud snRNA neprojde těmito kontrolními body, tak je v cytoplasmě degradována. Avšak, jak buňka rozlišuje mezi normálními a defektními snRNA se stále neví. Třetí a poslední kontrolní...
|
|
|
Quality control in snRNP biogenesis
Roithová, Adriana ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Malínský, Jan (oponent) ; Vomastek, Tomáš (oponent)
v češtině snRNP patří k nejdůležitějším částem sestřihového komplexu. Jejich životní cyklus se odehrává v cytoplasmě, kde probíhají první fáze jejich biogeneze, a také v jádře, kde plní svoji hlavní funkci. Všechny snRNP jsou složeny z krátké nekódující RNA, z Sm či LSm proteinů tvořící 7-členný kruh a z proteinů specifických pro každý snRNP. Jejich životní cyklus začíná v jádře, kde jsou transkribovány RNA polymerázou II nebo III. Poté jsou transportovány do cytoplasmy. Během své cytoplasmatické fáze se formuje Sm kruh kolem specifické sekvence na RNA pomocí SMN komplexu a následně se trimetyluje čepička na 5'konci snRNA. Tyto 2 úpravy jsou signálem, že je snRNP připravena na transport do jádra, kde je hromaděna v jaderných strukturách nazývající se Cajalova tělíska. V Cajalových tělískách probíhá finální část jejich zrání. Průběh snRNP biogeneze je průběžně kontrolován. První kontrola probíhá v jádře ihned po jejich transkripci a následuje vytvoření exportního komplexu. Druhý kontrolní bod je v cytoplasmě a zahrnuje tvorbu Sm kruhu. Víme, že Sm kruh je tvořen SMN komplexem ale detailní mechanismus je stále neznámý. Pokud snRNA neprojde těmito kontrolními body, tak je v cytoplasmě degradována. Avšak, jak buňka rozlišuje mezi normálními a defektními snRNA se stále neví. Třetí a poslední kontrolní...
|
|
|
Transport U2 snRNA do Cajalových tělísek
Roithová, Adriana ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
V jádře buňky můžeme nalézt velké množství malých nekódujících RNA, které zastávají nejrůznější důležité funkce. Mezi ně řadíme i malé jaderné RNA bohaté na uridin zvané U snRNA, které společně s proteiny tvoří U snRNP. Tyto částice hrají velmi důležitou roli v sestřihu pre-mRNA. Při tomto procesu jsou odstraňovány nekódující sekvence zvané introny a spojovány kódující sekvence zvané exony. Vše je katalyzováno sestřihovým komplexem, jehož jádro je tvořeno U1, U2, U4, U5 a U6 snRNP. Tyto částice jsou pro tuto posttrasnkripční úpravu zcela nepostradatelné. Některé kroky formování těchto U snRNP probíhají v jaderných strukturách zvaných Cajalovo tělísko (CB). V mé práci jsem se zaměřila na faktory, které jsou důležité pro cílení snRNA do Cajalových tělísek. Jako modelovou snRNA jsem použila U2 snRNA. Pomocí mikroinjekce fluorescenčně značených zkrácených U2 snRNA jsem zjistila, že pro cílení do CB je nezbytná sekvence, na kterou se váží Sm proteiny. Deplece Sm proteinu SmB/B'nám ukázala, že Sm proteiny jsou pro lokalizaci U2 snRNA do CB esenciální. Sm proteiny jsou formovány na U2 snRNA pomocí SMN komplexu. Odstranění sekvence v U2 snRNA, na kterou se SMN komplex váže, mělo stejný inhibiční efekt na cílení do CB jako deplece Sm proteinu. Z čehož vyplývá, že Sm proteiny a SMN komplex jsou nezbytné pro...
|
host ::
RSS.