Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 16 záznamů.  1 - 10další  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Recyklace sestřihových komplexů
Klimešová, Klára ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Hálová, Martina (oponent)
Ve většině lidských genů jsou kódující úseky (exony) přerušovány dlouhými nekódujícími sekvencemi (introny). Po přepisu genu do pre-mRNA musí být tyto introny velmi přesně vyštěpeny v procesu zvaném sestřih. Sestřih je zajišťován velmi složitým a dynamickým sestřihovým komplexem, který se skládá z pěti malých jaderných ribonukleoproteinových částic (snRNP) a řady sestřihových proteinů. Každá částice obsahuje jednu malou jadernou RNA a několik specifických proteinů a vzniká postupným procesem, který se odehrává v jádře i cytoplazmě. Závěrečné úpravy pak probíhají v jaderných Cajalových tělíscích. Hotové částice nasedají v přesně daném pořadí na pre-mRNA a formují komplex, který katalyzuje dvě transesterifikační reakce potřebné k vystřižení intronu a spojení okolních exonů a následně se opět rozpadá na jednotlivé snRNP. Ribonukleoproteinové částice během sestřihu podstupují nejrůznější změny jak v konformaci, tak v proteinovém složení. Proto musí před každým dalším kolem sestřihu projít recyklačními úpravami a vrátit se do stavu vhodného pro připojení k novému sestřihovému komplexu. Recyklační fázi sestřihového cyklu nicméně zatím obklopuje více otázek než odpovědí. Cílem této práce je pokusit se ve světle nových poznatků alespoň na některé z nich odpovědět.
Úloha mikroflóry a střevního zánětu při vývoji kolorektálního karcinomu v experimentálních modelech
Klimešová, Klára ; Tlaskalová - Hogenová, Helena (vedoucí práce) ; Vítek, Libor (oponent) ; Reiniš, Milan (oponent)
Slizniční povrch střeva je v neustálém kontaktu s cizorodými látkami pocházejícími jak z potravy tak z komensalních nebo patogenních mikroorganismů. Tisíciletá symbióza vyústila v úzkou spolupráci mezi hostitelem a jeho mikroflórou, jejíž složení a metabolizmus aktivně ovlivňují fyziologické i patologické procesy hostitele. Chronický střevní zánět je charakterizován dlouhodobou zánětlivou odpovědí spojenou s poškozením tkání, kterému napomáhá poškození bariérové funkce střeva podporované prozánětlivou reakcí vrozené i adaptivní imunity. Je prokázáno, že chronická zánětlivá onemocnění gastrointestinálního traktu (např. ulcerosní kolitida a Crohnova choroba) zvyšují riziko vzniku kolorektálního karcinomu. První dvě publikace se zabývají ovlivněním experimentálního střevního zánětu pomocí perorálního podávání složek bakterií. V modelu akutního a chronického střevního zánětu jsme prokázali protizánětlivý účinek podávání membránové frakce komensalní bakterie Parabacteroides distasonis i lyzátu probiotické bakterie Lactobacillus casei DN- 114 001. Navíc jsme popsali snížení lokální produkce prozánětlivých cytokinů, zlepšení bariérové funkce střeva a stabilizaci složení střevní mikroflóry. Dále jsme studovali roli negativního regulátoru TLR signalizace (IRAK-M) a střevní mikroflóry při vzniku experimentálního...
Molecular mechanism of quality control during snRNP biogenesis
Klimešová, Klára ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent) ; Vomastek, Tomáš (oponent)
Sestřihový komplex patří mezi největší a nejdynamičtější molekulární mašinérie v buňce. Hlavní část komplexu je tvořena pěti malými jadernými ribonukleoproteinovými částicemi (zkráceně snRNP). Ty vznikají složitým procesem, který je rozdělen do několika kroků. SnRNP částice jsou navíc během sestřihu výrazně přestavěny a po každé sestřihové reakci proto musí dojít k jejich regeneraci. Jak skládání nových snRNP, tak recyklaci post-sestřihových částic řídí a usnadňují specializované chaperony. V této práci jsem se zaměřila na dva chaperony snRNP částic, SART3 a TSSC4, a odhalila molekulární detaily jejich funkce. Zatímco TSSC4 nebyl dříve charakterizován, SART3 byl popsán jako faktor specifický pro U6 snRNP, který napomáhá sloučení U6 a U4 částic do di-snRNP komplexu a je důležitý pro recyklaci použitých U4/U6 snRNP. Mechanismus, kterým funguje, byl však nejasný. V této práci přináším důkaz, že SART3 interaguje s post-sestřihovým komplexem a navrhuji, že by se SART3 mohl podílet na jeho rozpadu. Naše data dále naznačují, že se SART3 váže na U6 snRNP už v rámci post-sestřihového komplexu a koordinuje tak celou recyklační fázi U6 částice. Dále zde ukazuji, že TSSC4 je nový chaperon specifický pro U5 snRNP a že napomáhá U5 a U4/U6 částicím, aby se složily do finálního tri-snRNP komplexu. Identifikovali...
Zhodnocení současného stavu a péče o vybraná zvláště chráněná území okresu Žďár nad Sázavou
Klimešová, Klára
V této bakalářské práci bylo zhodnoceno 6 maloplošných zvláště chráněných území (MZCHÚ) dle Metodiky hodnocení stavu a péče v maloplošných zvláště chráněných územích (Svátek a Buček 2005). Jejich celková rozloha dosahuje 31,61 ha. Vybraná MZCHÚ se nachází v okrese Žďár nad Sázavou. Hodnoceny byly 2 přírodní rezervace (PR) a 4 přírodní památky (PP). Z výsledků vyplývá, že současný stav je dobrý u 1 PR a u 3 PP, průměrný u zbylých MZCHÚ, což je 1 PR a 1 PP. Péče je vyhodnocena u 5 MZCHÚ jako dobrá, u 1 PR jako průměrná. V diskuzi byly výsledky porovnány s dalšími hodnocenými MZCHÚ v České republice, které souhrnně vyhodnotil Svátek (2012).
Role mikrobioty v experimentálním myším modelu psoriázy
Jirásková Zákostelská, Zuzana ; Stehlíková, Zuzana ; Klimešová, Klára ; Rossmann, Pavel ; Dvořák, Jiří ; Novosádová, Iva ; Kostovčík, Martin ; Coufal, Štěpán ; Šrůtková, Dagmar ; Hudcovic, Tomáš ; Štěpánková, Renata ; Rob, F. ; Jůzlová, P. ; Herzogová, J. ; Tlaskalová-Hogenová, Helena ; Kverka, Miloslav
Myší model psoriázy a gnotobiotické techniky jsou velmi důležitými nástroji pro pochopení, jakou roli hrají střevní a kožní mikrobiota v patogenezi psoriázy. V našich experimentech jsme ukázali, že bezmikrobní myši, stejně tak jako konvenční myši léčené antibiotiky, mají nižší míru kožního zánětu, než myši kontrolní. Léčba širokospektrými antibiotiky vedla u myší k dramatickým změnám ve složení střevní mikrobioty, především jsme pozorovali extenzivní nárůst řádu Lactobacillales. Abychom zodpověděli otázku, zda má řád Lactobacillales potenciální efekt na tíži kožního zánětu, monokolonizovali jsme myši kmenem L. plantarum WCFS1. Také tyto monokolonizované myši vykazovali nižší míru zánětu, než myši konvenční. Abychom ale porozuměli tomu, jestli je mikrobiální dysbióza příčinou či následkem onemocnění, je třeba mikrobiální kolonizaci dále analyzovat.
Role bakterie Escherichia coli v tumorigenezi kolorektálního karcinomu
Čurnová, Lenka ; Klimešová, Klára (vedoucí práce) ; Grobárová, Valéria (oponent)
Kolorektální karcinom je závažné onemocnění tlustého střeva. Patří mezi nádory s nejvyšší incidencí a zároveň je pro něj typická také vysoká mortalita. V procesu tumorigeneze se uplatňuje celá řada rozličných mechanismů, především poškození a následná reparace DNA buněk a zánět. Střevní mikrobiota hraje důležitou roli ve vzniku a rozvoji kolorektálního karcinomu. Mikroorganismy ovlivňují mikroprostředí střeva. Mohou podporovat zánětlivou reakci či produkovat různé toxiny. Cyklomodulační látky, které některé bakterie produkují, ovlivňují buněčný cyklus. V diplomové práci byl zjišťován vztah mezi přítomností genů pro cyklomoduliny v genomu jednotlivých kmenů bakterie Escherichia coli a jejich genotoxickými vlastnostmi. Využit byl in vitro model pro zjištění přímého vlivu bakterií na buňky. Jako modelový mikroorganismus byla zvolena E. coli, která je běžnou součástí střevní mikrobioty a zároveň je fakultativně anaerobní, čímž je snadno kultivovatelná. Vybráno bylo šest kmenů, které mají různý vztah k hostiteli. Některé kmeny jsou probiotické, jiné komenzální a některé patogenní. U probiotických kmenů E. coli (Nissle 1917 a O83) bylo detekováno méně genů pro cyklomoduliny než u ostatních testovaných kmenů. Výrazné rozdíly v genotoxických vlastnostech nebyly pozorovány. Rozdíly v působení jednotlivých...
Mapping of SART3 interactions with spliceosomal snRNPs
Klimešová, Klára ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Hnilicová, Jarmila (oponent)
Sestřih pre-mRNA je katalyzován obrovským a velmi dynamickým sestřihovým komplexem, který se skládá z pěti malých jaderných ribonukleoproteinových částic (označovaných jako snRNP) a více než stovky dalších proteinů. Biogeneze sestřihových snRNP částic je komplikovaný proces, jehož závěrečné kroky se odehrávají ve specializovaných jaderných útvarech, Cajalových tělíscích. Molekulární podstata cílení snRNP částic do Cajalových tělísek však zůstává nejasná. Naše předchozí výsledky odhalily, že protein SART3 je důležitý pro akumulaci U4, U5 a U6 snRNP v Cajalových tělíscích, není ale známo, jakým způsobem SART3 tyto sestřihové částice váže. SART3 byl původně identifikován jako interakční partner U6 snRNP a faktor napomáhající složení U4/U6 di-snRNP částice. V této práci nicméně ukazujeme, že SART3 interaguje také s U2 snRNP a že specificky váže nesložené U2 částice. Dále poskytujeme důkazy, že SART3 asociuje s U2 snRNP přes Sm proteiny, které tvoří stabilní jádro čtyř z pěti hlavních snRNP částic (tzn. U1, U2, U4 a U5). Na základě našich výsledků navrhujeme, že interakce mezi SART3 a Sm proteiny představuje obecný mechanismus, jak SART3 rozpoznává nekompletní snRNP částice a kontroluje tak jejich skládání v Cajalových tělíscích.
Úloha mikroflóry a střevního zánětu při vývoji kolorektálního karcinomu v experimentálních modelech
Klimešová, Klára ; Tlaskalová - Hogenová, Helena (vedoucí práce) ; Vítek, Libor (oponent) ; Reiniš, Milan (oponent)
Slizniční povrch střeva je v neustálém kontaktu s cizorodými látkami pocházejícími jak z potravy tak z komensalních nebo patogenních mikroorganismů. Tisíciletá symbióza vyústila v úzkou spolupráci mezi hostitelem a jeho mikroflórou, jejíž složení a metabolizmus aktivně ovlivňují fyziologické i patologické procesy hostitele. Chronický střevní zánět je charakterizován dlouhodobou zánětlivou odpovědí spojenou s poškozením tkání, kterému napomáhá poškození bariérové funkce střeva podporované prozánětlivou reakcí vrozené i adaptivní imunity. Je prokázáno, že chronická zánětlivá onemocnění gastrointestinálního traktu (např. ulcerosní kolitida a Crohnova choroba) zvyšují riziko vzniku kolorektálního karcinomu. První dvě publikace se zabývají ovlivněním experimentálního střevního zánětu pomocí perorálního podávání složek bakterií. V modelu akutního a chronického střevního zánětu jsme prokázali protizánětlivý účinek podávání membránové frakce komensalní bakterie Parabacteroides distasonis i lyzátu probiotické bakterie Lactobacillus casei DN- 114 001. Navíc jsme popsali snížení lokální produkce prozánětlivých cytokinů, zlepšení bariérové funkce střeva a stabilizaci složení střevní mikroflóry. Dále jsme studovali roli negativního regulátoru TLR signalizace (IRAK-M) a střevní mikroflóry při vzniku experimentálního...
Recyklace sestřihových komplexů
Klimešová, Klára ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Hálová, Martina (oponent)
Ve většině lidských genů jsou kódující úseky (exony) přerušovány dlouhými nekódujícími sekvencemi (introny). Po přepisu genu do pre-mRNA musí být tyto introny velmi přesně vyštěpeny v procesu zvaném sestřih. Sestřih je zajišťován velmi složitým a dynamickým sestřihovým komplexem, který se skládá z pěti malých jaderných ribonukleoproteinových částic (snRNP) a řady sestřihových proteinů. Každá částice obsahuje jednu malou jadernou RNA a několik specifických proteinů a vzniká postupným procesem, který se odehrává v jádře i cytoplazmě. Závěrečné úpravy pak probíhají v jaderných Cajalových tělíscích. Hotové částice nasedají v přesně daném pořadí na pre-mRNA a formují komplex, který katalyzuje dvě transesterifikační reakce potřebné k vystřižení intronu a spojení okolních exonů a následně se opět rozpadá na jednotlivé snRNP. Ribonukleoproteinové částice během sestřihu podstupují nejrůznější změny jak v konformaci, tak v proteinovém složení. Proto musí před každým dalším kolem sestřihu projít recyklačními úpravami a vrátit se do stavu vhodného pro připojení k novému sestřihovému komplexu. Recyklační fázi sestřihového cyklu nicméně zatím obklopuje více otázek než odpovědí. Cílem této práce je pokusit se ve světle nových poznatků alespoň na některé z nich odpovědět.
Gut microbiome and colorectal cancer
Tlaskalová-Hogenová, Helena ; Klimešová, Klára ; Zákostelská, Zuzana ; Kverka, Miloslav ; Hornová, Michaela ; Vannucci, Luca ; Štěpánková, Renata ; Hudcovic, Tomáš ; Kozáková, Hana ; Rossmann, Pavel
The work deals with metagenomic approaches that are currently being used to decipher the genome of the microbiota (microbiome), and, in parallel, functional studies are being performed to analyze the effects of microbiota on the host.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 16 záznamů.   1 - 10další  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
6 KLIMEŠOVÁ, Kateřina
4 KLIMEŠOVÁ, Kristýna
6 Klimešová, Kateřina
4 Klimešová, Kristýna
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.