|
|
With a little help from my friends: "understanding the roles and importance of the millipede gut microbiome"
NWEZE, Julius Eyiuche
This research aimed to elucidate the role and importance of the millipede gut microbiome in cellulose digestion by using inhibitors to disrupt potential host-symbiosis and assessing their effects on millipede digestion and overall health. It involved the first comprehensive profiling of microbial communities within the hindgut and faeces of two distinct millipede species: Epibolus pulchripes, a tropical species found on the East African coast, and Glomeris connexa, a temperate species native to Central Europe. Although both species share a similar detritivorous lifestyle, they differ in size and gut redox conditions, with G. connexa being smaller (10-17 mm) than E. pulchripes (130-160 mm). The study also revealed the potential of the hindgut bacterial community in breaking down complex polysaccharides and recycling nutrients. It described the active bacterial community vital for certain processes and the extent of the millipedes' dependence on them. Additionally, the research provided a comprehensive investigation of viral communities in the hindguts of the two millipedes and their role in enhancing metabolism and modulating microbial composition. Furthermore, it introduced a new perspective that millipedes primarily ingest litter to gain access to microbial biomass (primarily fungal), which they and their gut microbiota consume.
|
|
|
Cell inclusions in microscopic eukaryotes
Pilátová, Jana
Tato práce přináší systematickou studii, která identifikuje různé buněčné inkluze napříč širokou diverzitou všech hlavních eukaryotických domén. Technika Ramanovy mikrospektroskopie byla použita jako metoda první volby pro studie, které vyžadují mikroanalytický přístup. V kapitole 1 odhalila prostorová rekonstrukce chloroplastů jednobuněčné spájivky Cylindrocystis sp. (Streptophyta) "prázdné prostory". Následná analýza prokázala masivními akumulace polyfosfátu, který není jako v jiných druzích v cytoplazmě, ale právě uvnitř chloroplastů. Tato nově objevená schopnost zygnematofyt, sesterské skupiny suchozemských rostlin, nás vede ke spekulacím o možné adaptaci na extrémní arktické podmínky nebo dokonce preadaptaci vedoucí k terestrializaci rostlin. Kapitola 2 shrnuje náš náhodný objev purinových krystalických inkluzí u obrněnek (Dinoflagellata, Alveolata) a dalších mikrořas. Nejprve byly zkoumány druhy způsobující toxické vodní květy a zooxantely, endosymbionti korálů budujících útesy. Dále bylo prokázáno, že purinové krystaly fungují jako dynamická vysokokapacitní zásobárna dusíku. Aby se ukázalo, jak jsou purinové inkluze rozšířené, byla provedena revize krystalických inkluzí ve všech hlavních eukaryotických skupinách. Byli zkoumáni zástupci z řad volně žijících prvoků a řas, parazitů i...
|
|
|
Interactions among free-living prokaryotes and protists in microbial communities
Jirouchová, Kateřina ; Pánek, Tomáš (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
Prvoci a prokaryota žijí v přirozeném prostředí jako součást komplexních mikrobiálních společenstev, jejichž členové spolu vzájemně interagují. Komunity se mohou skládat z několika málo nebo i mnoho druhů, které spolu interagují mnoha různými způsoby, jako například můžeme zmínit vztahy predátor/kořist ekto/endosymbiózu, parazitismus, ovlivnění vývoje nebo chování interakčního partnera či škodlivé baktericidní či algicidní interakce, vedoucí k vzniku složité sítě vztahů, které ovlivňují strukturu mikrobiálního společenstva, jakož i metabolismus a chování v něm přítomných druhů. Tato bakalářská práce si klade za cíl poskytnout ucelený přehled interakcí mezi volně žijícími prvoky a prokaryoty v mikrobiálních společenstvech s výjimkou dobře prozkoumaných interakcí jako jsou predace, ekto/endosymbióza a parazitismus. Práce je zaměřená na méně známé interakce, jejich význam a nastiňuje možnosti dalšího výzkumu.
|
|
|
Cell inclusions in microscopic eukaryotes
Pilátová, Jana ; Schwarzerová, Kateřina (vedoucí práce) ; Gierlinger, Notburga (oponent) ; Prášil, Ondřej (oponent)
Tato práce přináší systematickou studii, která identifikuje různé buněčné inkluze napříč širokou diverzitou všech hlavních eukaryotických domén. Technika Ramanovy mikrospektroskopie byla použita jako metoda první volby pro studie, které vyžadují mikroanalytický přístup. V kapitole 1 odhalila prostorová rekonstrukce chloroplastů jednobuněčné spájivky Cylindrocystis sp. (Streptophyta) "prázdné prostory". Následná analýza prokázala masivními akumulace polyfosfátu, který není jako v jiných druzích v cytoplazmě, ale právě uvnitř chloroplastů. Tato nově objevená schopnost zygnematofyt, sesterské skupiny suchozemských rostlin, nás vede ke spekulacím o možné adaptaci na extrémní arktické podmínky nebo dokonce preadaptaci vedoucí k terestrializaci rostlin. Kapitola 2 shrnuje náš náhodný objev purinových krystalických inkluzí u obrněnek (Dinoflagellata, Alveolata) a dalších mikrořas. Nejprve byly zkoumány druhy způsobující toxické vodní květy a zooxantely, endosymbionti korálů budujících útesy. Dále bylo prokázáno, že purinové krystaly fungují jako dynamická vysokokapacitní zásobárna dusíku. Aby se ukázalo, jak jsou purinové inkluze rozšířené, byla provedena revize krystalických inkluzí ve všech hlavních eukaryotických skupinách. Byli zkoumáni zástupci z řad volně žijících prvoků a řas, parazitů i...
|
|
|
Biogeneze a funkce peroxisomů u parazitických prvoků
Nguyen, Thu Duong ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Verner, Zdeněk (oponent)
Peroxisomy se nachází u velké většiny eukaryot a zřejmě pochází od společného předka všech eukaryot, neboť proteiny spojené s biogenezí peroxisomů jsou evolučně vysoce konzervované. Na rozdíl od jejich biogeneze je enzymatický obsah peroxisomů velmi rozmanitý a metabolická aktivita peroxisomů se tak může lišit i na základě buněčného typu stejného organismu. Peroxisomy jsou funkčně spjaté s mitochondriemi a tyto dvě organely se navzájem ovlivňují. Peroxisomy u jednobuněčných eukaryot jsou velmi různorodé. Například u kinetoplastidů (skupina Discoba) je charakteristická kompartmentalizace enzymů glykolýzy do peroxisomů, zvané glykosomy. U alveolátů dochází u určitých zástupců ke ztrátám peroxisomů a u anaerobních prvoků skupiny Metamonada nejsou peroxisomy přítomné. Tzv. anaerobní peroxisomy, které byly nalezeny u skupiny Archamoeba, jsou metabolicky zcela odlišné od aerobních peroxisomů. Je zřejmé, že vlastnosti těchto peroxisomů souvisí s životním stylem těchto prvoků. V této práci jsou stručně shrnuty informace ohledně biogeneze peroxisomů a jejich funkcích, dále je popsána jejich funkční souvislost s mitochondrií, a nakonec jsou shrnuty poznatky o peroxisomech u parazitických prvoků.
|
|
| |
|
|
Společenstva prvoků a bezobratlých živočichů ve sladkovodních akváriích a možnosti jejich využití ve výuce
Hásková, Barbora ; Mourek, Jan (vedoucí práce) ; Hanel, Lubomír (oponent)
Tato bakalářská práce se věnuje skrytému, ale velmi pestrému, společenstvu prvoků a mikroskopických bezobratlých ve sladkovodních akváriích. Vzorky těchto mikroorganismů byly získány z nárostových sklíček. Hlavním výstupem práce je multimediální didaktický atlas charakteristických prvoků a bezobratlých obývajících sladkovodní akvária. Pomocí vlastních mikrofotografií a videosekvencí je představeno celkem jedenáct zástupců ze dvou kmenů prvoků a šesti kmenů bezobratlých živočichů. Atlas je vytvořen ve dvou verzích - jako textový dokument a jako veřejně přístupná internetová stránka. V diskusi je vyhodnocena využitelnost tohoto atlasu ve výuce přírodopisu a biologie, případně v mimoškolním zájmovém vzdělávání. Klíčová slova: zoologie, prvoci, bezobratlí, výuka, didaktika, společenstva
|
|
|
Metoda DNA barcodingu a její využití u protist
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
DNA barcoding je molekulární metoda identifikace druhů založená na krátkých úsecích sekvence DNA, které by měly být co nejvíce podobné u jedinců stejného druhu, a naopak se musí co nejvíce lišit mezi druhy. Tyto DNA barcody se pak mohou porovnávat se sekvencemi známých druhů v globální barcodové databázi. Metoda vznikla jako návrh pro zjednodušení tradiční taxonomie, eliminaci jejích problémů a zrychlení jejích postupů. DNA barcoding ovšem také podléhá různým omezením, která znemožňují uskutečnění jeho původních cílů a dodržení rámce konceptu. Cílem této práce je vyložit dosavadní vývoj a význam této metody, obzvláště u protist, u kterých jsou identifikace druhů některých skupin z mnoha různých důvodů složité. Ohodnotit tuto metodu jako celek je obtížné, jelikož tvorba databáze sekvencí zatím není dokončena a pro mnohé skupiny organismů zatím ani nebyly vybrány vhodné DNA barcodové sekvence. Zda se toto podaří, se ukáže až v průběhu času, v této práci se proto zaměřím pouze na faktory, které již nyní úspěšnost metody DNA barcodingu ovlivňují.
|
|
|
Diverzita a biogeografie protistních organismů
Ryšánek, David ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Kulichová, Jana (oponent)
Předložená bakalářská práce sestává ze dvou částí. První částí je literární rešerše, druhou částí je pak praktická kapitola, která obsahuje výsledky mého vlastního výzkumu. V první části mé bakalářské práce se věnuji literární rešerši, ve které se zabývám dvěma současnými názory na biodiverzitu a biogeografii protist. První hypotézou je model ubikvitního rozšíření, který popisuji v několika bodech a ilustruji několika příklady. Podobně jsem představil i druhou teorii umírněného ubikvitního modelu. V závěru oba modely srovnávám a poukazuji na výhody a nevýhody jednotlivých teorií. Ve druhé části své bakalářské práce stručně charakterizuji rod Klebsormidium a následně popisuji optimalizaci molekulárních metod, které mi umožní studium biodiverzity a biogeografie tohoto rodu v rámci mé diplomové práce.
|
|
|
Vývoj křemičitých struktur u protist z linie SAR
Čížková, Natálie ; Čertnerová, Dora (vedoucí práce) ; Kulichová, Jana (oponent)
Křemík je důležitým prvkem v zemské kůře vyskytující se v přírodě především ve formě kyseliny křemičité. Tento prvek je využíván mořskými i sladkovodními organismy k utváření jejich křemičitých struktur. Organismy tvořící tyto struktury se nachází napříč celým fylogenetickým stromem a nejsou omezeny pouze na protistní skupiny. Do linie SAR spadají Stramenopila, Alveolata a Rhizaria. V těchto skupinách se nachází hlavní protistní taxony tvořící zmiňované křemičité struktury. Jedná se především o rozsivky, silikoflageláty, mřížovce a zlativky. Vznik křemičitých struktur většinou poskytuje organismům evoluční výhody, jako je např. ochrana buňky před působením biotických a abiotických faktorů. Dostupnost rozpuštěného křemíku se v průběhu evoluce měnila, a tím ovlivňovala vzhled a funkčnost struktur jednotlivých druhů. Strukturální změny se projevovaly ztenčováním schránek, změnou velikosti buňky, zvětšováním či zmenšováním pórů, zvyšováním počtu trnů/ostnů či naopak jejich ztrátou. Jednotlivé linie si tak musely vybírat v reakci na snižující se dostupnost kyseliny křemičité co nejlepší strategie. Mezi skupinami tak docházelo k časté kompetici o zbývající rozpuštěný křemík. Současná diverzita druhů v jednotlivých skupinách odráží evoluční výhody a nevýhody zvolených strategií pro efektivnější využití...
|
host ::
RSS.