|
|
Význam vyšetření predispozice pro pozdní Alzheimerovu chorobu pomocí metod molekulární biologie
KOPAČKOVÁ, Michaela
Alzheimerova choroba patří mezi nejčastější typy demence, přičemž zahrnuje až 70% případů z více než 38 milionů lidí na světě trpících nějakou formou demence. Alzheimerovou chorobou většinou onemocní pacienti nad 65 let, ale existují i výjimky. Předpokládá se, že nemocných s Alzheimerovou chorobou bude v budoucnosti neustále přibývat. Její etiopatogeneze není doposud zcela objasněna, a proto je důležité se tomuto onemocnění více věnovat, ať už z hlediska určitých environmentálních a genetických rizikových faktorů, tak i z hlediska ekonomické zátěže pro společnost. Předložená bakalářská práce shrnuje poznatky o Alzheimerově chorobě, o její neurobiologii, etiologii, diagnostice a genetických dispozicích, zejména pak o genech ApoE, APP, PSEN1 a PSEN2. Přítomnost alely epsilon 4 genu pro apolipoprotein E prokazatelně přispívá k vyššímu riziku vzniku pozdní formy Alzheimerovy choroby, mutace v genech APP, PSEN1 a PSEN2 jsou naopak spojovány s Alzheimerovou chorobou s časným nástupem ještě před 65 rokem věku. V experimentální časti, bylo cílem praktické zvládnutí izolace DNA z periferní krve a bukálního stěru, příprava a provedení PCR reakce, detekce PCR produktů pomocí gelové elektroforézy a samostatné vyšetření ApoE pomocí certifikovaného CVD StripAssay Kit od firmy ViennaLab (PentaGen). Součástí byla taktéž optimalizace další molekulární genetické metody pro detekci variantních alel ApoE. Tato metoda se prováděla pomocí certifikovaného kitu DiaPlexQTM ApoE od firmy SolGent Co., Ltd. Princip detekce je v tomto případě založen na real-time PCR.
|
|
|
Genetická analýza vybrané dědičné choroby u psů
VOLNÁ, Jitka
V rámci diplomové práce byla provedena analýza 60 biologických vzorků psů, u nichž se projevila epilepsie. Byl zjišťován vztah mezi genotypem ve vybraném lokusu a výskytem epilepsie. Na základě zjištěných výsledků analýz bylo provedeno zhodnocení, zda existuje prokazatelný vztah mezi výskytem epilepsie a genotypem v daném lokusu. Dle dosažených výsledků nebyl prokázán vliv tohoto genotypu na věk prvního epileptického záchvatu.
|
|
|
DNA čipy a jejich využití pro molekulární diagnostiku a predikci u onkologických onemocnění
VORÁČKOVÁ, Lucie
Na onkologické onemocnění poukazuje mnoho viditelných faktorů vznikajících při karcinogenezi, např. pozměněná exprese genů, zvýšený počet miRNA atp. Lze ho tedy diagnostikovat pomocí analýzy exprese genů za použití různorodých metod, z nichž je DNA čipová analýza nejvýznamnějším pokrokem genetického výzkumu. Pomocí mikročipů lze detekovat velké množství nukleotidových sekvencí na jednom čipu za relativně krátkou dobu. Zavedení této analýzy do praxe znamená pro diagnostiku a predikci onemocnění pozitivní obrat.
|
|
|
Srovnání genomů analýzou pozice genů
Pavel, Tomáš ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část této bakalářské práce se zabývá základy genetiky. Nejprve jsou popsány pojmy gen a mutace. Jsou popsány mutace genové a chromozomové. Následující část je věnována komparativní genomice a především synteny. Je zde popsáno, co je to synteny a jak vzniká. Konec teoretické části je věnován evoluci a způsobům třídění permutačních vektorů. Praktická část bakalářské práce obsahuje popis vytvořeného programu. Výstupem programu je dotplot zobrazující synteny bloky, jejichž indexy jsou vypsány v GUI. Druhým podstatným výstupem je stanovení počtu permutačních kroků. Tento počet kroků slouží ke stanovení evoluční vzdálenosti porovnávaných sekvencí. Poslední část práce je věnována testování programu a analýze uměle vytvořených a reálných sekvencí DNA.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků v genomu eukaryotických organismů
Urbánková, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v DNA. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a vysvětlení CpG ostrůvků. Praktickou část tvoří program, který vyhledává úseky CpG ostrůvků v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných u Homo sapiens, Pan troglodytes, Mus musculus a Bos taurus.
|
|
| |
|
|
Bioinformatika lidského genomu
Kupková, Karolína ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá úseky DNA obsahujícími pouze adenin a guanin. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a o konformacích řetězců obsahujících adenin s guaninem. Praktickou část tvoří program, který vyhledá požadované úseky v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných pro člověka a šimpanze, které byly zkoumány pro stanovení náhodnosti, funkčnosti a konzervovanosti těchto úseků.
|
|
|
Detekce genů v DNA sekvencích
Roubalík, Zbyněk ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Detekce genů v DNA sekvencích je jedním z řady složitých problémů, které jsou v současnosti řešeny v rámci bioinformatiky. Tato práce pojednává o detekci genů v DNA sekvencích s pomocí metod využívajících Skryté Markovovy modely. Obsahuje stručný popis základních principů molekulární biologie, vysvětluje způsob uložení genetické informace v DNA sekvencích a také teoretický základ Skrytých Markovových modelů. Dále je popsán postup vytváření konkrétních Skrytých Markovových modelů pro řešení problému detekce genů v DNA sekvencích, podle tohoto modelu je navržena aplikace, která je testována na reálných datech. V závěru práce jsou zhodnoceny testy aplikace a jsou navrženy další možné rozšíření projektu.
|
|
|
Molecular Signature as Optima of Multi-Objective Function with Applications to Prediction in Oncogenomics
Aligerová, Zuzana ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Content of this work is theoretical introduction and follow-up practical processing of topic Molecular signature as optima of multi-objective function with applications to prediction in oncogenomics. Opening chapters are targeted on topic of cancer, mainly on breast cancer and its subtype Triple Negative Breast Cancer. Succeeds the literature review of optimization methods, mainly on meta-heuristic methods for multi-objective optimization and problematic of machine learning. Part is focused on the oncogenomics and on the principal of microarray and also to statistics methods with emphasis on the calculation of p-value and Bimodality Index. Practical part of work consists from concrete research and conclusions lead to next steps of research. Implementation of selected methods was realised in Matlab and R, with use of other programming languages Java and Python.
|
|
|
Evoluční algoritmy
Bortel, Martin ; Karásek, Jan (oponent) ; Burget, Radim (vedoucí práce)
Práce se zabývá principy a základními vlastnostmi Evolučních a Genetických algoritmů. Jsou zde rozebrány operátory mutace, křížení a selekce a možnosti ukončení algoritmu. Uvedeny jsou příklady využití evolučních a genetických algoritmů v praxi. Využití technologií PHP&MySQL a Google Maps API k optimalizaci distribuční trasy, je důležitým bodem práce.
|
host ::
RSS.