|
|
Molekulárně genetická charakterizace vankomycin-rezistentních enterokoků
Bubeníček, Karel ; Rada, Vojtěch (vedoucí práce) ; Igor, Igor (oponent)
Souhrn
Cíle a hypotéza: Tato diplomová práce se zabývá studií plazmidů vankomycin-rezistentních enterokoků izolovaných z trusu amerických vran v letech 2012 až 2013.
Hypotézou je, že v různých prostředích existuje jeden či více typů epidemiologicky významných vanA gen-nesoucích plazmidů, které jsou schopné se horizontálně šířit.
Metody: Na základě metody PFGE byl detekován počet a velikost plazmidů ve vybraných izolátech vankomycin rezistentních E. faecium. Pomocí metody PCR byly izoláty podrobeny detekci genů replikáz, relaxáz a toxin antitoxin systému pro typizaci plazmidů z jednotlivých plazmidových rodin. Pomocí 19 primerů byly charakterizovány typy Tn1546.
Výsledky: Z celkového počtu 12 testovaných, vankomycin rezistentních izolátů E. faecium, byl pomocí metody PFGE prokázán počet a velikost plazmidů: 2 izoláty obsahovaly 2 plazmidy (17 %), 3 izoláty obsahovaly 3 plazmidy (25 %), 5 izolátů obsahovalo 4 plazmidy (42 %) a 2 izoláty obsahovalo 5 plazmidů (17 %).
Všechny izoláty (n=12) byly pak podrobenydetekci genů replikáz, relaxáz a toxin-antitoxin systému pro typizaci plazmidů z jednotlivých plazmidových rodin.
RepA_N rodina plazmidů:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pRUM: rep17 u 11 izolátů (92%), u 5 izolátů (42%) byl detekován gen AxeTxe
geny charakterizující plazmidy příbuzné pLG1: rep20 u 7 izolátů (58%)
geny charakterizujcící plazmidy příbuzné pAD1: u 1 izolátu (8%) byl detekován gen relpAD1
Inc18 rodina plazmidů:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pIL501: gen rep1 zachycen v jednom případě (8%)
geny charakterizující plazmidy příbuzné pRES25: Gen rep2 u dvou izolátů (17%)
geny chrarakterizující plazmidy příbuzné pEF1: relpEF1 detekován u 11 izolátů (92%)
pHTB rodina plazmidů:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pHTB: u 4 izolátů byl detekován gen Rep22 (33%) a u 2 izolátů (17 %) byl detekován gen relpHTB
RCR rodina plazmidů:
geny charakterizujcí plazmidy příbuzné pRI: u 8 izolátů (67%) byl pozitivní průkaz genu Rep14 a u 4 izolátů byl detekován gen relpRI..
Malé theta replikující se plazmidy:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pEF418: gen rep18a u dvou izolátů (17 %)
geny charakterizující plazmidy příbuzné pB82: u 1 izolátu (8%) byl detekován gen rep18b
geny charakterizující plazmidy příbuzné pCIZ2: u 9 testovaných izolátů (75%) byl prokázán gen relpCIZ2
Typy transpozonu Tn1546
Pomocí metody PCR byly charakterizovány typy Tn1546. U 4 izolátů (n=12; 33 %) byl chareakterizován Tn1546 jako typ F3. U jednoho izolátu (8 %) byl Tn1546 charakterizován jako typ F5, u jednoho izolátu (8 %) jako typ PP-16. 6 izolátů mělo netypovatelné Tn1546. S největší pravděpodpbností se jedná o nové, dosud nepopsané typy.
Závěr: Jedná se o první studii plazmidů z vankomycin rezistentních izolátů E. faecium izolovaných z trusu amerických vran. Tyto výsledky zdůrazňují nejen vysoké zastoupení plazmidů v jednotlivých izolátech, ale také vysoké zastoupení genů s horizontálním přenosem.
|
|
|
Metody predikce genů v prokaryotických genomech
Nykrýnová, Markéta ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá metodami predikce genů v prokaryotických organismech. V první části je popsána prokaryotická buňka včetně genomu, exprese genetické informace a rozdělení metod pro predikci genů. Dále je zde uveden popis tří vybraných softwarů, které predikci provádějí. V praktické části je rozebráno testování softwarů a vyhodnocení jejich účinnosti na daném genomu. Nakonec je zde popsán vytvořený program pro hledání genů a jsou zde uvedeny výsledky jeho účinnosti.
|
|
|
Význam vyšetření predispozice pro pozdní Alzheimerovu chorobu pomocí metod molekulární biologie
KOPAČKOVÁ, Michaela
Alzheimerova choroba patří mezi nejčastější typy demence, přičemž zahrnuje až 70% případů z více než 38 milionů lidí na světě trpících nějakou formou demence. Alzheimerovou chorobou většinou onemocní pacienti nad 65 let, ale existují i výjimky. Předpokládá se, že nemocných s Alzheimerovou chorobou bude v budoucnosti neustále přibývat. Její etiopatogeneze není doposud zcela objasněna, a proto je důležité se tomuto onemocnění více věnovat, ať už z hlediska určitých environmentálních a genetických rizikových faktorů, tak i z hlediska ekonomické zátěže pro společnost. Předložená bakalářská práce shrnuje poznatky o Alzheimerově chorobě, o její neurobiologii, etiologii, diagnostice a genetických dispozicích, zejména pak o genech ApoE, APP, PSEN1 a PSEN2. Přítomnost alely epsilon 4 genu pro apolipoprotein E prokazatelně přispívá k vyššímu riziku vzniku pozdní formy Alzheimerovy choroby, mutace v genech APP, PSEN1 a PSEN2 jsou naopak spojovány s Alzheimerovou chorobou s časným nástupem ještě před 65 rokem věku. V experimentální časti, bylo cílem praktické zvládnutí izolace DNA z periferní krve a bukálního stěru, příprava a provedení PCR reakce, detekce PCR produktů pomocí gelové elektroforézy a samostatné vyšetření ApoE pomocí certifikovaného CVD StripAssay Kit od firmy ViennaLab (PentaGen). Součástí byla taktéž optimalizace další molekulární genetické metody pro detekci variantních alel ApoE. Tato metoda se prováděla pomocí certifikovaného kitu DiaPlexQTM ApoE od firmy SolGent Co., Ltd. Princip detekce je v tomto případě založen na real-time PCR.
|
|
|
Genetická analýza vybrané dědičné choroby u psů
VOLNÁ, Jitka
V rámci diplomové práce byla provedena analýza 60 biologických vzorků psů, u nichž se projevila epilepsie. Byl zjišťován vztah mezi genotypem ve vybraném lokusu a výskytem epilepsie. Na základě zjištěných výsledků analýz bylo provedeno zhodnocení, zda existuje prokazatelný vztah mezi výskytem epilepsie a genotypem v daném lokusu. Dle dosažených výsledků nebyl prokázán vliv tohoto genotypu na věk prvního epileptického záchvatu.
|
|
|
DNA čipy a jejich využití pro molekulární diagnostiku a predikci u onkologických onemocnění
VORÁČKOVÁ, Lucie
Na onkologické onemocnění poukazuje mnoho viditelných faktorů vznikajících při karcinogenezi, např. pozměněná exprese genů, zvýšený počet miRNA atp. Lze ho tedy diagnostikovat pomocí analýzy exprese genů za použití různorodých metod, z nichž je DNA čipová analýza nejvýznamnějším pokrokem genetického výzkumu. Pomocí mikročipů lze detekovat velké množství nukleotidových sekvencí na jednom čipu za relativně krátkou dobu. Zavedení této analýzy do praxe znamená pro diagnostiku a predikci onemocnění pozitivní obrat.
|
|
|
Srovnání genomů analýzou pozice genů
Pavel, Tomáš ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část této bakalářské práce se zabývá základy genetiky. Nejprve jsou popsány pojmy gen a mutace. Jsou popsány mutace genové a chromozomové. Následující část je věnována komparativní genomice a především synteny. Je zde popsáno, co je to synteny a jak vzniká. Konec teoretické části je věnován evoluci a způsobům třídění permutačních vektorů. Praktická část bakalářské práce obsahuje popis vytvořeného programu. Výstupem programu je dotplot zobrazující synteny bloky, jejichž indexy jsou vypsány v GUI. Druhým podstatným výstupem je stanovení počtu permutačních kroků. Tento počet kroků slouží ke stanovení evoluční vzdálenosti porovnávaných sekvencí. Poslední část práce je věnována testování programu a analýze uměle vytvořených a reálných sekvencí DNA.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků v genomu eukaryotických organismů
Urbánková, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v DNA. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a vysvětlení CpG ostrůvků. Praktickou část tvoří program, který vyhledává úseky CpG ostrůvků v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných u Homo sapiens, Pan troglodytes, Mus musculus a Bos taurus.
|
|
| |
|
|
Bioinformatika lidského genomu
Kupková, Karolína ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá úseky DNA obsahujícími pouze adenin a guanin. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a o konformacích řetězců obsahujících adenin s guaninem. Praktickou část tvoří program, který vyhledá požadované úseky v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných pro člověka a šimpanze, které byly zkoumány pro stanovení náhodnosti, funkčnosti a konzervovanosti těchto úseků.
|
|
|
Detekce genů v DNA sekvencích
Roubalík, Zbyněk ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Detekce genů v DNA sekvencích je jedním z řady složitých problémů, které jsou v současnosti řešeny v rámci bioinformatiky. Tato práce pojednává o detekci genů v DNA sekvencích s pomocí metod využívajících Skryté Markovovy modely. Obsahuje stručný popis základních principů molekulární biologie, vysvětluje způsob uložení genetické informace v DNA sekvencích a také teoretický základ Skrytých Markovových modelů. Dále je popsán postup vytváření konkrétních Skrytých Markovových modelů pro řešení problému detekce genů v DNA sekvencích, podle tohoto modelu je navržena aplikace, která je testována na reálných datech. V závěru práce jsou zhodnoceny testy aplikace a jsou navrženy další možné rozšíření projektu.
|
host ::
RSS.