|
|
Znakově-orientované metody DNA barcodingu
Kalianková, Kateřina ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem znakově orientovaných metod DNA barcodingu. Úvod obsahuje informace o DNA barcodingu a znakově orientovaných metodách DNA barcodingu. V teoretické části je popsána metoda CAOS, metoda BLOG a metoda BLAST. V praktické části je popsána práce s programem BLAST a rovněž je zde popsána teorie a realizace vlastní metody. V závěru jsou shrnuty výsledky analýzy.
|
|
|
Komparační analýza genomických dat pomocí grafické reprezentace
Těthal, Jiří ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce se zabývá identifikací druhů živočichů pomocí denzity nukleotidů mitochondriálního genu CO1. V první části práce jsou teoreticky shrnuty informace o DNA barcodingu a buněčné organele mitochondrii, která s touto metodou úzce souvisí. Druhá část se již prakticky zabývá porovnáváním různých sekvencí s využitím denzity jejich nukleotidů. K tomuto účelu byl vytvořen program, který využívá dvě funkce, přičemž první ze zadaných sekvencí nukleotidů vypočítá jejich denzitu a druhá dokáže tyto denzity porovnat distanční metodou.
|
|
|
Identifikace organismů pomocí analýzy nukleotidových denzitních vektorů
Maděránková, Denisa ; Babula, Petr (oponent) ; Schwarz, Daniel (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Většina metod pro analýzu genomických dat pracuje se sekvencemi v jejich symbolickém zápisu. Genomické sekvence lze považovat za formu biologického digitálního signálu, který je možné analyzovat metodami zpracování digitálních signálů. Sekvence v symbolickém zápisu však musí být před zpracováním převedeny do vhodného numerického formátu. Tato dizertační práce představuje metodu numerické reprezentace genomických dat, nukleotidové denzitní vektory, a jejich využití k molekulární identifikaci organismů. V současnosti populární DNA barcoding je přístup molekulární identifikace organismů na základě porovnávání krátkých sekvencí určitého úseku mitochondriálního genomu. V této dizertační práci navržená metoda identifikace organismů na základě porovnávání nukleotidových denzitních vektorů byla testována na rozsáhlém souboru DNA barcodingových sekvencích. Navržený způsob identifikace do druhů byl dále rozšířen a otestován na vyšší taxonomické skupiny jako je čeleď. Dále také byly pro testovací data zkonstruovány a porovnány dendrogramy ze standardně používaných evolučních vzdáleností a vzdáleností mezi nukleotidovými denzitními vektory.
|
|
|
Analýza mitochondriálních genů živočichů pro DNA barcoding
Brabencová, Klára ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato diplomová práce obsahuje literární rešerši na téma mitochondriální genom a DNA barcodingu. Praktická část se zabývá sestavením datasetu mitochondriálních sekvencí z databáze GenBank a vytvořením funkce pro extrakci jednotlivých genů, které jsou obsaženy v mitochondriálním genomu. Tato funkce byla vytvořena v programovém prostředí Matlab. DNA barcoding je metoda, která vytvořením čárového kódu života přiřadí každému živočišnému druhu na Zemi jeho specifickou a unikátní značku, podle které by mohl být daný jedinec snadno a rychle identifikován. Neexistuje ucelená práce zkoumající vhodnost jednotlivých mitochondriálních genů. Proto tato práce zkoumá potenciály ostatních mitochondriálních genů a hodnotí jejich účinnost pro DNA barcoding výpočtem jejich vnitrodruhových a mezidruhových variabilit.
|
|
|
Znakově-orientované metody DNA barcodingu
Kalianková, Kateřina ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem znakově orientovaných metod DNA barcodingu. Úvod obsahuje informace o DNA barcodingu a znakově orientovaných metodách DNA barcodingu. V teoretické části je popsána metoda CAOS a metoda BLOG. V praktické části jsou popsány oba programy pro znakově orientované metody k analýze genomických sekvencí. V praktické části je rovněž popsána teorie a realizace vlastní metody. V závěru jsou shrnuty výsledky analýzy.
|
|
|
Fuzzy klasifikace DNA sekvencí
Těthal, Jiří ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Práce se zabývá Fuzzy klasifikací sekvencí DNA. V první části práce jsou teoreticky shrnuty informace o fuzzy logice a metodách jejího využití v klasifikaci biologických sekvenčních dat. Druhá část se již prakticky zabývá řešením klasifikačního algoritmu pro posouzení podobnosti sekvencí. Konkrétně pro rozdělení kódujících a nekódujících částí sekvence a využití fuzzy klasifikace v DNA barcodingu.
|
|
| |
|
| |
|
|
Hostitelská specificita tropických kůrovcovitých (Coleoptera: Curculionidae: Scolytinae, Platypodinae)
HULCR, Jiří
Hostitelská specificita tropických kůrovcovitých byla studována líhnutím brouků ze 13 hostitelských stromů v nížinných deštných lesích Papuy Nové Guineje. Floemofágní kůrovci jsou úzce specializovaní jako typičtí herbivoři, zpravidla na úroveň čeledi. Ambrosioví brouci žijící v symbióze s houbami naopak nevykazují téměř žádnou hostitelskou specificitu. Nález nového případu ambroziové symbiózy mezi Scolytodes unipunctatus a třemi druhy hub ukazuje na nízkou specificitu tohoto vztahu. Hypotéza o zdánlivé polyfagii herbivora skrývající kryptické specializované druhy byla vyvrácena pro Homona mermerodes (Lepidoptera, DNA vzorky kůrovcovitých nebyly k dispozici). Haplotypová diverzita cytochromoxidázy 1 není kongruentní s distribucí jednotlivců na hostitelskýchj rostlinách či lokalitách.
|
|
|
Inventarizace molekulární biodiverzity ichtyofauny ČR - představení započatého projektu
Mendel, Jan ; Halačka, Karel ; Vetešník, Lukáš ; Papoušek, Ivo ; Bartoňová, Eva ; Šanda, R. ; Koníčková, Milena ; Urbánková, Soňa
Studie založená na mezinárodní spolupráci by chtěla významně přispět k poznání a popisu druhové pestrosti celé české ichtyofauny pomocí aplikace komplexního přístupu. Objektem inventarizace a následné katalogizace jsou recentní původní a nepůvodní druhy ryb a mihulí, žijících ve volných vodách ČR. Získané výsledky jsou současně využity pro mezikontinentální srovnání všech druhů ryb prostřednictvím "DNA barcodu" v rámci platformy BoLD. Závěrečné souhrnné vyhodnocení přispěje k aktualizaci podkladů monitoringu systému Natura 2000 a přinese zásadní informace a doporučení Agentuře ochrany přírody a krajiny ČR. Nový design druhových kolekcí typových jedinců konstruovaný na pozadí komplexního přístupu a sestavení podrobného voucheru bude velkým přínosem pro národní muzea ČR. Konzervační přístup nové referenční kolekce současně umožní srovnávací DNA analýzy sbírkových jedinců i v budoucnu.
|
host ::
RSS.