|
Detekce a rozměření elektronového svazku v obrazech z TEM
Polcer, Simon ; Vičar, Tomáš (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá automatickou detekcí a rozměřením elektronového svazku ve snímcích z transmisního elektronového mikroskopu. V úvodní části práce je popsána konstrukce a nejdůležitější součástky elektronového mikroskopu. Dále jsou v teoretické části shrnuty módy osvětlení fluorescenčního stínítka, které vznikají při práci na mikroskopu. K automatické detekci elektronového svazku jsou použity metody strojového učení, konkrétně konvoluční neuronová síť U-Net. Následné rozměření elektronového svazku je provedeno na základě aproximace oblasti elektronového svazku elipsou, kde parametry elipsy udávají rozměry svazku. Jelikož při učení neuronových sítí je potřeba mít dostatečně rozsáhlou databázi snímků, jsou v práci popsány metody umělého rozšíření databáze. V práci je navržena vlastní augmentační metoda, která využívá geometrické transformace a aplikuje je na základě módu osvětlení fluorescenčního stínítka. V závěru práce jsou shrnuty a diskutovány dosažené výsledky. Úspěšnost algoritmu je zhodnocena na variabilní skupině snímků pokrývající jednotlivé módy osvětlení fluorescenčního stínítka. Celková úspěšnost dosahuje 0,815 hodnoty DICE koeficientu, který udává míru překryvu dvou oblastí. Práce je kompletně zpracována v programovém prostředí Python.
|
|
Techniky využívající svazek nabitých částic k zobrazení a analýze materiálů
Lamborová, Leona ; Kičmerová, Dina (oponent) ; Čupera, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá technikami využívající svazek nabitých částic pro zobrazení a analýzu materiálu. Mezi nabité částice využívající se pro tyto účely patří elektrony a ionty. Tato rešeršní práce je tedy rozdělena na podstatu elektronové a podstatu iontové optiky. Dále je zde pojednáno o principu funkce, konstrukci a detektorech, které slouží k obrazové a chemické analýze skenovací elektronové mikroskopie, transmisní elektronové mikroskopie a metody fokusovaného iontového svazku.
|
|
Mikroskopie: nástroj pro materiálovou analýzu
Pleskalová, Kateřina ; Řehořek, Lukáš (oponent) ; Čupera, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá popisem mikroskopických technik, které se využívají k analýze materiálů. V úvodní části je krátce shrnuta historie mikroskopie. První polovina práce je zaměřena na světelnou mikroskopii a více rozvedena je zde technika konfokální mikroskopie. Druhá polovina práce se soustředí na základní techniky elektronové mikroskopie, tedy transmisní a skenovací elektronovou mikroskopii. V závěru každé kapitoly jsou shrnuty limity a omezení, ale i výhody jednotlivých technik. Pro uvedené mikroskopické techniky je krátce popsána také příprava metalografických vzorků.
|
|
Charakterizace PHA produkujících buněk pomocí pokročilých mikroskopických a cytometrických technik
Dlouhá, Karolína ; Nováčková, Ivana (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je zdokumentovat produkci polyhydroxyalkanoátů u vybraných bakteriálních kmenů, kterými byly Pseudomonas thermotolerans, Chelatococcus daeguensis, Tepidiphilus thermophilus a Chelatococcus thermostellatus. U mikroorganismů Tepidiphilus thermophilus a Pseudomonas thermotolerans zatím nebyla produkce PHA pospána a u bakterií rodu Chelatococcus, které byly v této práci analyzovány, nebyla produkce zdokumentována pomocí elektronové mikroskopie. V této práci byly vybraní producenti analyzováni nejdříve pomocí průtokové cytometrie s použitím fluorescenčních sond BODIPY a Nilská červeň. Vybraní producenti, u kterých se produkce potvrdila, byly analyzováni dalšími metodami, kterými byly fluorescenční mikroskopie, cryo-skenovací elektronové mikroskopie a na závěr transmisní elektronová mikroskopie. U bakteriální kultury Pseudomonas thermotolerans se produkce PHA nepotvrdila již při první analýze pomocí průtokového cytometru. U ostatních mikroorganismů byla produkce potvrzena. Bakterie rodu Chelatococcus se jasně prokázaly jako lepší producenti. Bakteriální buňky Tepidiphilus thermophilus produkovaly menší granule a v menším množství.
|
|
Detekce biologických struktur ve snímcích z TEM mikroskopu
Cikánek, Martin ; Chmelík, Jiří (oponent) ; Potočňák, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem první části této diplomové práce je vysvětlit teoretické základy transmisní elektronové mikroskopie and zmínit fundamentální části transmisních elektronových mikroskopů. Další část této práce je zaměřena na možné metody segmentace obrazu, využití neuronových sítí při detekci objektů v obraze a na následné shlukování výsledků. Teoretická část práce je zakončena vysvětlením některých již publikovaných metod automatické detekce biologických struktur v obrazech z mikroskopu a teoretickým návrhem algoritmu, který bude následně vypracován. Na začátku praktické části je vysvětlen postup trénování neuronových sítí za účelem automatické detekce biologických struktur v obraze. Poté následuje zhodnocení výsledků dosažených těmito sítěmi. Následně jsou na tyto výsledky aplikovány metody shlukové analýzy, jejichž výsledky jsou porovnávány mezi sebou a taktéž s výsledky dosaženými již publikovanými metodami.
|
|
Transmission Electron Microscopy of Al-Mg Aluminium Alloys with Addition of Sc and Zr
Křivská, Barbora ; Šlapáková, Michaela (vedoucí práce) ; Málek, Přemysl (oponent)
Abstrakt. Mikrostruktura hliníkové slitiny Al-3.2Mg-0.19Sc-0.14Zr (hm.%) připravené metodou plynulého odlévání mezi válce byla studována pomocí světelné a elektronové mikroskopie. Materiál byl podroben isotermickému žíhání 300 řC / 8 h a/nebo deformován metodou protlačování pravoúhlým kanálem za účelem zlepšení mechanických vlastností. Žíhání vedlo k precipitaci jemné dis- perze metastabilní fáze Al3(Sc,Zr) a zvýšení mikrotvrdosti o 20 HV. Protlačování pravoúhlým kanálem výrazně snížilo velikost zrn a způsobilo nárůst mikrotvr- dosti o 30 HV. Kombinace obou metod - žíhání a deformace v různém pořadí - nepřineslo další zpevnění materiálu. Nicméně, při vystavení studované slitiny isochronnímu žíhání do 600 řC bylo prokázáno, že Al3(Sc,Zr) precipitáty, vzniklé při předchozím žíhání 300 řC / 8 h, značně stabilizují mikrostrukturu a omezují růst zrn po rekrystalizaci. 1
|
|
Vliv adipokinetického hormonu na působení jedu z vosičky, \kur{Habrobracon hebetor}, ve svalové tkáni octomilky, \kur{Drosophila melanogaster}
PODLAHOVÁ, Šárka
Adipokinetický hormon (AKH) zpožďuje nebo zmírňuje nervosvalovou paralýzu způsobenou jedem z vosičky, Habrobracon hebetor, avšak mechanismus působení zatím není zcela objasněn. Tato práce detailně popisuje metodiku přípravy polotenkých a ultratenkých řezů, analyzovaných pomocí transmisní elektronové mikroskopie, která umožňuje detailní pozorování změn ve svalové ultrastruktuře thoraxu Drosophila melanogaster po ošetření vosičkovým jedem a AKH. Výsledky odhalily, že vosičkový jed způsobuje výrazné změny v ultrastruktuře myofibril a mitochondrií, zatímco po aplikaci jedu společně s AKH byly změny potlačeny. Samotný AKH neovlivnil strukturu svalových vláken, avšak vyvolal vakuolizaci mitochondrií. Mimoto ošetření vosičkovým jedem vedlo ke značnému prodloužení sarkomer.
|
|
Using blind image filtering for images from TEM microscopes
Nováková, Kateřina ; Mézl, Martin (oponent) ; Potočňák, Tomáš (vedoucí práce)
This work deals with the blind filtration of the images from the transmission electron microscope. At the beginning of this work there is a basic description of the transmission electron microscope. Following part describes the mechanisms of electron interactions with the observed specimen. Description of basic electron microscopy imaging techniques is included. The last chapter of the theoretical part includes the description of several chosen blind image filtration techniques, especially those using the decomposition of the image into characteristic components. It also contains a summary of methods for evaluation the filtration effectiveness. The practical part focuses on a description of applied blind filtering methods and brings the results of the filtration. Individual methods are compared. In conclusion, the obtained results and usability of the applied methods are discussed.
|
|
Porovnání mikroskopických diagnostických metod
Veselý, Jakub ; Tihlaříková, Eva (oponent) ; Čudek, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá popisem a porovnáním diagnostických metod transmisní elektronové mikroskopie, rastrovací elektronové mikroskopie a mikroskopie atomárních sil. V úvodu práce je uveden popis jednotlivých diagnostických metod. Následuje experimentální část zabývající se diagnostikou vzorku feritické chromové oceli metodami rastrovací elektronové mikroskopie, mikroskopie atomárních sil, transmisní elektronové mikroskopie a vyhodnocením a interpretací naměřených výsledků. V závěru práce je uvedeno srovnání, výhody a nevýhody použitých diagnostických metod.
|
|
AN INTERPLAY BETWEEN HEAT TREATMENT CONDITIONS AND B2 <-> B19 ' TRANSFORMATION IN Ni-Ti SHAPE MEMORY ALLOYS
Kuběnová, Monika ; Zálešák, Jakub ; Čermák, Jiří ; Dlouhý, Antonín
This study investigates the influence of a heat treatment atmosphere on multistage martensitic transformations in a Ti-50.9at% Ni shape memory alloy. Evacuated quartz tubes were filled with hydrogen while the hydrogen partial pressure was carefully controlled in each experiment. The encapsulated specimens were subjected to heat treatments consisting of annealing and aging. After the heat treatment, the path of martensitic transformation was investigated using differential scanning calorimetry (DSC). On cooling, martensite initial temperatures decrease with the increasing partial pressure of hydrogen applied during the heat treatment. Moreover, the formation of martensite phase may not take place for partial pressures that exceed a certain limit. On the other hand, two-and multiple-step B2/R/B19' martensitic transformations are observed in specimens heat treated at lower hydrogen pressures. Results obtained using transmission electron microscopy (TEM) clearly show that the size of Ni4Ti3 precipitates becomes smaller in alloys that were heat treated at higher hydrogen pressures. The results are discussed in terms of a chain of events. It is suggested that diffusion of hydrogen into the specimen during the annealing step first influences the nucleation of the Ni4Ti3 phase. The sizes and distribution of the Ni4Ti3 precipitates than control the characteristics of B2/B19' transformation.
|