|
|
Modelování interakcí cytochromů P450 s flavodoxinem
Culka, Martin ; Martínek, Václav (vedoucí práce) ; Chmelík, Josef (oponent)
Cytochromy P450 jsou různorodá skupina hemových enzymů vyskytujících se u vět- šiny organismů na Zemi. U lidí zasahují např. do metabolismu cizorodých látek, bakterie jsou schopné díky nim metabolizovat různé hydrofobní substráty. Obecnou reakcí kata- lyzovanou cytochromy P450 je monooxygenace, tedy vnesení jednoho atomu z molekuly kyslíku do substrátu a redukce druhého za vzniku vody. Pro redukci kyslíku je třeba dodávat elektrony, jako donor elektronů u eukaryot obvykle slouží NADPH:cytochrom P450 oxidoreduktasa či cytochrom b5, u bakterií však donorem elektronů bývají malé FeS proteiny a flavoproteiny Již dříve bylo ukázáno, že bakteriální donor elektronů fla- vodoxin je schopen dodávat elektrony některým lidským cytochromům P450 in vitro. V této práci jsem se snažil ověřit hypotézu, že flavodoxin je zodpovědný za redukci vybraných lidských (1A2, 2A6, 2A13, 2C9, 2C19, 3A4) a bakteriálních (101A1 a 176A1) cytochromů P450 heterologně exprimovaných v buňkách Escherichia coli. Ke studiu byly použity techniky molekulového modelování. Byla navržena sada možných orientací komplexu jednotlivých cytochromů P450 s flavodoxinem metodou řízeného "dockingu a následně byla ověřena stabilita těchto komplexů řízenou disociací. Byly vybrány nejstabilnější orientace pro každý cytochrom P450, ty byly dále optimalizovány...
|
|
|
Laboratory astrochemistry and applications of computer simulations
Roučka, Štěpán ; Hrach, Rudolf (vedoucí práce) ; Bonaventura, Zdeněk (oponent) ; Novák, Stanislav (oponent)
Tato práce je zaměřena na laboratorní studium chemie iontů v podmínkách relevantních pro astrofyziku. Mezi tři hlavní výstupy práce patří: Za prvé: práce na experimentálním studiu rychlostního koeficientu reakce asociativního odtržení H- + H -> H2 + e-. V práci je popsáno měření rychlostního koeficientu v teplotním rozsa\-hu 10-135 K. Za druhé: návrh nové aparatury pro detekci elektronů vzniklých v iontové pasti a pro měření jejich energie. Popsány jsou počítačové modely a předběžné experimentální výsledky. Za třetí: vývoj modelu chlazení elektronů v dohasínajícím plazmatu a jeho aplikace při analýze výsledků měření rekombinace H3+.
|
|
|
Computer simulations of conformational behavior of block copolymers in selective solvents
Šindelka, Karel ; Limpouchová, Zuzana (vedoucí práce) ; Kuldová, Jitka (oponent)
Bakalářská práce se věnuje studiu konformačního chování diblokových kopoly- merů v selektivním rozpouštědle. Polymerní roztoky byly studovány pomocí disi- pativní částicové dynamiky. Byl vytvořen originální program pro simulace po- mocí disipativní částicové dynamiky a nový programový software pro zpracování simulačních dat. Funkčnost programu byla otestována na dvou systémech. První systém byl zředěný roztok lineárního homopolymeru, na kterém byly ověřeny škálovací zákony pro homopolymer ve zředěném roztoku. Druhý systém odpovídal diblokovým kopolymerům v selektivním rozpouštědle, na kterém bylo pomocí programu zreprodukováno micelární chování podle Shenga et al. Nakonec byl simulován systém s dlouhými blokovými kopolymery v selektivním rozpouštědle, který modeloval kopolymer polymetakrylové kyseliny a polyetylen oxidu ve vodném roztoku při pH 1. Tento systém byl studován pro různé koncentrace polymeru. Výsledky těchto simulací kvalitativně popisují studovaný systém a jsou výchozím bodem pro jeho další studium, ve kterém bude do systému přidán surfaktant a systém bude simulován při dalších hodnotách pH, kde elektrostatické interakce nejsou již zanedbatelné.
|
|
| |
|
|
Počítačové modelování interakce plazma-materiál: tok částic
ČERNÁ, Veronika
Bakalářská práce se zabývá počítačovým modelováním interakce plazmatu s povrchem pevného materiálu, a to především stanovením toku elektricky nabitých částic k povrchu. Hlavní důraz je kladen na studium tohoto jevu pomocí programu COMSOL Multiphysics. Po úvodní kapitole, v níž je stručně charakterizováno čtvrté skupenství hmoty - plazma, následuje kapitola seznamující se základními technikami počítačového modelování. Ve třetí kapitole je představen software pro technické výpočty, jehož užití je v následující kapitole prakticky demonstrováno na příkladu spojitého modelování. Poslední část práce tvoří ukázkové výstupy tohoto modelu. Závěrem je zhodnocení celé bakalářské práce a možnosti jejího dalšího využití.
|
|
|
Smyčkové antény pro medicínské aplikace
Zejda, Luboš ; Puskely, Jan (oponent) ; Raida, Zbyněk (vedoucí práce)
Tato práce je zaměřena na návrh smyčkových antén pro medicínské aplikace. Podstatou práce je ověřit funkčnost publikovaných širokopásmových smyčkových antén a vzájemně je porovnat. Porovnané antény jsou přepočteny na dostupný substrát a zadanou frekvenci. Z porovnaných antén byla následně vybrána anténa s lepšími parametry, anténa byla vyrobena a její parametry se porovnaly se simulací. Pro návrh a simulaci byl použit program CST Microwave Studio.
|
|
| |
|
|
Design and Optimization of Electromagnetic Band Gap Structures
Kovács, Peter ; Škvor,, Zbyněk (oponent) ; Dědková, Jarmila (oponent) ; Lukeš, Zbyněk (vedoucí práce)
The thesis deals with the design and optimization of periodic structures for surface waves suppression on electrically dense dielectric substrates. The design of such structures is rather complicated due to the large factor of uncertainty how the electromagnetic band gap (EBG) properties change depending on the unit cell geometry. Without a proper approach, the design of EBGs is based on trial-and-error. In this thesis, the basic theory of electromagnetic wave propagation in metamaterials is presented first. Second, the correct dispersion diagram computation in the selected full-wave software tools is discussed. The main attention is turned then to the automated design and optimization of EBG structures using different global evolutionary algorithms. The practical exploitation of the developed technique is demonstrated on design examples of reduced-size and dual-band EBGs, periodic structures with simultaneous electromagnetic band gap and artificial magnetic conductor (AMC) properties and periodic structures acting as superstrates. The last chapter of the thesis is devoted to the experimental verification of computer models.
|
|
| |
|
|
Počítačové modelování laserového svazku
Mittner, Ondřej ; Wilfert, Otakar (oponent) ; Raida, Zbyněk (vedoucí práce)
Bakalářská práce popisuje teoreticky Gaussův svazek, jeho vlastnosti a jeho průchod optickými prvky. Pozornost je pak věnována především vytváření počítačových modelů Gaussova svazku v programu COMSOL Multiphysics, jejich detailnímu popisu, prezentování dosažených výsledků a jejich porovnání s teoretickými předpoklady.
|
host ::
RSS.