|
|
Molekulárně genetická vyšetření u klinicky definované skupiny pacientů se syndromovou poruchou zraku a sluchu u vzácných genetických syndromů asociovaných s hluchoslepotou v ČR a SR
Čopíková, Jana ; Kremlíková Pourová, Radka (vedoucí práce) ; Astl, Jaromír (oponent) ; Baxová, Alice (oponent)
Hluchoslepota, neboli kombinované postižení, je současné poškození zraku a sluchu různého stupně s incidencí cca 1 : 8000 dětí a 1 : 5500 dospělých. Její nejčastější genetickou příčinou jsou syndromy Sticklerův (STL) a Usherův (USH). Hlavním cílem této práce je poskytnout aktuální přehled o výskytu STL a USH v ČR a SR, upřesnění korelací genotypu s fenotypem pro naši populaci a tím diagnostických kritérií. Pro podezření na STL jsme pomocí sekvenování a MLPA vyšetřili celkem 45 pacientů z 28 rodin. U 39 pacientů z 22 rodin jsme nalezli potenciálně kauzální varianty STL genů. Detekovali jsme celkem 15 různých variant (z toho 8 nových) v genu COL2A1 u 28 pacientů z 18 rodin a 4 různé dosud nepopsané varianty v genu COL11A1 u 11 pacientů ze 4 rodin. Příčinu onemocnění jsme objasnili u 22 rodin (79 % vyšetřovaných). Do výzkumu USH bylo zařazeno 30 pacientů z 27 rodin. Nejčastěji jsme zachytili patogenní varianty v genu USH2A, a to 19 variant u 14 rodin, z toho 10 popsaných a 9 nových. Dále jsme nalezli 6 variant (5 nových) v genu MYO7A (3 rodiny), 3 (2 nové) v genu USH1C (2 rodiny) a 3 (2 nové) v genu CDH23 (2 rodiny). U dvou rodin byla zjištěna složená heterozygozita pro varianty ve dvou různých USH genech. Příčinu hluchoslepoty v této skupině nemocných jsme objasnili u 21 rodin (78 % vyšetřovaných)....
|
|
|
Molekulárně genetické příčiny vývojových onemocnění předního segmentu oka
Moravíková, Jana ; Lišková, Petra (vedoucí práce) ; Krulová, Magdaléna (oponent)
V průběhu vývoje oka je klíčová exprese a regulace mnoha genů, přičemž úloha řady z nich, nebyla doposud zcela objasněna. Dysgeneze předního segmentu (DPS) oka jsou geneticky vysoce heterogenní skupinou onemocnění vykazující všechny typy Mendelovské dědičnosti, které se projevují jako variabilní kombinace vrozeného postižení rohovky, duhovky, komorového úhlu anebo čočky. Běžně prováděné testování kódujících úseků známých genů asociovaných s DPS, nevede k nalezení kauzální mutace u více než poloviny probandů. Lze se tedy domnívat, že existují dosud nepopsané příčinné varianty anebo geny. Molekulárně genetické vyšetření 12 českých probandů s DPS oka zahrnovalo analýzu přímým a celoexomovým sekvenováním. U mutací potenciálně narušující sestřih jsme provedli funkční analýzy pomocí metody Exon trappingu. U 4 probandů jsme nalezli v heterozygotním stavu 4 mutace v genu PAX6 c.183C˃G; p.(Tyr61*), c.1032+1G>A, c.1183+1G>T a c.622C>T; p.(Arg208Trp). Další probandka byla složeným heterozygotem v genu FOXE3 pro mutace c.244A>G; p.(Met82Val) a c.541delG; p.(Glu181Lysfs*26). U 7 probandů nebyly ve známých genech asociovaných s výskytem DPS detekovány žádné potenciálně patogenní varianty. Metodou Exon trappingu jsme prokázali, že mutace c.1032+1G>A a c.1183+1G>T narušují sestřih PAX6. Podrobná molekulárně...
|
|
|
Molekulárně genetická analýza pacientů s Usherovým syndromem
Průšová, Kateřina ; Ďuďáková, Ľubica (vedoucí práce) ; Kousal, Bohdan (oponent)
Práce je zaměřena na molekulárně genetické testování pacientů s Usherovým syndromem - na potvrzení správné diagnózy, určení kauzální příčiny vzniku onemocnění a popis nových mutací způsobující Usherův syndrom u českých pacientů. Usherův syndrom je klinicky a geneticky heterogenní onemocnění, které je nejčastější příčinou dědičné hluchoslepoty. Je klasifikováno do tří klinických subtypů. Vzhledem k tomu, že v současné době neexistuje žádná specifická léčba, je potřeba pochopit patofyziologii tohoto onemocnění a rozšířit spektrum kauzálních mutací. Teoretická část práce se věnuje anatomii oka, a to především stavbě sítnice. Pozornost je rovněž věnována onemocněním sítnice, jako je progresivní ztrátou zraku charakteristická Retinitis pigmentosa (RP). RP se může vyskytovat buď jako izolovaná porucha nebo také spolu s dalšími poškozeními jako tzv. syndromová RP. Mezi klasické syndromové RP patří Usherův syndrom, jímž se práce zabývá. V teoretické části se práce věnuje především mechanismu vzniku onemocnění, funkcím jednotlivých usherovských proteinů a genům, které tyto proteiny kódují. Rovněž jsou uvedeny nejčastější mutace způsobující Usherův syndrom v Evropě a výsledky haplotypových analýz, které byly u těchto frekventovaných mutací provedeny. Na základě jejich výsledků byl již dříve potvrzen efekt...
|
|
|
Sekvenční analýza genu pro LDL receptor
MAŠKOVÁ, Denisa
Receptoru pro LDL (low density lipoprotein) je věnována v současné době pozornost. Byl objeven až v roce 1985 Goldsteinem a Brownem, kteří objevili jeho funkci a patogenezi familiární hypercholesterolémie. Receptor poskytuje buňce dostatek cholesterolu, který je nutný k syntéze membrán a slouží i jako prekurzor některých produktů buňky (např. žlučových kyselin a sterolů) (Aschermann et al., 2004). Mutace postihující gen pro LDL receptor (LDLR) značí poruchu funkce LDLR (Češka, 2005). Důsledkem poruchy je zvýšená koncentrace LDL-cholesterolu v plazmě a s tím související brzký rozvoj aterosklerózy a dalších poruch (Khan, 2014) Tato bakalářská práce se zabývá analýzou genu LDLR. Gen se nachází na krátkých ramenech 19. chromozomu v oblasti 13.2, analyzován byl pouze exon 15. Identifikace mutací v genu LDLR byla provedena Sangerovým sekvenováním. Získané sekvence byly zpracovány v programu BioEdit a srovnány s mezinárodní databází NCBI (National Center for Biotechnology Information). Metodická část byla provedena na souboru 15 anonymizovaných vzorků DNA, u kterých byla nalezena jedna patogenní mutace (c.2253_2256dupGCTG) způsobující familiární hypercholesterolémii, jedna pravděpodobně benigní mutace (c.2225C>T), nejčastěji se vyskytovala benigní mutace (c.2232A>G) a byla nalezena i mutace v oblasti intronu. Pouze jeden vzorek byl bez mutace.
|
|
|
Vyšetření laktózové intolerance metodou sekvenování
JAVŮRKOVÁ, Petra
Laktózová intolerance patří mezi nejčastější potravinové intolerance. Je způsobena úbytkem enzymu laktázy v epitelu tenkého střeva, což vede k nedostatečnému zpracování laktózy přijaté potravou a jejímu hromadění. Úbytek laktázy může být buď vrozený, primární nebo sekundární. První dva zmíněné typy jsou podmíněny geneticky. Velký zájem o tuto problematiku v posledních letech vedl k identifikaci polymorfismů, které jsou za laktózovou intoleranci zodpovědné. V evropské populaci se vyskytují dva nejvýznamnější polymorfismy asociované s laktózovou intolerancí: C/T-13910 a G/A-22018. Patří tedy k prakticky jediným vyšetřovaným polymorfismům v naší populaci. Každý známý SNP je označen dle NCBI identifikačním číslem (ID), podle kterého může být identifikován a dohledán v genových databázích, odborných publikacích apod. Polymorfismus C/T-13910 je dle NCBI označován kódem rs4988235 a G/A-22018 kódem rs182549. Zatímco ale o dopadu homozygotního i heterozygotního genotypu na jedince v obou polymorfismech víme, v odborné literatuře se téměř nelze dočíst o kombinovaném genotypu. V praktické části této bakalářské práce jsem se proto zaměřila mimo jiné na jedince, kteří jsou homozygotní pouze v jednom z polymorfismů. Všichni pacienti byli vybráni na základě předběžných výsledků získaných pomocí metody PCR-RFLP a byli znovu vyšetřeni druhou nezávislou metodou, sekvenováním. Soubor tvořilo celkem 20 vzorků s různým genotypy, z nichž poloviční zastoupení měl právě genotyp kombinovaný. Na základě porovnání výsledků získaných metodou sekvenování a metodou PCR-RFLP byly zjištěny neshody u 20 % vzorků. Po porovnání obou výše zmíněných diagnostických přístupů v diskusi jsem zhodnotila metodu sekvenování jako spolehlivější, na straně druhé je tato metoda náročnější na technické vybavení laboratoře a je také nákladnější než metoda PCR-RFLP. Také z tohoto důvodu se sekvenování pro rutinní diagnostiku laktózové intolerance nepoužívá.
|
|
|
Genetické poruchy pigmentace kůže
ZLÁMALOVÁ, Aneta
Genetické poruchy kůže jsou jedny z nejčastěji vyskytujících se onemocnění. Avšak nemusí se striktně jednat přímo o choroby kůže. Existuje spousta onemocnění, která se manifestují na pokožce, ale z diagnostického hlediska nemají s kůží nic společného. Tato bakalářská práce se zabývá kůží a jejími nejčastěji se vyskytujícími onemocněními. Dále pak se souvisejícími autoimunitními onemocněními a genetikou. Vitiligo je onemocnění, které je spojeno s poruchou melanocytů, ve kterých se vytváří pigment a v jeho důsledku se na kůži objevují bílé skvrny. Morbus Darier je onemocnění kůže charakterizovaná bradavicovitými vřídky na těle. Vřídky jsou obvykle nažloutlé barvy, jsou citlivé na dotek, mírně mastné a mohou vydávat silný zápach. V metodické části se tato bakalářská práce zabývá analýzou FOXD3 genu pro Vitiligo, který má jeden rozsáhlý exon a analýzou dvanáctého exonu v ATP2A2 genu pro Morbus Darier. Pro každé onemocnění byly k dispozici dva probandi. K analýze vzorku byla použita izolace DNA, následně PCR, Sangerovo sekvenování a vyhodnocení pomocí programu BioEdit a NCBI databáze. Avšak ani u jednoho probanda nebyla zjištěna žádná mutace v žádném vyšetřovaném úseku.
|
|
|
Vyšetření genů DNM2, GARS, MORC2, TRPV4 a SOD1 u českých pacientů s dědičnou neuropatií axonálního typu
Neupauerová, Jana ; Laššuthová, Petra (vedoucí práce) ; Vlčková, Eva (oponent) ; Vasovčák, Peter (oponent)
Vyšetření genů DNM2, GARS, MORC2, TRPV4 a SOD1 u českých pacientů s dědičnou neuropatií axonálního typu V dizertační práci jsem se zaměřila na diagnostiku axonální formy dědičné neuropatie, protože v té době byla u pacientů s axonální formou CMT výrazně nižší objasnitelnost metodami klasické molekulární genetiky než u pacientů s demyelinizačními typy CMT. Pro další vyšetření u pacientů bez objasněné příčiny axonální formy CMT byly zvoleny geny DNM2, GARS a TRPV4. Cílem bylo zjistit spektrum a frekvenci mutací v těchto genech jako příčiny CMT2 u českých pacientů. Dále jsme v průběhu řešení projektu přidali vyšetření genů MORC2 a SOD1. Kauzální varianty v těchto dvou genech byly prokázány u našich pacientů pomocí celoexomového sekvenování. Proto jsme následně vyšetřili i větší skupinu pacientů na přítomnost variant v těchto dvou genech, s cílem zjistit, jak časté jsou tyto varianty v české populaci. Klasickým Sangerovým sekvenováním jsem vyšetřila reprezentativní soubor pacientů s CMT2 na přítomnost variant v genech: DNM2 (37 pacientů), GARS (10 pacientů), TRPV4 (24 pacientů) a SOD1 (43 pacientů). Metodou RFLP jsem vyšetřila 161 pacientů na přítomnost varianty p.Arg190Trp v genu MORC2. Soubor pacientů s CMT2 (50 pacientů) jsme podrobili také analýze metodou MLPA pomocí kitu na detekci duplikací a delecí pro...
|
|
|
Molekulárně genetické příčiny vývojových onemocnění předního segmentu oka
Moravíková, Jana ; Lišková, Petra (vedoucí práce) ; Krulová, Magdaléna (oponent)
V průběhu vývoje oka je klíčová exprese a regulace mnoha genů, přičemž úloha řady z nich, nebyla doposud zcela objasněna. Dysgeneze předního segmentu (DPS) oka jsou geneticky vysoce heterogenní skupinou onemocnění vykazující všechny typy Mendelovské dědičnosti, které se projevují jako variabilní kombinace vrozeného postižení rohovky, duhovky, komorového úhlu anebo čočky. Běžně prováděné testování kódujících úseků známých genů asociovaných s DPS, nevede k nalezení kauzální mutace u více než poloviny probandů. Lze se tedy domnívat, že existují dosud nepopsané příčinné varianty anebo geny. Molekulárně genetické vyšetření 12 českých probandů s DPS oka zahrnovalo analýzu přímým a celoexomovým sekvenováním. U mutací potenciálně narušující sestřih jsme provedli funkční analýzy pomocí metody Exon trappingu. U 4 probandů jsme nalezli v heterozygotním stavu 4 mutace v genu PAX6 c.183C˃G; p.(Tyr61*), c.1032+1G>A, c.1183+1G>T a c.622C>T; p.(Arg208Trp). Další probandka byla složeným heterozygotem v genu FOXE3 pro mutace c.244A>G; p.(Met82Val) a c.541delG; p.(Glu181Lysfs*26). U 7 probandů nebyly ve známých genech asociovaných s výskytem DPS detekovány žádné potenciálně patogenní varianty. Metodou Exon trappingu jsme prokázali, že mutace c.1032+1G>A a c.1183+1G>T narušují sestřih PAX6. Podrobná molekulárně...
|
|
|
Zavedení nových metod pro studium molekulárně genetické podstaty onemocnění CADASIL
Hrubá, Monika ; Vlášková, Hana (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
CADASIL je autozomálně dominantně dědičné neurodegenerativní onemocnění s pozdním nástupem charakterizované poškozením malých cév, podkorovými infarkty a poškozením bílé hmoty mozkové. Nejčastějšími příznaky jsou migrény s aurou, cévní mozkové příhody, zhoršení kognitivních funkcí a demence. Onemocnění je způsobeno mutacemi v genu NOTCH3, převážně jde o jednonukleotidové záměny měnící počet cysteinových zbytků v EGF- like repeticích proteinu Notch3. V České republice se pro analýzu molekulárně genetických příčin tohoto onemocnění užívají metody Sangerova sekvenování PCR produktů a MLPA. U některých pacientů s podezřením na CADASIL se však těmito metodami nepodařilo diagnózu potvrdit. Proto bylo cílem této práce zavést metodu analýzy transkriptu Sangerovým sekvenováním PCR produktů cDNA a metodu kvantitativní PCR v reálném čase (qPCR) pro zjištění velkých delecí/duplikací. Analýzou transkriptu byla experimentálně potvrzena existence transkripční varianty X1 u zdravých kontrol a bylo prokázáno, že varianta c.1725G>A (p.T575=) má vliv na sestřih. Chybným sestřihem dochází k deleci zahrnující cysteinové zbytky, a tak může tato varianta způsobovat onemocnění CADASIL. U dalších testovaných variant nebyly nalezeny změny na úrovni transkriptu. Metoda qPCR neprokázala při použití v této práci dostatečnou...
|
host ::
RSS.