|
| |
|
|
Biosyntéza polyhydroxyalkanoátů u nesirných purpurových bakterií
Fiala, Tomáš ; Vodička, Juraj (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce je zaměřena na polyhydroxyalkanoáty (PHA) a jejich produkci pomocí nesirných purpurových bakterií, konkrétně Rhodospirillum rubrum. Proběhla optimalizace kultivačních podmínek pomocí a především stanovení vhodné koncentrace NaCl pro následující evoluční experimenty. U těchto vzorků byl zkoumán růst a produkce PHA pomocí plynové chromatografie s FID detektorem. Poté byl tento mikroorganismus dlouhodobě pasážován o vysoké koncentraci NaCl (40 g/L). Kultivace probíhala v systému pasáží s 48 h intervalem mezi přeočkováním za aerobních podmínek ve tmě. U takto kultivovaných vzorků byla stanovena produkce biomasy a PHA pomocí plynové chromatografie s FID detektorem. Jako poslední experiment byla provedena PCR analýza pro test genů 16S rRNA a phaC. Závěrem práce je provedení úspěšné adaptace R. rubrum na koncentraci 40 g/l NaCl. Dále byl prokázán pozitivní vliv stresového podnětu na zvýšenou produkci PHA u bakterie Rhodospirillum rubrum.
|
|
|
Změny senzorické kvality a profilu těkavých látek sýrů zrajících pod mazem v průběhu skladování
Šebestová, Adéla ; Zemanová, Jana (oponent) ; Vítová, Eva (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá změnami senzorické kvality, profilu těkavých látek a mikrobiálního profilu dvou sýrů zrajících pod mazem, Olomouckých tvarůžků a Romaduru, během jejich skladování po dobu čtyř týdnů. Senzorická analýza, konkrétně hodnocení vzhledu, barvy, textury, vůně a chuti, prokázala rozdíly mezi oběma sýry, které se zvětšovaly v průběhu skladování (dozrávání). Největší rozdíly byly zaznamenány v hodnocení chuti, u tvarůžků se během prozrávání zlepšovala, u Romaduru naopak zhoršovala. Analýza těkavých látek pomocí headspace mikroextrakce na pevnou fázi ve spojení s plynovou chromatografií a hmotnostní detekcí odhalila přítomnost 57 látek, patřících do 9 chemických skupin. Složení sýrů se lišilo z hlediska počtu i obsahu sloučenin, nejpočetnější byly alkoholy, ketony a kyseliny. V Romaduru kvantitativně převažovaly estery, v tvarůžcích sirné sloučeniny. Během dozrávání se celkové množství těkavých látek v tvarůžku zvyšovalo, u Romaduru tomu bylo naopak. Mikrobiální rozbor prokázal přítomnost rozmanitého mikrobiomu na povrchu sýrů. Mezi mikrobiálním složením sýrů byly mírné rozdíly. Nebyla dokázána změna mikrobioumu v průběhu zraní. Metoda qPCR byla použita pro identifikaci přítomných mikroorganismů.
|
|
|
Evaluace přítomnosti probiotických bakterií v potravinovém doplňku pomocí molekulárně biologických metod
Dvornyi, Nikolai ; Brázda, Václav (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Probiotika jsou prospěšné mikroorganismy, které při správném podávání schopny přinášet hostiteli zdravotní benefity, například podporu trávení a posílení imunitního systému. Jejich účinnost a přínosy závisí na konkrétním kmenu mikroorganismu. Proto je velmi důležitě mít metody rychlé a spolehlivé pro identifikaci MO. Tyto kmeny jsou často z rodů Lactobacillus, Bifidobacterium, a představují přirozené hostiteli gastrointestinálního traktu. Tato bakalářská práce se zaměřuje na identifikaci probiotických bakterií v komerčně dostupném doplňku stravy Linex® Forte pomocí molekulárně biologických metod, především polymerázové řetězové reakce (PCR). Cílem bylo ověřit přítomnost deklarovaných probiotických kultur Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium animalis, a porovnat výsledky s údaji uvedenými výrobcem. K tímto účelům byly použity dvě metody izolace DNA: fenolchloroformová extrakce a komerční purifikační kit OMNI International. Následně byla izolovaná DNA analyzována pomocí doménově, rodově a druhově specifické PCR. Výsledky ukazují, že použité metody jsou vhodné pro identifikaci probiotických bakterií a potvrzují jejich přítomnost ve vybraném výrobku.
|
|
|
Testování primerů pro real-time PCR-HRM analýzu autenticity jednodruhových ovocných výrobků
Boháčová, Barbora ; Dzurendová, Simona (oponent) ; Fialová, Lenka (vedoucí práce)
Stanovení autenticity ovocných výrobků, u kterých často dochází k falšování náhradou části dražšího ovocného druhu levnějším, avšak druhově podobným ovocem, je aktuálním tématem potravinářského průmyslu. Ukázkovým příkladem je ředění výrobků z meruněk broskvovým pyré. Tato práce se zabývá testováním specifických primerů AGS18 a PdCass pro odhalení skutečného podílu meruňkové složky v modelových výrobcích ve směsi právě s broskvovým pyré pomocí PCR analýzy následované HRM analýzou. Testování těchto primerů pro stanovení autenticity odhalilo malou využitelnost primerů AGS18 z důvodu tvorby malého nebo žádného množství specifických produktů při reakcích s ovocnou DNA. Primery PdCass vyžadovaly optimalizaci podmínek PCR, avšak poté s nimi bylo možné amplifikovat specifické sekvence DNA z ovocných listů v dostatečném množství. PCR analýza DNA z modelových výrobků s primery PdCass poskytla specifické produkty v případě vzorků s obsahem meruňky 70 % a méně. HRM analýzou vzorků ani výpočtem GCP nebylo možné odlišit pyré s 0%, 10% a 30% obsahem meruňky. Pyré s 50% a 70% podílem meruňky poskytly křivky tání výrazně odlišné od ostatních vzorků.
|
|
|
Využití techniky PCR pro stanovení přítomnosti probiotických baktérií v komerčním produktu osobní hygieny
Horobets, Yuliia ; Fialová, Lenka (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Probiotické bakterie byly tradičně používány v potravinářském průmyslu, avšak v současnosti jsou také široce aplikovány k prevenci a léčbě různých onemocnění. Rostoucí počet důkazů o účinnosti bakterií rodu Lactobacillus v ústní dutině vedl k aplikaci probiotických kmenů tohoto rodu v ústních vodách a jiných produktech osobní hygieny. V rámci této bakalářské práci DNA byla izolována dvěma metodami, následně kvantifikovaná spektrofotometricky a amplifikována pomocí konvenční PCR. Výsledky polymerázové řetězové reakce byly detekovány prostřednictvím gelové elektroforézy. Přítomnost bakterií probiotických druhů Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus plantarum a Lactobacillus pentosus byla ověřená.
|
|
|
Vliv výrobního prostředí na výskyt kontaminující plísně typu Penicillium u sýrů zrajících pod mazem
Veselá, Vendula ; Brázda, Václav (oponent) ; Vítová, Eva (vedoucí práce)
Tématem této diplomové práce je monitoring prostředí výrobního závodu na výrobu sýrů zrajících pod mazem se zaměřením na výskyt plísně typu Penicillium jako hlavního kontaminujícího mikroorganismu. Během celého výrobního procesu byly odebírány vzorky ovzduší ve výrobním závodě metodou spadu na vytipovaných 21 místech. Pomocí kultivačních (dle ČSN norem), mikroskopických a molekulárně diagnostických technik byl u odebraných vzorků sledován celkový počet mikroorganismů, vybrané skupiny mikroorganismů a cílový mikroorganismus (plísně rodu Penicillium). Cílem bylo zhodnotit výskyt druhů Penicillium citrinum, chrysogenum a commune v závislosti na místě odběru vzorku a času výroby. V rámci screeningu výroby byla nejprve hodnocena širší mikroflóra a až posléze byl sledován výskyt kontaminujících plísní. Pomocí makroskopických a mikroskopických metod, bylo vybráno 36 morfologicky rozdílných kolonií. Mikroskopicky byla prokázána přítomnost bakterií, kvasinek a plísní rodu Penicillium, Cladosporium a Aspergillus. Za účelem identifikace vyskytujících se mikroorganismů byla provedena analýza pomocí metody polymerázové řetězové reakce, čemuž předcházela izolace DNA pomocí NucleoSpin Microbial DNA kitu a pomocí fenolové extrakce. Na základě výsledků pozorování potvrzených polymerázovou řetězovou reakcí v reálném čase, byl zjištěn výskyt kontaminující plísně rodu Penicillium i Cladosporium již v počátku výroby. Plísně těchto rodů se vyskytují napříč celým provozem kromě jediné místnosti, která slouží jako chladírna tvarohu před formováním. Rod Aspergillus v podobě žluté plísně s bílým myceliem na okraji kolonie byl zachycen pouze jednou v sušárně, kde dochází ke zrání sýrů, a prokázán mikroskopickým pozorováním. Rod Cladosporium byl ve výrobním prostředí zachycen v pěti morfologicky odlišných formách. Rod Penicillium byl reprezentován 13 morfologicky rozdílnými koloniemi, polymerázovou řetězovou reakcí v reálném čase byla prokázána přítomnost Penicillium commune, Penicillium chrysogenum. Kromě uvedených plísní bylo zachyceno 11 morfologicky rozdílně se projevujících bakterií, z nichž byla izolována DNA. Polymerázovou reakcí v reálném čase byla tato DNA prokázána jako DNA koryneforem, u čtyř z nich se jednalo o DNA rodu Brevibacterium. Výsledky této práce kompletně mapují kontaminaci výrobního prostředí závodu, na jejich základě byly navrženy způsoby sanitace prostředí pro zajištění dekontaminace výrobního procesu.
|
|
|
Detekce patogenů u infekcí kloubů včetně totálních endoprotéz metodou BioFire (Biomérieux)
ŠTĚTINOVÁ, Lucie
Tato bakalářská práce se zabývá detekcí patogenů u infekcí kloubů včetně totálních endoprotéz metodou BioFire (Biomérieux, Francie). Tato metoda je systémem multiplexní PCR pro rychlé a komplexní vyšetření. Panel Biofire Joint Infection (BioMérieux, Francie) nabízí oproti konvenčním metodám současnou detekci až 39 patogenů a markerů antimikrobiální rezistence a to již zhruba za hodinu času. Jde o inovativní metodu, která díky své rychlosti a komplexnosti umožní klinickým mikrobiologům a lékařům činit včasná rozhodnutí v rámci vhodné antibiotické terapie. Díky včasnému a cílenému nasazení vhodného ATB bude rovněž umožněna brzká deeskalace této antibiotické terapie. Teoretická část práce pojednává o významných infekcích kloubů a kloubních náhrad, seznamuje čtenáře s nejvýznamnějšími původci těchto infekcí a část je též věnována mikrobiologické diagnostice. V praktické části je popsána klasická multiplexní PCR, FilmArray multiplexní PCR systém a s ním panel BioFire Joint Infection, jenž byl použit v analýze synoviální tekutiny u pacientů s podezřením na septickou artritis, či periprotetickou infekci. Data z analýzy jsou v praktické části též vyhodnocena. Data pochází z období od března roku 2021 do června roku 2022 a jsou v praktické části zpracována v podobě tabulek a grafů. Závěr práce shrnuje význam metody pro rutinní diagnostiku a zodpovídá stanovené výzkumné otázky.
|
|
|
Molekulárně genetická diagnostika solitárních fibrózních nádorů
ZÍTOVÁ, Lucie
Cílem této práce je vypracování odborné rešerše na téma solitárních fibrózních nádorů (SFT) a v praktické části vytvoření komplexního pohledu na jejich molekulární diagnostiku. Biologické chování SFT vykazuje spektrum od benigního až po maligní a prognóza je nejistá. Jedním z možných markerů agresivního biologického chování je mutace v promotorové oblasti genu TERT, která způsobuje reaktivaci telomerázové reverzní transkriptázy. V tomto kontextu je klíčovou hypotézou práce otázka, zda je možné na základě sekvenační analýzy promotorové oblasti genu TERT určit biologické chování nádoru. Analyzován byl soubor 33 pacientů Fakultní nemocnice v Motole a data byla statisticky zpracována.
|
|
|
Vyšetření včel na vybrané onemocnění pomocí PCR.
GREGOROVÁ, Sabina
Nosema ceranae je druh mikrosporidie, která působí negativně nejen na včelu medonosnou (Apis mellifera). Nejčastěji je přenášena koprofagií neboli pojídáním výkal při naplňění výkalových vaků. Je to celosvětově rozšířený patogen, který je považován za jednu z příčin CCD (colony collaps disorder). Méně známá Crithidia mellificae patřící do třídy Trypanosomatidae působí podobně jako N. ceranae. Oba tyto patogeny napadají střeva včel medonosných, nakažené včely slábnou a včelstvo hyne. Cílem této bakalářské práce bylo praktické vyšetření vybraných vzorků včel ze včelnice Jihočeské univerzity fakulty zemědělské a technologické pomocí metody PCR. V teoretické části popisuji Nosemu ceranae a Crithidii mellificae a jejich vliv na včely medonosné. Dále je zmíněná i cesta přenosu těchto patogenů a také potenciální léčba nakažených včelstev. V praktické části, kterou jsem vykonávala v laboratoři na katedře rostlinné výroby Fakulty zemědělské a technologické, je detailně popsán postup izolace DNA, PCR a gelová elektroforéza. V této části je také uvedeno vyhodnocení výsledků.
|
host ::
RSS.