|
|
Bioinformatics study of the third generation sequencing platforms applied on a thermophile
Umair, Mohammad ; Řeháková, Veronika ; Buchtikova, Iva ; Bezdicek, Matej ; Obruca, Stanislav ; Sedlář, Karel
This study compares the efficiency of Pacific Biosciences technology (PacBio) and Oxford Nanopore Technology (ONT) in sequencing, assembling, and annotating the Aneurinibacillus sp AFn2 bacterium. We aim to evaluate the performance based on contiguity, depth, and functional annotation of the resulting genome. Using ONT we generated 152,047 long reads assembling into 2 contigs with total base count of 0.4 billion which provided us efficient assembly while PacBio produced 139,701 reads, assembling into 21 contigs with a total base count of 1.4 billion. Functional annotation revealed differences in the number of coding sequences, with PacBio detecting more comprehensive gene sets than ONT. The comparative analysis done in this research shows the strengths and limitations of both the platforms, with ONT providing higher assembly contiguity and PacBio offering greater detail in genetic content. We aim to offer insights of both the sequencing technologies, guiding researchers in selecting the appropriate technology.
|
|
|
Laboratorní databáze pro katalogizaci bakteriálních vzorků
Podrazký, David ; Bezdíček, Matěj (oponent) ; Vítková, Helena (vedoucí práce)
Správné nakládání s výsledky typizačních metod pro klasifikaci bakterií má zásadní význam pro diagnostiku a sledování šíření infekcí v nemocničním prostředí. Řešením pro jejich správu je relační databáze. Problémem je ukládání velkého množství vícerozměrných dat kvůli variabilitě typizačních metod. Současně je potřeba přizpůsobit práci s databází požadavkům konkrétního zdravotnického zařízení. Tato práce popisuje návrh a tvorbu relační databáze pro Centrum molekulární biologie a genetiky ve FN Brno. Pojednává o klíčových krocích při vývoji databáze, včetně strukturování dat, tvorby tabulek a relací a návrhu uživatelského rozhraní.
|
|
|
Design and implementation of camera module
Vokoun, Ondřej ; Bezdíček, Milan (oponent) ; Grepl, Robert (vedoucí práce)
Master thesis is aimed on the design of cheap and universal system, but also powerful enough to be able to obtain and process images from the digital camera sensor. Further part of the work is design and implementation of functions for image processing applications and communication with superior system.
|
|
|
Subjektivní a objektivní hodnocení kvality řečového signálu
Bezdíček, Martin ; Balík, Miroslav (oponent) ; Vondra, Martin (vedoucí práce)
Předložená bakalářská práce je zaměřena na subjektivní a objektivní metody pro měření kvality řečového signálu. Nejdříve se zabývá kvalitou přenosu řečového signálu, vlivy a složkami, které jí ovlivňují. Poté jsou v této práci postupně uvedeny použité subjektivní a objektivní metody hodnocení kvality řečového signálu. Jako objektivní metody byly zvoleny: poměr signálu k šumu SNR a jeho modifikaci pro řečový signál SSNR, metody ve spektrální oblasti (Itakurova míra a Kepstrální vzdálenost) a také metoda PESQ. V další části je popsána korelační analýza, která byla použita k porovnání subjektivních a objektivních metod hodnocení řečového signálu zvýrazněného algoritmy pro potlačení šumu. Poslední část této bakalářské práce obsahuje výsledky a to jak subjektivní metody, tak i objektivních metod. Na základě výsledků korelační analýzy byla v závěru doporučena nejlepší objektivní metoda, která nejvíce korelovala s výsledky subjektivní metody.
|
|
|
Lokalizace pohyblivých akustických zdrojů
Bezdíček, Martin ; Rampl, Ivan (oponent) ; Míča, Ivan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na lokalizaci statických (zadání semestrálního projektu) a pohyblivých akustických zdrojů (zadání diplomové práce) pomocí mikrofonních polí. Nejdříve se zabývá obecnou problematikou lokalizace. Dále jsou zde popsány typy mikrofonních polí, zjednodušující předpoklady, které vymezují danou problematiku a obecné informace o prostorové akustice. V další části této práce jsou postupně uvedeny metody lokalizace akustických zdrojů. V praktické části byly použity algoritmy: metod založených na tvarování přijímací charakteristiky a metod založených na odhadu časových zpoždění. Poslední část této diplomové práce obsahuje výsledky použitých algoritmů.
|
|
|
Datová rukavice: vizualizace ve VRML a návrh elektroniky
Štěpánek, Jan ; Bezdíček, Milan (oponent) ; Grepl, Robert (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem a výrobou elektroniky datové rukavice a tvorbou vizualizace ruky, která v reálném čase vykresluje stav ruky uživatele. Realizace je týmovou prací dvou studentů. Rozdělení úkolů v týmu je popsáno v kapitole Stanovení cílů práce. Začátek práce je věnován rešeršní studii v oblasti datových rukavic a seznámení se s důležitými pojmy ve světě virtuální reality, část rešeršní studie se zabývá také jinými technickými provedeními datových rukavic. Další kapitoly práce popisují tvorbu virtuálního modelu ruky, jehož úkolem je vykreslování stavu uživatelovy ruky v reálném čase na základě dat z ohybových senzorů a MEMS akcelerometru. Komunikace s PC je provedena přes sériovou linku realizovanou BlueTooth. Pomocí počítačového programu Matlab byl vytvořen matematický model, který zpracovává data přijímaná z rukavice a vypočítává hodnoty polohy jednotlivých částí ruky. Program Matlab také sloužil ke tvorbě grafického uživatelského rozhraní, které uživateli umožňuje rukavici používat.
|
|
|
Datová rukavice: realizace s využitím FSR sensorů a mikrokontroleru
Trnkócy, Tomáš ; Bezdíček, Milan (oponent) ; Grepl, Robert (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá realizací projektu Datová rukavice. V první části jsou uvedeny vlastnosti jednotlivých částí rukavice, jako jsou ohybové senzory, akcelerometr či mikrokontrolér. Následně je provedena úvaha nad rozmístěním prvků na rukavici. Další část se zabývá samotnou výrobou rukavice a její elektroniky, dále také jejím programovým vybavením. V závěru následuje testování funkce rukavice a případné možnosti jejího vylepšení.
|
|
|
Design and implementation of camera module
Vokoun, Ondřej ; Bezdíček, Milan (oponent) ; Grepl, Robert (vedoucí práce)
Master thesis is aimed on the design of cheap and universal system, but also powerful enough to be able to obtain and process images from the digital camera sensor. Further part of the work is design and implementation of functions for image processing applications and communication with superior system.
|
|
|
Subjektivní a objektivní hodnocení kvality řečového signálu
Bezdíček, Martin ; Balík, Miroslav (oponent) ; Vondra, Martin (vedoucí práce)
Předložená bakalářská práce je zaměřena na subjektivní a objektivní metody pro měření kvality řečového signálu. Nejdříve se zabývá kvalitou přenosu řečového signálu, vlivy a složkami, které jí ovlivňují. Poté jsou v této práci postupně uvedeny použité subjektivní a objektivní metody hodnocení kvality řečového signálu. Jako objektivní metody byly zvoleny: poměr signálu k šumu SNR a jeho modifikaci pro řečový signál SSNR, metody ve spektrální oblasti (Itakurova míra a Kepstrální vzdálenost) a také metoda PESQ. V další části je popsána korelační analýza, která byla použita k porovnání subjektivních a objektivních metod hodnocení řečového signálu zvýrazněného algoritmy pro potlačení šumu. Poslední část této bakalářské práce obsahuje výsledky a to jak subjektivní metody, tak i objektivních metod. Na základě výsledků korelační analýzy byla v závěru doporučena nejlepší objektivní metoda, která nejvíce korelovala s výsledky subjektivní metody.
|
|
|
Lokalizace pohyblivých akustických zdrojů
Bezdíček, Martin ; Rampl, Ivan (oponent) ; Míča, Ivan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na lokalizaci statických (zadání semestrálního projektu) a pohyblivých akustických zdrojů (zadání diplomové práce) pomocí mikrofonních polí. Nejdříve se zabývá obecnou problematikou lokalizace. Dále jsou zde popsány typy mikrofonních polí, zjednodušující předpoklady, které vymezují danou problematiku a obecné informace o prostorové akustice. V další části této práce jsou postupně uvedeny metody lokalizace akustických zdrojů. V praktické části byly použity algoritmy: metod založených na tvarování přijímací charakteristiky a metod založených na odhadu časových zpoždění. Poslední část této diplomové práce obsahuje výsledky použitých algoritmů.
|
host ::
RSS.