|
|
Accelerating structure search in small-molecule databases
Kratochvíl, Miroslav ; Bednárek, David (vedoucí práce) ; Hoksza, David (oponent)
Vyhledávání podstruktur je jednou z nejcennějších schopností databází malých molekul. Dostupné databáze typicky poskytují akceptovatelně rychlé zpracování uživatelských dotazů, ale nejsou dostatečně škálovatelné s ve- likostí uložených dat. V této práci je popsána nová open-source databáze Sachem, která implementuje novoý způsob vyhledávání podstruktur využí- vající nově sestavené otisky chemických molekul uložené v invertovaných databázových indexech. Rychlost vyhledávání v této databázi byla měřena na datových sadách obsahujících desítky milionů molekul. Porovnání výkon- nosti s jinými dostupnými databázemi potvrdilo zlepšení v celkové rychlosti hledání, možností škálování výkonnosti i v efektivitě prosívání dat. Práce dále popisuje aplikaci databáze Sachem, službu založenou na dotazovacím jazyku SPARQL, která rozšiřuje existující sémantické datové služby o možnost zahrnout v dotazech i chemicky relevantní strukturní a podobnostní podmínky. Výsledek nabízí nové, jednodušší možnosti dotazování v dostupných heterogenních da- tových zdrojích. 1
|
|
|
Procedural code integration in streaming environments
Brabec, Michal ; Bednárek, David (vedoucí práce) ; Krall, Andreas (oponent) ; Šimeček, Ivan (oponent)
Název práce: Integrace procedurálního kódu do proudových paralelních systémů Autor: Mgr. Michal Brabec Katedra: Katedra softwarového inženýrství Vedoucí disertační práce: David Bednárek, Ph.D. Abstrakt: Datově orientované paralelní systémy představují vhodnou platfor- mu pro optimalizaci datově intenzivních aplikací, jako jsou například databázové dotazy. Hlavní problém těchto systémů je komplikovaná architektura a specifické programovací jazyky, které ztěžují návrh aplikací pro programátory bez kom- plexní znalosti celého systému. V této práci prezentujeme systém, který umožňuje návrh proudových aplikací v omezené verzi jazyka C#, který je známý většině programátorů a často s ním dovedou pracovat i výzkumníci ostatních vědeckých oborů. Náš systém umožňuje vývoj proudových aplikací i jejich částí bez znalosti specifických paralelních jazyků a architektury paralelního systému. Jádrem naší práce je formalismus Hybrid Flow Graph, který náš systém používá pro reprezentaci aplikace ve formě blízké proudovým systémům. Hlavní výhoda tohoto přístupu je, že aplikace jsou reprezentovány v mezikódu, který má vlast- nosti podobné cílovému prostředí, ale neobsahuje specifické technické detaily. Díky...
|
|
|
Analýza paralelizovatelnosti programů na základě jejich bytecode
Brabec, Michal ; Bednárek, David (vedoucí práce)
Analýza paralelizovatelnosti programů na základě jejich bytecode Práce se zabývá analýzou možností aplikace algoritmů pro automatickou paralelizaci na programy, u kterých máme k dispozici jejich bytecode, nebo podobný mezikód. Nejdůležitějším vstupem těchto algoritmů je identifikace částí kódu, které by mohly být spuštěny zároveň, tyto části se nazývají nezávislé a právě testování závislostí v kódu je nejtěžší problém automatické paralelizace. Tento problém je v úplně obecném případě algoritmicky neřešitelný a práce se snaží zjistit, jestli je možné najít nezávislosti v bytecode alespoň v nějakém omezeném případě. Prvním krokem analýzy kódu funkce je integrace volaných funkcí, které umožní analyzovat výsledný kód najednou a získat tak přesnější informace. Dále je třeba identifikovat podmíněné skoky a cykly, až pak je teprve možné hledat nezávislosti v kódu a ty potom použít při aplikace paralelizačních algoritmů. Součástí práce je implementace integrace funkcí a analýzy kódu pro platformu Microsoft .NET Framework.
|
|
|
FPVS: integrace FreePascalu do Visual Studia
Čamra, Václav ; Ježek, Pavel (vedoucí práce) ; Bednárek, David (oponent)
Programovací jazyk Pascal byl navržen a je i nadále používán pro výuku pro- cedurálního imperativního programování. Neexistuje však žádné moderní kval- itní integrované vývojové prostředí (IDE), které by mohli studenti pro psaní v programovacím jazyce Pascal použít. V této práci se pokoušíme tento problém napravit tak, že vytvoříme rozšíření pro Visual Studio 2015. Toto rozšíření přidává nový typ projektu - Free Pas- cal project - do Visual Studia, umožňuje zdrojový kód psaný v jazyce Free Pascal zkompilovat a výsledný program spustit a ladit. Naše rozšíření navíc zahrnuje zvýrazňování syntaxe a napovídání (code completion) pro podmnožinu programovacího jazyka Free Pascal. 1
|
|
|
Pascal with Truffle
Flimmel, Július ; Horký, Vojtěch (vedoucí práce) ; Bednárek, David (oponent)
Trupple je nekonvenčný interpret Pascalu vybudovaný vo frameworku Truffle od Oraclu. Použitím tohto frameworku sa stáva virtuálne platformovo nezávislý, pretože beží v Java Virtual Machine a môže tiež jednoducho komunikovat' s ostatnými Truffle jazykmi a samotnou Javou. Interpret stavia syntaktický strom z l'ubovolného Pascalovského zdrojového kódu a následne ho interpretuje od koreňového vrcholu. Podporuje Pascal podl'a štandardu ISO 7185 a implementuje niektoré bežne používané rozšírenia zavedené prekladačom Turbo Pascal od Borlandu. V tejto práci popíšeme architektúru interpretu, dôležité návrhové rozhodnutia, použité technológie a tiež poskytneme krátke hodnotenie výkonnosti Trupplu. 1
|
|
|
SIMD code generator
Tuček, Karel ; Bednárek, David (vedoucí práce) ; Arcaini, Paolo (oponent)
Title: SIMD code generator Author: Karel Tuček Department: Department of Software Engineering Supervisor: RNDr. David Bednárek, Ph.D., Department of Software Engineering Abstract: The center of our interest is a problem of pipelined realisation of a special case of data processing networks. These realisations are supposed to realise some computations on series of independent data sets while utilizing SIMD instructions. The aim of this paper is to theoretically investigate the possibilities and the problems of employment of control flow in these networks and also to implement a general framework suitable for generation of these realisations. The main idea is utilisation of an algorithm crawling over partitions of a network factorised with respect to its control flow. Our idea is that SIMD parallelism should take place on the same instruction realised across multiple data sets. We illustrate the problems relevant to employment of branching and loops in these networks. We especially discuss a problem of data ordering and also provide relevant proofs. In the analytical part, we show implementation of a general framework which we believe to be suitable for processing of these networks. We also provide examples utilising Intel's SIMD Streaming Extensions. Keywords: Processing networks SIMD Parallelism iii
|
|
|
A decompiler for Objective-C
Mráček, Jakub ; Yaghob, Jakub (vedoucí práce) ; Bednárek, David (oponent)
Objective-C je populární programovací jazyk používaný primárně pro vývoj na platformách OS X a iOS. V práci prezentujeme praktický přístup k dekompilaci programů napsaných v Objective-C a zkompilovaných pro architektury x86 a AArch64 za použití kompilátoru LLVM. Na základě známých obecných technik reverzního inženýrství a teorie kompilátorů analyzujeme nové problémy a příležitosti v binárních souborech vzniklých překladem z Objective-C. Poté navrhujeme řešení a algoritmy, které umožní dekompilátoru lépe rozpoznat vysokoúrovňové struktury, které jsou běžné ve zdrojových kódech napsaných v jazyce Objective-C. Tato práce předkládá implementaci nového dekompilátoru zvaného "Cricket" jako grafickou aplikaci pro OS X, která využívá popsané algoritmy a metody pro rozpoznávání vzorů k rekonstrukci zdrojového kódu v Objective-C. Dekompilátor si klade za cíl maximalizovat čitelnost výstupu a umožňuje uživateli dále modifikovat vygenerovaný zdrojový kód. Implementovaný program je poté vyhodnocen na populární open-source knihovně a výstupy jsou porovnány s konkurenčním produktem. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Generátor přívětivých analyzátorů
Dzurenko, Tomáš ; Žemlička, Michal (vedoucí práce) ; Bednárek, David (oponent)
Názov práce: Generátor přívětivých analyzátorů Autor: Bc. Tomáš Dzurenko Katedra: Středisko informatické sítě a laboratoří Vedúci diplomovej práce: RNDr. Michal Žemlička, Ph.D., Katedra softwaru a vý- uky informatiky Abstrakt: Táto práca predstavuje generátor umožňujúci z popisu k-prívetivej gra- matiky vytvoriť zdrojový kód implementujúci analyzátor alebo translátor pre ja- zyk generovaný touto gramatikou. Oproti klasickým LL(k) gramatikám umožňujú k-prívetivé gramatiky použiť v pravidlách priamu ľavú rekurziu. To umožňuje po- hodlnejšiu a prehľadnejšiu formuláciu pravidiel vstupnej gramatiky. Kľúčové slová: analyzátor, translátor, generátor, C++, prívetivá gramatika
|
|
|
Překladač z jazyka Scheme do C/C++
Novák, Jan ; Yaghob, Jakub (vedoucí práce) ; Bednárek, David (oponent)
Jazyk Scheme je jednoduchý jazyk, který je vhodný na analýzu vlastností programovacích jazyků a na experimentování s optimalizacemi kódu. Tato práce používá při jeho implementaci mezikód zvaný continuation-passing-style, který se často používá při implementaci funkcionálních jazyků. Uvádíme zejména jeho souvislost s konvenčními implementacemi, v kterých se program řídí pomocí zásobníku. Dále popisujeme jednoduché metody globální statické analýzy u jazyka Scheme. Základem všech analýz je abstraktní interpretace, jejíž důležitou součástí je abstraktní garbage collector. Ten umožňuje optimalizace jako jsou globalizace proměnných, přejmenování proměnných nebo eliminace nepoužitých dosazení. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
SQL front-end pro systém Bobox
Klimperová, Lucie ; Bednárek, David (vedoucí práce) ; Lokoč, Jakub (oponent)
Cílem této práce je návrh a implementace SQL frontendu pro framework Bo- box vyvíjený na Katedře softwarového inženýrství MFF UK. Motivací pro vývoj frameworku Bobox je snaha zjednodušit psaní paralelních programů. Framework Bobox je jedna z implementací systému pro zpracování proudových dat a poskytu- je běhové prostředí pro vyhodnocování exekučních plánů v paralelním prostředí. Tato práce se zabývá implementací frontendu pro tento framework. Vstupem je dotaz v jazyce SQL a informace o struktuře databáze. Frontend provede syntaktic- kou a sémantickou analýzu a následně generování mezikódu. Výstupem frontendu je mezikód ve formě relační algebry v XML a slouží jako vstup pro navazující op- timalizující backend.
|
host ::
RSS.