|
|
Návrh variantního financování rekonstrukce náměstí v Třebíči
Hykolli, Nikolas ; Černá, Marie (oponent) ; Vaňková, Lucie (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá návrhem možného způsobu financování rekonstrukce Karlova náměstí v Třebíči a výběrem optimální varianty. V teoretické části jsou shrnuty všechny důležité pojmy, které souvisí s tématem diplomové práce. Jedná se o veřejnou správu v České republice, centrální a místní rozpočtové soustavy, výběrová řízení a zdroje financování. V praktické části jsou nalezeny způsoby financování městské investice a to, jak vlastní, tak cizí. Mezi které lze zařadit úvěry a dotační tituly.
|
|
| |
|
|
Regulation of HLA class II genes expression
Zajacová, Marta ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Slavčev, Antonij (oponent)
Geny HLA II. třídy jsou vysoce polymorfní, a to také v regulačních nekódujících genových oblastech. Polymorfismus v promotorové oblasti vytváří silný potenciál pro rozdílnou expresi jednotlivých alel. I když je známo, že množství molekul HLA II. třídy na povrchu buněk má významnou úlohu při utváření imunitní odpovědi, polymorfismus v expresi genů HLA třídy II dosud nebyl podrobně analyzován. Cílem této práce bylo zkoumat expresi mRNA a metylaci promotorové DNA u alel genů HLA II. třídy. Byly provedeny dvě studie, které se zabývaly různými aspekty regulace. V části A byla zkoumána metylace DNA u 10 alel promotoru DQA1 a její vliv na expresi mRNA tohoto genu. DNA metylace v plné krvi byla stanovena pomocí bisulfitového sekvenování a exprese mRNA byla měřena za použití RT-qPCR. I když byly pozorovány mezialelické rozdíly v celkové metylaci (nejvíce metylované alely byly DQA1*02:01 a *04:01), nebyla pozorována očekávaná negativní korelace mezi methylační hustotou DNA promotoru DQA1 a expresí alely. Mezialelické rozdíly v metylaci jednotlivých CpG pozic prokázány nebyly, ale domníváme se, že genetický polymorfismus v oblasti (zejména oblast upstream od pozice -400, která je téměř kompletně metylovaná ve všech alelách) může vést k různým interpretacím 5meCpG na stejné pozici v různých alelických kontextech. V...
|
|
|
Nastavení genové exprese v dospělém mozku pokusného potkana po prenatálním vystavení metamfetaminu
Tomášková, Anežka ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Rudá, Jana (oponent)
Úvod: Metamfetamin je droga často zneužívaná těhotnými ženami závislými na drogách a je současně jednou z nejčastěji užívaných drog v České republice. Tato droga prochází snadno placentární bariérou do organismu plodu a může negativně ovlivňovat nejen matku, ale i prenatální vývoj plodu. Cíle: V rámci projektu byly zjišťovány dlouhodobé účinky prenatální expozice metamfetaminu. Bylo zkoumáno, zda prenatální expozice MA ovlivňuje generaci potomků exponovaných samic na úrovni exprese genů ve specifických oblastech mozku (ve striatu, hipokampu a prefrontálním kortexu). Naše práce si klade za cíl provést obecný screening exprese genů ve vybraných oblastech mozku potkanů F1 generace prenatálně ovlivněných metamfetaminem a vyhodnocení případné změny exprese jednotlivých genů. Metody: Potkanům byly odebírány vybrané části mozku, kde byly metodou microarray hybridizace a real-time PCR stanoveny změny exprese vybraných genů. Výsledky: V rámci statistického vyhodnocení microarray hybridizace nebyla zjištěna signifikantně změněná exprese u žádného z testovaných genů. Byly zjištěny pouze hraniční hodnoty pro 13 genů, které byly dále testovány metodou real-time PCR. Po statistickém vyhodnocení real-time PCR byla signifikantně změněná exprese nalezena u 2 genů vztaženým ku jedné ze dvou endogenních kontrol....
|
|
|
Epigenetická regulace HLA genů II. třídy a jejich role u autoimunitních onemocnění
Čepek, Pavel ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Štechová, Kateřina (oponent) ; Reiniš, Milan (oponent)
(CZ) Diabetes mellitus 1. typu (T1D) patří mezi polygenní multifaktoriální autoimunitní onemocnění. S rozvojem diabetu je z genetického hlediska nejvíce asociována oblast HLA genů II. třídy, včetně genu HLA-DQA1, který je jeho součástí. Cílem této práce bylo identifikovat methylační profil promotorové části HLA-DQA1 a methylační profil korelovat s expresí jednotlivých alel HLA-DQA1. DNA methylace patří mezi epigenetickou modifikaci, která reguluje expresi genů a je o ní známo, že se mění v závislosti na působení vnějšího prostředí. Do této studie bylo celkem zahrnuto 61 diabetických pacientů a 39 zdravých kontrol. Od pacientů byla získána DNA, vystavena působení bisulfitu sodného a pomocí metody nested PCR byl amplifikován promotorový úsek HLA-DQA1. Amplifikovaný úsek byl sekvenován a poté byl analyzován methylační profil promotoru. Relativní exprese jednotlivých HLA-DQA1 alel byla změřena za využití kvantitativního PCR a porovnána oproti dvěma endogenním kontrolám (PPIA, HLA-DRA). Alela DQA1*02:01 měla u zdravých kontrol signifikantně vyšší expresi než u T1D pacientů (normalizace oproti PPIA, Pkor.=0,041; normalizace oproti DRA, Pkor.=0,052). Methylační profil mezi oběma skupinami byl velice podobný jak na úrovni celkové methylace, tak i na úrovni jednotlivých CpG dinukleotidů. Mezi nejvíce...
|
|
|
Molecular mechanisms involved in genotoxicity of industrially important monomers (styrene, 1,3-butadiene)
Kuricová, Miroslava ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Černá, Marie (oponent) ; Machala, Miroslav (oponent)
2 Contents ABSTRACT........................................................................................................... 2 1. INTRODUCTION............................................................................................. 4 2. AIMS OF THE PROJECT:.............................................................................. 8 2. MATERIAL AND METHODS:....................................................................... 9 3. RESULTS: ....................................................................................................... 10 4. CONCLUSIONS.............................................................................................. 16 5. REFERENCES................................................................................................ 18 INDEX OF PUBLICATIONS:........................................................................... 21 Publications in extenso, which are the base of PhD. thesis .............................. 21 Publications in extenso, without relationship to the PhD thesis...................... 22 ABSTRACT The evaluation of individual health risk in workers occupationally exposed to industrial xenobiotics requires the use of a large number of parameters reflecting external exposure, internal exposure, biological effects and individual susceptibility....
|
|
|
Study of extracellular placental specific microRNAs in maternal circulation and their utilization in clinical diagnostics of pregnancy-related complications
Kotlabová, Kateřina ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Černá, Marie (oponent) ; Korabečná, Marie (oponent)
Cíle: Předkládaná studie se zabývala možnost využit extracelulárních mikroRNA jako nových neinvazivních biomarkerů pro diagnostku komplikací souvisejících s těhotenstvím, jako je gestační hypertenze (GH), preeklampsie (PE) a omezení růstu plodu (FGR). Nejprve jsme identikovali s těhotenstvím asociované mikroRNA (tj. placentárně speciické mikroRNA) v mateřské cirkulaci u těhotenství s normálním průběhem. Poté jsme kvantikovali vybrané extracelulární C19MC mikroRNA v průběhu těhotenství (od prvního do třetho trimestru) v mateřské cirkulaci u těhotenství s normálním průběhem. Následně jsme porovnali expresní proily C19MC mikroRNA v mateřském oběhu mezi těhotenstvím s klinicky manifestními závažnými těhotenskými komplikacemi (PE, FGR, GH) a zdravými kontrolami odpovídajícího gestačnímu stáří. Nakonec bylo provedeno monitorování vybraných placentárně speciických C19MC mikroRNA v mateřském cirkulaci v průběhu prvního trimestru těhotenství s cílem identikovat extracelulární C19MC mikroRNA schopné rozlišovat mezi normálními těhotenstvím a těmi, které jsou vystavena zvýšenému riziku pozdějšího rozvoje závažných těhotenských komplikací. Výsledky: Hladiny a expresní proily extracelulárních placentálně speciických mikroRNA v oběhu netěhotných jedinců a těhotných žen byly stanoveny metodou polymerázové řetězové...
|
|
|
Genetická predispozice k celiakii
Cibuľová, Anna ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Holáň, Vladimír (oponent)
4 Abstrakt Celiakie je chronické střevní onemocnění autoimunitního charakteru, které se vyskytuje převážně u geneticky predisponovaných osob. U pacientů dochází k nepřiměřené imunitní odpovědi na přítomnost glutenu obsaženého v některých obilovinách. Pacienti jsou doživotně závlislí na dodržování přísného dietního režimu. Genetická predispozice je z velké části založena na přítomnosti alel HLA-DQ2 a HLA- DQ8. Zbytek genetického rizika dosud není objasněn, ale vzhledem k autoimunitnímu charakteru onemocnění lze předpokládat, že genetická predispozice by mohla být skryta v polymorfismech genů, které se podílejí na směrování či regulaci imunitní odpovědi. CÍLE: Našim cílem bylo zjistit korelaci mezi fenotypem a genotypem u členů rozsáhlé třígenerační rodiny s mnohočetným výskytem celiakie a dalších autoimunitních chorob a ověřit, které vybrané genotypy korelují s fenotypem a do jaké míry. U všech členů rodiny jsme provedli genotypizaci alel HLA-DQB1 a HLA-DRB1, dále genotypizaci polymorfismů C1858T genu pro PTPN22, C1188A genu pro IL12B a C2029T genu pro TLR2. U TLR2 byla sledována také míra exprese na úrovni proteinu a na úrovni mRNA. METODY: Genotypizace HLA-molekul byla provedena pomocí metody PCR se sekvenčně specifickými primery, genotypizace polymorfismů v genech pro PTPN22 a IL12B pomocí metody PCR-RFLP...
|
|
| |
|
|
Epigenetická regulace genů HLA asociovaných s celiakií
Hudec, Michael ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Hušáková, Markéta (oponent)
Úvod: Systém HLA II. třídy představuje pro imunitní systém jeden z nejdůležitějších mechanismů, díky kterému je schopen rozpoznat patogeny nebo poškozené buňky. Některé alely HLA II. třídy jsou asociovány s různými autoimunitními onemocněními, například s celiakií. Toto onemocnění je typické chronickým střevním zánětem a různými doprovodnými vedlejšími příznaky. Rizikovými alelami HLA II. třídy jsou DQ2 a DQ8. Epigenetické mechanismy regulující expresi, zejména pak methylace cytosinů v promotorové oblasti alel DQ2 či D8, by mohly mít vliv na vývoj T-lymfocytů v thymu. Zde se T-lymfocyty v průběhu svého života vyvíjejí a procházejí několika stadii, aby mohly následně plnit svou funkci v imunitním systému. Cíle: Tato práce si dává za úkol porovnat methylační stav promotorové oblasti alel HLA DQ2 a DQ8 u pacientů s diagnostikovanou celiakií a zdravých jedinců. Dále si dává za úkol zmapovat expresní stav variant DQ2 a DQ8 u obou zkoumaných skupin. Metody: Z krve dvou skupin dárců byla izolována DNA a RNA. DNA byla podrobena bisulfitové konverzi a pak nested-PCR. PCR produkty byly klonovány do bakterií. Z pozitivních klonů byly izolovány vektory nesoucí amplifikovaný HLA fragment. Následně byla provedena methylační analýza. RNA byla přepsána pomocí Reverzní transkripce do cDNA. Ta byla poté analyzována...
|
host ::
RSS.